实时PCR在大肠杆菌O157:H7快速检测中的应用

目的建立一种快速、敏感、特异的大肠杆菌O157：H7的定量检测方法。方法根据GenBank公布的O157：H7大肠杆菌rfbE基因序列，应用分子生物学软件进行序列比对，在该基因的保守区设计引物和TaqMan探针，对荧光定量PCR反应条件进行优化，建立实时荧光定量PCR检测大肠杆菌O157：H7的反应体系，并对该法的特异性、敏感性和重复性进行了评价。结果所有大肠杆菌O157：H7菌株的检测结果均为阳性。而所有其它菌株检测结果均为阴性；该方法检测的灵敏度可达1cfu／μL。重复性检测的变异系数均小于5％。在模拟污染牛奶中，可检出l×10^2 cfu／μL的细菌。从细菌核酸提取至完成检测约需3h。结论本研究建立的基于Taqman探针技术的实时PCR检测体系具有快速、灵敏度高、特异性强等优点，可用于大肠杆菌O157：H7食物中毒的快速诊断和食品微生物检测，为食源性疾病的分子流行病学调查提供新的检测手段。     

基因芯片检测肠出血性大肠埃希菌O157∶H7

目的设计和制备快速、特异、灵敏的检测大肠埃希菌O157∶H7基因芯片。方法选择O157∶H7特异的rfbE、fliC、SLT1和SLT2基因,设计引物和探针,并制备检测芯片,通过两次聚合酶链反应(PCR)扩增,制备荧光标记的靶序列,并与芯片进行杂交,检测O157∶H7菌株和非O157病原体。结果O157∶H7菌株在采用单一和多重PCR两种方法制备的荧光标记靶序列与芯片杂交,均在芯片相应探针处出现阳性信号,非O157杂交结果均为阴性;芯片检测灵敏度比PCR检测高。结论基因芯片可以快速、灵敏、特异地检测O157∶H7,为建立快速灵敏的检测细菌病原体和鉴别诊断的自动分析系统提供了新方法。     

霍乱弧菌和大肠杆菌O157∶H7检测芯片的制备

目的设计和制备快速检测霍乱弧菌和大肠杆菌O157∶H7基因芯片。方法选择霍乱弧菌特异的编码外膜蛋白的ompW基因和毒素ctxA基因以及大肠杆菌O157∶H7特异的编码菌体抗原rfbE、鞭毛抗原fliC和毒素SLT1、SLT2基因,设计引物和探针,并制备检测芯片,通过两次PCR扩增,制备荧光标记的靶序列,并与芯片进行杂交,检测霍乱弧菌和大肠杆菌O157∶H7。结果所有霍乱弧菌和大肠杆菌O157:H7菌株在采用单一和多重PCR两种方法制备的荧光标记靶序列与芯片杂交,均在芯片相应探针处出现阳性信号,非霍乱弧菌和非O157:H7菌株杂交结果均为阴性。结论基因芯片可以快速检测霍乱弧菌的O157∶H7。     

动物源性肠出血性大肠杆菌O157∶H7及其3个毒力基因的多重PCR快速检测研究

目的 建立快速、特异的分离鉴定大肠杆菌O157∶H7及其3个主要毒力基因(hylA、eaeA和stx2基因)的多重PCR方法.方法 根据GenBank公布的大肠杆菌O157∶H7菌体抗原rfbE基因、鞭毛抗原fliC基因、溶血素(hlyA)基因、紧密黏附素(eaeA)基因和志贺样毒素2(stx2)基因为靶基因,设计5对特异性引物,在同一扩增体系中进行PCR,优化反应体系,测定特异性和灵敏度,并进行了临床样品的检测.结果 该方法扩增目的基因片段分别为327 bp、247 bp、494 bp、384bp和779 bp,特异性和灵敏度均高,细菌纯培养物的检测灵敏度为104 cfu/mL.结论 初步建立了快速、灵敏、特异的检测肠出血性大肠杆菌O157∶H7及其3个毒力基因的多重PCR方法,可用于临床动物携带大肠杆菌O157∶H7的分子流行病学调查及食品微生物检测.     

