宜昌腊肠与恩施腊肠细菌多样性的比较分析

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对宜昌腊肠细菌多样性进行解析,并与之前报道的恩施腊肠细菌群落结构进行比较分析。结果表明：宜昌腊肠在门水平主要由厚壁菌门（Firmicutes,64.93%）、变形菌门（Proteobacteria,32.12%）和放线菌门（Actinobacteria,1.14%）组成;在属水平上,主要由葡萄球菌属（Staphylococcus,16.57%）、乳酸杆菌属（Lactobacillus,16.22%）、魏斯氏菌属（Weissella,14.67%）和明串珠菌属（Leuconostoc,11.43%）等组成。宜昌腊肠细菌丰度显著低于恩施腊肠（P＜0.05）,且2 个地区腊肠的细菌菌群结构存在较大差异。基因功能预测结果表明,宜昌腊肠中细菌在碳水化合物代谢和多糖的生物合成与代谢等方面更加旺盛,这些差异与腊肠中乳酸杆菌的相对丰度存在显著相关性。     

家禽定点屠宰场不同屠宰区域空气的微生物结构

为了解家禽屠宰场空气中微生物分布情况及其结构特点,在浙江选择一家禽定点屠宰场,以菌落总数为指标,比较分析屠宰前和屠宰后各屠宰区域空气沉降微生物的数量,并提取微生物DNA作为模板,经聚合酶链式反应扩增细菌16S rRNA基因的V3～V4区,利用高通量测序技术分析其菌群结构。结果发现家禽屠宰场的不同屠宰区域空气沉降微生物数量有所差异,同时屠宰后微生物数量比屠宰前有所增加,特别是在屠宰后挂禽间菌落总数比屠宰前高出71%。高通量测序显示屠宰前和屠宰后不同屠宰区域空气沉降菌多样性、菌群结构、相对丰度等方面均无显著性差异（P＞0.05）,主要分布于6 个门,优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）,总的相对丰度在84%以上。在属的水平上,葡萄球菌属（Staphylococcus）和不动细菌属（Acinetobacter）为优势菌属,分别占36.90%和13%（在前10 个属中）,此外,在前35 个属中,葡萄球菌属（Staphylococcus）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）和埃希菌属（Escherichia）等条件致病菌属分别占33.75%、4.65%和0.90%。由此说明屠宰场不同屠宰区域沉降菌数量存在一定差异,各屠宰区域均分布有一定数量的条件致病菌,研究为鸡肉微生物污染的溯源和完善家禽屠宰场卫生管理提供科学依据。     

基于高通量测序技术分析恩施州淡豆豉的细菌多样性

以恩施州不同产地5 种细菌型淡豆豉作为实验对象,利用Illumina PE250高通量测序技术,对5 种淡豆豉的细菌群落结构及多样性进行研究。结果表明：5 种恩施州豆豉的微生物组成多样,共鉴定出17 门、24 纲、43 目、78 科、152 属以及93 种。其中核心优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,其次为变形菌门（Proteobacteria）、蓝细菌门（Cyanobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）,优势菌属为芽孢杆菌属（Bacillus）的嗜热淀粉芽孢杆菌（Bacillus thermoamylovorans）和史密斯芽孢杆菌（Bacillus smithii）。各样品间,优势菌属相同,但相对丰度差异较大,其余次要菌属的种类和相对丰度均存在较大差异,显示出恩施淡豆豉菌群结构的多样性。     

