基于高通量测序的雪茄烟微生物群落结构和多样性分析

为探究雪茄烟产品细菌和真菌群落的结构和多样性,采用高通量测序技术对10个雪茄烟样品中细菌16S rRNA基因和真菌ITS基因进行测序检测,根据测序数据进行微生物物种丰度分析、α多样性分析、菌群结构分析和聚类分析。结果表明:(1)所分析的雪茄烟样品中细菌和真菌的多样性丰富,共检出360个细菌属和49个真菌属,其中细菌和真菌群落多样性最高的样品分别是HNL9和WG。(2)所分析的雪茄烟样品的优势菌门为厚壁菌门和子囊菌门,优势菌属为葡萄球菌属、不动杆菌属、假单胞菌属和曲霉属。(3)不同样品中细菌和真菌群落多样性和结构存在显著差异,聚类分析显示来自同一产地国的GXB和MT样品菌群分布比较相似。     

清香型大曲细菌群落结构的比较分析

通过构建细菌16SrRNA基因文库、RFLP指纹图谱分析、测序和系统发育学分析,分别对汾酒清茬曲、后火曲和红心曲的细菌群落结构进行比较。结果表明,清香型3种大曲细菌均分属于芽孢杆菌纲、放线菌纲及变形菌纲,但具体种属组成存在一定差异,其中清茬曲的优势细菌菌群为乳杆菌属和葡萄球菌属(占全部克隆子的比例分别为37.78%,22.22%);后火曲的优势细菌菌群为乳杆菌属、葡萄球菌属、芽孢杆菌属、魏斯氏菌属(占全部克隆子的比例分别为35%,16.67%%,16.67%,13.33%);红心曲的优势细菌菌群为乳杆菌属、芽孢杆菌属、高温放线菌属(占全部克隆子的比例分别为26.67%,28.89%,17.78%)。     

基于高通量测序技术分析南方清香型白酒大曲的微生物多样性

利用高通量测序技术对不同香型大曲及南北两地清香型大曲中微生物菌群结构进行分析比较。结果表明，南方清香型白酒大曲的细菌以芽孢杆菌属（Bacillus)为优势菌群，其次以魏斯氏菌属（Weissella)、片球菌属（Pediococcus)及其他乳酸菌（Lactobacillus)为主要菌群；真菌优势菌种为覆膜孢酵母属(Saccharomycopsis)，其次是弯曲假丝酵母(Apiotrichum)、伊萨酵母属(Issatchenkia)、异常威克汉姆酵母属(Wickerhamomyces)等；霉菌以曲霉属(Aspergillus)占比最多。微生物群落由于制曲工艺不同与高温、中高温大曲有较为明显的差别，南北两地清香型白酒大曲的细菌真菌优势菌属均一致，但南方清香型白酒大曲中各类乳酸菌属与酵母属较北方清香型大曲丰富。     

浓香型白酒生产区土壤微生物群落结构的季节性变化

采用高通量测序技术对浓香型白酒生产车间外的土壤微生物季节性变化趋势及主要影响因子进行分析,并与酿酒相关微生物进行比对。结果表明,土壤微生物群落结构和多样性有显著的季节性变化,冬季土壤微生物总数量显著高于夏季,季节对细菌的影响大于真菌。细菌优势菌群不同季节相对丰度占比无显著性差异（P＞0.05）,真菌优势菌群子囊菌门（Ascomycota）呈极显著性差异（P＜0.01）。通过冗余分析（RDA）,pH和有机碳分别是影响细菌和真菌群落结构变化的主要环境因子,解释率分别为12.7%、7.6%。此外,土壤中发现有酿酒微生物的存在,细菌共有11个菌属,真菌共有18个菌属,瘤胃球菌属（Ruminococcus）和芽孢杆菌属（Bacillus）是优势细菌菌群,镰刀菌属（Fusarium）、曲霉属（Aspergillus）、枝孢菌属（Cladosporium）则是优势真菌菌群。     

