基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

清香型白酒酿酒大曲微生物菌群多样性解析

采用高通量测序技术对清香型堡子酒酿酒大曲样品的16S rRNA V3-V4区和ITS1-ITS2区基因序列进行测序,解析大曲微生物菌群多样性。结果表明,大曲样品中的细菌、真菌操作分类单元（OTU）数分别为124、48,细菌菌群丰富度、多样性和均匀程度较真菌高。优势细菌门（相对丰度＞1%）主要有变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）等,优势细菌属（相对丰度＞1%）主要有泛菌属（Pantoea）、乳杆菌属（Lactobacillus）、雀麦属（Bromus tectorum）等。绝对优势真菌门（相对丰度＞90%）为子囊菌门（Ascomycota）,第一优势真菌属（相对丰度＞50%）为孢圆酵母属（Torulaspora）。细菌蛋白功能主要集中在氨基酸转运与代谢、转录、碳水化合物转运和代谢等;真菌共鉴定出2个营养型和2种混合营养型,以及4个单一生态功能群和9个混合生态功能群。     

雪茄茄芯烟叶工业二次发酵过程中细菌与真菌群落多样性变化分析

  目的  为分析茄芯烟叶在二次发酵过程中细菌和真菌群落多样性及菌群动态变化规律。  方法  以德雪三号初次发酵烟叶为试验材料,采用细菌16S rDNA和真菌ITS1的Illumina MiSeq高通量测序技术,分析烟叶二次发酵0、5、10、15和20 d时细菌和真菌群落结构及丰度信息。  结果  发酵0 d时细菌群落Chao1、ACE和Shannon指数最高,分别为423.38、424.40和4.67;发酵10 d时真菌群落Chao1和ACE指数最高,分别为85.82、89.49。基于门水平,随着发酵时间的增加,细菌从以变形菌门（Proteobacteria）为优势转变为以厚壁菌门（Firmicutes）为主,真菌主要优势菌门为子囊菌门（Ascomycota）,相对丰度在71.61%~98.16%之间。基于属水平,葡萄球菌属（Staphylococcus）为整个发酵过程中的主要优势细菌属,在发酵15 d时相对丰度最大（91.25%）;次要优势细菌属由假单胞菌属（Pseudomonas）、马赛菌属（Massilia）等转变为芽孢杆菌属（Bacillus）、土地芽孢杆菌属（Terribacillus）;曲霉属（Aspergillus）为真菌绝对优势菌属,平均丰度达到87.40%。LEfSe分析结果表明,21种细菌在属水平上有显著性差异,6种真菌在科水平上有显著性差异。  结论  茄芯烟叶在二次发酵过程中细菌和真菌群落的丰富度和多样性随着发酵时间的增加总体呈降低趋势。在属水平上,不同发酵时间茄芯烟叶细菌和真菌群落组成结构相似,相对丰度有明显差异,Staphylococcus和Aspergillus为二次发酵过程中的主要优势菌属。      

遂宁榨菜发酵过程中细菌群落多样性和基因功能预测分析

利用Illumina Miseq高通量测序技术解析遂宁榨菜发酵过程中细菌的多样性,并结合功能预测软件PICRUSt分析微生物群落功能。结果表明,不同发酵时间（10个）样品测序共获得495 681条有效序列,318个可操作分类单元（OTU）。门水平上,优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）,其两者相对丰度之和＞93%;属水平上,乳杆菌属（Lactobacillus）成为发酵后期的绝对优势菌属,其相对丰度从0.77%增加至78.63%。PICRUSt软件预测结果显示,遂宁榨菜发酵过程中细菌群落的基因功能主要与新陈代谢类功能有关,包括氨基酸代谢、碳水化合物代谢、能量代谢等。该研究提高了对遂宁榨菜发酵过程中微生物演替模式的了解,为筛选潜在价值的乳酸菌提供数据参考。     

