基因芯片检测肠出血性大肠埃希菌O157:H7

目的设计和制备快速、特异、灵敏的检测大肠埃希菌O157：H7基因芯片。方法选择157：H7特异的rfbE、fliC、SLT1和SLT2基因,设计引物和探针,并制备检测芯片,通过两次聚合酶链反应(PCR)扩增,制备荧光标记的靶序列,并与芯片进行杂交,检测O157：H7菌株和非O157病原体。结果O157：H7菌株在采用单一和多重PCR两种方法制备的荧光标记靶序列与芯片杂交,均在芯片相应探针处出现阳性信号,非O157杂交结果均为阴性;芯片检测灵敏度比PCR检测高。结论基因芯片可以快速、灵敏、特异地检测O157：H7,为建立快速灵敏的检测细菌病原体和鉴别诊断的自动分析系统提供了新方法。     

霍乱弧菌和大肠杆菌O157∶H7检测芯片的制备

目的设计和制备快速检测霍乱弧菌和大肠杆菌O157∶H7基因芯片。方法选择霍乱弧菌特异的编码外膜蛋白的ompW基因和毒素ctxA基因以及大肠杆菌O157∶H7特异的编码菌体抗原rfbE、鞭毛抗原fliC和毒素SLT1、SLT2基因,设计引物和探针,并制备检测芯片,通过两次PCR扩增,制备荧光标记的靶序列,并与芯片进行杂交,检测霍乱弧菌和大肠杆菌O157∶H7。结果所有霍乱弧菌和大肠杆菌O157:H7菌株在采用单一和多重PCR两种方法制备的荧光标记靶序列与芯片杂交,均在芯片相应探针处出现阳性信号,非霍乱弧菌和非O157:H7菌株杂交结果均为阴性。结论基因芯片可以快速检测霍乱弧菌的O157∶H7。     

霍乱弧菌和大肠杆菌O157:H7检测芯片的制备

目的设计和制备快速检测霍乱弧菌和大肠杆菌O157：H7基因芯片。方法选择霍乱弧菌特异的编码外膜蛋白的ompW基因和毒素ctxA基因以及大肠杆菌O157：H7特异的编码菌体抗原rfbE、鞭毛抗原fliC和毒素SLT1、SLT2基因。设计引物和探针，并制备检测芯片，通过两次PCR扩增，制备荧光标记的靶序列，并与芯片进行杂交，检测霍乱弧菌和大肠杆菌O157：H7。结果所有霍乱弧菌和大肠杆菌O157：H7菌株在采用单一和多重PCR两种方法制备的荧光标记靶序列与芯片杂交，均在芯片相应探针处出现阳性信号。非霍乱弧菌和非O157：H7菌株杂交结果均为阴性。结论基因芯片可以快速检测霍乱弧菌的O157：H7。     

应用免疫磁珠分离法及荧光定量PCR技术快速检测肠出血性大肠埃希菌O157：H7

目的建立免疫磁珠分离法（immunomagnetic separation,IMS）联合荧光定量PCR（real-time PCR）技术快速检测肠出血性大肠埃希菌O157∶H7的方法。方法根据肠出血性大肠埃希菌O157∶H7抗原特异性基因rfbEO157设计引物和荧光探针,建立real-time PCR检测体系,并检测其特异性及敏感性;用O157免疫磁珠特异性捕获标本菌液中的O157∶H7大肠埃希菌,结合real-time PCR对磁珠捕获菌细胞的DNA进行检测分析。结果 Real-time PCR检测结果显示,O157∶H7大肠埃希菌可产生荧光信号,而其他常见致病菌均未见明显荧光信号;采用IMS-real-time PCR方法检测标本,菌液含菌量为3.3×102CFU/mL时即可被检出,检测全过程需时约4h。结论 IMS-real-time PCR检测方法具有特异性强、敏感度高、快速易操作等特点,该检测方法能提高O157∶H7大肠埃希菌的检出率和准确性,可用于标本的快速诊断、疾病监测和暴发疫情的病原学调查。     

