qPCR-HRM曲线分析技术与普通PCR加直接测序法检测胶质瘤EGFR突变比较

目的:比较实时聚合酶链反应-高分辨率融解(qPCR-HRM)曲线分析技术和普通PCR法加直接测序法检测胶质瘤患者EGFR基因突变类型,探讨适用于临床的EGFR基因突变检测方法,为胶质瘤患者术后放射、化学治疗及预后判断研究提供可靠的依据。方法:用普通PCR加测序法与qPCR-HRM曲线分析技术检测胶质瘤患者EGFR基因突变类型,检测结果比较采用卡方检验。结果:两种方法检测EGFR外显子19基因突变结果比较差异无统计学意义,且qPCR-HRM曲线分析技术比直接测序法更快捷、灵敏。结论:与直接测序法相比,qPCR-HRM曲线分析技术可能更适用于临床检测胶质瘤患者标本EGFR突变性质。     

2种方法检测非小细胞肺癌EGFR基因突变的比较

目的比较测序法和Taqman实时荧光PCR法检测表皮生长因子受体(EGFR)基因19、21外显子基因突变的一致性,为寻找适宜临床应用的EGFR基因突变检测方法提供实验依据。方法收集60例非小细胞肺癌患者肿瘤组织,应用测序法和Taqman实时荧光PCR法分别检测EGFR基因19、21外显子基因突变,比较两种方法的有效性。结果两法检测EGFR基因19、21外显子突变结果符合率分别为96.7%(58/60)和98.3%(59/60),差异无统计学意义(P>0.05)。结论 2种方法均可用于EGFR基因19、21外显子突变检测,测序法更适合指导临床分子靶向治疗。     

荧光实时定量PCR检测肺癌组织表皮生长因子受体基因突变的临床应用价值——附71例分析

目的:建立1种检测表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)基因突变的荧光实时定量PCR的新方法,并探讨应用这种方法检测肺癌组织EGFR基因突变的临床应用价值.方法:通过自行设计探针及引物,应用荧光实时定量PCR方法,检测71例女性非小细胞肺癌患者的肺癌组织中EGFR基因的第19号和第21号外显子上的突变情况,并与直接测序法比较.结果:中国女性非小细胞肺癌的病人中EGFR基因的突变率为30%(21/71);荧光实时定量PCR与直接测序法的特异度符合率是95%(20/21),敏感度符合率是100%,检测时间为直接测序法的1/12,而且结果判读直观.结论:应用荧光实时定量PCR检测肺癌组织中的EGFR基因特定位点的突变是一种快速、可靠的方法,具有较高的临床应用价值.     

KRAS基因突变高分辨率熔解曲线检测技术参数的优化

目的建立KRAS基因突变高分辨率熔解曲线分析法(high resolution melting,HRM)检测方法,确立最佳反应体系和反应条件,为将此技术用于临床基因突变的快速检测奠定基础。方法根据引物Tm值设立退火温度梯度,确定适宜的退火温度。利用正交实验,对影响实时荧光定量PCR(qPCR)-HRM反应体系的模板DNA、Mg2+、引物等3种主要因素进行优化。通过对SW480和MDA-MB-231细胞基因组DNA进行HRM分析检测突变,并直接测序验证,观察反应体系和反应条件的可行性。结果引物最适退火温度为60.8℃。KRAS基因突变qPCR-HRM最佳反应体系为:20μl qPCR-HRM反应体系中,引物浓度为0.5μmol/L,Mg2+为2.5mmol/L,模板DNA为40ng。优化的qPCR-HRM反应体系和反应条件能检测基因突变,和直接测序结果一致。结论采用正交实验优化的qPCR-HRM反应体系,操作简便,电泳条带清晰,熔解曲线峰型单一,特异性好,结果准确可靠,可为进一步建立HRM技术检测基因突变的临床应用提供借鉴。     

SYBR GreenⅠ熔链曲线分析检测醛糖还原酶C（-106）T单核苷酸多态性

[目的]建立一种单核苷酸多态性检测方法。[方法]用序列特异性引物和荧光染料SYBR GreenⅠ聚合酶链式反应(PCR)方法结合熔链曲线分析，对醛糖还原酶C(-106)T单核苷酸多态性进行检测和分型。[结果]3例经检测为C／C、C／T和T／T基因型通过测序得到证实。[结论]SYBR Green Ⅰ PCR熔链曲线分析操作简便，结果准确，可作为单核苷酸多态性检测新方法。     

