应用DiversiLab分型系统对奶制品中的阪崎肠杆菌进行同源性分析

为研究奶制品污染中阪崎肠杆菌的同源性关系,并建立起阪崎肠杆菌基于重复序列的分型技术。对2005-2006年福建省出入境检验检疫局从各类奶制品中分离出的阪崎肠杆菌先进行API鉴定,然后进行DiversiLab分型。其中DiversiLab分型包括:DNA提取,rep-PCR和微电泳芯片分离检测。rep-PCR条件为:94℃预变性2 min;94℃变性30 s,55℃退火30 s,70℃延伸90 s,35个循环;最后70℃延伸3 min。结果表明:31株阪崎肠杆菌被API分成了5种不同的生物型,DiversiLab分型能将阪崎肠杆菌分为不同的亚型,但它们之间没有必然的联系。部分同一企业来源的菌株具有同源性,样品的同源性与采样地无关。DiversiLab分型系统是一种快速,高效,易于操作,高重复性,高分辨率的基因分型方法,可作为食源性污染的同源性分型工具。     

采用高级微生物基因分型系统对食品中单核细胞增生李斯特菌进行同源性分析

采用高级微生物基因分型系统(DiversiLab系统)对食品中单核细胞增生李斯特菌进行基因型分析,将分型结果与血清型和菌株的耐药性进行比对研究。方法 DiversiLab系统是基于rep-PCR原理对微生物进行分型,将分型结果与菌株的血清型进行比较研究,同时对菌株的耐药性与rep-PCR型别进行研究。结果 采用DiversiLab系统将46株单核细胞增生李斯特菌分为9个型别A～I。血清型为1/2a的分离株以A型为主,所测试的6株血清型为4b的分离株均为H型;14株呋喃妥因耐受菌株9株为A型、1株为B型、3株为C型、1株为F型,除2株血清型为3a外,其余均为1/2a。结论 DiversiLab系统分析结果,揭示了46株从食品中分离的单增细胞增生李斯特菌间的亲缘关系,rep-PCR分型结果与H抗原结合位点存在一定联系,呋喃妥因耐受菌株的DNA指纹图谱相似度高,与耐药基因有关。     

禽肉制品中单增李斯特菌的DiversiLab分型

目的：研究从同一类食品中分离出的单增李斯特菌间的同源性关系,为预测预警保障食品安全和食源性疾病溯源提供科学依据和技术支持。方法：应用DiversiLab分型系统对2001-2010年福建出入境检验检疫局从各类禽肉制品中分离出的25 株单增李斯特菌进行分型,其中包括：DNA提取、重复序列-聚合酶链式反应（repetitivesequence-based polymerase chain reaction,rep-PCR）、微电泳芯片分离检测及数据分析。结果：DiversiLab分型中,相似系数为95%时,25 株菌被分为了6 组（G）;相似系数为97%时,25 株菌被分为11 组（P）。结论：DiversiLab分型结果较准确地揭示了25 株菌株间的亲缘性关系。基于rep-PCR的DiversiLab分型系统,是一种操作简单、分辨率高、重复性好且高效快速的基因分型方法,可作为食源性病原体检测及食源性疾病溯源的工具。     

DiversiLab系统沙门氏菌分子分型评价

目的：评价DiversiLab(DVL)系统对沙门氏菌(SA)的分型能力。方法：用rep-PCR技术为原理的DVL系统对进出口食品中分离的44株SA进行分子分型,并与脉冲场凝胶电泳(PFGE)结果比较,探讨DVL对SA的种群分类能力和分辨率。结果：44株SA经rep-PCR分型分成22个群,分离自不同国家、不同食品中的相同血清型SA分布在同一个群,而且菌株之间相似性非常高。在rep-PCR结果中分在同一个群中的SA,在PFGE结果中除SA2和SA15外,其他菌株之间相关性较低。结论：DVL在SA的种群的分类能力上优于PFGE,但分辨率低于PFGE。     