我国分离的大肠埃希菌O157∶H7的毒力基因检测分析

目的了解我国部分省区分离的大肠埃希菌O157∶H7菌株特异基因和毒力基因携带特点及在不同动物宿主来源的菌株分布情况。方法采用PCR对分离菌株的O157、H7抗原特异基因rfbEO157、fliCH7以及stx1、stx2、eaeA和hlyA四种毒力基因进行检测。结果在1992-2006年收集的O157及H7抗原阳性的345株大肠埃希菌株中,rfbEO157、fliCH7特异基因均为阳性,eaeA和hlyA的阳性率分别为99.4%和99.1%,stx2的阳性率为91.9%,stx1阳性率仅为13.3%,stx1+stx2的阳性率为13.0%,来源于病人和动物菌株的stx2阳性率均高于stx1。检测菌株中毒力基因型以eaeA+hlyA+stx2为主。携带毒力基因的O157∶H7菌株在羊、牛等动物宿主中广泛存在。结论 stx2是病人及羊、牛等动物来源的产志贺毒素大肠埃希菌O157∶H7携带的主要毒素基因型。     

衢州市带毒力因子肠出血性大肠埃希菌O157：H7的检测

目的了解衢州市家禽、家畜肠出血性大肠埃希菌O157:H7带菌情况和菌型分布特征,以制定相应的防治对策。方法6月份肠道传染病高发季节,采集动物粪便标本,对O157:H7菌株进行分离培养,并用PCR方法检测其毒力基因。结果共采集动物粪便标本300份,检出O157:H7菌16株,总带菌率为5.33%,其中牛、羊、猪带菌率较高,分别为20.83%、12.70%和3.61%。经PCR检测,检出的所有菌株均携带SLT2毒力因子,而SLT1与hly阴性。结论衢州市分离到带有毒力基因的肠出血性大肠埃希菌O157:H7,对人群健康构成了威胁,应加强O157:H7的综合监测。     

肠出血性大肠埃希菌(O_(157)∶H_7)的基因同源性的分析

目的　对江苏省徐州地区O157∶H7的病原学进行分析。方法　采用聚合酶链反应对O157∶H7菌株毒力基因谱进行检测 ,同时用脉冲凝胶电泳 (PFGE)和随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对O157∶H7菌株的同源性分析比较。结果　流行地区分离的O157∶H7菌株 ,10 0 %携带Hly、eaeA基因 ,95 .35 %携带SLT2 基因 ,11.6 3%携带SLT1基因。脉冲凝胶电泳图谱表明流行地区分离的O157∶H7菌株与日本分离的O157∶H7菌株有明显差异 ,为不相关菌株 ;与国内标准菌株 882 36 4为近似型(相似 ,但不相同 )。流行地区患者分离菌株与外环境家畜家禽粪便及昆虫肠道分离菌株的脉冲凝胶电泳图谱完全相同。结论　携带O157∶H7菌株的家畜家禽可能是导致疫情发生的传染源。脉冲凝胶电泳方法用于O157∶H7病原学分析 ,对流行病学研究有重要意义。随机扩增多态性DNA方法用于O157∶H7病原学分析 ,技术简便、省时。     

应用多重PCR方法检测大肠埃希菌O157：H8的初步研究

目的 研究一种快速、特异的检测大肠埃希菌（以下称大肠杆菌）O157：H7的复合PCR方法。方法 选用针对大肠杆菌O157：H7志贺样毒素Ⅰ、Ⅱ（SLT-Ⅰ、SLT-Ⅱ）和溶血素（Hly)基因的三对引物,在同一扩增体系中进行PCR,检测12株不同来源的O157：H7大肠杆菌及其它致病性大肠杆菌及沙门菌、志贺菌15株。结果 除质粒缺失株（933）外,其余11株O157：H7大肠杆菌均在361bp处有溶血素基因产物出现;而12株O157：H8大肠杆菌扩增后的两条志贺样毒素基因产物存在差异,其中6株在210bp、484bp处出现两条相应产物,3株仅有210bp一条SLT－Ⅰ基因产物,另3株仅有484bp的SLT－Ⅱ基因产物。其它致病性大肠杆菌及沙门菌、志贺菌的扩增结果均为阴性。结论 本复合PCR方法具有较高的特异性,可迅速、有效地将O157：H7大肠杆菌与其它常见致病性大肠杆菌及沙门菌、志贺菌相鉴别,通过进一步研究有望应用于临床大肠杆菌O157：H7感染的辅助诊断。     