运用高灵敏度COLD-PCR法检测胰腺癌和结直肠癌患者KRAS基因突变

目的 评价COLD-PCR法检测胰腺癌和结直肠癌患者KRAS基因突变的价值.方法 采用COLD-PCR/Sanger测序法与普通PCR/Sanger测序法检测KRAS基因野生型结直肠癌细胞系SW116中混有的KRAS基因突变型和结直肠癌细胞系SW480中的KR4S基因突变,确定两种方法 的灵敏度,并采用两种方法 分别检测20例胰腺癌和39例结直肠癌患者石蜡包埋组织的KRAS基因突变,并评价两种方法 的符合率.结果 细胞系检测结果 显示,普通PCR/Sanger测序法和COLD-PCR/Sanger测序法检测KRAS基因突变的灵敏度分别为1∶20和1∶100(突变型:野生型).COLD-PCR/Sanger法检测20例胰腺癌患者KRAS基因突变率[75%(15/20)]高于普通PCR/Sanger测序法[40%(8/20),x2=5.013,P<0.05];COLD-PCR/Sanger测序法检测39例结直肠癌患者的KRAS基因突变率[44%(17/39)]高于普通PCR/Sanger测序法[31%(12/39),x2=1. 372,P=0.174)].两种方法 检测胰腺癌标本的符合率为65%,但一致性较差(Kappa=0.364,P<0.05);而两种方法 检测结直肠癌标本的符合率为87%,且一致性较好(Kappa=0.730,P<0.05).结论 COLD-PCR/Sanger测序法是一种高灵敏性检测胰腺癌和结直肠癌患者KRAS基因突变的方法 .     

甲型血友病的基因诊断研究

目的 建立甲型血友病的基因诊断方法.方法 对33例甲型血友病患者以一期法检测血浆凝血因子FⅧ(F8)活性.采用长距离聚合酶链式反应扩增法(LD-PCR)进行FⅧ内含子22倒位检测,并对反应体系进行优化;聚合酶链式反应(PCR)技术检测内含子1倒位,凝胶成像技术分析扩增产物.捕获测序技术检测是否存在其他突变类型.结果 33例患者的FⅧ活性检测结果均小于1%,为重型;LD-PCR技术检测出13例患者存在Int22倒位,倒位发生率为39.4%;Int1倒位患者1人,发生率3%;对13例内含子 22倒位患者进行测序比对,未发现其他基因突变.结论 LD-PCR技术和多重PCR技术可以有效的检测重型甲型血友病FⅧ的基因倒位.     

DNA片段长度分析检测急性髓性白血病CEBPA基因突变

目的建立检测急性髓性白血病(AML)髓系转录因子CCAAT增强子结合蛋白-A(CEBPA)基因突变的快速筛查方法。方法采用聚合酶链式反应(PCR)扩增产物片段长度分析及序列分析方法检测107例初治AML患者CEBPA基因全部编码区突变情况。来自同种基因移植供者的38例正常人作为对照。结果同时用测序及片段长度分析的方法检测了107例AML患者及38例正常人CEBPA突变的情况,在排除了已知的多态位点以后,在107例AML患者中筛查出22例患者存在CEBPA突变,其中4例患者存在2种CEBPA突变,18例患者存在1种CEBPA突变,而在38例正常人中没有发现CEBPA突变。与测序结果比较,片段长度分析检测CEBPA突变是敏感和有效的。结论片段长度分析是一种快速、敏感地筛查CEBPA基因突变的方法,适合常规的AML诊断。     