应用免疫磁珠分离法及荧光定量PCR技术快速检测肠出血性大肠埃希菌O157：H7

目的建立免疫磁珠分离法（immunomagnetic separation,IMS）联合荧光定量PCR（real-time PCR）技术快速检测肠出血性大肠埃希菌O157∶H7的方法。方法根据肠出血性大肠埃希菌O157∶H7抗原特异性基因rfbEO157设计引物和荧光探针,建立real-time PCR检测体系,并检测其特异性及敏感性;用O157免疫磁珠特异性捕获标本菌液中的O157∶H7大肠埃希菌,结合real-time PCR对磁珠捕获菌细胞的DNA进行检测分析。结果 Real-time PCR检测结果显示,O157∶H7大肠埃希菌可产生荧光信号,而其他常见致病菌均未见明显荧光信号;采用IMS-real-time PCR方法检测标本,菌液含菌量为3.3×102CFU/mL时即可被检出,检测全过程需时约4h。结论 IMS-real-time PCR检测方法具有特异性强、敏感度高、快速易操作等特点,该检测方法能提高O157∶H7大肠埃希菌的检出率和准确性,可用于标本的快速诊断、疾病监测和暴发疫情的病原学调查。     

基因芯片检测肠出血性大肠埃希菌O157:H7

目的设计和制备快速、特异、灵敏的检测大肠埃希菌O157：H7基因芯片。方法选择157：H7特异的rfbE、fliC、SLT1和SLT2基因,设计引物和探针,并制备检测芯片,通过两次聚合酶链反应(PCR)扩增,制备荧光标记的靶序列,并与芯片进行杂交,检测O157：H7菌株和非O157病原体。结果O157：H7菌株在采用单一和多重PCR两种方法制备的荧光标记靶序列与芯片杂交,均在芯片相应探针处出现阳性信号,非O157杂交结果均为阴性;芯片检测灵敏度比PCR检测高。结论基因芯片可以快速、灵敏、特异地检测O157：H7,为建立快速灵敏的检测细菌病原体和鉴别诊断的自动分析系统提供了新方法。     

动物源性肠出血性大肠杆菌O157︰H7及其三个毒力基因的多重PCR快速检测研究

目的 建立快速、特异的分离鉴定大肠杆菌O157︰H7及其三个主要毒力基因（hylA、eaeA和stx2基因）的多重PCR方法。方法 根据GenBank公布的大肠杆菌O157︰H7菌体抗原rfbE基因、鞭毛抗原fliC基因、溶血素（hlyA） 基因、紧密黏附素（eaeA）基因和志贺样毒素2 （stx2） 基因为靶基因,设计5对特异性引物,在同一扩增体系中进行PCR,优化反应体系,测定特异性和灵敏度,并进行了临床样品的检测。结果 该方法扩增目的基因片段分别为327 bp、247 bp、494 bp、384 bp和779 bp,特异性和灵敏度均高,细菌纯培养物的检测灵敏度为104 cfu/mL。结论 初步建立了快速、灵敏、特异的检测肠出血性大肠杆菌O157︰H7及其三个毒力基因的多重PCR方法,可用于临床动物携带大肠杆菌O157︰H7的分子流行病学调查及食品微生物检测。     