应用Illumina高通量测序技术分析3 种酒曲中微生物多样性

为了解贵州花溪（酒曲A）、盘州（酒曲B）、安顺（酒曲C）3 个地区的酒曲中微生物群落组成和多样性,运用高通量测序技术对酒曲中的细菌16S rDNA V3-V4区和真菌ITS1区进行测序,比较不同地区酒曲中微生物群落结构差异。测定不同地区酒曲的基本理化指标,与酒曲主要细菌种群进行相关性分析。结果显示,细菌获得129 510 条有效序列,1 030 个OTU;真菌获得60 945 条有效序列,19 个OTU。细菌的多样性分析表明,酒曲B中Shannon指数明显低于酒曲A和酒曲C,酒曲A和酒曲C的细菌群落结构更为接近。真菌的多样性分析表明,酒曲C中Shannon指数明显低于酒曲A和酒曲B,酒曲A和酒曲B的真菌群落结构更为接近。在门水平上,酒曲A的优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,优势真菌门为接合菌门（Zygomycota）;酒曲B的优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,优势真菌门为接合菌门;酒曲C的优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）。在属水平上,酒曲A优势细菌属为红球菌属（Rhodococcus）,酒曲C和酒曲B的优势细菌属均为芽孢杆菌属（Bacillus）;酒曲A和酒曲B的优势真菌属为米根霉属（Rhizopus）,而酒曲C的优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）。不同地方来源的酒曲中的微生物组成及多样性在属和门水平上有明显差异;酒曲理化指标与酒曲细菌种群结构具有一定相关性。     

基于宏基因组学技术不同地区蛋源表面微生物的比较

采用高通量测序的宏基因组学技术对我国蛋鸡养殖相对集中的吉林、安徽、北京和河北4 个地区不同蛋源表面菌群多样性进行分析，比较研究4 个地区蛋源表面微生物种类。结果表明：4 个地区蛋源表面细菌组成主要是放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）；吉林地区的蛋源样品细菌组成为Actinobacteria、Firmicutes、Proteobacteria，相对丰度分别为49.12%、31.93%和8.41%。安徽、北京和河北地区的蛋源表面细菌组成相似，Proteobacteria、Firmicutes和Proteobacteria，3 个地区的优势菌门均为Proteobacteria，丰度均超过50%，分别为77.03%、57.93%和84.28%；不同地区样品微生物属水平也存在较大差异，吉林地区的蛋源样品中丰度较高的菌属为考克氏菌属（Kocuria）和短状杆菌属（Brachybacterium），丰度分别为10.1%和9.83%；安徽、北京和河北3 个地区菌属分布较为相似，优势菌属均为不动杆菌属（Acinetobacter），且存在致病菌属，即安徽地区蛋源样品致病菌属为葡萄球菌属（Staphylococcus）丰度为1.20%，北京地区蛋源样品致病菌属为Staphylococcus 3.53%和埃希氏菌志贺氏菌属（Escherichia-Shigella）丰度为3.15%，河北地区蛋源样品致病菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）丰度为16.28%。可见不同地区蛋源表面主要微生物门水平和属水平都存在一定差异性，相对丰度差异更显著，北方地区与中部以南地区蛋源表面微生物差异明显（P＜0.01），北方地区更适宜禽蛋生产，为保障液蛋制品的安全性，蛋制品企业应该根据蛋源表面微生物组成情况适当调整消毒处理方法，对液蛋制品加工行业有着重要意义。     