汉族人多囊肾病1型致病基因突变检测体系的建立及初步应用

目的 建立适合筛查汉族人多囊肾病1型致病基因（PKD1）突变的检测体系。方法 利用设计的82对引物[8对针对PKD15′端多拷贝区的长链聚合酶链式反应（PCR）引物和57对巢式PCR引物，17对针对3′端单拷贝区PCR引物]分别对PKD1的46个外显子进行扩增，扩增产物通过单链构象多态性（SSCP）分析筛检出异常条带后，再经测序确定基因突变位点。利用建立的PCR－SSCP检测体系对汉族人2个常染色体显性遗传性多囊肾病患者家系进行PKDA1突变检测，健康献血员为对照。结果 用82对PCR引物，可成功扩增PKD1各个外显子区域，并经测序证实为PKD1目的片段。将建立的SSCP－PCR基因突变检测体系，分别从2个汉族人常染色体显性多囊肾病（ADPKD）家系检测出PKD1基因Del 3 bp(G49761-G49763)和C47629T2个突变，其可分别导致编码产物第3827位缺失谷氨酸（Glu3827)和第3555位丝氨酸，而产生由苯丙氨酸(S3555F)替代的改变。结论 本研究建立的PCR－SSCP检测体系，可完成PKD1各外显子区域特异性扩增，并成功检测出汉族人2个ADPKD家系基因突变位点，不仅为PKD1基因突变的致病机理研究提供宝贵资料，而且为下一步汉族人多囊肾病的大规模基因突变筛查和临床诊断试剂盒的研制奠定了基础。     

酶联免疫吸附法与聚合酶链式反应法对慢性肝病检测结果比较

选取2012年6月至2014年6月本院收治的81例肝病患者作为研究样本,分别对其应用免疫吸附法(ELISA)与聚合酶链式反应法(PCR)法开展相关检验,比较两种检测方法的符合率并分析临床最佳应用方案。结果 ELISA法与PCR法检验的临床符合率分别为71.6%和96.3%,PCR法显著高于前者,具有统计学差异(P0.05)。慢性肝病患者的临床治疗效果与早期诊断密切相关,采用PCR法开展血清病毒相关检验具有更好准确程度,可充分保证治疗的合理性,值得临床推广应用。     

应用实时荧光聚合酶链反应技术与第二代杂交捕获法检测高危亚型人乳头瘤病毒

目的比较实时荧光聚合酶链反应（PCR）与第2代杂交捕获法（HC-Ⅱ）2种人乳头瘤病毒（HPV）检测方法。方法采用实时PCR与HC-Ⅱ分别检测223例宫颈脱落细胞标本中的高危亚型HPV，对结果不一致的标本进行测序分析。结果实时PCR和HC-Ⅱ2种方法检测高危亚型HPV的一致性较好，总符合率为77％，总一致性指数（Kappa指数）为0．538。其中，高度鳞状上皮细胞内病变（HSIL）组二者的符合率为82％，Kappa指数为0．410，一致性比其他组好。结论实时PCR与HC-Ⅱ检测结果一致性较好，尤其对于HSIL患者，可作为临床上HPV高危亚型检测的有效手段。     

基于16S rRNA的聚合酶链反应技术用于肺部感染患者痰标本中军团菌的检测

目的建立实时荧光定量聚合酶链反应(real-time PCR)方法,检测肺部感染患者痰液中军团菌属特异性16S rRNA基因。方法利用军团菌属特异性16S rRNA基因保守序列设计引物和探针,优化反应条件和反应体系,对嗜肺军团菌、非嗜肺军团菌及其他病原菌标准菌株进行检测,验证该方法的特异性和敏感性。对150例肺部感染患者痰液标本进行检测,阳性者对基因扩增产物测序作验证试验。结果该方法检测军团菌属所有标准菌株均出现阳性信号,其他非军团菌属检测结果均为阴性,灵敏度为10 cfu/ml。150例肺部感染患者的痰液标本,经荧光定量PCR法检出军团菌阳性27例,阳性率为18.0%(27/150),经16S rRNA基因测序验证,阳性率为15.0%(22/150),经χ2检验二者差异无统计学意义(χ2=3.2,P﹥0.05),表明其较好的符合性和等效性。结论 realtime PCR法检测患者痰液标本中军团菌,具有快速、敏感、特异等特点,适用于临床军团菌感染调查及快速检测。     

高分辨率熔解曲线法检测CBS基因SNP的技术优化

目的：探索高分辨率熔解曲线法（highresolutionmelting,HRM）检测胱硫醚β-合酶（CBS）基因SNP位点所需的最佳反应体系和条件,建立快速高效的对CBS基因分型的方法。方法通过普通PCR初步确立引物的退火温度范围,在实时荧光定量PCR（qPCR）-HRM反应中调整确定最佳退火温度。对影响qPCR-HRM的因素包括反应程序、模板DNA、MgCl2再分别进行优化,确立最佳反应体系和反应条件,对在此基础上得出的基因分型结果通过测序验证其准确性,从而建立系统的HRM检测CBS基因SNP的方法。结果HRM检测CBS基因该片段最佳退火温度为62℃,qPCR-HRM最佳反应体系为20μl,引物浓度为0．2μmol/L,Mg2＋为2．5μmol/L,模板DNA为60ng。在优化的体系条件下筛选出的突变型样本经测序验证与实验结果一致。结论HRM可以作为检测SNP准确、经济、高效的方法。     

