我国6个弓形虫虫株线粒体cox1部分序列的比较分析

目的 对采自我国的6个弓形虫虫株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅱ亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)进行比较分析,并与RH株的相应序列进行比较,研究弓形虫线粒体cox1基因与弓形虫的种群遗传关系.方法 应用聚合酶链反应(PCR)扩增弓形虫不同虫株的pcox1,并进行序列分析比较.结果 每个虫株都获得599 bp的pcox1序列,比较分析表明,弓形虫不同虫株的pcox1序列之间没有差异.结论 弓形虫pcox1序列不能作为种群遗传变异研究的标记,也与弓形虫毒力无关.研究结果为进一步研究弓形虫的群体遗传结构奠定了一定的基础.     

云贵两省三地牛带绦虫核糖体rDNA-ITS1序列分析

目的: 采用PCR克隆测序方法,对采自贵州省都匀、从江及云南省大理三地牛带绦虫,与台湾桃园牛带绦虫亚洲亚种标本进行比较,为贵州都匀、从江及云南大理牛带绦虫标本鉴别提供分子生物学证据,并进一步探讨牛带绦虫亚洲亚种分类学地位.方法: 取贵州都匀株、贵州从江株、云南大理株和台湾桃园株成虫节片,抽提DNA,PCR扩增rDNA-ITS1区段,克隆测序;结合GenBank中已知猪带绦虫rDNA-ITS1序列,构建系统发育树.结果: 贵州都匀、云南大理牛带绦虫标本、台湾牛带绦虫亚洲亚种标本的ITS1序列基本一致,同源性达98%～99%;贵州从江牛带绦虫标本ITS1序列与前三者有30个碱基差异,与台湾桃园、贵州都匀和云南大理同源性均为97%.系统发育树显示:贵州都匀和云南大理牛带绦虫标本与台湾牛带绦虫亚洲亚种标本的遗传距离最接近,距贵州从江牛带绦虫标本较远,与猪带绦虫则更远.结论: (1)贵州都匀和云南大理牛带绦虫标本属于牛带绦虫亚洲亚种,贵州从江牛带绦虫标本属于传统牛带绦虫.(2)rDNA-ITS1序列分析可以用于牛带绦虫亚洲亚种与传统带绦虫分类学研究.     

湖南省日本血吸虫线粒体cox1基因部分序列多态性的研究

目的研究湖南省日本血吸虫不同自然隔离群的线粒体细胞色素c氧化酶亚基1基因(cox1)部分序列(pcox1)的变异,为阐明我国日本血吸虫的种群遗传结构奠定基础。方法采用聚合酶链反应(PCR)技术对湖南省岳阳君山、汨罗的日本血吸虫的pcox1片段进行扩增、克隆及序列分析。结果获得480 bp的pcox1序列。经DNAstar软件分析,pcox1序列有一定的种内差异(0～1.2%)。结论本研究为阐明我国日本血吸虫的种群遗传结构提供了数据。     

中国两地旋毛虫分离株COX1序列分析

目的:分析广西南丹和河南两地旋毛虫分离株COX1序列,鉴定两地旋毛虫的虫种.方法:分别提取2个分离株基因组DNA,PCR扩增COX1片段,并对扩增产物进行T-A克隆测序;应用相关软件分析序列的同源性、遗传距离,同时构建系统发生树,并与GenBank中已知旋毛虫种相应基因序列比较.结果:我国2个旋毛虫分离株和T.spiralis的COX1序列长度相同,为419 bp;南丹和河南分离株与T.spiralis的相似度分别为99.0%和98.8%.南丹与河南分离株之间为99.8%;两地分离株与其它旋毛虫种的相似度低于90.8%.南丹和河南分离株与T.spiralis遗传距离分别为0.005、0.003.两地分离株之间的遗传距离为0.003,与其它旋毛虫的遗传距离均＞0.101.2个系统发生树中,我国2个分离株与T.spiralis 位于同一分支,自引导值分别为100和99.结论:推断广西、河南两地旋毛虫分离株均为T.spiralis.     

