可选择性多聚腺苷酸化与肿瘤的相关研究进展

可选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation, APA)普遍存在于真核生物中。具有多个APA位点的基因,可产生结构不同和长度不一的m RNA异构体。不同的异构体可通过mi RNA和RNA结合蛋白等影响转录本的稳定、细胞定位和翻译效率等,从而影响转录组和蛋白组的表达。十多年来的研究,特别是高通量测序技术的应用,拓宽了笔者对APA参与调控的重要生物学过程的认识,如肿瘤的发生和转移、疾病、动物发育、免疫应答和神经反应等。本文将从APA机制对转录本产生的影响、组织特异性表达、以及APA对疾病的响应,特别是APA在肿瘤中的作用进行综述,并探讨APA调控的未来研究趋势。     

雌性生殖干细胞全基因组范围选择性多聚腺苷酸化位点分析

目的描绘小鼠雌性生殖干细胞（FGSCs）和胚胎干细胞（ESCs）全基因组范围内选择性多聚腺苷酸化（APA）位点,通过细
胞间的比较,分析生殖干细胞特异性的APA位点对其生物学特性的影响。方法利用本实验室之前建立的基于高通量测序的转
录本3’末端poly（A）位点捕获方法3T-seq确定并比较两个细胞系中所有APA位点,通过DAVID对具有APA位点差异的基因进
行Gene Ontology分析。结果在两种细胞系中共确定16 973个基因的50 243个APA位点,发现FGSCs中相较于ESCs 3’UTR
发生长度变化的基因1148 个,其中795 个（66%）3’UTR变短,353 个（34%）基因3’UTR变长,与生殖发育密切相关的基因3’
UTR存在显著的缩短现象。结论FGSCs存在与ESCs不同的APA谱,APA介导的3’UTR变化参与生殖发育相关的生物学过
程,揭示了生殖干细胞的基因转录后调控机制。
     

mRNA3'末端非编码区及其多态性在炎症与免疫中的调控作用

信使RNA 3'末端非编码区(3'UTR)含有多种顺式反应元件,该顺式元件参与基因表达的转录后调节。其中,存在于3'UTR的A/U富集元件(ARE)具有调控基因表达作用。ARE介导的基因表达的转录后调控广泛存在。人类细胞内ARE-containing基因主要编码一些短暂生物学过程,如免疫、炎症及凋亡等的蛋白质。另外,人类基因中广泛存在多个可选择性多聚腺苷酸化位点,产生不同3'UTR长度或不同蛋白质产物的转录本,而且人体很多3'UTR改变的事件涉及机体免疫及炎性反应。     

基因调节网络分析Pex3基因与焦虑症相关

目的：以C57BL/6J(B6)和DBA/2(D2)小鼠制备慢性焦虑模型,探究并验证Pex3基因与焦虑症的关系,及该基因表达调节通路。方法：采用数量性状基因座(expression quantitative trait loci, eQTL)分析技术结合基因表达的遗传相关性分析发现新的焦虑症相关基因,并筛选其上游调控位点或下游被调控的基因,最后通过分子生物学方法予以验证。结果：基因表达谱与遗传连锁分析表明Pex3在小鼠海马及杏仁核等焦虑相关脑区高效表达,提示其可能与焦虑症相关,进一步研究发现,在BXD家族的两亲本小鼠焦虑症模型中,Pex3在蛋白水平和mRNA水平的表达均明显下降。因此,筛选Pex3为焦虑症的候选基因。Pex3为顺式调控基因,鉴定了8个邻近Pex3位点的反式QTL的基因,通过进一步排除由于连锁不平衡引起的相关转录物,结果显示Nr3c2和Lrp11[似然比统计值(likelihood ratio statistic, LRS)>10]为Pex3的下游候选基因。最后,用Pex3 siRNA转染HEK 293T细胞,验证沉默Pex3对下游基因的影响,其下游候选基因中Nr3c2是焦虑症相关基因。结论：经验证Pex3为焦虑症相关基因,可能与其下游基因Nr3c2共同参与了焦虑症的发生发展过程。     