四种芝麻香型白酒酿造用曲理化性质和微生物群落的比较研究

该研究对高温大曲（DQ）及3种麸曲（细菌曲（FQB）、酵母曲（FQY）、霉菌曲（FQM））的理化指标、微生物菌群组成和潜在功能进行对比分析。结果表明，3种麸曲的水分、液化力和糖化力均高于高温大曲，酸度则相反。高温大曲中的细菌和真菌菌群多样性均高于麸曲。高温大曲中微生物菌群比较丰富，相对丰度较高的菌属为克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）(26.5%)、枝芽孢杆菌属（Virgibacillus）(23.7%)、曲霉属（Aspergillus）(37.2%)、嗜热真菌属（Thermomyces）(25.5%)；细菌曲中细菌属以芽孢杆菌属（Bacillus）(99%)为主；霉菌曲和酵母曲中真菌属分别以曲霉属（96.2%）和异常维克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）(97.7%)为主。功能预测结果表明，与麸曲相比，高温大曲的真菌和细菌群落在淀粉和蔗糖代谢、丙酮酸代谢和三羧酸循环代谢更旺盛。     

四川不同地区浓香型大曲微生物群落结构比较

利用高通量测序技术分析四川不同地区浓香型大曲微生物群落结构差异。结果表明：大曲中优势细菌菌群为葡萄球菌属（Staphylococcus）、魏斯氏菌属（Weissella）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、Kroppenstedtia、高温放线菌属（Thermoactinomyces）、糖多孢菌属（Saccharopolyspora）、短杆菌属（Brevibacterium）,其中在品温较高的宜宾、泸州曲样中,魏斯氏菌属、高温放线菌属比例均高于遂宁曲样,而遂宁两个曲样的优势菌属均为葡萄球菌属和芽孢杆菌属,其中葡萄球菌属远高于宜宾和泸州曲样。另一方面,4 种曲样的真菌主要以嗜热真菌属（Thermomyces）、曲霉属（Aspergillus）、嗜热子囊菌属（Thermoascus）、丝衣霉属（Byssochlamys）、节担菌属（Wallemia）为主,在品温较高的宜宾、泸州曲样中,嗜热真菌属和嗜热子囊菌属为优势菌属,其比例远高于遂宁曲样,而遂宁两个曲样的优势菌属均为曲霉属,其比例远高于宜宾和泸州的曲样。遂宁1、遂宁2曲样的细菌和真菌多样性均高于宜宾和泸州曲样。通过主成分分析发现,遂宁1和遂宁2曲样微生物群落结构较相似,而宜宾和泸州曲样的微生物群落结构则更接近。     

基于高通量测序的冷冻南极磷虾中细菌菌群 结构分析

目的分析冷冻南极磷虾中总细菌菌群和可培养细菌菌群的结构特征。方法提取冷冻南极磷虾中宏基因组,通过高通量测序技术进行总细菌菌群分析;提取冷冻南极磷虾中可培养细菌菌落的总DNA,通过高通量测序技术进行可培养细菌菌群分析。结果冷冻南极磷虾中总细菌菌群多样性丰富,相对丰度大于1%的包括芽孢杆菌属(Bacillus)、肠球菌属(Enterococcus)、克罗诺杆菌属(Cronobacter)、嗜碱菌属(Alkaliphilus)、八叠球菌(Sarcina)、乳球菌属(Lactococcus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、土壤杆菌属(Sediminibacterium)、未分类菌(unclassified)、罗尔斯顿菌属(Ralstonia)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)以及苯基杆菌属(Phenylobacterium),占总量的85.04%。冷冻南极磷虾中可培养的细菌种类少,主要包括假交替单孢菌属(Pseudoalteromonas)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和嗜冷单胞菌属(Psychromonas),相对丰度分别为64.43%、33.47%和1.75%。可培养细菌中占优势的假交替单孢菌属、嗜冷杆菌属和嗜冷单胞菌属仅占总细菌菌群的1.10%。结论本研究初步揭示了南极磷虾细菌菌群的多样性和相对丰度,为进一步研究微生物与南极磷虾品质的相关性奠定基础。     

山西老陈醋大曲细菌群落结构及多样性研究

山西老陈醋是以大曲为发酵剂,自然固态发酵的传统酿造食品。大曲中的微生物在其发酵过程中起重要作用。为了分析山西老陈醋大曲细菌群落结构及多样性,提取山西老陈醋大曲样品总DNA,应用Miseq高通量测序平台结合16S rDNA序列分析大曲细菌群落结构。大曲中的细菌种类丰富,包括:厚壁菌门、变形菌门、放线菌门和拟杆菌门,其中厚壁菌门和变形菌门为优势菌门,分别占大曲总细菌的69.67%和29.17%,放线菌门及拟杆菌门仅占大曲总细菌的0.86%和0.28%。厚壁菌门上仅检测到杆菌纲,主要包括乳杆菌属(32.82%)及芽孢杆菌属(29.45%)。在变形菌门上检测到γ-变形菌纲,主要包括泛菌属(27.36%)和不动杆菌属(0.80%)。放线菌门与拟杆菌门结构简单,分别检测到放线菌纲和黄杆菌纲,属水平上分别检测到糖多孢菌属(0.59%)和黄杆菌属(0.27%)。本研究揭示了山西老陈醋大曲细菌群落结构,为明确山西老陈醋微生物酿造机理提供基础数据。     