银川市2016—2022年手足口病柯萨奇病毒A6型分离株VP1基因特征分析

目的 分析银川市2016—2022年引起手足口病的柯萨奇病毒A6型(CV-A6)VP1的基因特征,为手足口病的防治工作提供有效的参考依据。方法 收集2016—2022年银川市手足口病所有CV-A6核酸呈阳性的标本进行病毒分离培养,应用一步法聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增其VP1区完整基因核酸片段进行核苷酸序列测定,利用测序结果进行系统发育树构建、同源性分析及氨基酸突变位点分析。结果 2016—2022年银川市共分离到手足口病CV-A6型毒株90株,测序后成功获得CV-A6 VP1区全长序列的毒株83株。完整VP1区基因均由915个核苷酸组成,编码305个氨基酸。系统发育分析显示,2016—2022年银川市83株CV-A6分离株均属于D3基因亚型的D3a分支;同源性分析表明,银川市83株CV-A6分离株与原型株Gdula株(AY421764-USA-1949)之间核苷酸相似性为82.1%～84.1%,氨基酸相似性为76.2%～80.5%,遗传距离较远;银川市83株CV-A6分离株与原型株Gdula株的VP1区氨基酸序列比较发现32个氨基酸位点出现变异。结论 2016—2022年银川市...     

用cox1基因片段的PCR鉴别亚洲带绦虫和牛带绦虫

目的：用cox1基因片段的PCR技术对亚洲带绦虫和牛带绦虫的快速鉴别。方法：用亚洲带绦虫和牛带绦虫线粒体cox1基因片段的特异性引物以及带绦虫cox1基因片段的通用引物,对贵州省都匀地区和从江地区的带绦虫虫卵和节片DNA进行常规PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测和核酸序列测定,并用NC-BI Blast对扩增产物的核酸序列与NCBI数据库中带绦虫的cox1基因进行比对。结果：5株都匀带绦虫DNA样品经亚洲带绦虫cox1基因片段的特异性引物PCR,均扩增出约260 bp的产物,PCR产物的核酸序列与NCBI数据库中亚洲带绦虫线粒体cox1基因片段的同源性为100%;2株从江带绦虫的DNA样品用亚洲带绦虫特异性引物和牛带绦虫特异性引物的PCR均未见扩增产物,而通用引物PCR则扩增出约1 000 bp的产物,核酸序列与NCBI数据库中牛带绦虫线粒体cox1基因片段的同源性为99%,在牛带绦虫特异性引物的结合位点存在一个碱基差异。结论：常规PCR扩增特异性的cox1基因片段可快速鉴定亚洲带绦虫;从江牛带绦虫株的cox1基因特异性片段部分存在变异,导致与特异性引物结合能力的差异,可采用cox1基因通用引物PCR结合测序进行鉴定。     

中国大陆EV71病毒分离株的分子流行病学研究

目的 了解1987-2010年中国大陆肠道病毒71型(EV71)分离株的分子流行病学特点及其种系进化、基因分型和遗传变异性.方法 从GenBank/NCBI上获得中国大陆来源的具有完整VP1或近似完整VP1基因的核苷酸序列信息的413株EV71毒株进行分析,采用MEGA 5.0软件,构建系统进化树,计算相同或不同基因型及基因亚型毒株的核苷酸与氨基酸的相似性.结果 1987-2010年,中国大陆20个省、市或地区均分离到具有完整VP1序列的毒株,且2008年以来数量陡增;中国大陆流行的主要是C型,只有2008年安徽和2009年湖北发现了A型;各基因型在43、58、142、164、167、184、240、249、292等氨基酸位点发生了特异性变异;从健康人体内分离的HQ129932毒株与其他序列比较,氨基酸无特异性变异.结论 C型株可能具有更强的传染力;氨基酸位点变异对于EV71病毒进化有重要意义;VP1基因与疾病的严重程度无明显关联;应加强C4a亚型疫苗候选疫苗株对其他基因型毒株的交叉保护作用研究.     

