生物信息学技术在疟原虫基因组研究中的应用

疟疾是一种流行广泛的热带寄生虫病 ,一直得到世界范围的广泛重视。恶性疟原虫 (Plasmodium falci-parum,P. f .)基因组研究从 1983年开始 ,1996年12月建立疟原虫数据库 ,主要内容包括以下方面 :核苷和蛋白信息、核苷和蛋白数据文件、疟原虫基因图谱数据和 Mal DB疟原虫基因组数据库[1] 。随着 PE公司快速测序仪的推出 ,疟原虫基因组数据将成倍增长。目前 ,P.f.2、 3和 9号染色体序列测定已经完成 ,预计在未来的 2～ 3年内 ,将有可能完成其基因组序列分析 ,疟原虫即将步入后基因组时代。大量的基因组数据必须借助生物信息学技术进行自动…     

序列标签法寻找日本血吸虫新基因

目的　寻找日本血吸虫新的疫苗候选分子 ,通过构建基因的反义核酸表达载体进行基因性质功能研究。　方法　运用表达序列标签法寻找并获得日本血吸虫新基因 ,对未知基因进行功能分析 ,并构建反义真核表达载体。　结果　获得表达序列标签 JAYL0 2 30的全长 c DNA序列 ,其推导氨基酸序列与人类和猪等生物的抗凋亡因子 1具有同源性 ,将之反向克隆入真核表达载体 p EGFP- N3中。　结论　表达序列标签法与生物信息技术结合有利于寻找新基因 ,反义核酸载体的构建为进一步研究基因功能提供帮助     

日本血吸虫卵壳白基因的体外扩增

根据日本血吸虫卵壳蛋白基因的已知序列，借助计算机核酸序列软件分析，设计了一对引物。在5’端引物中引入HindⅢ酶切位点和起始密码子，在3’端引物中引入EcoRⅠ酶切位点和终止密码子，用PCR方法对日本血吸虫虫卵、雌虫、雄虫的基因组DNA进行体外扩增。1％琼脂糖凝胶电泳显示：雌虫和虫卵的基因组DNAPCR产物在618bp处出现特异扩增条带，而雄虫及对照组则无此条带出现。该条带与预期长度相符，并对PCR产物进行纯化和酶切。     

日本血吸虫SjCa8基因的原核表达及其免疫学特征分析

目的表达和纯化日本血吸虫钙结合蛋白(SjCa8),研究其免疫学特征。方法重组质粒pET32a ( )-SjCa8经诱导表达后,获取纯化蛋白SjCa8,利用ELISA、Western-blot和动物保护性实验检测SjCa8的免疫学特征。结果成功获取了纯化蛋白SjCa8,该蛋白能免疫识别血吸虫感染小鼠血清和血吸虫病患者血清。SjCa8免疫Balb/c小鼠可获得较高滴度的特异性抗体,诱导宿主产生35．31%的减虫率和35．68%的减卵率。结论纯化蛋白SjCa8具有良好的免疫原性和免疫反应性,具有作为血吸虫病免疫诊断和疫苗候选分子的研究价值。     

严重急性呼吸综合征冠状病毒S蛋白部分序列1的纯化及免疫活性分析

目的表达和纯化严重急性呼吸综合征（SARS）冠状病毒S蛋白部分序列1（S1）,分析其诱导的免疫应答.方法大量诱导表达SARS冠状病毒S1蛋白,经超声裂解细菌后,取上清液进行亲和层析以纯化S1蛋白,并冻干浓缩;用纯化的S1蛋白免疫小鼠3次,间接酶联免疫吸附法（ELISA）检测产生的抗体IgG及其亚类的滴度,分析S1蛋白诱导的免疫应答.结果表达的S1蛋白主要存在于包涵体中,裂解上清液中存在少量S1蛋白;亲和层析纯化获得了能被SARS患者混合血清识别的S1蛋白,融合蛋白免疫小鼠3次后诱导产生了高滴度的IgG抗体和Th1/Th2型的免疫应答.结论纯化的S1蛋白具有良好的免疫学活性.     

