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51.
目的获得三叉苦Melicope pteleifolia转录组信息特征。方法以三叉苦幼苗根、茎、叶混合样品为对象,采用二代高通量测序平台Illumina HiSeq~(TM) 2000进行转录组测序并进行系统的生物信息学分析。结果转录组测序分析共获得47 045 040条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得67 956条unigenes,平均长度787 nt。BLAST分析显示分别有42 749(61.92%)、31 152(45.84%)、26 563(39.0 9%)、17 481(25.72%)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,参与生物过程、细胞组分和分子功能3个GO类别的47个小组,共9807条unigenes注释到130个KEGG代谢通路中,筛选到19条次生代谢通路,KOG功能分类分析获得25个不同的KOG功能类群。预测共有高等植物转录因子56个家族;借助MISA软件发现7 748个SSRs,三碱基重复SSRs数量最丰富,有4 117个,出现频率为53.1%,五碱基重复SSRs相对较少,占2.2%。结论利用高通量测序技术和生物信息分析获得三叉苦转录组信息特征,为后续三叉苦功能基因的挖掘、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础。 相似文献
52.
53.
目的 分析tCGA数据库中肝内胆管癌(ICC)高通量测序数据,寻找其预后相关基因,构建风险模型,并研究其在ICC组织中表达及作用通路。方法 下载tCGA数据库中33例ICC组织和8例癌旁组织中的RNA-seq表达矩阵数据和患者临床资料信息,利用edgeR软件包进行基因差异表达分析,通过单因素Cox回归分析筛选出预后相关差异基因,对差异基因绘制生存曲线,筛选出具有临床意义的基因,经多因素Cox回归分析并构建风险模型,通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析了解预后相关基因的作用通路。结果 通过edgeR分析后得到6 617个差异基因(筛选标准为|log2 Fold Change|>1,P<0.05),其中高表达组4 094个,低表达组2 523个。通过功能富集发现,这些基因主要集中在化学物致癌作用、药物代谢-细胞色素P450系统、细胞色素P450对异生物质的代谢影响以及视黄醇代谢通路。经单因素Cox回归、R软件“survival”包生存曲线分析显示,UCN2、CST1、PROS1、SLC35E4、PEMT五个基因对ICC患者预后存在显著性影响。通过多因素Cox回归分析,CST1、PEMT、PROS1构建的风险模型对ICC患者预后具有判断作用。结论 UCN2、CST1、PROS1、SLC35E4、PEMT基因可能成为ICC预后判断指标,为后续临床试验提供数据支持。 相似文献
54.
目的:探究并分析加味香砂六君子汤通过抑制Wnt信号通路对胃癌大鼠桩蛋白(paxillin)、大鼠凋亡相关蛋白(RelA)表达的影响。方法:选取健康成年Wistar大鼠120只,按照随机数字表法分为对照组和观察组,每组60只,对2组大鼠进行胃癌造模处理,对照组大鼠又随机分为未处理组、处理(生理盐水)后8周组、处理(生理盐水)后12周组,每组20只。观察组大鼠又随机分为未处理组、处理(汤药)后8周组、处理(汤药)后12周组,每组20只。观察2组大鼠处理前、处理后8周、处理后12周paxillin、RelA。结果:2组大鼠处理前后体质量差异有统计学意义(P<0.05),2组大鼠处理前体质量比较差异无统计学意义(P>0.05),处理后,2组大鼠体质量有所降低,但观察组大鼠降低程度明显小于对照组(P<0.05);2组大鼠处理前后wnt-1、paxillin、RelA水平差异有统计学意义(P<0.05),2组大鼠处理前wnt-1、paxillin、RelA水平比较差异无统计学意义(P>0.05),处理后,2组大鼠wnt-1、paxillin、RelA水平呈降低趋势,但观察组大鼠wnt-1、paxillin、RelA水平明显小于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:加味香砂六君子汤能有效通过抑制wnt以降低胃癌大鼠paxillin、RelA的表达。 相似文献
55.
56.