猪带绦虫成虫凝溶胶蛋白基因的生物信息学分析

目的：分析猪带绦虫（Taenia solium）成虫凝溶胶蛋白（gelsolin,GEL）基因及编码蛋白的结构和功能。方法：利用生物信息网站美国国家生物技术信息中心（NCBI）和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统（ExPASY）中生物信息学分析工具,并结合其它分析软件,从获得的猪带绦虫成虫全长cDNA质粒文库的表达序列标签（EST）中识别凝溶胶蛋白基因,分析该基因的结构并预测其编码蛋白质的结构和功能特征。结果：猪带绦虫成虫凝溶胶蛋白基因与细粒棘球绦虫凝溶胶蛋白的一致性为88%,相似性为93%;全长1 514 bp,编码区为167~1 263 bp,编码365个氨基酸,无各种亚细胞定位序列,具有多个潜在的磷酸化位点,蛋白在溶液中性质稳定。结论：应用生物信息方法从猪带绦虫成虫cDNA质粒文库中筛选出了猪带绦虫凝溶胶蛋白cDNA全长序列并预测其结构与功能。     

柯萨奇病毒A组16型病毒株VP1基因序列测定及进化分析研究

目的　通过检测分析2015年杭州市柯萨奇病毒A组16型（CA16）病毒株VP1区核苷酸序列,掌握杭州市CA16的流行情况及种系进化关系,为手足口病的预防和治疗提供支持,同时为CA16疫苗株的选择提供依据。方法　收集2015年杭州市儿童医院256例临床资料齐全且临床诊断为手足口病患儿的粪便或咽拭子,利用反转录聚合酶链反应（RT-PCR）扩增CA16病毒株VP1区核苷酸序列（约1 020 bp）,测序后利用DNASTAR和Primer Premier 5.0进行序列比对分析,并用Mega 3.1软件建立检测样本VP1区序列与GenBank上CA16参考毒株VP1核苷酸序列的系统发育树。结果　共分离到80株CA16阳性病毒。序列比对分析结果显示,CA16分离株的核苷酸同源性为90.8%～100.0%,氨基酸同源性为99.5%～100.0%。系统发育树分析结果显示,17株CA16全部属于B1基因亚型,并且同时存在B1a和B1b两个进化分支,其中4株属于B1a亚型,13株属于B1b亚型。结论　2015年杭州市CA16病毒株属于B1基因亚型,与国内外某些地区手足口病病原学及分子进化研究结果一致,有望成为疫苗候选株作进一步研究。     

白首乌内生细菌分离鉴定及系统发育树分析

目的:对中药白首乌根部的内生细菌进行分离、纯化、鉴定及比对,最终确定其种属并构建系统发育树。方法:运用涂布法和平板划线法从中药白首乌的块根中分离、纯化内生细菌,对分离得到的纯菌株进行形态学观察、生理生化鉴定,并结合菌株的16S r RNA基因序列鉴定其种属,再将测序结果与Gen Bank中的已知序列进行BLAST比对,查找相似性最高的菌种进行同源性分析,最终通过软件MEGA 7.0构建系统发育树确定菌株的系统分类学地位。结果:首次从中药白首乌的根部分离得到12株内生细菌,其中9株属于芽孢杆菌属(Bacillus),相似性为99%~100%;2株属于假单胞菌属(Pseudomonas),相似性为100%;1株属于沙雷氏菌属(Serratia),相似性为99%,确定优势菌属为芽孢菌属。结论:白首乌根中存在多株内生细菌,其很可能是白首乌内生菌资源的重要组成部分,本研究为白首乌内生菌的资源开发奠定了基础。     

Genetic variation of the 8-kDa glycoprotein family from Echinococcus granulosus, Taenia multiceps and Taenia hydatigena

Background  Echinococcosis, coenurosis and cysticercosis are debilitating diseases which prevail in China. Immunological diagnosis of metacestodosis is important in disease control. The 8-kDa glycoproteins from taeniid cestodes have successfully been used for diagnosis of human cysticercosis in immunological assays. The aim of the present study was to investigate genetic variations and phylogenetic relationships of the 8-kDa proteins for evaluating the possibility of utilizing these proteins as diagnostic antigens for other metacestode infections.