恶性疟原虫疫苗研究：IX.主要裂殖子表面蛋白1C端类表皮…

恶性疟原虫主要裂殖子表面蛋白１（ＭＳＰ１）在其分子Ｃ－端ＭＰＳ－１１９具有两个类ＥＧＦ结构，其中类ＥＧＦ－１为特异性抗体抑制原虫侵入细胞的靶位之一。本文通过酚－氯仿抽提，乙醇沉淀法提取恶性疟原虫（ＦＣＣ－１ＨＮ株）基因组ＤＮＡ，再用ＰＣＲ扩增类ＥＧＦ－１基因，经酶切纯化后插入质粒ｐＧＥＭ３Ｚｆ（＋）中，转化大肠杆菌ＤＨ５ａ，经ＰＣＲ筛选及双酶切鉴定，筛选出含类ＥＧＦ－１基因的阳性克隆子。     

日本血吸虫再感染相关蛋白基因的克隆和原核表达

目的 从日本血吸虫(S．japonicum)尾蚴文库扩增S．japonicum再感染相关蛋白(RIRP)基因．进行克隆并原核表达出RIRP，为进一步的功能研究奠定基础。方法 根据已登陆的S．japonicum成虫期RIRP基因的序列设计两条特异引物，以S．japonicum尾蚴cDNA文库为模板扩增RIRP基因cDNA，将该基因的cDNA克隆入原核表达载体pGEX-4T-1和真核载体pcDNA3．1。转化的克隆通过氨苄青霉素的筛选、PCR扩增、双酶切和最后的测序鉴定。重组的pGEX-4T-1／RIRP在大肠埃希菌BL21(DE3)中进行表达。SDS-PAGE鉴定其在大肠埃希菌中的表达情况和分子质量。用抗-26 ku GST单抗作western杂交进一步鉴定融合蛋白的表达。结果 从S．japonicum尾蚴文库中扩增出一条长为462 bp的cDNA片段，经测序证实其为RIRP基因的全长cDNA。它编码含153个氨基酸的蛋白质-RIRP，预测其分子质量单位为17．545ku。RIRP cDNA已被成功克隆人pGEX-4T-1和pcDNA3．1载体，大肠埃希菌BL21(DE3)编码一个约17ku的蛋白质。结论 RIRP基因首次从S．japonicum尾蚴文库中扩增出来，并成功构建了原核和真核表达载体，而且，它首次由大肠埃希菌表达，表达蛋白的分子质量单位约17ku。     

恶性疟原虫海南株CSP3′末端基因的克隆及序列分析

目的　构建恶性疟原虫海南株 (FCC1 HN)CSP3′末端基因的原核表达载体 ,并对CSP3′末端基因进行序列测定。方法　根据恶性疟原虫CSP编码的基因序列设计引物 ,采用PCR技术扩增出CSP3′末端基因 ,将其克隆入原核表达载体pGEX 4T 1,转化大肠杆菌JM10 9;阳性重组质粒经PCR、酶切鉴定 ,用双脱氧链末端终止法进行序列测定。　结果　从恶性疟原虫基因组中扩增出CSP3′末端基因 ,其片段大小为 2 2 5bp ,构建的阳性重组质粒pGEX 4T 1 CSP3′末端经PCR和酶切鉴定与预期结果一致 ,测序结果进一步确认了插入片段的正确性。　结论　成功地构建了CSP3′末端的原核重组质粒 ,为进一步研究其功能奠定了基础。     

恶性疟原虫重组质粒DNA接种诱导BALB/c小鼠的免疫应答

目的：观察重组质粒ＤＮＡ直接免疫接种诱导ＢＡＬＢ／ｃ小鼠的免疫应答水平，为恶性疟原虫ＤＮＡ疫苗在动物和人体的应用提供依据。方法：构建编码多价保护性抗原的重组质粒ｐｃＤＮＡ３－Ｐｆ８，ＰＣＲ法检测免疫鼠的肌肉、肝脏、肾脏、心脏、脾脏和肺组织中ｐｃＤＮＡ３－Ｐｆ８，ＥＬＩＳＡ、Ｔ淋巴细胞转化试验、体外抑制试验观察其诱导的体液免疫及细胞免疫水平。结果：用ＰＣＲ法从上述组织中均检测到ｐｃＤＮＡ３－Ｐｆ８，ＥＬＩＳＡ法测得免疫鼠血清的特异性抗体滴度达１２５６０，淋巴细胞转化试验显示恶性疟原虫可溶性抗原能特异性地剌激免疫鼠脾细胞增殖，免疫血清在体外还能抑制恶性疟红内期疟原虫的生长、发育。结论：编码恶性疟原虫多价保护性抗原的重组质粒ｐｃＤＮＡ３－Ｐｆ８直接免疫接种，能特异性地剌激ＢＡＬＢ／ｃ小鼠产生体液免疫和细胞免疫应答，其免疫血清在体外对疟原虫生长发育具有明显抑制作用。