免疫捕获PCR法快速检测大肠埃希氏O157∶H7的研究

目的建立两种免疫捕获PCR法快速检测E.coliO157∶H7,并探讨其灵敏度和特异性。方法运用免疫磁珠集菌(IMS)和抗体包被扩增管(mACT)两种方法富集待测样品中E.coliO157∶H7,再应用巢式PCR法检测编码E.coliO157∶H7O抗原的rfbE基因,对13株E.coliO157菌和10株非E.coliO157菌进行检测。结果应用两种icPCR检测,所有E.coliO157∶H7和E.coliO157NM菌株均为阳性结果,而其它包括与O157抗血清能交叉凝集的菌株检测结果均为阴性;对于含有48×102cfu/ml以上浓度的E.coliO157∶H7菌悬液,两种方法,所有试验管都能检测到特异性扩增;并证实了这两种方法可用于检测鲜牛奶中E.coliO157∶H7,样品中E.coliO157∶H7的含量只要不少于101cfu/ml,经过6小时增菌均能检测出来。结论IMS-icPCR和mACT-icPCR用于检测E.coliO157∶H7,是快速、灵敏且高特异的方法。     

霍乱弧菌和大肠杆菌O157:H7检测芯片的制备

目的设计和制备快速检测霍乱弧菌和大肠杆菌O157：H7基因芯片。方法选择霍乱弧菌特异的编码外膜蛋白的ompW基因和毒素ctxA基因以及大肠杆菌O157：H7特异的编码菌体抗原rfbE、鞭毛抗原fliC和毒素SLT1、SLT2基因。设计引物和探针，并制备检测芯片，通过两次PCR扩增，制备荧光标记的靶序列，并与芯片进行杂交，检测霍乱弧菌和大肠杆菌O157：H7。结果所有霍乱弧菌和大肠杆菌O157：H7菌株在采用单一和多重PCR两种方法制备的荧光标记靶序列与芯片杂交，均在芯片相应探针处出现阳性信号。非霍乱弧菌和非O157：H7菌株杂交结果均为阴性。结论基因芯片可以快速检测霍乱弧菌的O157：H7。     

TaqMan-MGB荧光定量PCR快速检测结核分枝杆菌katG基因突变

目的 建立一种特异、灵敏、快速检测结核分枝杆菌katG基因突变的TaqMan-MGB荧光定量PCR方法。方法 根据结核分枝杆菌katG基因主要发生315位点突变的特点,设计一对特异性TaqMan-MGB探针和引物,通过反应条件优化,建立荧光定量PCR方法;用克隆到PMD18-T载体上katG基因阳性标准品及不同菌株来评价该方法的特异性、敏感性和重复性。结果 灵敏度高,检测目的基因的最低检测下限10copies/μl,比常规PCR灵敏高100倍;特异性高,检测16株非结核分枝杆菌标准株和7种常见呼吸道感染细菌的标准株均为阴性;与测序法相比,野生型和突变型探针的敏感性和特异性均为100%。重复性好,批内批间CT值变异系数均小于1%。结论：TaqMan-MGB荧光定量PCR的方法能特异、灵敏、快速检测结核杆菌菌株katG 315位点突变。     

多重PCR方法检测大肠杆菌O157:H7的初步研究

目的研究一种快速、特异的检测大肠杆菌O157：H7的多重PCR方法。方法以大肠杆菌O157：H7的O157抗原基因（rfbE基因）、鞭毛H7抗原基因（fliC基因）、粘附素基因（eaeA基因）和志贺样毒素Ⅰ、Ⅱ（SLT-Ⅰ、SLT-Ⅱ基因）为扩增对象，设计能导至目的片段大小不同的5对引物，通过优化条件，建立了可用于粪便检测的大肠杆菌5重PCR。结果在同一扩增体系中，检测了5株不同来源的大肠杆菌O157：H7及27株非大肠杆菌O157：H7细菌。结果表明，该方法能从2株大肠杆菌O157：H7中扩增出rfbE、fliC、eaeA、SLT-Ⅰ、SLT-Ⅱ基因，它们的大小分别为582bp、802bp、487bp、368bp和177bp。而另外3株大肠杆菌O157：H7也能扩增出除eaeA、SLT-Ⅱ基因外的其它3个基因片段。表明该方法可用于检测大肠杆菌O157：H7，还可检测细菌是否含有毒素基因。在检测27株非大肠杆菌O157：H7．除O149出现SLT-Ⅱ扩增产物和01：H7出现flic基因扩增产物外，其它非大肠杆菌O157：H7的扩增结果均为阴性，表明该方法有较高的特异性。当粪便样品经增菌培养12h，用该5重PCR体系能检测出最初接种量为5cfu／g粪便的样品。结论本5重PCR方法具有较高的特异性和敏感性，可迅速、有效地将大肠杆菌O157：H7与其它非大肠杆菌O157：H7相区别，同时还能检测O157：H7中的毒力因子。因此，通过进一步研究，本方法有望应用于临床大肠杆菌O157：H7感染的辅助诊断。     

