基于TCGA 数据库卵巢癌患者的miR-301b 表达量与生存状况生物信息学分析

目的 研究肿瘤基因图谱（the cancer genome atlas，TCGA）数据库中microRNA-301b（miR-301b）在478 例卵巢癌患者中的表达量与卵巢癌患者生存状况的关系。方法 对TCGA 数据库中478 例卵巢癌患者的miR-301b 表达量与生存状况进行分析，预测其靶基因及生物学活性。结果 miR-301b 高表达患者具有更长的生存时间, 是卵巢癌患者预后的保护因素（OS:P<0.001, DFS:P<0.05），综合3 个靶基因数据库的预测结果得到12 个靶基因，编码的蛋白多数与肿瘤的发生发展有关，其中靶基因TEA 结构域家族成员1（TEA domain family member 1，TEAD1） 与胞质多糖基化元件结合蛋白4(cytoplasmic polyadenylation element binding protein 4, CPEB4)的表达量与卵巢癌患者的预后相关（TEAD1:P<0.05，CPEB4:P<0.05）。结论 miR-301b 表达对卵巢癌患者的预后具有重要的意义，表现出抑癌因子的作用，对卵巢癌的预后评估和治疗具有重要的指导意义。     

12 种 microRNA 在卵巢癌中的表达及临床意义

摘要： 目的 利用公共数据库分析卵巢癌组织中 12 种 microRNA（miR）的表达及其临床意义。方法 筛选在 GSE14407 数据集和 TCGA 数据库中均具有表达信息的 microRNA, 得到 miR-10B、 miR-1244、 miR-622、 miR-21、 miR-503、 Let-7D、 miR-155、 miR-30C、 miR-17、 miR-101-1、 miR-186 以及 miR-770 共 12 种 microRNA, 在这 12 种 microRNA 中寻找在卵巢癌（卵巢癌组）和癌旁组织（癌旁组）中表达有差异的基因。利用在 TCGA 数据库中筛选得 到的 505 例卵巢癌患者数据, 年龄按照中位数分为高年龄（≥59 岁）组和低年龄（＜59 岁）组; 临床分期分为早期组 （Ⅰ期+Ⅱ期）、 晚期组 （Ⅲ期+Ⅳ期） 及未知; 肿瘤分级分为低级别 （G1+G2） 组和高级别 （G3+G4） 组; 病发位置分为单侧 组、 双侧组; 肿瘤残余分为<10 mm 组、 ≥10 mm 组; microRNA 按照表达量的中位数分为高表达组和低表达组, 进行 Kaplan-Meier 单因素生存分析和多因素 Cox 回归分析。结果 癌旁组 Let-7D 和 miR-101-1 表达水平高于卵巢癌 组, 而 miR-155 和 miR-770 表达水平低于卵巢癌组 （均 P < 0.05）。生存分析显示, 年龄≥59 岁、 临床分期 （Ⅲ+ Ⅳ） 期 和 Let-7D 低表达的患者生存情况较差 （P < 0.05）。Let-7D 低表达是卵巢癌患者生存的独立危险因素。结论 Let- 7D 的表达与卵巢癌预后相关, 可能是卵巢癌预后的独立影响指标。     

利用TCGA和GEPIA2公共数据库分析ACSM3与卵巢癌预后的关系

目的 研究肿瘤基因图谱(TCGA)数据库中酰基辅酶A合成酶中链家族成员3(ACSM3)在357例卵巢癌患者中的表达量及其与患者生存状况的关系。方法 对TCGA数据库中357例卵巢癌患者的ACSM3表达量及其与生存情况的关系进行分析,寻找其共表达基因并进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果 多因素Cox回归分析进一步表明,ACSM3是卵巢癌患者预后的影响因素,其共表达基因富集分析结果与炎症应答和肿瘤中基因异常转录相关。结论 ACSM3的表达对卵巢癌患者的预后具有重要的意义,高表达预后较好。ACSM3可以成为指导临床医师评估卵巢癌患者预后的重要指标。