肠出血性大肠埃希菌(O157:H7)的基因同源性的分析

目的 对江苏省徐州地区O157：H7的病原学进行分析。方法 采用聚合酶链反应对O157：H7菌株毒力基因谱进行检测，同时用脉冲凝胶电泳(PFGE)和随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对O157：H7菌株的同源性分析比较。结果 流行地区分离的O157：H7菌株，100％携带Hly、eaeA基因，95．35％携带SLT2基因，11．63％携带SLT1基因。脉冲凝胶电泳图谱表明流行地区分离的O157：H7菌株与日本分离的O157：H7菌株有明显差异，为不相关菌株；与国内标准菌株882364为近似型(相似，但不相同)。流行地区患者分离菌株与外环境家畜家禽粪便及昆虫肠道分离菌株的脉冲凝胶电泳图谱完全相同。结论 携带O157：H7菌株的家畜家禽可能是导致疫情发生的传染源。脉冲凝胶电泳方法用于O157：H7病原学分析，对流行病学研究有重要意义。随机扩增多态性DNA方法用于O157：H7病原学分析，技术简便、省时。     

徐州市大肠埃希菌0157：H7宿主动物带菌情况及毒力研究

目的了解徐州地区O157H7大肠杆菌宿主动物带菌情况及其毒力基因阳性率.方法采集流行区内猪、鸡、羊、牛等家畜家禽粪便标本,用免疫磁珠法进行病原菌分离培养,并用多重引物PCR进行毒力基因分析.结果共采集猪、鸡、羊、牛等家畜家禽粪便标本925份,检出O157H7大肠杆菌127株,检出率为13.73%.其中,以牛、羊检出率较高,分别为18.60%和16.01%.对42株菌株进行了SLT1、SLT2、eaeA和Hly四种毒力基因的检测,85.71%的菌株毒力基因阳性,且以同时带有SLT2、eaeA和Hly三种毒力基因最为常见,占带毒菌株的80.56%.病家分离的菌株带毒率(96.43%)明显高于外对照(64.29%)(P＜0.01).结论加强宿主动物O157H7监测,对疫情的分析和疫情预测具有重要意义.     

实时PCR在大肠杆菌O157∶H7快速检测中的应用

目的建立一种快速、敏感、特异的大肠杆菌O157∶H7的定量检测方法。方法根据GenBank公布的O157∶H7大肠杆菌rfbE基因序列,应用分子生物学软件进行序列比对,在该基因的保守区设计引物和TaqMan探针,对荧光定量PCR反应条件进行优化,建立实时荧光定量PCR检测大肠杆菌O157∶H7的反应体系,并对该法的特异性、敏感性和重复性进行了评价。结果所有大肠杆菌O157∶H7菌株的检测结果均为阳性,而所有其它菌株检测结果均为阴性;该方法检测的灵敏度可达1cfu/μL,重复性检测的变异系数均小于5%。在模拟污染牛奶中,可检出1×102cfu/μL的细菌。从细菌核酸提取至完成检测约需3h。结论本研究建立的基于Taqman探针技术的实时PCR检测体系具有快速、灵敏度高、特异性强等优点,可用于大肠杆菌O157∶H7食物中毒的快速诊断和食品微生物检测,为食源性疾病的分子流行病学调查提供新的检测手段。     

基因芯片技术检测恙虫病东方体DNA的方法建立

目的　研制用于东方体检测的基因芯片 ,建立快速、灵敏、特异的恙虫病诊断方法。方法　根据东方体 5 6kD外膜蛋白基因序列 ,设计群特异性引物及探针 ,制备寡核苷酸芯片。用Cy3标记的引物 ,利用不对称PCR技术扩增DNA片段 ,将扩增的DNA片段与芯片上的探针杂交 ,用荧光扫描仪检测并分析信号。结果　建立的基因芯片能够检测恙虫病东方体标准株DNA的特异性荧光信号。具有特异、灵敏、快速的优点。结论　成功制备的基因芯片有望应用于恙虫病东方体多种样本的检测 ,为恙虫病提供最为理想的诊断方法。     

