猪带绦虫CDC37基因及其蛋白结构特征的生物信息学分析

目的:分析和预测猪带绦虫细胞分裂周期蛋白37( Ts CDC37)基因及其编码蛋白的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究.方法:利用生物信息学网站所提供的有关基因和蛋白序列和结构功能分析工具,以及专业的生物信息学软件包,从猪带绦虫成虫全长cDNA质粒文库中识别CDC37基因,对猪带绦虫CDC37基因编码的蛋白质进行生物信息学分析.结果:该基因全长1 203 bp,编码400个氨基酸,为全长基因.Genebank中与日本血吸虫的cell division side 37 homolog蛋白的一致性最高,达60％.相对分子量理论预测值为46802.5 ku,预测其有6个主要的B细胞抗原表位,无亚细胞定位序列.结论:应用生物信息方法从猪带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了猪带绦虫CDC37基因全长序列并预测得到其结构与功能方面信息.     

亚洲带绦虫成虫延伸因子-1基因的克隆和分析

目的分析和预测亚洲带绦虫成虫延伸因子-1（elongation factor 1,EF-1）基因及其编码的蛋白的结构和功能。方法利用生物信息网站如美国国家生物技术信息中心（NCBI,http：∥www.ncbi.nlm.nih.gov/）和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统（ExPASY,http：∥ca.expasy.org/）中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的各种工具,结合其它生物信息学分析软件包,从亚洲带绦虫成虫全长cDNA质粒文库中识别延伸因子-1的全长编码基因并预测其蛋白的结构和功能。结果该基因是全长基因,长度988bp,编码区为67～868,编码269个氨基酸,无跨膜区;与GenBank中细粒棘球绦虫同源基因的一致性达87%,相似性达91%;预测三个主要的抗原表位位于135～140,126～131,157～162。结论应用生物信息方法从亚洲带绦虫成虫cDNA文库中筛选出EF-1基因。     

牛带绦虫成虫谷胱甘肽S-转移酶基因的生物信息学分析

目的:分析牛带绦虫成虫谷胱甘肽S-转移酶(GST)基因结构并预测其编码蛋白的结构和功能。方法:利用生物信息学网站如NCBI和ExPASY系统中的生物信息学分析工具,并结合其它分析软件,分析该基因的结构并预测其编码蛋白质的结构和功能。结果:该基因全长908 bp,编码区为135～771 bp,编码212个氨基酸,无各种亚细胞定位序列;与猪带绦虫GST的一致性为93%,相似性为96%;预测3个主要的抗原表位33～53 aa,62～68 aa,179～184 aa位于空间结构上相距较远的分子表面。结论:从牛带绦虫成虫cDNA文库中筛选出GST基因,预测为胞浆型蛋白,可能具有较好的免疫学诊断抗原应用前景。     

牛带绦虫亚洲亚种核糖体蛋白L10a 基因分析

目的:分析和预测牛带绦虫亚洲亚种成虫核糖体蛋白L10a 基因及其编码蛋白的结构和功能.方法:构建牛带绦虫亚洲亚种成虫cDNA 文库,进行EST测序,将EST序列与GenBank 中登陆的序列进行同源性比对及基因完整性判断;应用NCBI上的BLAST对所筛选基因的保守域进行搜索比对,利用PredictProtein 分析、预测其功能域及二级结构.结果:BLASTX分析该基因为全长基因,全长 698 bp,编码区为24～681,编码218个氨基酸,无跨膜区,具有较稳定的理化性质.结论:从牛带绦虫亚洲亚种成虫cDNA 文库中筛选出核糖体蛋白L10a 基因.     