软腐猕猴桃果实真菌类病原菌的生物多样性分析

本文对湖南地区主要猕猴桃产区猕猴桃软腐果实真菌类病害的多样性分布规律进行系统分析,为猕猴桃软腐病原真菌多样性的深入研究提供基础数据和理论依据。采用IlluminaHi Seq高通量测序技术对5处软腐猕猴桃(A、B、C、D、E),15组果实样品中微生物ITS扩增子二代测序数据采集,进行生物信息学分析。5处软腐猕猴桃果实中真菌种类较为丰富,真菌丰富度指数和多样性指数较高,尤其是A、B、C处,相对于D、E处存在极显著差异(p<0.01)。在不同猕猴桃果实中得到了2个门的优势微生物。子囊菌门(Ascomycota)为最优势菌门,主要分布在D和E处,群类相对丰度为19.20%,且远远大于次优势菌门-担子菌门(Basidiomycota,6.80%,主要分布在A、B、C处),表现出非常明显的优势;间座壳属Diaporthe相对丰度最高,达到了14.00%,相对于其它属病原菌均具有极显著性差异(p<0.01),此菌在D、E组含量相对较高,在本组内达到了30%以上,其余3组几乎没有。布勒弹孢酵母属Bullera相对丰度为4.90%,此菌为各组共有的优势菌属,A、B、C组略高,在本组内达到了5.50%左右,D、E组则为3.50%左右。葡萄座腔菌属Neofusicoccum相对丰度为3.20%,此菌在E组含量相对较高,在本组内达到了15.00%以上,其余4组几乎没有。红菇属Russula相对丰度为0.60%,及其它较少的担子菌门菌属Tomentella、Phialocephala、oidiodendron、cenococcum等,此外,具有软腐猕猴桃果实潜力的菌属有茎点酶菌属(homa)、青霉属(penicillium)及拟青霉属(simplicillium)等。实验为猕猴桃软腐病的防治提供了一定理论基础,今后对猕猴桃果实软腐病防治时可针对性的杀灭间座壳属和葡萄座腔菌属微生物,以提高果实的耐贮性。     

镇巴腊肉生产过程中微生物组成及多样性变化

基于高通量测序技术,对镇巴腊肉加工过程不同阶段的微生物种群组成进行鉴定和分析,同时对细菌表型及相关功能进行预测。结果表明：镇巴腊肉生产加工过程中,真菌丰度大于细菌丰度,并随着发酵时间及加工工艺变化,微生物群落存在明显的演替;镇巴腊肉中丰度最高的细菌为厚壁菌门（Firmcutes）和变形菌门（Proteobacteria）,优势细菌属随着加工步骤推进由原料肉样品中的大肠-志贺氏菌属演替为腌制时期和熏制时期的葡萄球菌属（Staphylococcus）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）和乳杆菌属（Latilactobacillus）;丰度最高的真菌门为子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属由镰刀菌属（Fusarium）和被孢霉属演替为镰刀菌属（Mortierella）和德巴利氏酵母属（Debaryomyces）;基于菌落演替变化及细菌表型和功能预测,发现镇巴腊肉在加工过程中有害微生物不断减少,利于发酵的微生物逐渐增加,促进镇巴腊肉风味物质形成。     

基于高通量测序技术分析腐乳自然发酵过程微生物多样性

采用高通量测序技术对腐乳自然发酵过程中的微生物多样性进行分析。结果表明,发酵第一阶段,占比较大的细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,细菌属为不动杆菌属（Acinetobacter）、乳球菌属（Lactococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）,真菌门为担子菌门（Basidiomycota）,真菌属为久浩酵母属（Guehomyces）和假丝酵母属（Candida）;发酵第二阶段,占比较大的细菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）,细菌属为类香味菌属（Myroides）、丛毛单胞菌属（Comamonas）和假单胞菌属（Pseudomonas）,真菌门为担子菌门（Basidiomycota）,真菌属为久浩酵母属（Guehomyces）和假丝酵母属（Candida）;发酵第三阶段,占比较大的细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,细菌属为乳球菌属（Lactococcus）、果胶杆菌属（Pectobacterium）,真菌门为子囊菌门（Ascomycota）,真菌属为链格孢属（Alternaria）、赤霉菌属（Gibberella）。整个发酵过程中微生物群落结构分布变化明显,不同阶段主要存在的菌属不同,既有利于发酵的有益菌属,也有影响食品安全的有害菌属。     

