生物信息学分析亚洲牛带绦虫WD40基因及其蛋白质的结构与功能

目的 分析和预测亚洲牛带绦虫WD40基因及其编码蛋白的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究.方法 利用美国国家生物技术信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)、瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY,http://ca.expasy.org/)和IEDB Analysis Recource提供的各种生物信息学在线分析程序.结合其它生物信息学分析软件包如Pcgene和Vector NTI suite,从亚洲牛带绦虫全长cDNA质粒文库中识别WD40基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等.结果 该基因全长1 208 bp,编码区为81～1 056 bp,编码402个氨基酸,为全长基因;无跨膜区,具有多个磷酸化位点,蛋白的理化性质稳定,理论分子量为35 942.4;没有质体、线粒体定位序列;预测该蛋白表面有三个亲水性强的线性表位和三个B细胞抗原表位.结论 应用生物信息方法从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库中识别出了亚洲牛带绦虫WD40基因,并对其所编码的蛋白质的结构与功能进行了预测.     

亚洲带绦虫RNA聚合酶亚单位Ⅱ基因的生物信息学分析

目的 分析和预测亚洲带绦虫成虫RNA聚合酶亚单位Ⅱ基因及其编码的蛋白的结构和功能.方法 利用一系列的生物信息学软件分析了亚洲带绦虫RNA聚合酶亚单位Ⅱ蛋白的氨基酸组成、等电点、亚细胞定位、跨膜区、二级结构等蛋白质性质,并同日本血吸虫、秀丽隐杆线虫、果蝇、人等的蛋白作了对比.结果 Blastx分析该基因为全长基因,该基因全长645bp,编码区为45～517,编码157个氨基酸;无跨膜区;具有较稳定的理化性质.结论 应用生物信息学方法从亚洲带绦虫成虫cDNA文库中筛选出聚合酶亚单位Ⅱ基因.     

猪带绦虫腺苷酸激酶基因及蛋白结构特性分析

目的 分析和预测猪带绦虫腺苷酸激酶(ADK)基因及其编码的蛋白结构和特性.方法 利用各种在线生物信息网站及其它分析软件包,分析从猪带绦虫成虫cDNA质粒文库中识别的腺苷酸激酶基因的结构和编码区序列,分析、预测编码的蛋白质的理化特性、抗原表位、翻译后的修饰、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等.结果 该基因全长864 bp,编码区为110～758,编码215个氨基酸,为全长基因.理论分子量、等电点分别为23771.4 Da和6.86;没有跨膜区;三维结构建模图显示其线性表位的部位.结论 应用生物信息方法 从猪带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了腺苷酸激酶基因的cDNA全长序列并预测得到其结构与功能方面的信息.     

亚洲牛带绦虫自吞噬相关蛋白3基因克隆及表达

目的 从亚洲带绦虫成虫cDNA质粒文库中识别并预测自吞噬相关蛋白(autophagy related protein3-like,APG3)基因,并将该基因进行克隆表达,为进一步研究其生物学功能提供基础依据.方法 利用生物信息网站及其他分析软件包,分析该蛋白质理化特性等,并将其克隆到原核表达质粒pET-28a(+)中,经PCR、双酶切及测序鉴定之后诱导表达,表达产物通过十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)进行鉴定.结果 该基因全长为1 331 bp,编码区为92～1099,编码335个氨基酸,理论分子量、等电点分别为37 498.5 Da和4.71.PCR、双酶切及DNA测序结果均表明pET-28a(+)-Ta APG3重组质粒构建成功.经过尿素破包涵体法得到纯化蛋白.结论 发现亚洲牛带绦虫APG3基因,成功构建重组原核表达质粒并表达出融合蛋白.     

牛带绦虫亚洲亚种乳酸脱氢酶基因的克隆表达及免疫原性分析

目的 对牛带绦虫亚洲亚种成虫乳酸脱氢酶基因（LDH）进行克隆、表达和免疫原性分析。 方法 将牛带绦虫亚洲亚种成虫TaLDH克隆到原核表达质粒pET-30a（+）中,在大肠埃希菌BL-21/DE3中用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷（IPTG）诱导表达,表达产物通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）进行鉴定,用镍离子金属螯合剂亲和层析柱进行纯化,纯化的重组蛋白pET-30a（+）-TaLDH用蛋白质印迹（Western blotting）分析其免疫原性。 结果 PCR、双酶切及DNA测序结果均显示重组质粒pET-30a（+）-TaLDH构建成功。SDS-PAGE结果表明,目的基因在大肠埃希菌BL-21/DE3中获得高效表达,经亲和层析获得了高纯度蛋白,浓度为0.9 mg/ml。Western blotting分析结果显示,重组蛋白pET-30a（+）-TaLDH能识别感染牛带绦虫亚洲亚种的猪血清和患者血清,在相对分子质量(Mr)35 000处有一清晰条带,表明其具有免疫反应性。 结论 牛带绦虫亚洲亚种成虫乳酸脱氢酶基因可在原核表达系统中获得具有免疫学活性的高效表达。     

亚洲牛带绦虫泛素缀合酶基因及其蛋白质结构与功能的生物信息学分析

目的分析和预测亚洲牛带绦虫泛素缀合酶基因及其编码蛋白的结构与功能特性,用于指导其生物学功能的实验研究。方法利用美国国家生物技术信息中心和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的各种工具,结合其它生物信息学分析软件包,如VectorNTIsuite,从亚洲牛带绦虫成虫cDNA质粒文库中识别出泛素缀合酶基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构等。结果该序列为全长基因,编码区为76bp-537bp,编码154个氨基酸。该序列为泛素缀合酶基因同源序列。其编码蛋白的理论分子量为17397.1,亚细胞定位在细胞核。预测该蛋白无跨膜区。与吸虫属的泛素缀合酶进化关系最近。结论应用生物信息方法从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了亚洲牛带绦虫泛素缀合酶cDNA全长序列并预测得到其结构与功能方面的信息。