生物信息学分析牛带绦虫烯醇酶基因及其蛋白的结构和特性

目的 分析和预测牛带绦虫成虫烯醇酶基因及其编码蛋白的结构和功能,用于指导其生物学功能的实验研究。方法 利用生物信息学网站的各种在线分析工具,并结合其它大型生物信息学分析软件包,如Vector NTI suite,分析从牛带绦虫全长cDNA质粒文库中识别的烯醇酶基因的结构和编码区序列,并分析、预测编码的蛋白质的理化特性、抗原表位、翻译后的修饰、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等。结果 该基因全长1 641 bp,编码区为133～1 096 bp,编码320个氨基酸,相对分子量理论预测值为34866.8 Mr。具有一从内到外的跨膜区,无各种亚细胞定位序列,具有多个潜在的磷酸化位点,蛋白的理化性质稳定。有13个主要的B细胞抗原表位。结论 通过生物信息学分析从牛带绦虫成虫cDNA质粒文库中发现烯醇酶基因,并预测得到其结构与功能方面的信息。     

生物信息学法分析猪带绦虫苹果酸脱氢酶结构与功能

目的:分析和预测猪带绦虫苹果酸脱氢酶的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究。方法:利用美国国家生物技术信息中心和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的工具,结合Pcgene和Vector NTI suite生物信息学分析软件包,从猪带绦虫全长cDNA质粒文库中识别苹果酸脱氢酶基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等。结果:该基因编码332个氨基酸,为全长基因。Gen-Bank中与细粒棘球绦虫苹果酸脱氢酶序列同源性最高,理论分子量为36 459.2 Da。预测编码蛋白无跨膜区,无二硫键,稳定性较好。与吸虫属的苹果酸脱氢酶进化关系最近。结论:应用生物信息方法从猪带绦虫成虫cD-NA文库中筛选出了猪带绦虫核糖体cDNA全长序列并预测得到其结构与功能方面信息。     

亚洲带绦虫烯醇酶基因及其蛋白质的结构与功能

【目的】分析和预测亚洲带绦虫烯醇酶基因及其编码蛋白的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究。【方法】利用美国国家生物技术信息中心和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的各种工具,结合其他生物信息学分析软件包,如Pcgene和Vector NTIsuite,从亚洲带绦虫全长cDNA质粒文库中识别烯醇酶基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等。【结果】该基因全长1737bp,编码区为第205～1503bp,编码433个氨基酸,为全长基因。GenBank中与棘口吸虫烯醇酶氨基酸序列同源性最高,达78%。相对分子量理论预测值为46653.5 Ku。没有质体、线粒体定位序列。预测编码蛋白有1个跨膜区,3个亲水性部位。与吸虫属的烯醇酶进化关系最近。【结论】应用生物信息方法从亚洲带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了亚洲带绦虫烯醇酶cDNA全长序列并预测得到其结构与功能方面信息。     

亚洲带绦虫烯醇酶基因及其蛋白质的结构与功能

 【目的】 分析和预测亚洲带绦虫烯醇酶基因及其编码蛋白的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究?【方法】 利用美国国家生物技术信息中心和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的各种工具,结合其他生物信息学分析软件包,如Pcgene和Vector NTI suite, 从亚洲带绦虫全长cDNA质粒文库中识别烯醇酶基因及其编码区,分析?预测该基因编码的蛋白质的理化特性?翻译后的修饰位点?功能域?亚细胞定位?拓扑结构?二级结构?三维空间构象等?【结果】 该基因全长1737 bp,编码区为第205～1503 bp,编码433个氨基酸,为全长基因?GenBank中与棘口吸虫烯醇酶氨基酸序列同源性最高,达78%?相对分子量理论预测值为46653.5 Ku?没有质体?线粒体定位序列?预测编码蛋白有1个跨膜区,3个亲水性部位?与吸虫属的烯醇酶进化关系最近? 【结论】 应用生物信息方法从亚洲带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了亚洲带绦虫烯醇酶cDNA全长序列并预测得到其结构与功能方面信息?     

Bioinformatics Analysis on the Structure and Function of Malate Dehydrogenase Gene of Taenia solium

目的:分析和预测猪带绦虫苹果酸脱氢酶的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究.方法:利用美国国家生物技术信息中心和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的工具,结合Pcgene和Vector NTI suite生物信息学分析软件包,从猪带绦虫全长cDNA质粒文库中识别苹果酸脱氢酶基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等.结果:该基因编码332个氨基酸,为全长基因.GenBank中与细粒棘球绦虫苹果酸脱氢酶序列同源性最高,理论分子量为36459.2 Da.预测编码蛋白无跨膜区,无二硫键,稳定性较好.与吸虫属的苹果酸脱氢酶进化关系最近.结论:应用生物信息方法从猪带绦虫成虫Cd-NA文库中筛选出了猪带绦虫核糖体Cdna全长序列并预测得到其结构与功能方面信息.     