古顺大曲微生物群落结构的分析

唐代邢州神曲酒是一种以含有多种中药材的特殊大曲酿制的白酒,历史悠久。利用高通量测序技术对河北古顺酿酒股份有限公司3类大曲样品的微生物群落结构进行研究。结果表明,3类大曲的细菌群落构成相似,以魏斯氏菌属、乳杆菌属和片球菌属为优势细菌;热子囊菌属和曲霉属是三者的优势真菌,嗜热真菌属是"神曲荷叶曲"的主要真菌群类。     

苹果自然发酵酵素微生物多样性分析

为了解苹果自然发酵酵素中的微生物组成,探究其不同发酵阶段的优势菌群,采用宏基因组技术分析苹果自然发酵酵素发酵前(10 d)、中(20 d)、后(35 d)3个时期的真菌和细菌的群落组成和变化。结果表明:通过多样性分析,细菌的多样性高于真菌;细菌多样性前期最高,呈先降低后升高的趋势;真菌多样性略有增加。从属的水平上分析,细菌主要有乳杆菌属、葡萄糖酸杆菌属、乳酸乳球菌属、魏斯氏属、明串珠菌属和醋酸菌属,其中乳杆菌属(58.73%,49.08%,56.34%)和葡萄糖酸杆菌属(20.42%,34.72%,24.64%)为细菌中的优势菌属;真菌主要有酵母属、汉逊酵母属和接合酵母属,其中接合酵母属(89.5%,18.2%,80.3%)和汉逊酵母属(9.7%,60.6%,8.7%)为真菌中的优势菌属。结论:阐明了苹果酵素在自然发酵过程中微生物的动态变化及其多样性机制,为后续开发新型人工可控苹果酵素提供试验依据。     

高通量测序分析不同产地带鱼冷藏时微生物群落多样性

研究不同产地带鱼微生物群落的多样性,并探究其在冷藏过程中菌相的变化,利用高通量测序分析对产自江苏南通吕四港黄海海域和浙江舟山港东海海域的带鱼样品进行分析。结果表明：不同产地的新鲜带鱼样品菌群结构有很大差异,在属水平上,江苏南通吕四港带鱼样品中微生物主要以嗜冷菌属、栖热菌属与假交替单胞菌为主,而浙江舟山港带鱼样品中微生物菌属组成丰富,有7?种菌属的相对丰度相差不大,均为10%左右;冷藏6～8?d后,两种产地带鱼样品都以嗜冷菌属与Oceanisphaera为优势腐败菌属,两者相对丰度超过89%,对带鱼腐败变质影响显著。两种产地带鱼样品冷藏过程中细菌群落多样性及菌群结构变化,反映了带鱼在冷藏过程中潜在的卫生质量风险,可为后期带鱼冷藏过程质量安全监测及带鱼的防腐保鲜研究提供依据。     

PCR-DGGE分析资中冬尖发酵过程中细菌多样性

目的:采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术分析资中冬尖发酵过程中微生物群落结构及其动态变化。方法:从资中采集4份不同发酵年份冬尖样品,提取样品总DNA,采用巢式PCR法扩增细菌16S r DNA V3区,扩增产物采用DGGE分离,对细菌主要优势条带进行克隆、测序、构建系统发育树。结果:冬尖在发酵过程中细菌多样性较丰富,且群落结构发生了较大变化。不同发酵时间样品间,细菌群落结构相似性为9%~67%,其中第2年与第3年样品相似性最高,达67%。资中冬尖发酵过程中,所涉及的细菌主要分为3类,分别为厚壁菌门(Firmicutes)、变形杆菌门(Proteobacteria)和非培养菌,其中厚壁菌门为优势菌群,占53%;变形杆菌门占37%;非培养菌仅占10%。结论:采用PCR-DGGE技术能更全面、更真实地反映资中冬尖在发酵过程中微生物群落的多样性及其动态变化,为冬尖的生产工艺和风味物质的形成提供理论支撑。     