2020年辽宁省副溶血性弧菌PFGE分型、血清型分布和耐药谱分析

目的 了解辽宁省副溶血性弧菌（VP）的流行特征,为食源性疾病的防控提供可靠的技术支持,提高对食物中毒应急事件的处理能力。方法 对2020年从辽宁省内14个市内食源性疾病病人和食品中分离的VP进行PFGE分子分型、血清学分型、药物敏感试验并分析。结果 44株VP（食源性疾病分离株22株,食品分离株22株）共分为15个血清型,9个血清群,有8株不能进行K分型,不可分型率为18.2%。食源性疾病分离株分为4个血清型、3个血清群,主要血清群为O3,其次为O1;食品分离株分为11个血清型、6个血清群,主要血清群为O2,其次为O1和O3。44株VP对15种抗生素的药敏结果显示,头孢唑啉耐药率高达68.2%,其次是氨苄西林22.7%、红霉素13.6%、阿奇霉素4.5%、头孢西丁2.3%、头孢噻肟2.3%。菌株主要对β-内酰胺类和大环内酯类抗生素耐药,耐药性逐年增强,一些食源性疾病分离株出现多重耐药,且多重耐药株数量逐年增加。食源性疾病分离株较食品分离株耐药率高,血清型O3∶K6为主要流行菌株,且耐药率高,PFGE分子分型按相似度90%以上,可分为5种PFGE优势带型。食源性疾病分离株相似度较高,可聚类成3个组。而食品分离株相似度较低,除了两株菌相似度大于90%外,其余菌株间相似度均在85%以下。结论 O3与O1血清型菌株之间有高度同源性,提示O3与O1血清型菌株密切相关。食品分离株同源性较低,提示食品株间关联性较差。辽宁省2020年VP分离株耐药情况不容乐观,耐药趋势还需进一步关注。     

门头沟区腹泻病例来源副溶血性弧菌和沙门氏菌主动监测、溯源和分子分型研究

依托北京市食源性疾病主动监测体系,开展了解北京市门头沟区食源性疾病腹泻病例来源的副溶血性弧菌、沙门氏菌分子特征和血清学分型。2014年4月~2015年3月,对北京门头沟区食源性疾病监测分离到的副溶血弧菌和沙门氏菌进行PFEG分子分型和图谱分析。11株副溶血弧菌经PFEG分型后,得到10个不同的带型,带型间相似度在0%~84.6%之间;21株沙门氏菌获得16种带型,带型间相似度在20.8%~88.9%之间菌株,部分菌株具有高度同源性,但总体遗传特证多样。门头沟区食源性疾病病例的部分副溶血弧菌和沙门氏菌的分子分型具有一定的相似度,菌株分子特征呈现遗传多样性,说明建立门头沟区食源性疾病病原菌分子分型图谱库,对于食物中毒快速检测、诊断及溯源具有重大意义。     

2009—2010年广西南宁畜禽食品及病禽中沙门氏菌的血清型调查

目的:对2009—2010年广西南宁市送检的患病家禽及市售新鲜畜禽食品检出的沙门氏菌进行血清型鉴定,以了解各种畜禽食品污染的沙门氏菌血清型的分布情况,为畜禽食品源性疾病的监控提供科学依据。方法:参照GB/T 4789.4—2008《食品卫生微生物学检验沙门氏菌检验》分离沙门氏菌并做血清型分型。结果:从病禽中检出鸡(S.gallinarum)、鼠伤寒(S.typhimurium)、爪哇那(S.javiana)等血清型的沙门氏菌,从畜禽食品中检出德比(S.derby)、鸡(S.gallinarum)、伤寒(S.typhi)等血清型的沙门氏菌。结论:畜禽食品检出血清型较从畜禽种类更多、分布更广泛,表明污染来源途径的多样化。因此,加强食品从生产到销售的整个食品产业链的卫生监督才能有效地减少沙门氏菌污染造成的危害。     