多重荧光定量PCR方法鉴定布鲁氏菌属及牛羊种布鲁氏菌研究

摘要：目的 利用多重实时荧光PCR技术,建立快速鉴定布鲁氏菌的方法。方法 根据布鲁氏菌特异性基因Bcsp31,AlkB/IS711和BMEI1162/IS711的部分片段作为靶基因,分别设计探针引物,将扩增产物连接到PUCm18-T载体上,制备标准品及标准曲线,确定此方法的灵敏度。利用布鲁氏菌的其他生物型菌株和同源性较近的致病菌（汉赛巴尔通体、霍乱弧菌、土拉弗朗西斯菌、大肠杆菌O:157、大肠杆菌O:16、小肠结肠耶尔森菌O:9、沙门氏菌N群血清型、嗜麦芽假单胞菌）验证所建立方法的特异性。通过布鲁氏菌标准菌株建立方法,优化体系后扩增97株地方株进行验证。结果 应用多重Taqman荧光PCR技术检测布鲁氏菌结果显示,布鲁氏菌属、牛种布鲁氏菌和羊种布鲁氏菌有各自的荧光信号,而与其同源性较高的致病菌均未见荧光信号;由标准曲线可知该方法的单重和多重荧光PCR最低检测下限均约为102copy/μL（13-24fg /μL）,是常规PCR灵敏度的100倍。结论建立的方法有灵敏度高、快速易操作等优点,可用于布鲁氏菌快速鉴定,并同时确定是否为牛种或羊种布鲁氏菌。     

一种快速鉴别牛肉中大肠杆菌O157∶H7检测方法的建立及应用

目的 建立一种快速、准确检测牛肉中大肠杆菌O157∶H7的方法。方法 利用抗大肠杆菌O157∶H7单克隆抗体2G5(捕获抗体),酶标单克隆抗体2E3(HRP-2E3,检测抗体),建立可用于检测大肠杆菌O157∶H7的双抗体夹心ELISA方法,同时对反应条件进行优化并对该方法进行评价。 结果 通过优化得到最佳反应条件,单克隆抗体2G5最佳包被浓度为4.48 μg/mL,HRP-2E3最佳检测浓度为19.9 μg/mL。该方法对纯培养菌液最低检出限为 1×10⁵ CFU/mL,具有良好的敏感性,且特异性良好,与其他大肠杆菌、沙门氏菌、李斯特菌等均无交叉反应。板内及板间变异系数均小于7%,具有较高的精密度。人工污染牛肉样品增菌8 h后,对大肠杆菌O157∶H7的检出限为1 CFU/25 g。结论 建立的双抗体夹心ELISA检测方法灵敏度、准确度、重复性良好,特异性强,可用于临床实际样品检测。     

牛源大肠杆菌O157∶H7的分离鉴定及其生物学特性研究

目的 为了解郑州地区牛携带大肠杆菌O157∶H7的情况。方法 应用本实验室已建立的大肠杆菌 O157∶H7多重PCR方法对其进行了检测,并对临床分离的动物源大肠杆菌O157∶H7的生物学特性及携带的毒力基因情况进行了分析。结果 所采集的样品中共分离鉴定出2株大肠杆菌 O157∶H7,分别命名为L1和L2,其检出率为1.4%;临床分离菌株的生化试验结果均符合大肠杆菌的常规生化特性;L1和L2菌株的生长曲线一致,均比标准株的迟缓期短,较早进入对数生长期;L1菌株在48 h可形成成熟完整的生物被膜,L2菌株在36 h形成成熟完整的生物被膜;L1和L2菌株均携带有hlyA和eaeA毒力基因,同时L1还携带Stx2毒力基因。结论 该结果为大肠杆菌O157∶H7流行病学调查提供了相关数据,对郑州地区大肠杆菌O157∶H7有效的监测奠定了基础。     