基于高通量测序技术比较不同来源原料乳中的细菌特征

本文采用二代高通量测序技术研究北京、河北、内蒙古、天津四地区不同季节原料乳样品中的细菌多样性并对其进行功能预测。收集四地区不同季节原料乳样品23份,提取基因组DNA后使用Illumina Mi Seq测序平台对细菌16S rRNA的V3-V4"可变区"进行测序,结合数据库对原料乳中微生物群落分布、相对丰度和细菌功能基因代谢途径进行分析。原料乳中的细菌可分为33门732属,其中变形菌门(Proteobacteria),厚壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)为主要菌门,平均相对丰度占微生物总数的99.37%。优势菌属为假单胞菌属(Pseudomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter),平均相对丰度之和为60.55%。不同地区、不同季节原料乳微生物群落的结构组成和相对丰度存在差异,且假单胞菌属和气单胞菌属的相对丰度在不同季节原料乳中存在显著性差异(p0.05)。氨基酸代谢、碳水化合物代谢和膜运输为原料乳细菌主要的代谢途径。     

咸丰和当阳地区鲊广椒细菌群落结构差异性研究

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对咸丰地区鲊广椒细菌群落结构进行解析,同时结合之前研究报道的当阳地区鲊广椒样品分析数据,探究不同地区鲊广椒菌群结构的异同。结果表明,咸丰地区鲊广椒优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）,优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）、片球菌属（Pediococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、棒状杆菌属（Corynebacterium）、盐单胞菌属（Halomonas）和明串珠菌属（Leukonostoc）。其细菌的丰度和多样性均极显著高于当阳地区（P＜0.01）,同时,一些低丰度的菌群在两个地区的样品中存在显著差异（P＜0.05）,乳杆菌属和片球菌属为主要优势菌属和核心菌属。此外,两地区鲊广椒中均广泛分布有肠杆菌属（Enterobacter）、克雷伯氏菌属（Klebsiella）和芽孢杆菌属（Bacillus）等致病共栖菌。相关性分析结果表明,鲊广椒发酵菌群彼此间存在密切的相关关系,其制作和生产需要多种微生物的协调作用。     

潜江地区蔬菜鲊细菌多样性与滋味品质的关联性分析

该研究将采集自潜江地区的以苞谷为原料,添加辣椒或莲藕等蔬菜混合发酵的食品统称为蔬菜鲊。为分析潜江地区蔬菜鲊中细菌多样性对蔬菜鲊滋味品质的影响,该研究使用Illumina MiSeq高通量测序技术对蔬菜鲊样品中的细菌多样性进行分析,同时使用电子舌技术分析蔬菜鲊样品的滋味品质。结果显示,基于细菌门水平分析,鲊广椒中硬壁菌门(Firmicutes, 97.99%)和变形菌门(Proteobacteria, 1.40%)为优势菌门,藕鲊中硬壁菌门(Firmicutes, 72.09%)、放线菌门(Actinobacteria, 18.78%)和变形菌门(Proteobacteria, 8.82%)为优势菌门,且鲊广椒和藕鲊样品中优势细菌类群Firmicutes和Proteobacteria差异显著(P<0.05),细菌类群Actinobacteria差异非常显著(P<0.01);基于细菌属水平分析,鲊广椒中乳酸杆菌属(Lactobacillus,95.58%)和片球菌属(Pediococcus,1.52%)为优势菌属,藕鲊中Lactobacillus(49.37%)、葡萄球菌属(S...     

镇巴腊肉生产过程中微生物组成及多样性变化

基于高通量测序技术,对镇巴腊肉加工过程不同阶段的微生物种群组成进行鉴定和分析,同时对细菌表型及相关功能进行预测。结果表明：镇巴腊肉生产加工过程中,真菌丰度大于细菌丰度,并随着发酵时间及加工工艺变化,微生物群落存在明显的演替;镇巴腊肉中丰度最高的细菌为厚壁菌门（Firmcutes）和变形菌门（Proteobacteria）,优势细菌属随着加工步骤推进由原料肉样品中的大肠-志贺氏菌属演替为腌制时期和熏制时期的葡萄球菌属（Staphylococcus）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）和乳杆菌属（Latilactobacillus）;丰度最高的真菌门为子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属由镰刀菌属（Fusarium）和被孢霉属演替为镰刀菌属（Mortierella）和德巴利氏酵母属（Debaryomyces）;基于菌落演替变化及细菌表型和功能预测,发现镇巴腊肉在加工过程中有害微生物不断减少,利于发酵的微生物逐渐增加,促进镇巴腊肉风味物质形成。     