Methods  The genes and complementary DNAs (cDNAs) encoding the 8-kDa proteins from Echinococcus (E.) granulosus, Taenia (T.) multiceps and T. hydatigena were amplified using PCR method. Their amplicons were cloned into the vector pMD18 and the positive clones were sequenced. Sequence data were analyzed with the SeqMan program, and sequence homology searches were performed using the BLAST program. Alignments were conducted using the ClustalX program, and the phylogenetic analyses were performed with the Protein Sequences Program and the Puzzle Program using the Neighbor-joining method.

Results  Fifteen, 18 and 22 different genomic DNA sequences were identified as members of the 8-kDa protein gene family from E. granulosus, T. multiceps and T. hydatigena, respectively. Eight, four and six different cDNA clones respectively from E. granulosus, T. multiceps and T. hydatigena were characterized. Analysis of these sequences revealed 54 unique 8-kDa protein sequences. Phylogenetic trees demonstrated that the taeniid 8-kDa proteins are clustered into eight clades at least: Ts18, Ts14, TsRS1, TsRS2, T8kDa-1, T8kDa-2, T8kDa-3 and T8kDa-4.

Conclusion  We found that the gene family encoding for the taeniid 8-kDa antigens is comprised of many members with high diversity, which will provide molecular evidence for cross-reaction or specific reaction among metacestode infections and may contribute to the development of promising immunological methods for diagnosis of metacestodosis.

     

Genetic Variation of the 8-kDa Glycoprotein Family from Echinococcus granulosus, Taenia multiceps and T. hydatigena

Background Echinococcosis, coenurosis and cysticercosis are debilitating diseases prevailing in China. Immunological diagnosis of metacestodiasis is important in disease control. The 8-kDa glycoproteins from taeniid cestodes have successfully been used for diagnosis of human cysticercosis in immunological assays. The aim of the present study was to investigate genetic variations and phylogenetic relationships of the 8-kDa proteins for evaluating the possibility of utilizing these proteins as diagnostic antigens for other metacestode infections. Methods The genes and complementary DNAs (cDNAs) encoding the 8-kDa proteins from Echinococcus granulosus, Taenia multiceps and T. hydatigena were amplified using PCR method. Their amplicons were cloned into the vector pMD18 and the positive clones were sequenced. Sequence data were analyzed with the SeqMan program, and sequence homology searches were done using the BLAST program. Alignments were conducted using the ClustalX program, and the phylogenetic analysis was performed using the Protein Sequences pProgram and the Puzzle Program by the Neighbor-joining method. Results 15, 18 and 22 different genomic DNA sequences were identified as members of the 8-kDa protein gene family from E. granulosus, T. multiceps and T. hydatigena, respectively. Eight, four and six different cDNA clones respectively from E. granulosus, T. multiceps and T. hydatigena were characterized. Analysis of these sequences revealed 54 unique 8-kDa protein sequences. Phylogenetic trees demonstrate that the taeniid 8-kDa proteins are clustered into eight clades at least: Ts18, Ts14, TsRS1, TsRS2, T8kDa-1, T8kDa-2, T8kDa-3 and T8kDa-4. Conclusion We found that the gene family encoding for the taeniid 8-kDa antigens is comprised of many members with diversity, which will provide molecular evidence for cross-reaction or specific reaction among metacestode infections and may contribute to the development of promising immunological methods for diagnosis of metacetodiasis     

三峡库区上、下游血吸虫病流行区钉螺线粒体cox1基因遗传变异研究

目的 研究三峡库区上、下游血吸虫病流行区钉螺线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚单位1(cox1)基因的遗传变异.方法 采集三峡库区上游四川、云南及下游安徽、湖北4省共7个地、市的钉螺样本,提取基因组DNA,PCR特异性扩增线粒体cox1基因并测序,用ClustalX(1.81)软件进行多序列比对,MEGA(4.0)软件Kimura2-parameter法计算遗传距离,邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建系统发生树.结果 上游与下游不同地域株钉螺问cox1基因差异约为16%,下游地区的肋壳与光壳钉螺cox1基因差异约为3.7%,上游不同地域株钉螺碱基差异约为5.4%.遗传距离显示,上游四川与云南地域株的遗传距离为0.022～0.050,下游安徽与湖北地域株的遗传距离为0.014～0.027,而上游与下游各地区螺群间的遗传距离在0.127～0.138之间,明显大于上游或下游各地区螺群内的遗传距离.进化树结果表明,下游湖北的荆州、石首和安徽的芜湖、宁国钉螺形成一支系,上游四川的绵竹、新都钉螺同属一支系,但两种方法构建的进化树在云南大理钉螺的归属上存在差异,MP法提示大理钉螺从上游的分支中独立出来,单独形成一类.结论 上游与下游不同地域株钉螺cox1基因遗传差异较显著,下游肋壳和光壳钉螺种群内遗传变异较小,而上游光壳钉螺种群内遗传变异较大.     