不同地区山西老陈醋酿造过程中细菌菌群多样性分析

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对山西不同地区6个代表性醋厂(分别编号为A～F)的酒醪和醋醅样品的细菌菌群多样性及菌群结构进行分析比较。结果表明，不同醋厂山西老陈醋酒精和醋酸发酵阶段细菌菌群丰度及多样性存在一定的差异。酒精及醋酸发酵阶段均注释到9个细菌门和26个细菌属(相对丰度>0.5%)，主要细菌属均为乳杆菌属(Lactobacillus)，平均相对丰度分别为42.81%、34.37%。发酵初期和中期，不同醋厂酒醪及醋醅样品的细菌菌群结构差异较大；发酵末期，存在一定的相似性。酒精发酵末期，A厂和F厂的细菌菌群结构较为相似，B厂、C厂和D厂的菌群结构较为相似；醋酸发酵末期，B厂、C厂和D厂的菌群结构较为相似，A、E、F厂的菌群结构较为相似，但E厂和F厂的乳杆菌属相对丰度较大，A厂的醋酸杆菌属(Acetobacter)相对丰度较大。     

腐乳中细菌群落结构与生物胺的相关性分析

通过高通量测序技术分析不同生物胺含量腐乳样品的细菌群落结构,测定相关环境因子,在此基础上探究菌群结构与生物胺含量之间的相关性。结果表明,腐乳中的优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,四者的相对丰度之和在各样品中均达到91%以上;优势菌属包括芽孢杆菌属（Bacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、四联球菌属（Tetragenococcus）和假单胞菌属（Pseudomonas）;高低生物胺含量腐乳的组间主要差异菌属为芽孢杆菌属、魏斯氏菌属、假单胞菌属和赖氨酸芽孢杆菌属（Lysinibacillus）。相关性研究表明,总生物胺和总酸是影响细菌群落组成的主要因素（P<0.05）;生物胺含量主要与氨基酸态氮和pH等环境因子相关,腐乳样品的氨基酸态氮含量范围为0.62～0.86 g/100 g,pH变化范围在5.62～6.37之间;魏斯氏菌属、芽孢杆菌属和赖氨酸芽孢杆菌属丰度的增加与生物胺具有显著相关性;不动杆菌属（Acinetobacter）、丛毛单胞菌属（Comamonas）和四联球菌属与生物胺呈现负相关性。研究结果阐明了腐乳微生物群落结构与生物胺的关联性,为了解生物胺形成机制,有效控制生物胺和优化腐乳生产工艺提供了理论依据。     

西藏不同产区曲拉细菌群落结构的比较分析

为探究西藏不同产区传统发酵乳制品曲拉中细菌多样性及其微生物安全性,该研究通过Illumina MiSeq测序平台,对西藏拉萨(LS)、日喀则(RKZ)、山南(SN)、昌都(CD)、林芝(LZ)、那曲(NQ)和阿里(AL)共7个地区的曲拉样品细菌多样性及群落结构进行了系统分析。结果表明,曲拉具有高度的细菌多样性,并且不同地区的样品存在一定的共性和差异。在门的水平上,7个地区的优势菌均集中在厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),其相对丰度分别在(12.82±5.63)%^96.54±1.39%和(3.46±1.39)%^75.09±9.37%。相比门的种类,拉萨(LS)最多,为24个门,阿里(AL)最少,为2个门。在属的水平上,拉萨地区(LS)曲拉样品中的优势菌属为雷尔氏菌属(Ralstonia)、假单胞菌属(Pseudomonas)和苍白杆菌属(Ochrobactrum),其相对丰度分别为(17.25±7.05)%、(16.05±3.22)%和(9.52±3.19)%;其他6个产地的曲拉样品中优势菌属主要为乳球菌属(Lactococcus)和乳杆菌属(Lactobacillus),其相对丰度分别为(85.13±2.99)%^25.82±1.42%和(4.15±1.38)%^57.21±3.11%;而在属的种类上,LS最多,为409个属,AL最少,为15个属。聚类分析显示,不同曲拉样本的菌群与地理位置存在一定关系,同一个采样区的样本具有一定的聚类趋势,同时发现LZ、RKZ和CD可聚为一类,而其他4个地区的样品较为离散,且各自独立。     