基于高通量测序技术分析青藏高原牦牛和犏牛乳中微生物多样性的研究

为探究牦牛和犏牛生鲜乳中微生物的组成和多样性,采用高通量测序技术分析两种生鲜乳的16S rDNA V4区域,并进行生物信息学对比分析。结果显示:97%的一致性共得到5516个OTUs,微生物门水平的比较表明变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）及放线菌门（Actinobacteria）为牦牛乳和犏牛乳共同的优势菌门,牦牛乳三种微生物的相对丰度分别为29.80%、35.99%及8.41%,犏牛乳为45.36%、25.79%及7.39%;在属水平上,牦牛乳的优势菌属为未分类的蓝藻细菌属（unidentified-Cyanobacteria）,相对丰度为9.32%,犏牛乳的优势菌属为慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）,所占比例为11.53%;在种水平上,埃尔坎尼中慢生根瘤菌种（Bradyrhizobium elkanii）和Kosakonia oryzae为牦牛乳和犏牛乳中共有的优势菌种,两种菌种在牦牛乳中分别占比2.42%、3.36%,在犏牛乳中分别占比11.53%、5.53%;Alpha多样性分析表明不同牛乳丰度估计值存在显著差异（P<0.05）,且犏牛乳的丰富度及多样性较高。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析巴东地区豆瓣酱中微生物多样性

为了解湖北省恩施市巴东地区豆瓣酱中微生物的多样性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析豆瓣酱中细菌16S r RNA及真菌18S rRNAV4区基因序列,进而比较豆瓣酱微生物的群落结构组成及多样性差异。结果 3个样品共获得117644条有效序列,867个OTUs数目。多样性分析表明,豆瓣酱中具有高度的微生物群落多样性。微生物群落组成分析表明,样品中子囊菌门(Ascomycota,95.84%)、变形菌门(Proteobacteria,47.13%)、厚壁菌门(Firmicutes,32.37%)、放线菌(Actinobacteria,12.87%)为优势菌门,所占比例都超过了10.0%。在豆瓣酱样品中分别鉴定出311个细菌属和16个真菌属,优势细菌和真菌属平均相对含量分别为8.09%和24.74%,细菌及真菌多样性在属的水平上差异显著(p0.05)。研究结果加深了对豆瓣酱微生物群落组成和多样性的认识,以期为巴东地区豆瓣酱中微生物菌种资源的发掘与保护提供理论依据。     

手工雪茄加工过程中细菌群落多样性与游离氨基酸含量的相关性分析

为揭示手工雪茄加工过程中微生物群落多样性与游离氨基酸含量的关系,分别选取外裹茄衣、水分平衡、烟支冷冻、烟支养护、烟支包装等加工环节完成后的手工雪茄样品,采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析细菌群落多样性,同时采用离子色谱-积分脉冲安培法测定18种游离氨基酸含量（质量分数）,并进行Spearman相关性分析。结果表明：手工雪茄加工过程中,(1)细菌群落丰富度及多样性整体呈下降趋势,且水分平衡环节对该趋势的影响较为明显;(2)优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteriota）,平均相对丰度分别为51.75%、35.80%和10.38%;优势菌属为不动杆菌属（Acinetobacter）、海洋芽胞杆菌属（Oceanobacillus）、芽胞杆菌属（Bacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）和克雷伯氏菌属（Klebsiella）,平均相对丰度分别为12.40%、9.96%、8.48%、8.27%和4.21%;(3)9个细菌属类群相对丰度变化显著,分别为赖氨酸芽胞杆菌属（Lysini...     