一株引起无菌性脑膜脑炎柯萨奇B组3型病毒的分离和VP1基因分析

目的对一株从无菌性脑膜脑炎患者中分离到的柯萨奇B组3型病毒(coxsackie virus B3,CVB3)分离株KMA103-09进行VP1区的基因特征分析。方法采用Hep-2、RD细胞对患者粪便标本进行病毒分离,肠道病毒组合血清进行鉴别,反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒目的片段,测序后进行VP1基因分析,用Mega4.1等软件分析处理。结果肠道病毒组合血清鉴别为柯萨奇病毒B组3型(Cox.B3),从病毒性脑膜脑炎患者粪便标本中,分离到CVB3,其VP1区的核苷酸长度为849bp,未发现核苷酸插入与丢失。与山东04433/SD/CHN/2004/CB3株、山东05280/SD/CHN/2005/CB3株及山东YZ127/SD/CHN/2005/CB3株氨基酸同源,与其余国内分离株同源性高于为99.29%,与国外毒株的同源性为95.41%~96.47%。在进化树上与AM06HZ/SD/CHN/2006/CB3株显示在同一个分支上。结论分离的肠道病毒为柯萨奇病毒B组3型(Cox.B3),分离株(KMA103-09)VP1区变异较小。     

中国实验动物中鼠管状线虫的分子鉴定和感染调查

目的对鼠管状线虫进行分子鉴定和感染调查,为国家标准的修订提供参考依据。方法 923批5199只SPF动物(包括:1批5只猴,3批25只小型猪,28批55只兔,13批248只地鼠,37批198只豚鼠,93批459只大鼠,742批4179只小鼠,5批25只鸡和1批5只鸭)和145批1389只清洁动物(包括:1批3只兔,4批31只地鼠,16批157只豚鼠,32批268只大鼠和92批930只小鼠)来自全国50个不同的厂家。应用直接镜检实时动态显微视屏摄录技术结合形态学鉴定方法,进行鼠管状线虫感染筛查。应用多重PCR和测序技术,鉴定分离的鼠管状线虫ITS(内转录间隔区)、28S rRNA(28S核糖体RNA)、nad1(NADH脱氢酶亚单位1)和cox1(细胞色素C过氧化物酶亚基1)基因,从分子水平上确证鼠管状线虫感染。结果应用直接镜检实时动态显微视屏摄录技术,从动物中检出鼠管状线虫的虫卵、幼虫和成虫。根据鼠管状线虫的卵细胞、幼虫、雌雄成虫的大小和形态来鉴定虫种。应用多重PCR测序技术,能从分离的单个鼠管状线虫的虫卵、幼虫和成虫中鉴定出ITS、28S rRNA、nad1和cox1基因,与其他不同种属的寄生虫无交叉反应。应用直接镜检实时动态显微视屏摄录技术,从5199份SPF和1389份清洁动物样本中分别检出鼠管状线虫阳性样本285份和135份。应用多重PCR和测序技术,鉴定证明这些阳性样本中确实含有鼠管状线虫特异性的DNA。测序结果显示,不同动物分离的鼠管状线虫的ITS、28S rRNA、nad1和cox1部分基因序列核苷酸相似性达100%。SPF和清洁动物的鼠管状线虫感染率分别为5.5%(285/5199)和9.7%(135/1389)。结论应用直接镜检实时动态显微视屏摄录技术联合多重PCR测序技术能够快速精准检测鉴定出鼠管状线虫。鼠管状线虫的人兽共患本质可以视作为公共卫生的一个预警。良好的动物质量控制对保护人类身体健康和保障人民用药安全具有重要作用。本研究对中国SPF和清洁动物的鼠管状线虫进行了分子鉴定和感染调查。     