Taqman-MGB双重探针PCR技术检测军团菌

目的建立同时检测军团菌属和嗜肺军团菌的双重荧光定量PCR方法。方法利用军团菌16S rDNA和mip基因的特异性序列设计引物和MGB探针,两条探针5′端分别标记FAM和HEX,3′端标记MGB。优化了荧光定量PCR反应条件和反应体系,并对军团菌、嗜肺军团菌、非嗜肺军团菌及其它细菌进行检测,验证该方法的特异性、敏感性、重复性。结果该方法所检测菌株中军团菌属结果均为16S rDNA阳性(LP12、LP13除外);嗜肺军团菌均为mip阳性,非嗜肺军团菌属除L.micdadei外均为阴性;而非军团菌菌株16S rDNA和mip检测结果均为阴性。检测灵敏度达10个拷贝/反应;重复性实验中,变异系数为0.2%~0.6%;从菌株核酸的提取至检测完成仅需2h左右。结论本文建立的Taq Man-MGB双重探针荧光定量PCR是一种定量检测军团菌的特异、快速、敏感的方法,可区分嗜肺与非嗜肺军团菌属,该方法的建立将有益于今后开展对外环境污染源进行初步卫生学调查与评估,以及应急临床标本的快速定量检测。     

广西畜禽大肠杆菌O157∶H7流行病学调查

目的为了掌握广西畜禽大肠杆菌O157∶H7的流行病学情况。方法应用细菌分离、生化特性鉴定、血清凝集反应和PCR鉴定等方法在2007-2010年广西200多个畜禽养殖场进行畜禽大肠杆菌O157∶H7的流行病学调查。对采集的2 915份样本进行了大肠杆菌O157∶H7的分离鉴定、致病性试验、药物敏感试验以及毒力基因检测。有5份样本经细菌培养特性、生化特性、血清凝集反应和PCR鉴定为大肠杆菌O157∶H7,样本细菌分离率为0.17%。小白鼠致病性试验显示分离菌株的毒力各有差别,对小白鼠的致死率在33.4%～100%之间。药敏结果表明分离菌株对阿莫西林、氨苄西林、多粘菌素B、罗红霉素、利福平和林可霉素不敏感。毒力基因的检测结果表明,5株分离菌株携带的毒力基因略有差异,并与其致病性强弱有一定的相关性。结论大肠杆菌O157∶H7主要在猪群传播,具有一定的毒力,对常用抗生素耐药。     

TaqMan探针实时荧光定量PCR快速检测土拉弗朗西斯菌

目的 建立TaqMan探针实时荧光定量PCR方法(FQ-PCR),快速检测土拉弗朗西斯菌。方法 针对土拉弗朗西斯菌的外膜蛋白fopA基因,利用Primer 5.0设计引物及TaqMan探针,人工合成fopA基因保守片段,克隆到载体作为阳性标准品,进行荧光定量检测,制作定量标准曲线,并以合成fopA基因为模板,PF、PR 为引物,研究其灵敏度、特异性和准确性。结果 构建了含fopA基因的重组质粒,以不同浓度的重组质粒制作标准曲线,在103~107拷贝数之间有较好的线性关系。灵敏度试验表明,该方法可检测到30.6个拷贝数的重组质粒,比普通PCR灵敏度高;特异性试验表明,能选择性检测土拉弗朗西斯菌,而与其他病原菌无交叉反应,与普通菌落PCR结果一致;重复性试验表明,拷贝数为3.06×106样品5次平行试验,标准差为0.201,变异系数为0.88%。结论 本研究建立了TaqMan探针FQ-PCR快速检测技术,具有灵敏度高、特异性强、重复性好等特点,可用于快速、实时、定量检测土拉弗朗西斯菌,为快速检测生物战剂级微生物建立了一种人工合成特异基因TaqMan探针实时荧光定量PCR新方法。     