北京地区酱香型白酒第六轮次堆积发酵中细菌群落多样性分析

利用高通量测序方法研究了北京地区酱香型白酒第六轮次堆积发酵过程中细菌群落结构及动态变化。实验结果表明:在门水平上,堆积发酵过程中的优势菌门包括Firmicutes、Actinobacteria和Proteobacteria;在属水平上,堆积发酵过程中优势菌属包括Lactobacillus、Lentibacillus等14个;优势菌属Lentibacillus的相对丰度先升高后降低,Lactobacillus的相对丰度逐步上升;Lentibacillus作为正相关性关键节点与7个菌属存在正相关关系,Lactobacillus作为负相关性关键节点与10个菌属存在负相关关系。相较于贵州省等其他产区,北京地区酱香型白酒堆积发酵过程中的细菌群落在种类数量、优势门类排序、群属丰度等方面存在明显差异。研究结果旨在揭示北京地区酱香型白酒第六轮次堆积发酵过程中的细菌群落结构变化,希望为研究北京地区酱香型白酒的酿造特点提供基础数据。     

萝卜泡菜细菌多样性的高通量测序分析

本文基于Illumina平台的高通量测序,解析萝卜泡菜发酵液中亚硝酸盐浓度峰值期(第3 d)和回落期(第7 d)时细菌群落结构多样性。亚硝酸盐浓度峰值期和回落期样品中分别得到373和349个可操纵分类单元(OTU),分属于135和127个细菌属,且峰值期细菌群落丰富度、多样性以及均匀度指数均高于回落期。峰值期发酵液样品中以变形菌门细菌(相对丰度72.1%)最为优势,以Erwinia(45.0%)、Aeromonas(7.4%)、Pseudomonas(6.6%)、Shigella(6.0%)和Delftia(5.1%)为主要优势菌属。厚壁菌门(18.9%)为第二优势菌门,Lactococcus(10.5%)为其中的主要优势属。回落期发酵液样品中以厚壁菌门(84.0%)最为优势,优势属包括明Leuconostoc(27.5%)、Lactococcus(19.9%)、Weissella(19.2%)和Pediococcus(16.3%)等。而变形菌门相对丰度降为10.5%。结果表明伴随着亚硝酸盐浓度变化,萝卜泡菜发酵过程中细菌群落结构多样性也发生演替,与发酵液中亚硝酸盐的形成和降解密切相关。     

基于高通量测序分析四川辣椒酱自然发酵过程中细菌群落结构演替规律

以自然发酵的四川辣椒酱为研究对象,通过高通量测序技术,探究其在发酵过程中细菌群落的多样性和演替规律。结果表明,辣椒酱自然发酵过程中在门的水平上主要有厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)等菌门,其中厚壁菌门的数量随着发酵时间增加逐渐增多,在发酵第15 d时相对丰度达到28.56%,成为丰度最高的菌门。在属的水平上主要有乳杆菌属(Lactobacillus spp.)、片球菌属(Pediococcus spp.)、魏斯氏菌属(Weissella spp.)、葡萄球菌属(Staphyloccoccus spp.)等,其中优势菌属乳杆菌属在0~25 d含量较低,在发酵第30 d时,相对丰度达到68.24%。此外,在辣椒酱自然发酵过程中,检测到肠杆菌属(Enterobacter spp.)等致病菌属,表明自然发酵辣椒酱存在微生物卫生食用安全问题。     