腌制苋菜梗的微生物菌群结构及其品质

腌制苋菜梗是浙东传统的特色腌制食品,了解其细菌种群结构并探讨对亚硝酸盐等理化品质的影响,以确保腌制食品的安全性。采用16S rDNA基因克隆文库的方法,对腌制成熟的苋菜梗中细菌组成结构多样性进行了分析,共检测出了乳杆菌、类香菌、弓形杆菌等6个菌属,其中乳杆菌属占优势为总数的83.9%。与此同时,测定了腌制苋菜梗体系亚硝酸盐等一些理化指标,腌制成熟时pH值为4.35,盐度为5.5,亚硝酸盐质量分数为3.99mg/kg(未超标),细菌和乳酸菌浓度分别为8.8×106 CFU/mL和1.6×106 CFU/mL。     

南宁地区酸柠檬细菌多样性及潜在功能分析

为解析广西南宁市家庭自制酸柠檬中的细菌群落结构及潜在功能,该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对酸柠檬样品细菌群落多样性进行分析,并采用PICRUSt软件对其基因功能和表型进行预测。结果表明,酸柠檬中微生物多样性较高,不同样品间优势细菌含量差异较小。优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）、硬壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,累计平均相对含量达98.23%;优势细菌属为劳尔氏菌属（Ralstonia）、伯克霍尔德菌属（Burkholderia）、诺卡氏菌属（Nocardia）、假单胞菌属（Pelomonas）和别样杆菌属（Alistipes）,平均相对含量分别为66.13%、8.18%、2.87%、1.27%、1.01%。酸柠檬中具有氨基酸转运与代谢、能量生产和转换功能的细菌序列占总序列的比例较高,均＞7%,可促进酸柠檬独特风味的形成。     

基于高通量测序技术分析不同原料海南酸瓜细菌多样性及食品安全风险

目的 探究海南传统酸瓜的细菌群落结构，为发酵酸瓜的品质提升和食品安全防控提供理论基础。方法 收集3种海南地区常见原料(小西瓜、哈密瓜、葫芦瓜)腌制的传统酸瓜，利用Illumina Miseq高通量测序技术解析其细菌多样性和比较其差异，并对潜在的可利用微生物资源和引发食品安全风险的条件致病菌进行分析。结果 不同原料发酵的酸瓜具有不同的细菌群落，3种海南酸瓜中优势细菌主要有乳杆菌属(Lactobacillus)、魏斯氏菌属(Weissella)、片球菌属(Pediococcus)，其中乳杆菌属相对丰度占90%以上；同时，由哈密瓜制作的酸瓜中检测到了条件致病菌大肠-志贺菌属(Escherichia-Shigella)和克罗诺杆菌属(Cronobacter)，存在一定的食用安全风险。结论 海南酸瓜中蕴藏着丰富的乳酸菌菌群资源，为传统发酵食品产业资源发掘利用提供一定的理论基础和科学支撑，对影响食用安全的肠杆菌科等的防控也是发酵食品加工制作、储存销售过程中需要加强监管的一个重要方面。     

应用Illumina MiSeq测序技术比较风干肉中细菌多样性和微生物安全性

为了解风干肉制品中细菌的多样性及其微生物的安全性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析风干肉制品中细菌16S rRNA V4区基因序列,进而比较不同风干肉微生物的群落结构组成及多样性差异。结果显示,14 个样品共获得466 975 条有效序列,975 个操作分类单元。多样性分析表明,自然发酵风干肉中具有高度的微生物群落多样性。微生物群落组成分析表明,自然发酵样品中厚壁菌门（Firmicutes,39%）、变形菌门（Proteobacteria,40%）、拟杆菌门（Bacteroidetes,14%）为优势菌门,所占比例都超过了10%,人工调控样品中Firmicutes（92%）为优势菌门。在自然发酵和人工调控肉制品中分别鉴定出241 个和102 个细菌属,细菌多样性在属的水平上差异显著（P＜0.05）。研究结果加深了对风干肉细菌群落组成和多样性的认识,为保证风干肉制品的质量安全、提高风干肉制品的品质、优化风干肉的生产工艺提供理论依据。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析巴东地区豆瓣酱中微生物多样性