荧光定量分型PCR法在HBV-DNA检测中的应用

目的：探讨荧光定量分型PCR法在乙型肝炎病毒（HBV）-DNA检测中的作用,为HBV基因的分型提供参考。方法对120份 HBV-DNA阳性样本分别采用荧光定量分型PCR法和直接测序法检测,比较两种方法的检测效果。结果120份样本均被荧光定量分型PCR 法和直接测序法成功分型,荧光定量分型PCR 检出29（24．17％）例混合感染样本,直接测序法检出7（5．83％）例,前者检出率高于后者（χ^2＝15．817,P＝0．000）;两种方法的一致性较好（Kappa 值为81．67％）;检测结果不一致的样本经TA 克隆后,证实与荧光定量分型PCR 法的检测结果一致。结论荧光定量分型PCR 法是一种简便、快速高效的HBV 基因分型法,对基因型混合感染样本的检出率高于直接测序法,且正确率高。     

建立一种EGFR突变检测的凸环引物荧光PCR新方法

目的建立一种能快速、有效检测EGFR突变的凸环引物荧光PCR新方法。方法同时用凸环引物荧光PCR技术法和Sanger测序法对混有不同比例的EGFR突变型质粒的样本进行对照检测,以对比两者灵敏度;采用两种方法对93例肺癌组织的EGFR基因进行热突变位点E746一A750del和L858R的检测,并统计其符合率。结果在93例肺癌组织的DNA中,凸环引物荧光PCR技术法和Sanger测序法检测到EGFR突变分别为29例（E746．A750del15例,L858R14例）和28例（E746-A750del15例,L858R13例）,符合率达96．6％,且凸环引物荧光PCR技术法能检测出混有5％突变质粒型的样本,其灵敏度达5％,比Sanger测序法高。结论凸环引物荧光PCR技术法比测序法更为简便,且灵敏度更高,易于实现,2小时内即可得出准确结果。     

PCR-荧光探针法检测乙型肝炎病毒YMDD变异与DNA序列分析法的比较

目的 评估聚合酶链反应(PCR)-荧光探针法用于乙型肝炎病毒基因聚合酶区YMDD变异检测的敏感性、特异性和准确性.方法 采用PCR-荧光探针法和DNA序列分析法,平行比对检测202份标本中HBV YMDD变异情况.结果 以DNA序列检测分析为相对标准,PCR-荧光探针法检测YMDD变异的相对灵敏度为99.06%,相对特...     

多重聚合酶链反应在α-珠蛋白生成障碍性贫血诊断中的应用

目的探讨应用多重聚合酶链反应(PCR)技术在缺失型α-珠蛋白生成障碍性贫血(HbH)患者基因类型快速诊断中的价值。方法选择沈阳医学院奉天医院2006年1月至2012年1月收治入院,采用多重PCR进行HbH检测的疑似HbH患者202例的临床资料进行回顾性分析,并对样本进行基因类型测序及血液实验学参数分析。结果本研究中疑似为HbH的202份临床标本,基因检测证实其中136例为HbH。与PCR检测相比,一管法红细胞脆性、平均红细胞容积、平均红细胞血红蛋白含量与红细胞分布宽度变异系数检测的灵敏度分别为85.29%、99.44%、73.53%和61.03%,特异性分别为69.70%、66.67%、62.12%和60.61%。在136例HbH患者中--SEA/αα104例、-α3.7/αα14例、-α4.2/αα4例、-α3.7/--SEA 11例和-α4.2/--SEA 3例,分别占76.47%、10.29%、2.94%、8.09%和2.21%。结论多重PCR方法能快速检测HbH基因型,尤其是HbH的双重HbH基因型,操作简便,结果准确,可应用于临床HbH的基因型检测,尤其适用于大规模人群的HbH基因型筛查。