一株柯萨奇病毒B组5 型(Cox.B5) 病毒的分离及VP1基因分析

目的研究2009年昆明市无菌性脑膜炎的病原柯萨奇B5(coxsackie virus B5,CVB5)分离株(KMA193-09)的VP1基因特征。方法采用RD细胞、Hep-2细胞对患者粪便标本进行病毒分离,反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒VP1基因并进行序列测定,用Mega 4.0等软件分析处理。结果从无菌性脑膜炎患者粪便标本中,分离到CVB5,其VP1区的核苷酸长度均为831bp,未发现核苷酸插入与丢失。与浙江COXB5/ZHEJIANG/12/02(CFS)株、山东02336/SD/CHN/2002/CB5株及浙江COXB5/ZHEJIANG/13/02株氨基酸同源性最高为98.19%,与国外毒株的同源性为95.67%～97.83%。在进化树上与YZ081/SD/CHN/2005/CB5株显示在同一个分支上。结论分离的肠道病毒为柯萨奇病毒B组5型(CVB5),分离株(KMA193-09)VP1区变异较小。     

2009年新型甲型H1N1流感病毒全基因组序列重组分析

目的:分析2009年流行的新型甲型流感病毒（A/H1N1）全序列的基因重组现象。方法:从NCBI基因数据库下载2009年新型甲型流感病毒（A/H1N1）全基因组序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0（MEGA 4.0）软件对8条基因序列进行拼接和比对,分析2009年爆发株与历史流行株序列间的同源性;同时采用Simplot 3.5.1软件分析新型流感病毒A/H1N1基因重组现象。结果:2009年3月以来爆发的新型A/H1N1病毒株聚合酶B1(polymerase B1,PB1)基因来自于人H3N2,其同源性为93.7%;聚合酶B2 (polymerase B2,PB2)和聚合酶A (polymerase A,PA)与禽H5N1同源性较高,同源性分别为89.0%、89.9%;血凝素(hemagglutinin,HA)、核蛋白(nucleoprotein,NP)和非结构蛋白(non-structural protein,NS)与北美地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为91.7%、93.1%和93.1%;神经氨酸酶(neuraminidase,NA)和基质蛋白(matrix protein,MP)与欧洲地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为90.5%、95.5%。全基因序列同源性分析发现2009年新型A/H1N1病毒与北美地区猪H1N1病毒同源性最高,为83.9%。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒可能是人H3N2、北美地区猪H1N1、欧洲地区猪H1N1、禽H5N1的基因重排病毒。     

泡状带绦虫染色体组型和减数分裂的研究

本文采用体外短期培养,空气干燥法技术,研究了泡状带绦虫染色体组型和生殖细胞的减数分裂。泡状带绦虫染色体数目为18(2n=18,n=9),染色体组型由7对中部着丝粒,一对亚中部着丝粒和一对端部着丝粒染色体组成。观察了该虫第一次减数分型前期的形态学特征和单倍体。     

儿童生存质量测定量表PedsQL4.0中文版 的信度和效度分析

 【目的】 考察儿童生存质量自评式测定量表PedsQL4.0中文版的信度和效度?【方法】 采用国际通用的量表翻译改造程序,将英文版的儿童生存质量测定量表PedsQL4.0翻译改造成中文?在广州市区用PedsQL4.0中文版调查普通儿童和白血病患儿共335人,其中正常儿童291人,白血病儿童44人?分析量表的可行性?内部一致性?内容效度?区分效度?结构效度等?【结果】 350名被调查儿童中335名完成了问卷,答卷的条目缺失率低于1%;量表各个方面的Cronbach′s α系数介于0.74 ～ 0.82之间;普通儿童在量表各方面的得分和总表得分均高于白血病儿童,差别均有统计学意义(P < 0.001);量表的各条目与其所属方面和领域之间相关较强, 而与其它方面和领域相关较弱;证实性因子分析结果表明量表的内在结构与原量表构造基本一致?【结论】 自评式PedsQL4.0中文版量表的信度和效度良好,可以应用于中国儿童生存质量的研究?