为了解湖北省恩施市巴东地区豆瓣酱中微生物的多样性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析豆瓣酱中细菌16S r RNA及真菌18S rRNAV4区基因序列,进而比较豆瓣酱微生物的群落结构组成及多样性差异。结果 3个样品共获得117644条有效序列,867个OTUs数目。多样性分析表明,豆瓣酱中具有高度的微生物群落多样性。微生物群落组成分析表明,样品中子囊菌门(Ascomycota,95.84%)、变形菌门(Proteobacteria,47.13%)、厚壁菌门(Firmicutes,32.37%)、放线菌(Actinobacteria,12.87%)为优势菌门,所占比例都超过了10.0%。在豆瓣酱样品中分别鉴定出311个细菌属和16个真菌属,优势细菌和真菌属平均相对含量分别为8.09%和24.74%,细菌及真菌多样性在属的水平上差异显著(p0.05)。研究结果加深了对豆瓣酱微生物群落组成和多样性的认识,以期为巴东地区豆瓣酱中微生物菌种资源的发掘与保护提供理论依据。     

利用非培养技术研究古井贡酒大曲中的细菌群落结构

淡雅型白酒古井贡酒大曲中的微生物群落结构一直未在分子水平上得到解析。本文采用构建16s rDNA克隆文库的非培养方法对古井贡酒中温大曲和高温大曲进行细菌群落结构及其多样性研究。所有克隆菌株归为36个OUT,分别属于厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和一些未培养菌类,其中厚壁菌门占多数。总体来说,中温大曲明显要比高温大曲细菌多样性更丰富一些。高温大曲的菌种相对比较单一,绝大多数为高温放线菌Thermoactinomyces sanguinis,而且仅存在于高温大曲中,占到高温大曲表面菌群的79.5%,高温大曲曲心菌群的98.5%。中温大曲的两个样本差距比较大。样本S1的优势菌为枝芽孢菌属(Virgibacillus sp.),占85.3%,另外还有少量的未培养菌类(12.9%)。中温大曲S2的细菌多样性比较丰富,优势菌属为乳杆菌属Lactobacillus(25.2%)、葡萄球菌属Staphylococcus(14.3%)、芽孢杆菌属Bacillus(13.4%)和各种未培养菌类(16.8%)。古井大曲中存在大量潜在新种,需要进一步鉴定。     

喀斯特山区不同种植方式下烟田土壤微生物特征分析

为明确喀斯特山区烤烟由常规种植转为有机种植方式后烟田土壤微生物特征的变化,在贵州省金沙县以常规种植方式为对照,选择连续3年进行有机种植的烟田为试验对象,研究了两种种植方式下烟田土壤基本性质、细菌和真菌群落结构特征及其关键影响因素。结果表明,喀斯特山区烤烟种植方式由常规种植转换为有机种植后,土壤有机质、微生物生物量碳显著增加,而全氮、全钾、速效磷、速效钾等养分含量(质量分数)显著降低(p<0.05);两种种植方式下,土壤微生物丰富度和多样性均以细菌高于真菌,土壤细菌和真菌多样性以及在“门”分类上的群落结构差异不大,细菌以变形菌门、放线菌门、酸杆菌门占优势(54.2%~62.0%),真菌以子囊菌门占绝对优势(74.4%);常规种植转为有机种植方式后,烟田土壤有益微生物类群数量增加。喀斯特山区烟田土壤微生物群落结构主要受土壤有机质、养分和容重的影响。      

不同包装方式下冷鲜青虾的菌群多样性分析

对青虾采用两种包装方式：托盘包装和气调包装（体积分数50% CO2＋50% N2）,在4?℃条件下贮藏6?d,测定菌落总数和挥发性盐基氮含量,确定不同包装方式下青虾的货架期;随后利用16S?rDNA扩增子测序对两种包装方式下青虾微生物多样性进行研究,比较其菌相变化,确定其变化规律。结果表明：托盘包装组和气调包装组的货架期分别为2?d和4?d;且两种包装方式下变质青虾的菌群结构有较大差异,在托盘包装方式下,优势菌群主要以不动杆菌、黄杆菌和希瓦氏菌为主,是普通低温贮藏时造成青虾腐败的主要菌群;采用气调包装后,黄杆菌和希瓦氏菌数量大大降低,假单胞菌成为主要优势菌群;体积分数50%?CO2＋50%?N2气调包装能抑制托盘包装时优势腐败菌的增殖,从而延长货架期;而假单胞菌有较强的耐受力,成为新的优势腐败菌。研究结果为保障青虾的质量安全提供了理论依据。