2011~2018年红河州食品中沙门氏菌血清分型及脉冲场凝胶电泳分型研究

目的 了解红河州2011~2018年食品中沙门氏菌血清型分布及分子分型特征, 初步建立沙门氏菌脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis, PFGE)分型的数据库。方法 使用全自动微生物鉴定系统对收集的49株沙门氏菌进行鉴定, 依据沙门氏菌White-Kauffmann-LeMinor抗原表用沙门氏菌属诊断血清确定血清型, 参照国家食源性疾病分子溯源网络(TraNet)的沙门氏菌PFGE分子分型法进行基因分型, 用Bionumerics(7.6)软件聚类分析。结果 49株沙门氏菌属于B、C、D、E和G群5个群25个血清型; 伦敦沙门氏菌是主要血清型, 占24.5%(12/49); 49株沙门氏菌分成了42个PFGE带型(P001-P042), 其中P038型包含8株菌, 其余各型分别只包含1株菌。结论 红河州食品中沙门氏菌具有不同血清型及PFGE型别, 相同血清型菌株PFGE型别聚集成簇。     

随机扩增多态性DNA技术在沙门氏菌同源性分析中的应用

目的:利用随机扩增多态性DNA技术(random amplified polymorphic DNA,RAPD)对从食品、蛋品样本或从业人员中收集到的67个地方菌株、4个模式菌株,涉及29种血清型的沙门氏菌进行同源性分析,为沙门氏菌食源性疾病的流行病学溯源和疫情控制提供理论依据.方法:选用筛选得到的10个碱基引物(CCGAAGCTGC)运用RAPD技术对不同来源的71株沙门氏菌进行随即引物扩增,得到的RAPD图谱使用NTSYS-pc2.10e软件进行聚类分析.结果:相似性系数在0.70时,71株沙门氏菌可以分为七大类群,其中最多的一群内聚集的菌株达54株,相似性系数在0.90时,可以分为26个群,最多的一群内聚集的菌株达18株,相似性系数为1.00时,有9个组群,最多的一组群内聚集的菌株达11.同源性结果和血清学鉴定的结果有90%的吻合率.结论:RAPD检测技术可以用于沙门氏菌食源性疾病的流行病学调查和溯源.     

沙门氏菌DNA提取及PCR反应条件的优化

分别采用煮沸法和CTAB/NaCl法提取沙门氏菌及对照菌株的基因组DNA,紫外测定和电泳结果表明CTAB/NaCl法提取到的DNA的浓度和纯度较煮沸法理想。合成分别扩增沙门氏菌属特异基因hut基因(495bp)、hilA基因(490bp)、invA基因(284bp)和hns基因(152bp)的引物,对PCR反应条件进行了优化。结果表明可同时用于这四种基因检测的PCR反应条件为:94℃预变性5min;94℃变性40s,60℃退火40s,72℃延伸50s,40个循环;72℃延伸5min。     

进出口食品中不同血清型沙门氏菌PFGE和 MLST分型比较研究

目的：通过PFGE和MLST两种方法对进出口食品中不同血清型沙门氏菌的分辨力和应用价值进行了比较研究。方法：采用PFGE和MLST两种方法对进出口食品中分离得到的鼠伤寒及肠炎两种血清型共30株沙门氏菌进行分型研究。结果：两种血清型共30株沙门氏菌经PFGE分型可得到23种型别,DI值为0.9563;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经PFGE分型,DI值分别为1.000和0.9048。MLST对30株沙门氏菌分型得到4种ST型,DI值为0.5793;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经MLST分型,DI值分别为0.2571和0.1333。结论：在分辨力方面,PFGE更适合于同一沙门氏菌血清型的分型,MLST适合于不同沙门氏菌血清型间的分型。MLST在替代、补充血清型分型方面有潜在的优势,PFGE在溯源研究方面似乎更胜一筹。     

腹泻患儿粪便中沙门菌的血清型、药敏分析及脉冲场凝胶电泳分子分型研究

目的 研究2019年北京市朝阳区0-10岁腹泻患儿粪便中分离出的沙门菌的血清型、PFGE分子分型研究及耐药特点。方法 对分离自腹泻患儿病例的47株沙门菌进行血清分型,采用微量肉汤稀释法进行27种抗生素的药敏实验;采用PFGE脉冲场凝胶电泳进行指纹图谱分型研究。结果 47株沙门分为9种血清型,优势血清型两种,分别为肠炎沙门菌23株占48.94%,鼠伤寒沙门菌14株占29.79%。47株沙门菌对磺胺异恶唑耐药率(57.45%)最高,其次为氨苄西林(48.94%)和链霉素(48.94%)。23株肠炎沙门菌可分成8个PFGE指纹图谱,15株鼠伤寒沙门菌可分成14个PFGE指纹图谱。结论 北京市朝阳区0-10岁儿童食源性沙门菌血清主要为肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌,各血清型的耐药性有所不同,PFGE指纹图谱呈多样性。     