目的:观察复肾功方对慢性肾衰竭(CRF)大鼠分泌型糖蛋白(Wnt)/β-连环蛋白(β-catenin)信号途径的影响,探讨其减少细胞外基质(ECM)的沉积,抗肾小管间质纤维化(TIF)及延缓CRF进展的作用机制。方法:将55只雄性SD大鼠随机将分为正常组,模型组,复肾功方低、中、高剂量组,每组11只。正常组常规饲养,其余4组大鼠则用腺嘌呤含量为0.5%的饲料建立CRF模型,连续喂养21 d。造模成功后所有大鼠改用常规饲料,正常组和模型组大鼠给予20 mL·kg~(-1)生理盐水灌胃;复肾功方低、中、高剂量组大鼠则按体质量分别灌胃4,8,16 g·kg~(-1)复肾功方水煎剂,1次/d,连续灌胃30 d。实验结束后,马松(Masson)染色观察大鼠肾组织病理形态学变化;实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)检测肾组织Wnt4,β-catenin mRNA的表达,蛋白免疫印迹法(Western blot)检测肾组织Wnt4,β-catenin,基质金属蛋白酶-7(MMP-7)蛋白的表达,免疫组化检测肾组织Wnt4,β-catenin蛋白的表达。结果:与正常组比较,模型组大鼠肾小管间质纤维化明显增多,肾组织Wnt4,β-catenin mRNA及Wnt4,β-catenin,MMP-7蛋白的表达均显著升高(P0.01);与模型组比较,复肾功方各组大鼠肾组织Wnt4,β-catenin mRNA及Wnt4,β-catenin,MMP-7蛋白表达均明显降低(P0.05)。结论:复肾功方减少ECM的沉积、抗肾小管间质纤维化、延缓CRF进展可能与抑制Wnt/β-catenin信号途径的激活有关。 相似文献
57.
磷脂酰肌醇3-激酶(phosphoinositide 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,AKT)/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)信号转导通路在多种肿瘤中异常激活,参与肿瘤细胞增殖、分化和凋亡等生命过程的调控,是抗肿瘤药物研发的重要靶点。对目前已应用于乳腺癌临床或处于临床试验阶段的PI3K/AKT/mTOR信号通路抑制剂进行归纳,并综述该通路抑制剂的联合用药策略,以期为不同亚型乳腺癌提供个体化靶向治疗方案。 相似文献
58.
该文旨在研究野黄芩苷对结肠肿瘤干细胞体外和体内分化的影响,揭示野黄芩苷基于hedgehog信号通路的抑制结肠肿瘤干细胞分化的作用机制。用3D细胞培养法观察野黄芩苷对结肠肿瘤干细胞HT-29CSC体外生长的影响;用软琼脂克隆形成实验研究野黄芩苷对HT-29CSC细胞转化的影响;用胎牛血清诱导干细胞分化实验,研究野黄芩苷对HT-29CSC细胞体外分化的影响;用qRT-PCR法检测野黄芩苷对HT-29CSC细胞中Lgr5,c-Myc,CK20和Nanog mRNA表达的影响;用Western blot法检测野黄芩苷对HT-29CSC细胞中c-Myc,Gli1,Lgr5蛋白表达的影响。通过裸鼠皮下接种HT-29CSC细胞建立肿瘤干细胞体内分化成瘤模型,研究野黄芩苷对裸鼠体质量和HT-29CSC细胞分化成瘤的影响;用qRT-PCR法检测肿瘤组织中CD133,Lgr5,Gli1,Ptch1,c-Myc,Ki-67,CK20,Nanog mRNA表达水平;用Western blot法及免疫组织化学法检测肿瘤组织中c-Myc,Gli1,Lgr5,CD133,Ki-67蛋白表达水平。体外研究表明,野黄芩苷能够抑制HT-29CSC细胞生长、转化与分化,同时显著下调HT-29CSC细胞中Lgr5,c-Myc,CK20,Nanog mRNA水平和c-Myc,Gli1,Lgr5蛋白表达。动物实验表明,野黄芩苷显著抑制裸鼠皮下HT-29CSC细胞分化成瘤,并且下调肿瘤组织中CD133,Lgr5,Gli1,Ptch1,c-Myc,Ki-67,CK20,Nanog mRNA表达和c-Myc,Gli1,Lgr5,CD133,Ki-67蛋白表达。综上所述,野黄芩苷能够抑制结肠肿瘤干细胞的体外和体内分化,其作用机制在于下调hedgehog信号通路活性。 相似文献
59.
60.
目的利用网络药理学探讨当归补血汤治疗慢性肾脏病(CKD)的作用机制。方法从中药系统药理学分析平台(TCMSP)中筛选当归补血汤的化学成分,并利用Pharm Mapper服务器进行分子靶点预测,同时利用OMIM、TTD及DiGSeE数据库查询CKD的相关靶点,然后应用Cytoscape3.2.1软件绘制当归补血汤治疗CKD的成分-靶点网络图,最后借助DAVID数据库进行GO生物过程及KEGG信号通路富集分析,并将结果通过OmicShare Tools作图呈现。结果筛选出当归补血汤活性成分22个,治疗CKD相关靶点36个,主要通过PI3K-Akt、Jak-STAT、HIF-1等41个信号通路,参与91个生物过程,14个细胞组成过程,29个分子功能发挥其治疗作用。结论研究初步全方位展示了当归补血汤治疗CKD的可能靶点与途径,为其系统阐释其物质基础与作用机制提供了参考依据。 相似文献