Bioinformatics Analysis of Glutathione S-transferase Gene of Taenia saginata

目的:分析牛带绦虫成虫谷胱甘肽S-转移酶(GST)基因结构并预测其编码蛋白的结构和功能.方法:利用生物信息学网站如NCBI和ExPASY系统中的生物信息学分析工具,并结合其它分析软件,分析该基因的结构并预测其编码蛋白质的结构和功能.结果:该基因全长908bp,编码区为135～771bp,编码212个氨基酸,无各种亚细胞定位序列;与猪带绦虫GST的一致性为93％,相似性为96％;预测3个主要的抗原表位33～53aa,62～68aa,179～184aa位于空间结构上相距较远的分子表面.结论:从牛带绦虫成虫Cdna文库中筛选出GST基因,预测为胞浆型蛋白,可能具有较好的免疫学诊断抗原应用前景.     

旋毛虫Ts43基因克隆和序列分析

目的：构建编码旋毛虫相对分子质量43000蛋白基因(Ts43)的原核表达载体,并对其序列进行分析。方法：应用RT—PCR方法从河南省南阳猪源旋毛虫获得旋毛虫基因Ts43,克隆人pGEMEX-1载体中构建重组质粒pGEMEX—Ts43,进行测序、同源性比较及抗原性预测分析。结果：所获基因的核苷酸序列与GenBank所登录的旋毛虫Ts43蛋白基因序列的同源性为99％。抗原性预测分析结果显示,河南省南阳猪源旋毛虫相对分子质量43000的蛋白分子上存在有4个明显抗原活性的结构域,分别位于距翻译起点第26～28、101～105、185～193、275～295个氨基酸残基的肽链上。结论：成功构建了旋毛虫相对分子质量43000蛋白抗原基因的原核表达载体。     

猪白细胞介素4的基因克隆及其在囊尾蚴DNA疫苗中的应用

目的：克隆猪白细胞介素4（IL－4）cDNA，观察其在抗囊尾蚴免疫中的疫苗佐剂作用。方法：通过RT－PCR法获得带有5'AUG侧翼翻译优化突变序列的猪IL－4 cDNA，测序后重组入真核表达载体pcDNA，在体外瞬时表达的基础上与囊尾蚴保护性抗原DNA疫苗联合免疫仔猪。结果：获得的猪IL－4cDNA列与献报道的完全一致，在体外瞬时表达中获得了有生物学活性的猪IL－4。其与囊尾蚴保护性抗原DNA疫苗联合应用可有效提高个体体液免疫应答水平。结论：构建了一高效表达猪IL－4的真核表达质粒，初步实验证实了其在抗囊尾蚴DNA疫苗中的佐剂效应。     

欧猥迭宫绦虫谷胱甘肽转移酶1基因序列与功能的生物信息学分析

目的:预测欧猥迭宫绦虫成虫谷胱甘肽转移酶1(Glutathione S-Transferase1,GST1)基因及其编码蛋白的结构和功能。方法:应用生物信息学方法对从欧猥迭宫绦虫成虫cDNA文库中所获基因的氨基酸组成、基本性质进行分析,同时构建其编码蛋白的系统进化树并对其抗原表位进行预测及定位;建立其编码蛋白的三级空间结构模型。结果:GST1基因编码221个氨基酸,理论分子量为25767.39Da,理论等电点为5.98,理论分子式为C1188H1786N304O330S5,具有2个完整的保守功能域;在细胞内可能发挥基因表达调控及信号转导功能,与猪带绦虫的同源一致性达53%。在进化的过程中与绦虫类亲缘较近,而与脊椎类亲缘较远。预测最有可能的3个潜在抗原表位分别位于35-46aa、87-94aa、215-221aa之间。结论:GST1基因编码的蛋白为胞质型蛋白,可能是理想的药物作用靶点及新型免疫诊断的分子靶标,为对进一步研究奠定理论基础。     