问号钩端螺旋体检测基因芯片的研制

目的　制备一种用于快速检测、鉴定问号钩端螺旋体的DNA微阵列芯片。方法　从Genbank中选取钩体 2 3SrDNA序列 ,设计一对种特异性引物和DNA探针 ,通过Blast的基因同源性比较 ,验证引物和探针的通用性与特异性。将合成的探针点样到玻片上制备成基因芯片。用Cy3标记引物 ,通过不对称PCR反应获取荧光素标记的靶序列 ,然后与制备的芯片杂交。结果　设计的引物与探针仅同时与问号钩体 2 3srDNA完全同源。该引物可扩增我国 18个血清群的 2 5株钩体 ,均出现单一 4 82bp的扩增产物 ,而双曲钩体及其他螺旋体、病原、空白对照均无任何DNA扩增条带。芯片杂交结果与常规PCR方法结果一致 ,敏感性高于PCR。结论　基因芯片可以快速、灵敏、特异地检测问号钩端螺旋体。     

O157大肠埃希菌食品分离株的特征研究

目的掌握福建省E.coliO157∶H7和O157∶H?食品分离株的毒力基因携带状况、PFGE分型特征、抗生素的药敏谱以及产志贺毒素的E.coliO157∶H7菌株的细胞毒性状况。方法分离菌株经VITEK全自动生化系统鉴定;O157和H7单克隆诊断血清凝集;PCR法检测O157、H7抗原基因及毒力因子基因;菌株的分型用PFGE方法进行;采用CLSI推荐的K-B法对菌株进行15种抗生素的药敏试验;对产志贺毒素的分离株用Vero细胞和Cyto Tox 96R○试剂盒进行细胞毒性检测。结果2株E.coliO157∶H7,其O157、H7及Stx2、Hly、eaeA毒力基因均阳性,Stx1基因均阴性;另3株E.coliO157∶H?,其O157基因阳性,H7和Stx1、Stx2、Hly、eaeA毒力基因均阴性;5株菌的PFGE带型各不相同,2株E.coliO157∶H7的同源性较高,达81%;菌株对15种常用抗生素较为敏感,链霉素、甲氧苄啶敏感率稍低为40%,其余敏感率达60%～100%。2株产志贺毒素的菌株对Vero细胞有毒性作用,细菌细胞比位50:1时细胞毒性百分比分别为61.25%和67.80%。结论本省在外环境动物性食品中存在产志贺毒素的E.coliO157∶H7菌株,提示应加强E.coliO157∶H7的监测,预防该菌在本省人间的感染和流行。     

多重PCR方法检测EHEC和EPEC毒力基因

目的 建立简易实用的检测EHEC和EPEC多种毒力基因的方法。方法 应用多重PCR同时检测大肠埃希菌菌株的stx1、stx2、EPEC和EHEC共同的eaeA(eaeA-gen）等靶基因;用常规PCR检测EHEC O157特异的eaeA(eaeA-O157）基因,以区分EHEC和EPEC的eaeA基因。结果 对分别分离自美国和我国江苏的EHEC O157菌株以MPCR检测,stx1、stx2和eaeA-gen基因均阳性,同时常规PCR扩增eaeA-O157也阳性。在8株分离自杭州的志贺毒素阴性的大肠埃希菌O157菌株中,stx1、stx2和eaeA-O157基因均阴性,仅2株扩增出EPEC eaeA基因。在28株EPEC血清型、12株ETEC血清型、12株EIEC血清型大肠埃希菌菌株中,stx1和stx2基因均阴性;3株EPEC血清型菌株eaeA-gen基因阳性。结论 MPCR技术可同时检测菌株的stx1、stx2和eaeA基因,可为EHEC和EPEC感染的诊断及流行病学调查,提供一种简便、实用、经济的技术手段。     

多重PCR方法械检测EHEC和EPEC毒力基因

目的　建立简易实用的检测EHEC和EPEC多种毒力基因的方法。方法　应用多重PCR同时检测大肠埃希菌菌株的stx1、stx2、EPEC和EHEC共同的eaeA（eaeA-gen）等靶基因;用常规PCR检测EHECO157特异的eaeA（eaeA-O157）基因,以区分EHEC和EPEC的eaeA基因。结果　对分别分离自美国和我国江苏的EHECO157菌株以MPCR检测,stx1、stx2和eaeA-gen基因均阳性,同时常规PCR扩增eaeA-O157也阳性。在8株分离自杭州的志贺毒素阴性的大肠埃希菌O157菌株中,stx1、stx2和eaeA-O157基因均阴性,仅2株扩增出EPECeaeA基因。在28株EPEC血清型、12株ETEC血清型、12株EIEC血清型大肠埃希菌菌株中,stx1和stx2基因均阴性;3株EPEC血清型菌株eaeA-gen基因阳性。结论　MPCR技术可同时检测菌株的stx1、stx2和eaeA基因,可为EHEC和EPEC感染的诊断及流行病学调查,提供一种简便、实用、经济的技术手段。     