Application of Autochthonous Mixed Starter for Controlled Kedong Sufu Fermentation in Pilot Plant Tests

Traditional sufu is fermented by back‐slopping and back‐slopping has many defects. The objective of this study was to apply autochthonous mixed starter to control Kedong sufu fermentation. Sufu was manufactured using back‐slopping (batch A) and autochthonous mixed starter (batch B) with Kocuria kristinae F7, Micrococcus luteus KDF1, and Staphylococcus carnosus KDFR1676. Considering physicochemical properties of sufu, 150‐day sufu samples from batch A and 90‐day sufu samples from batch B met the standard requirements, respectively. Considering sensory characteristics of sufu, 150‐day sufu samples from batch A and 90‐day sufu samples from batch B showed no significant differences (P > 0.05). The maturation period of sufu was shortened by 60 d. Profiles of free amino acids and peptides partly revealed the mechanism of typical sensory quality and shorter ripening time of sufu manufactured by autochthonous mixed starter. In final products, content of total biogenic amines was reduced by 48%. Autochthonous mixed starter performed better than back‐slopping. Fermentation had a positive influence on the quality, safety, and sensory properties of sufu. The application of autochthonous mixed starter does not change the sensory characteristics of traditional fermented sufu. In addition, it reduces maturation period and improves their homogeneity and safety. It is possible to substitute autochthonous mixed starter for back‐slopping in the manufacture of sufu.     

Investigation of physicochemical composition and microbial communities in traditionally fermented vrum from Inner Mongolia

Mongolian traditionally fermented vrum is known for its functional characteristics, and indigenous microbial flora plays a critical role in its natural fermentation. However, studies of traditionally fermented vrum are still rare. In this study, we investigated the artisanal production of traditionally fermented vrum from Inner Mongolia. In general, its physicochemical composition was characterized by 34.5 ± 8% moisture, 44.9 ± 12.1% fat, 10.6 ± 3.2% protein, and 210 ± 102°T. The total lactic acid bacteria and yeast counts ranged from 50 to 2.8 × 10⁸ cfu/g and from 0 to 1.1 × 10⁶ cfu/g, respectively. We studied bacterial and fungal community structures in 9 fermented vrum; we identified 5 bacterial phyla represented by 11 genera (an average relative abundance >1%) and 8 species (>1%), and 3 fungal phyla represented by 8 genera (>1%) and 8 species (>1%). Relative abundance values showed that Lactococcus and Lactobacillus were the most common bacterial genera, and Dipodascus was the predominant fungal genus. This scientific investigation of the nutritional components, microbial counts, and community profiles in Mongolian traditionally fermented vrum could help to develop future functional biomaterials and probiotics.     

传统固态发酵鱼中细菌群落多样性与品质特征分析

为探讨固态发酵鱼中细菌群落多样性与品质的关系,采用Hi Seq测序平台,对4个不同工艺的传统发酵鱼中细菌16S DNA V4区进行测序和系统发育分析,并结合传统微生物培养计数法、感官评定和气相色谱-质谱法分析等手段来揭示样品中细菌数量和结构组成与品质相关性。结果表明:样品获得序列数平均为59 250条,操作分类单元数目分别为zy A2:1 053、zy A5:392、zy B:428、zy C:498。4 个样品中总体细菌组成较为复杂,含有11 个门、30多个属,厚壁菌门占绝对优势,约占总细菌的66.25%~97.40%,其次是变形菌门、拟杆菌门,主要优势菌属为葡萄球菌、肠球菌属(乳酸球菌)、乳杆菌属、魏斯氏菌属。与传统方法相比较,Mi Seq测序提供的微生物多样信息更接近于样品微生态,并发现各样品之间的菌属丰度存在一定的差异性,其菌群组成与工艺密切相关,菌群的种类和数量影响产品的色泽和风味;另外,样品中也检出少量有潜在危害的假单胞菌属、黄杆菌属、棒状杆菌属、冷杆菌属等腐败菌和条件致病菌。因此,在现有的生产模式下需要严格控制加工条件,避免食品安全隐患的发生。     