荧光定量PCR检测嗜吞噬细胞无形体

目的采用新型TaqMan-MGB探针建立检测嗜吞噬细胞无形体的实时荧光定量PCR(quantitativereal-timePCR)方法。方法依据gltA基因序列设计嗜吞噬细胞无形体特异引物和探针,以克隆的嗜吞噬细胞无形体gltA基因片段作DNA模板,在荧光定量PCR检测仪(ABI7900HT)上建立实时荧光定量检测方法。结果建立的定量标准曲线的循环阈值(Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系(r=0.996);与套式PCR相比较,荧光定量PCR检测的灵敏度是其100倍。用荧光定量PCR检测其它相关立克次体和细菌DNA样本,检出结果几乎为0;对荧光定量PCR检测重复性进行分析,变异系数(CV)批内和批间误差在0~2.1%之间,证明该荧光定量PCR具有种特异性和良好的重复性。用荧光定量PCR检测体疑染嗜吞噬细胞无形体的10份蜱和30份小鼠脾脏标本,结果与套式PCR检测结果有密切相关性,但是定量PCR检测敏感性和准确率均高于套式PCR。结论本研究建立的检测嗜吞噬细胞无形体的实时荧光定量PCR具有很高的特异性和敏感性,特别适合检出样本中微量嗜吞噬细胞无形体。     

肠出血性大肠埃希菌O157∶H7环介导恒温扩增快速检测方法的建立与应用

目的肠出血性大肠埃希菌(Enterohemorrhagic Escherichia coli,EHEC)O157∶H7是一种重要的人畜共患病致病菌,主要通过被污染的食物传播,引起出血性结肠炎,建立其快速检测方法具有重要意义。方法基于EHEC O157∶H7保守的rfbE基因序列,设计4条引物,利用环介导等温扩增技术(loop-mediatedisothermal amplification,LAMP),成功建立了EHEC O157∶H7LAMP快速检测方法 ,60min内即可完成致病菌检测。结果利用该LAMP方法对30种共38株细菌进行检测,所试EHEC O157∶H7均为阳性结果 ,说明该方法具有高度特异性。本方法对纯培养的EHEC O157∶H7检测限为12CFU/mL,污染食品中EHEC O157∶H7的检测限为18CFU/g。实践应用表明,对1121份进出口肉类、奶类制品及人工污染样品等进行检测,检出57份LAMP阳性,与采用AOAC标准检测结果的符合率为100%。结论该LAMP方法操作简便、特异性强、灵敏度高,具有良好的实用性。     

高致病性猪链球菌2型多重实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立对高致病性猪链球菌2型毒力基因SalK、virB4-89K、cps2J同步检测的多重实时荧光定量PCR检测方法。方法根据SalK、virB4-89K、cps2J基因保守区域设计并合成3对引物及其探针;通过反应体系和扩增条件优化,建立快速鉴定高致病性猪链球菌2型的方法,并对方法的特异性、敏感性、重复性指标进行评估。结果反应体系具有良好的扩增效率,全部扩增检测可在60min内完成。SalK、virB4-89K、cps2J基因检测灵敏度分别为19cfu/ml、27cfu/ml和32cfu/ml。重复性试验中变异系数均小于3%。用该方法考核33株猪链球菌,包括1/2型、1型、3型至33型,以及9株常见对照菌株,仅猪链球菌1/2型检测到cps2J基因荧光信号增强。对疫情现场获得的SS2感染者血液进行检测,3个基因均阳性。结论建立的多重实时荧光定量PCR方法可快速检测高致病性猪链球菌2型,并能鉴定是否含有89K毒力岛基因SalK、virB4-89K,具有敏感、特异、重复性好的特点。