乙型脑炎病毒分型基因芯片的制备

目的制备乙型脑炎病毒分型基因芯片。方法根据乙型脑炎病毒的基因组学序列,应用生物学软件设计乙型脑炎病毒分型引物及探针,制备JEV分型基因芯片。PCR扩增荧光标记的片段与固定于玻片上的探针杂交后,进行芯片清洗、扫描及结果分析。通过特异性、灵敏性、重复性试验验证,建立分型基因芯片检测方法。结果杂交显示,设计的6条探针中有3条特异地与相应的标记样品杂交并在芯片上呈现较强的阳性杂交信号,其中1号探针能特异性检出乙型脑炎病毒,4、5号探针可对JEV-Ⅰ和JEV-Ⅲ型进行分型。制备的基因芯片具有可靠的重复性。结论建立的基因芯片具有高特异性、灵敏性及良好的重复性,可以快速、准确、高通量地对乙型脑炎病毒进行分型检测。     

非O157产志贺毒素大肠埃希菌研究进展

产志贺毒素大肠埃希菌(Shiga toxin-producing Escherichia coli,STEC)是一类能产生一种或一种以上志贺毒素的大肠埃希菌的总称,包括400余种血清型,其中以O157∶H7血清型为主。近年来,非O157STEC在世界范围内引起散发感染和暴发的报道明显增加,但由于非O157STEC血清型多样,菌株间表型差异较大,目前尚无一种有效的能用于所有非O157STEC菌株分离的方法,因此非O157STEC的流行情况可能被低估。本文就非O157STEC的病原学、致病机制、流行病学特征、实验室诊断、治疗和预防等方面的研究进展做一简要综述。     

实时PCR在大肠杆菌O157:H7快速检测中的应用

目的建立一种快速、敏感、特异的大肠杆菌O157：H7的定量检测方法。方法根据GenBank公布的O157：H7大肠杆菌rfbE基因序列，应用分子生物学软件进行序列比对，在该基因的保守区设计引物和TaqMan探针，对荧光定量PCR反应条件进行优化，建立实时荧光定量PCR检测大肠杆菌O157：H7的反应体系，并对该法的特异性、敏感性和重复性进行了评价。结果所有大肠杆菌O157：H7菌株的检测结果均为阳性。而所有其它菌株检测结果均为阴性；该方法检测的灵敏度可达1cfu／μL。重复性检测的变异系数均小于5％。在模拟污染牛奶中，可检出l×10^2 cfu／μL的细菌。从细菌核酸提取至完成检测约需3h。结论本研究建立的基于Taqman探针技术的实时PCR检测体系具有快速、灵敏度高、特异性强等优点，可用于大肠杆菌O157：H7食物中毒的快速诊断和食品微生物检测，为食源性疾病的分子流行病学调查提供新的检测手段。     

肠出血性大肠埃希菌O157∶H7 espF基因缺陷突变株的构建及其特性初步研究

目的为研究肠出血性大肠埃希菌O157∶H7效应分子EspF功能,构建EHECO157∶H7espF基因缺陷突变株,并对其生物学特性进行初步研究。方法采用OL-PCR和自杀性质粒pCVD442介导的同源重组方法构建中间缺失162bp的espF基因缺陷突变株,并比较突变株与野生株对结肠癌细胞Lovo的黏附性。结果 PCR及序列分析证实,缺陷突变株的espF基因缺失了162bp碱基,野生株对Lovo细胞的黏附率明显高于突变株(P0.001)。结论成功构建EHECO157∶H7espF基因缺陷突变株,突变株黏附Lovo细胞能力减弱,表明EspF促进细菌的粘附,为进一步研究其在EHECO157∶H7的A/E损伤中的作用奠定基础。