基于生物信息学方法构建肝癌患者预后相关内源竞争RNA调控网络

目的：基于生物信息学方法探索肝细胞癌相关的差异表达基因（DEGs），并构建预后相关内源竞争RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络。方法：利用数据集GSE89377，筛选肝细胞癌不同发展时期的肿瘤组织与正常组织间的差异表达基因；通过GEPIA,HPA数据库探究DEGs的mRNA和蛋白在肝细胞癌中的表达，及对患者预后的影响；随后通过Cox回归分析，筛选可独立预测患者预后的关键基因；进一步通过GO和KEGG富集分析探索关键基因相关信号通路。最后，通过miRmap、miRWalk和Targetscan数据库预测关键基因的上游微小RNA (microRNA,miRNA)，并筛选预后相关miRNAs；通过Starbase和Lncbase预测重要miRNAs的LncRNAs，并筛选预后相关LncRNAs。以此构建影响肝癌患者预后的差异基因-miRNA-LncRNAs的ceRAN调控网络。结果：韦恩分析及表达分析发现，4个DEGs在肝癌组织及正常组织间差异表达，即AKR1B10、LAGLS4、MUC13、IGFALS；其中，AKR1B10高表达可独立预测肝癌患者...     

Hedgehog信号通路基因启动子区多态性与广西地区人群肝细胞癌易感性的关系

目的:探讨Hedgehog(Hh)信号通路基因启动子区多态性与广西地区人群肝细胞癌遗传易感性的关系?方法:采用以医院为基础的病例对照研究,以1 041例肝细胞癌患者和1 074例非肿瘤对照者为研究对象,应用Sequenom Mass Array基因分型技术检测Hh信号通路基因启动子区的9个潜在功能性多态性位点的基因型,并分析各多态性位点与肝细胞癌易感性的关系?结果:在调整年龄?性别?吸烟?饮酒以及HBV感染等因素后,携带STK36 基因rs34237608 AG基因型者罹患肝细胞癌的风险降低(OR=0.67,95%CI=0.47~0.95;P=0.025);GG基因型与肝细胞癌易感性之间的关系无统计学意义(P > 0.05);在显性模型下,rs34237608位点AG/GG基因型可降低罹患肝细胞癌的风险(OR=0.67,95%CI=0.48~0.95;P=0.025)?本研究未发现其他候选位点多态性与肝细胞癌易感性有统计学意义?结论:STK36 基因rs34237608位点多态性可能与广西人群肝细胞癌易感性有关联?     

PCBP1相关生物功能的研究进展

Poly（rC）-结合蛋白[poly （C）-binding proteins, PCBPs]具有高度亲和力,以及与多聚胞嘧啶结合的特殊序列。PCBPs在哺乳动物细胞中广泛表达,其包含4种亚型：PCBP1-4。在真核细胞中,PCBP1通过与基因启动子的特殊位点结合来发挥信号依赖与协调转录调控作用。PCBPs功能多样,通过酵母双杂交研究发现PCBP1在蛋白-RNA,蛋白-蛋白相互作用的层面更是参与多个功能环路,发挥了多种胞内作用。目前PCBP1在各个系统肿瘤,病毒感染,铁离子的转运等方面成为研究热点。本文就PCBP1的重要生物学功能进行相关综述。     

基于生物信息学构建肝细胞癌预后相关circRNA-miRNA-mRNA调控网络

目的 应用生物信息学方法筛选肝细胞癌中差异表达的环状RNA (circRNA),构建肝癌预后相关circRNA-微RNA (miRNA)-mRNA调控网络。方法 从基因表达综合（GEO）数据库中下载肝癌相关circRNA数据集,应用GEO2R工具筛选差异表达circRNA,在Circular RNA Interactome及circBank数据库中预测与circRNA相结合的miRNA,在miRDB、RNAInter及TargetScan数据中预测miRNA的靶基因,构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络。应用DAVID软件、STRING数据库、Cytoscape软件及GEPIA数据库对靶基因进行功能注释、通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI）构建及预后分析,最后确定肝癌预后相关circRNA-miRNA-核心靶基因调控网络。结果 筛选出1个circRNA,为hsa＿circRNA＿0000301,与之结合的miRNA有4个,分别为hsamiR-377-3p、hsa-miR-767-3p、hsa-miR-1178-3p及hsa-miR-1228-3p。功能注释和通路富...     