不同天然奶酪发酵剂和非发酵剂微生物多样性的高通量测序研究

为探究天然奶酪中发酵剂和非发酵剂微生物群落结构,应用Illumina-Hi Seq高通量测序技术,对江苏省主要销售的5组进口天然奶酪表皮和内部的细菌16Sr DNA序列V4区进行测序。所有样品的有效序列均在50000条以上,可操纵分类单元(OTU)数量为118~646。多样性指数分析和主成分分析结果表明,天然奶酪表皮比内部具有更高的细菌群落丰富度和不同的群落结构。样品中发酵剂细菌属为乳球菌属(Lactococcus)、链球菌属(Streptococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus),均位于相对丰度前五,总相对丰度在51~97%。样品中非发酵剂微生物分布于细菌厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)和软壁菌门(Tenericutes),相对丰度在2~16%。具有产耐热乳糖酶功能的非发酵剂微生物栖热菌属(Thermus,相对丰度0.02%~3.53%)在奶酪中首次被发现,为发掘天然奶酪中的微生物资源提供了可能。本研究也为解析天然奶酪中微生物与其风味质构的关系提供了基础数据。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析来凤地区腌制大头菜叶中微生物多样性

该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对腌制大头菜叶样品中微生物多样性进行了研究,进而分析其中的微生物群落组成和差异。结果表明,在门分类水平上,以硬壁菌门（Firmicutes,52.28%）和变形菌门（Proteobacteria,38.40%）为主要优势细菌门;子囊菌门（Ascomycota,88.19%）和担子菌门（Basidiomycota,11.15%）为优势真菌门。在属分类水平上,注释到明确分类地位的细菌属和真菌属分别有382个和31个,其中平均相对含量＞1%的分别有12个和8个。在操作分类单元（OTU）水平上,共发现17个核心细菌OTUs和11个核心真菌OTUs。综上,腌制大头菜叶具有较高的微生物多样性,且细菌群落物种数高于真菌。     

基于高通量测序技术分析菜心切口处微生物多样性

研究菜心冷藏期间的腐败微生物,使用高通量测序技术,对冷藏菜心切口处微生物的多样性进行分析,探究冷藏期间微生物菌群相对丰度的动态变化。以4 ℃冷藏菜心为研究对象,分析贮藏早期0 d、中期7 d、后期14 d的菜心切口处细菌的16S rRNA和真菌的ITS序列,比较各组菌群组成和丰度。通过物种注释评估和物种组成分析,明确菜心贮藏过程中切口处的优势菌群。在贮藏早、中、后期,真菌优势菌群均为担子菌门（Basidiomycota）、子囊菌门（Ascomycota）和unclassified Fungi。在贮藏早期,细菌优势菌群为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,而在贮藏中、后期,细菌优势菌群转变为厚壁菌门、变形菌门、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）。微生物多样性结果显示,真菌的多样性要高于细菌。本研究明确了菜心冷藏期间的微生物多样性发生规律,为后续菜心保鲜剂和保鲜技术的研究提供了理论支撑。     

基于PCR-DGGE与高通量测序技术的恩施地区腊鱼细菌多样性评价

作为我国传统的发酵食品,腊鱼因具有独特的滋味和口感而深受人们青睐。以16 s rDNA基因为标靶,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)与Mi Seq高通量测序技术相结合的方法对采集自恩施地区腊鱼样品的细菌多样性进行了研究。PCR-DGGE结果表明,腊鱼样品中的细菌以Psychrobacter和Lactobacillus为主。Mi Seq高通量测序结果表明,腊鱼中的优势细菌门主要为变形菌门(Proteobacteria)、硬壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria),其平均相对含量分别为61.29%、30.21%、5.34%和1.74%。腊鱼中的优势细菌主要为Psychrobacter、Brochothrix、Pseudomonas、Staphylococcus、Acinetobacter、Vibrio、Pseudoalteromonas和Chryseobacterium,其平均相对含量为35.70%、19.74%、7.13%、7.12%、4.19%、3.90%、3.09%和1.98%。在分类操作单元(Operational taxonomic units,OTU)水平上,发现了64个核心OTU,累计平均相对含量高达62.67%。由此可见,恩施地区腊鱼中的优势细菌主要由隶属于Proteobacteria的Psychrobacter及隶属于Firmicutes的Brochothrix构成,且不同样品共有大量的核心细菌菌群。