临床基因检测报告规范与基因检测行业共识探讨CSCD

二代测序技术（next generation sequencing,NGS）在临床的应用为广泛开展遗传病的基因检测、病因诊断、治疗及预防奠定了基础,但同时也伴随着一系列的问题,其中很重要的一个环节就是基因检测报告缺乏统一或基本的标准。首届“临床基因检测标准与规范专题研讨会”于2017年10月28日在深圳召开,来自全国138家机构的250多位遗传学专家、临床专家及第三方检测机构的代表共同探讨了遗传病基因检测报告的标准和规范问题。本文根据此次研讨会专家的意见和建议,就遗传病基因检测报告的原则、规范以及基因检测行业的发展进行了讨论,并发布了临床基因检测报告规范共识,以促进检测报告的规范化和标准化,推进我国基因检测行业的健康有序地发展。     

位点特异整合型微环DNA的构建及应用

目的联合应用LR克隆酶和链霉菌噬菌体ΦC31整合酶系统,建立一种获得位点特异整合型微环DNA的方法,为该载体在转基因研究中的应用提供科学资料。方法应用分子克隆技术,在目的基因表达盒及链霉菌attB位点两端接入λattR和λattL片段,随后插入ΦC31整合酶基因表达盒,构建可获得微环DNA的亲本质粒。该亲本质粒上的λattL和λattR序列可在LR克隆酶的催化下重组生成表达ΦC31整合酶的微质粒和含有目的基因表达盒及attB位点的微环DNA。以限制性内切酶酶切、定性以及定量PCR分析其重组效率。并将未经纯化的LR重组体系转染HeLa细胞,以流式细胞技术、克隆计数、ELISA等方法检测其转染率、整合率及目的蛋白表达水平,并与传统质粒进行比较。结果 LR克隆酶可有效催化亲本质粒的重组,重组率达80%以上。重组体系中的微环DNA和微质粒无需纯化即可成功转染HeLa细胞,且其转染率、整合率以及目的蛋白表达水平均高于传统质粒。结论建立了一种高效、快速获得位点特异整合型微环DNA的方法。     

3种 DNA 甲基化定量分析方法的比较

目的：比较特定基因区域 DNA 甲基化检测方法的优缺点。方法采用焦磷酸测序、克隆测序和DNA 甲基化芯片等3种 DNA 甲基化检测方法,对7例唐氏综合征和5例正常对照样本的 PRDM8内含子7 CpG 岛中的部分序列进行甲基化检测。从准确度、重复性和精确度(分辨率)等方面来比较3种方法,探讨哪种方法更适合特定基因的 DNA 甲基化水平定量检测。结果①焦磷酸测序可在单碱基水平定量检测样本的甲基化水平,结果重复性好,准确度高,而且能发现样本中 CpG 位点甲基化水平变化的规律;②克隆测序也可在单碱基水平定量检测样本的甲基化水平,但结果重复性较差,无法发现 CpG 位点甲基化水平变化的规律;③甲基化芯片可通过所测区域的两个探针来判断样本间甲基化水平的差异,但无法在单碱基水平定量检测样本的甲基化水平;④上述3种方法检测结果之间存在一定的差异,但是样本间甲基化水平总体趋势基本一致。此外,唐氏综合征样本的甲基化水平高于正常对照样本。结论焦磷酸测序准确度高、重复性好、费用较低、操作较为简单快捷,更为适合在单碱基水平检测特定基因区域的 DNA 甲基化水平。     

低渗介导抽提牛精子线粒体DNA

目的:建立一种通过低渗介导的简便、有效的抽提冷冻牛精子线粒体DNA(mtDNA)的方法。方法:低渗处理牛精子,结合去污剂破膜释放精子线粒体,饱和酚去蛋白,无水乙醇沉淀DNA,设计线粒体特异性引物进行PCR分析以及通过NlaⅢ酶切对抽提获得的mtDNA作酶切鉴定,并以水解法作对照。结果:低渗法获得的mtDNA的PCR产物电泳分析和酶切鉴定都清楚地显示与预期相符的目的条带,而对照组水解法抽提冷冻牛精子mtDNA存在稳定性差及重复性差等缺点。结论:低渗介导是一种抽提精子mtDNA的有效方法。     

遗传病二代测序临床检测全流程规范化共识探讨(1)——遗传检测前流程

遗传检测前的准备工作是基因检测的基础和出发点,其流程包括临床信息收集、检测方案拟定、检测前遗传咨询以及知情同意书和检测委托书的填写等。临床若能有效识别出遗传性疾病,可极大提高二代测序的诊断率,从而降低医疗成本,提高临床诊疗的功效。二代测序结果的分析在很大程度上依赖于对基因型-表型相关性的了解,全面准确地采集和评估临床表型,并用统一的标准术语来描述和记录尤为重要。不同类型的遗传病或突变种类需要用特定的检测手段方能事半功倍。检测前遗传咨询能够帮助患者及其亲属了解相关基因检测的意义并协助制定个体化的检测策略,为后续的跟踪随访奠定基础。     

遗传病二代测序临床检测全流程规范化共识探讨(3)——数据分析流程

基因组测序数据的生物信息学分析以及变异的临床相关性解读是基于二代测序的遗传病诊断全流程的核心内容。本文探讨了生物信息学分析、数据存储和数据解读环节的流程、功能、主要参数指标及建议等,经行业内临床医师、检测实验室等相关专家讨论,对符合孟德尔遗传规律的胚系突变的遗传病规范化检测达成了共识,以期为提髙基于二代测序的遗传病诊断的同质性和可靠性提供指导。     

遗传病二代测序临床检测全流程规范化共识探讨(4)——检测报告解读和遗传咨询

临床基因检测的结果在遗传分析环节由数据解读人员整理成一份规范的基因检测报告,提供给临床医师及受检者(若受检者有智力障碍或者为未成年人,则检测报告提供给其父母或法定监护人)。检测报告的内容应遵循相关标准及/行业共识。临床医师将综合基因检测报告及临床指征进一步诊断其所患疾病。遗传咨询师应协助临床医师及受检者或其亲属.提供检测后的遗传咨询服务。在知情同意的前提下建立检测后的跟踪随访机制。数据应由临床医疗机构与第三方检测机构共享,补充的回访数据可以帮助进一步评估报告结果,因此检测机构应定期对既往的检测报告数据及后续的回访数据进行整理分析,并同新的分析结果同步提交给患者和医疗机构。所有涉及报告、遗传咨询、后续跟踪回访及分析结果更新的活动均应遵循相关的法律法规。     

受精后精子线粒体的命运

人们普遍认为线粒体基因的遗传方式为母系遗传,精子线粒体在各种动物胚胎中的命运在很大程度上取决于核基因组与线粒体基因组间的相容性,而与精子线粒体相关的有些细胞组分被观察到能够在受精过程中得到传递,并且父系线粒体的遗传也在患者和种间杂交中被发现。然而用ICSI与IVF产生的正常后代中并没有发现父系mtDNA,反而在异常胚胎中检测到父系mtDNA.。本文通过对多种动物(如人、牛、小鼠和大鼠)精子线粒体在受精后的生物学特征进行总结,分析了其消失的可能机制及产生这种结果的原因。