多聚腺苷酸信号缺陷病毒捕获宿主序列导致细胞转化

目的:通过人工改变逆转录病毒多聚腺苷酸化信号 ,检测病毒转录能否产生病毒-宿主融合转录产物及其是否具有转化细胞的能力,探讨病毒致癌的机制.方法:用分子生物学技术人工定点突变鼠逆转录病毒多聚腺苷酸化信号,使之产生多聚腺苷酸缺陷性病毒;用该病毒转染大鼠REF-1细胞,并用G418筛选抗性细胞.通过Northern blot方法检查通读RNA的表达;通过细胞形态和软琼脂集落形成实验检测细胞的转化.结果:多聚腺苷酸化信号缺陷病毒PS可在CRIP包装细胞形成病毒;用该病毒感染大鼠REF-1细胞,可捕获下游宿主细胞序列;多聚腺苷酸化信号缺陷病毒感染的REF-1混合细胞中的部分细胞可使REF-1细胞集聚能力增强,在软琼脂中以集落式生长.结论:多聚腺苷酸信号缺陷病毒感染REF-1细胞后可通过表达病毒-宿主通读RNA激活下游宿主序列使细胞发生转化,这可能是病毒致癌的重要机制.     

长链非编码RNAC17orf91在肝细胞癌中低表达的临床意义

目的评估长链非编码RNAC17orf91在肝细胞癌患者中的表达水平及其临床意义。方法通过整合全球基因芯片、转录组测序数据鉴定肝细胞癌差异表达基因,计算1381例肝细胞癌及1052例非癌肝组织样本中C17orf91表达水平的标准化平均差（SMD）,并合并C17orf91表达水平用于区分肝细胞癌及非癌肝组织的ROC曲线以及AUC。利用癌症基因组图谱分析C17orf91表达水平对肝细胞癌患者预后的影响。为探究C17orf91参与潜在分子通路,本研究从miRecords、DIANA-microT-CDS、ElMMo等11个数据库全面搜集C17orf91来源的hsa-miR-22-3p及hsa-miR-22-5p靶基因,将其与肝细胞癌差异表达基因取交集,对基因分子功能展开注释,并据此初步筛选可能具有较高敏感性的抗肝细胞癌药物及其潜在作用靶点。结果肝细胞癌组织中C17orf91表达水平明显下调,其SMD低至-0.96（-1.25~-0.67）,对肝细胞癌组织及非癌肝组织具有中等区分能力;且低表达C17orf91预示肝细胞癌患者预后不良。C17orf91来源的hsa-miR-22-3p和hsa-miR-22-5p可能参与抑制细胞迁移正性调控及血管发育;而hsa-miR-22-3p靶基因ADAMTS1可能作为肝细胞癌的治疗靶点。结论低表达C17orf91可能作为肝细胞癌患者预后不良的分子标志物之一。     

麻疹的双相移位研究进展

近年新生儿、婴儿、成人麻疹患者逐年增加,临床表现一般仍较典型,成年人麻疹患者全身中毒症状较重。麻疹抗体检测结果阳性是主要的诊断依据。麻疹发病的双相移位的机理可能是,免疫保护力不足,婴儿出生时麻疹抗体力低。孕期母传胎的麻疹抗体减弱,母经乳汁传给婴儿的抗体减弱,成人麻疹抗体水平逐年下降。预防措施是怀孕前给予育龄妇女麻疹疫苗接种,鼓励母乳喂养,麻疹疫苗计划免疫适当提前,在成人追加麻疹疫苗的免疫,加强病毒变异的研究等。     

人工全髋关节置换术的手术配合

目的：介绍人工全髋关节置换术的手术配合做法;方法：主要在手术配合的六个方面,解决防感染、防栓塞等问题。结果：30例人工全髋关节置换术均获成功,结论：手术配合是护士责任心和基本功的全面体现,对提高手术效果有至关重要的影响。     

87株幽门螺旋杆菌VacA等位基因的分析

目的以研究方法LiPA（Line Probe Assay）分析VacA等位基因的表达,了解幽门螺旋杆菌致病机理的理解。方法从三个不同城市87位进行胃镜检查患者的胃粘膜中培养出幽门螺旋杆菌,提取DNA,用LiPA方法分析VacA等位基因。结果（1）87位患者以sic（88．5％）和m2a（63．2％）分布为主,未发现s1b和s2;（2）混合菌株感染率为41．4％,远远高于西方国家,其中上海的混合感染率最高（62．5％）,与北京（41．0％）和南宁（20．8％）相比具有显著性差异,P〈0．01;（3）北京、海、南京三个不同城市s1、m等位基因亚型分布率存在差异;（4）溃疡病和非溃疡病患者m1和m2的分布率没有显著性差异。结论我国幽门螺旋杆菌多重菌株感染率较高,不同的m基因型与消化性溃疡的发生无显著性相关。     