速冻水饺中金黄色葡萄球菌的DiversiLab分型研究

目的:对速冻水饺中分离的20株金黄色葡萄球菌进行DiversiLab分型,研究其基因特征和聚类分布。方法:采用DiversiLab自动分型系统扩增金黄色葡萄球菌基因组中广泛分布的重复序列,然后在Agilent2100自动生物分析仪上对扩增片段进行微流体电泳分离,并使用DiversiLab Software软件实时分析和处理数据,对20株金黄色葡萄球菌进行分子分型。结果:DiversiLab分型系统将20株金黄色葡萄球菌分为13个型别,其中P1型包含菌株L17、L14、L11,P2型包含L16、L12、L19、L4菌株,P3型包含菌株L3、L18、L13,其余10株金黄色葡萄球菌的每一个菌株被分为一个单独的型别。结论:20株金黄色葡萄球菌从基因型来看有一定的聚集性,可能来自相近的污染源。同时也有一些金黄色葡萄球菌菌株之间的基因型差异较大,遗传学上关系较远,可能来自不同的污染途经。Diversilab自动化分型技术方便快捷,是监控食品及其生产企业细菌性污染的有力工具。     

Serological characterization and prevalence of spvR genes in Salmonella isolated from foods involved in outbreaks in Brazil

Salmonella strains (n = 75) isolated from foods involved in foodborne outbreaks occurred in Rio Grande do Sul State, Brazil, during 1999 and 2000 were studied. Strains were serotyped and submitted to PCR analysis to verify the prevalence of Salmonella plasmid virulence (spvR) regulatory gene. Among the 75 isolates, 73 (97%) were classified as Salmonella enterica serovar Enteritidis. All of the Salmonella strains isolated in 1999 were classified as serotype Enteritidis, whereas in 2000 two isolates were serotyped as Salmonella Derby and Salmonella Typhimurium. Regarding the prevalence of spvR gene, 62 strains (82.7%) were PCR positive, and a positive correlation (P < 0.05) between the strains of Salmonella Enteritidis and the presence of spvR gene was demonstrated, which suggests that this gene is a characteristic of the Salmonella Enteritidis analyzed.     

An enhanced discriminatory pulsed-field gel electrophoresis scheme for subtyping Salmonella serotypes Heidelberg, Kentucky, SaintPaul, and Hadar

Conventional pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) protocols, used extensively as a successful approach for subtyping many salmonellae, may be inadequate for discriminating strains sharing levels of homogeneity within the same serotype. Four additional restriction enzymes (SpeI, PacI, SfiI, and NotI), in addition to XbaI and BlnI, were used in PFGE typing of 33 Salmonella Heidelberg, 27 Salmonella Kentucky, 27 Salmonella SaintPaul, and 27 Salmonella Hadar isolates that were recovered from poultry and porcine retail meats from different states of the United States. A dendrogram derived from the combined analysis of six enzymes was highly discriminatory with a Simpson index of diversity value of over 0.950. The ratio of nodes to isolates was more than 0.75 with an average of fewer than three isolates in each polytomy for all four serotypes. Two three-enzyme combinations, SpeI/NotI/SfiI for Salmonella Heidelberg and Salmonella Hadar, and SpeI/BlnI/SfiI for Salmonella Kentucky and Salmonella SaintPaul, were found to have comparable discriminatory abilities of differentiating isolates of these Salmonella serotypes with the six-enzyme combination. The enhanced discriminatory PFGE-based subtyping scheme can be used effectively for the differentiation of strains of the four Salmonella serotypes. The findings also highlight PFGE analysis as a continued essential and informative subtyping method for source tracking and outbreak investigations of these and other Salmonella pathogens.