华支睾吸虫ATP合酶B亚基全长基因的生物信息学分析

目的从华支睾吸虫全长cDNA质粒文库中识别ATP合酶B亚基,利用生物信息学方法预测其结构和功能特征,用以指导实验研究。方法利用生物信息学网站的各种在线分析工具和Vector NT Isuite软件包,识别华支睾吸虫ATP合酶B亚基基因并预测编码蛋白质的各种结构与功能特征,并根据该基因构建种系分子进化树。结果Blastx分析该基因为全长基因,属于ATP合酶B亚基家族,其分子进化树与种系进化过程非常吻合。该基因全长1008bp,编码300个氨基酸,含有线粒体转运肽、两个跨膜区、一个核定位序列和多个磷酸化位点,具有较稳定的理化性质。结论ATP合酶B亚基是一个理想的真核种系进化的分子标志。华支睾吸虫ATP合酶B亚基具有线粒体和细胞核的双重定位序列,提示该蛋白可能在华支睾吸虫的能量代谢途径中发挥独特的调节作用。     

Cloning and characterization of a novel gene encoding a putative seven-span transmembrane protein localized in endoplasmic reticulum

To clone and analyze the structure of a novel gene, named EST-1 (endoplasmic reticulum-localized seven-span transmembrane protein-1) and to analyze the expression pattern and intracellular location of EST-1. Methods:The cDNA library was screened to isolate novel cDNA fragment. The structure of novel gene was analysed by computer software. Expression of EST-1 was analyzed by dot blot and Northern blotting, Intracellular localization was observed after EST-1-enhanced green fluorescence protein (EGFP) fusion gene was transfected into mammalian cells. Results: The full-length cDNA of mouse EST-1 was 1 802 bp, with a 1 293 bp open reading frame encoding 431 amino acids. It was predicated that protein encoded by FST-1 contained a signal peptide sequence at the N-terminus, seven putative transmembrane domaius,and an ER-retaining signal at the C-terminus, EST-1-EGFP fusion protein showed an ER-like intracellular distribution in mammalian cells. Expression pattern analysis showed that EST-1 is expressed in all tissues examined. Conclusion: EST-1 is encoding a putative seven-span transmembrane protein localized in endoplasmic retieulum. EST-1 was expressed in all tissues examined, suggesting an essential function of EST-1 in cells.     

国人 ICA69 基因 cDNA 的克隆及序列分析

目的：克隆国人胰岛细胞自身抗原６９ｋＤ蛋白基因（ｈｉＩＣＡ６９）并经序列分析予以确证。方法：采用聚合酶链式反应技术,从中国人胰岛细胞瘤ｃＤＮＡ文库中扩增出ｈｉＩＣＡ６９编码序列ｃＤＮＡ,将基因片段插入ｐＳＰＯＲＴ１质粒,进一步亚克隆到ｐＵＣ１８载体中,经蓝白斑和限帛性酶谱分析得以初步筛选后,双脱氧末端终止法对其全部核苷酸序列予以确定。结果：证实了ｈｉＩＣＡ６９基因全长为１４４９ｂｐ、编码４８３个氨     

人苯丙氨酸羟化酶基因克隆及其原核表达质粒的构建

 [目的]克隆健康人苯丙氨酸羟化酶基因全长cDNA序列,构建并鉴定其原核表达质粒pTrcHisB/PAH。[方法]采用RT-PCR方法从人肝组织中扩增PAH基因全长cDNA,T/A克隆到pMD18-T载体中,双酶切后将cDA亚克隆入pTrcHisB载体,构建pTrcHisB/PAH质粒,经限制性内切酶鉴定并测序。[结果]人PAH基因cDNA正确克隆入pTrcHisB表达载体,与Genebank中PAH基因序列一致。[结论]成功构建pTrcHisB/PAH表达质粒,为进一步进行研究PAH蛋白表达和重组蛋白活性鉴定奠定基础。