十二指肠损伤的治疗体会

目的：提高十二指肠损伤的诊治水平，方法：回顾总结该院1999年－2001年间收治的十二指肠损伤7例临床经验。结果：合并其他腹部脏器损伤86％（6／7），单纯十二指肠损伤14％（1／7）。损伤部位以十二指肠降部为多占71％（5／7），水平部和球部各占14％（1／7），术后并发症发生率28％（2／7）、病死率14％（1／7）。结论：掌握十二指肠损伤的特点，早诊断、早手术、术中认真探查，掌握好检查指征，选择合理恰当术式，加强术后管理，可提高治愈率。     

断指再植的护理体会

随着医疗水平的提高,显微手外科技术在各基层医院已得到广泛开展,所收治的此类患者在逐年增加.随机统计了近两年我院20份34指的病例,通过观察认为手术的成功与否不但取决于损伤的局部条件、术中的操作和术后的治疗,同时与术前、术后的护理也密不可分.对离断指及伤口的妥善处理,积极的术前准备和术后的精心护理,特别是术后对血运的密切观察,同时通过术前术后的健康教育使患者对该疾病的知识有了一定的掌握,认识了康复训练的重要性从而使功能达到最大限度的恢复.     

妊娠晚期重度妊高征的监测

重度妊高征表现为高血压、蛋白尿、浮肿等症状 ,严重可以导致母婴死亡。对妊娠足月的重度妊高征 ,可以根据其临产与否及宫颈条件 ,立即决定其为阴道分娩或是剖宫产术。对于妊娠晚期的重度妊高征 ,因其胎龄不足月 ,胎儿生长发育及胎肺成熟度情况需通过一定时间的治疗 ,根据其病情变化来决定其治疗方案或终止妊娠的时机[1,2 ] 。这就需要我们对这一阶段的治疗进行监测 ,防止母儿并发症的发生。现将 2 0 0 0年至今我院收治妊娠晚期重度妊高征 30例的监测结果回顾分析如下。1　资料和方法1.1　研究对象　选择孕 31～ 36周重度妊高征 30例 ,其中 …     

80例局限性银屑病误诊原因分析

本文报告80例局限于小腿或手或足的银屑病。均经皮肤组织病理检查确诊。因部位比较特殊。受多种理化因素影响,使皮疹形态发生轻重程度不同的变化,常看不到典型损害,因而误诊为神经性皮炎,湿疹,慢性皮炎及癣等。作者对误诊原因进行了分析后,提出了鉴别诊断方法。     

腰椎间盘突出症再次手术的原因分析

目的解决腰椎间盘突出症手术中神经压迫。方法对1980～1998年再手术资料进行统计分析,讨论分析再手术原因,再次手术前影像学检查,观察病理变化以确定再手术方法。结果对11例随访6个月～1年,优7例(68．4％),良3例(36．8％),差1例(2．8％)。结论初次手术前详细查体和分析X线片,术中用导尿管和神经剥离探查,尽量避免髓核遗留,手术范围不宜太大,尽量减少对软组织和脊柱结构的破坏,避免形成硬膜囊与神经根粘连而致单纯形疤痕。     

上颌骨牙源性囊肿刮除手术的疗效观察

目的探讨对上颌骨牙源性囊肿患者进行囊肿彻底刮除手术的临床疗效。方法对我科在2010年1月～2017年9月收治的73例上颌骨牙源性囊肿患者行囊肿彻底刮除手术治疗,对患者术区肿胀消退、术后伤口感染、伤口愈合、牙龈再附着、术后复发、骨质改建、骨质修复等情况随访观察。结果 73例患者术后肿胀消退时间为1～4 d。73例患者术后均未发生伤口感染,伤口均一期愈合。所有患者牙龈再附着情况好,术后均未见复发。术后未见并发症。骨质改建效果好,骨质修复的效果因影像学资料过少,缺乏客观依据,暂不下有效结论。结论对上颌骨牙源性囊肿患者进行囊肿彻底刮除手术,术后患者的恢复情况良好,值得在临床治疗上进行推广。