变温发酵模式下豆瓣酱自然发酵过程中细菌多样性研究

通过DNA提取,聚合酶链式反应扩增以及高通量测序技术对不同温度发酵模式下的豆瓣酱中的细菌进行多样性分析。结果表明:先低温后高温发酵模式下样品得到了2 081个操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU),而在先高温后低温模式中为1 870个OTU。在门类水平上,2种发酵模式中的相对丰度值最高的均为厚壁菌门,分别为72.24%(先低温后高温)和43.84%(先高温后低温);属类水平上为葡萄球菌属,其相对丰度值分别为44.13%和32.52%。先低温后高温发酵模式下细菌物种的丰富度和多样性普遍高于先高温后低温的发酵模式。     

传统自然发酵酸肉中细菌群落多样性与风味品质分析

为探讨传统自然发酵酸肉中细菌群落多样性与风味品质的关系,采用Ion S5 XL测序平台,对4 种传统自然发酵酸肉中细菌16S rDNA V3～V4区进行高通量测序,并结合电子鼻和固相微萃取-气相色谱-质谱（solid phase microextraction-gas chromatography-mass spectrometry,SPME-GC-MS）分析等手段揭示酸肉细菌群落结构及其风味品质的相关性。结果表明,样品获得序列数平均为110?395?条。4?种酸肉样品中总体细菌群落包含11?个门,其中厚壁菌门占绝对优势,约占总细菌群落的83.73%～98.92%,其次是变形菌门和放线菌门。主要优势菌属为乳杆菌属、魏斯氏菌属和乳球菌属。利用SPME-GC-MS从酸肉样品中检测到的挥发性物质包括酸类、醇类、醛类、酯类、酮类、萜烯类等化合物共126?种。各样品之间的菌属丰度存在一定的差异性,其菌群组成与工艺密切相关,而菌群种类和数量影响产品风味。与传统方法相比,高通量测序得到的细菌多样性信息更接近于样品微生态,能够全面解析自然发酵肉制品酸肉的细菌多样性,为传统食品的现代化改造和质量安全控制提供科学支撑。     

基于高通量测序分析内蒙古地区传统酸面团中细菌菌群的多样性

该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术对内蒙古西、中、东地区传统酸面团样品中的细菌菌群多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,传统酸面团样品共产生1 230 198条高质量序列,得到656个操作分类单元（OTU）;3个地区酸面团样品共检出3个优势细菌门和11个优势细菌属,共有优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,共有优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和芽孢杆菌属（Bacillus）,不同地区样品间细菌菌群多样性和丰度存在明显差异。传统酸面团样品中细菌菌群的主要功能为碳水化合物代谢、辅助因子和维生素代谢、氨基酸代谢、脂质代谢及萜类化合物和聚酮化合物代谢。     

来凤地区泡凤头姜盐水细菌群落结构及功能解析

采用MiSeq高通量测序技术对湖北来凤地区泡凤头姜盐水样品的细菌菌群结构进行分析,并采用PICRUSt软件对其基因功能进行预测。结果表明,泡凤头姜盐水样品中的细菌菌群归属于19个门、46个纲、96个目、163个科和393个属;优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和放线菌门（Actinobacteria）;优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、罗尔斯通菌属（Ralstonia）、气单胞菌属（Aeromonas）、乳球菌属（Lactococcus）、拉恩氏菌属（Rahnella）、弧菌属（Vibrio）、肠杆菌属（Enterobacter）、克吕沃氏菌属（Kluyvera）、果胶杆菌属（Pectobacterium）、黄杆菌属（Flavobacterium）和欧文氏菌属（Erwinia）,其中Lactobacillus为主要的核心细菌类群（累计相对含量16.97%）;泡凤头姜盐水样品中细菌的基因主要富集在氨基酸转运与代谢、碳水化合物运输和代谢以及能量生产和转换功能上。