ARMS法和Sanger测序法检测结肠癌KRAS基因突变的比较

目的探讨ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变的差异。方法整理收集南方医院2013—2016年间手术切除的113例结肠癌标本,同时应用ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变,分析两种方法的检测结果以及检出模式,考察两种方法的检测差异程度。结果 113例结肠癌手术标本ARMS法和Sanger测序法检出KRAS基因突变的阳性率分别为47.8%(54/113)和34.5%(39/113),两种方法检测结果阳性符合率为72.2%(39/54)。ARMS法检测总突变率显著高于Sanger测序法(P0.05);ARMS法检测4种单碱基的突变率均高于Sanger测序法(P0.05)。其中4例Sanger测序法检测结果为(+),ARMS法为(-);19例标本ARMS法检测结果为(+),用Sanger测序法检测结果为(-);另有1例标本用ARMS法检测到有GGTGAT(G12D)和GGCGAC(G13D)双突变。结论 ARMS法和Sanger测序法各有优缺点,2种方法检测,其结果一致。ARMS法能检测出的阳性病例更多,且结果差异显著,而Sanger测序法检测突变种类较多。综合考虑临床检测结肠癌手术标本KRAS基因突变应以ARMS法为主,Sanger测序法作为补充,可提高KRAS基因突变检出率。     

蝎子PCR法与传统测序法检测K-ras基因突变的比较

目的建立一种简单、便捷、有效检测K-ras突变的蝎子PCR新方法.方法同时用蝎子PCR法和Sanger测序法对87例结直肠癌组织的K-ras基因进行热突变型G12D(GGT>GAT)进行检测,统计其符合率.结果87例结直肠癌组织样本中,蝎子PCR法和Sanger测序法检测到同样9例G12D突变,其符合率为100%.结论蝎子PCR法能有效检测到K-ras突变,且比Sanger测序法更为简便、快速,适合临床应用.     

HRM法检测结直肠癌患者循环DNA中KRAS和EGFR基因突变

摘要:目的：探讨高分辨率熔解曲线(HRM) 法检测结直肠癌患者循环DNA中KRAS和EGFR基因突变的可行性。 方法：用HRM法检测70例结直肠癌患者KRAS基因2号和3号外显子以及EGFR基因19和21号外显子的突变情况,用直接测序法验证结果的准确性。 结果：70 例结直肠癌患者血液标本经HRM法、直接测序法分别检测到18例(25.7%)和17例(24.3%)KRAS基因2号外显子突变;均检测到3例EGFR基因19号外显子突变(4.3%);两法均未检测到3号外显子和21号外显子突变。HRM检测与直接测序法结果符合率为99.6% (279/280)。 结论：HRM法检测结直肠癌患者血样本KRAS和EGFR基因突变,具有准确度高、操作简单、检测成本低等优点,适合在临床推广应用。     

某地区结直肠癌患者KRAS基因及BRAF基因突变状态的检测分析

目的 检测某地区结直肠癌患者KRAS基因和BRAF基因的突变状态及其与年龄、性别的关系.方法 由某地区30例结直肠癌患者石蜡组织中提取DNA,通过直接测序法及荧光定量PCR法检测KRAS基因及BRAF基因突变状态.结果 KRAS基因突变率为43.3%,共发现6种突变类型,主要位于12、13密码子,其中以c.38G>A突变率最高(38.5%).单因素及多因素分析均提示KRAS突变与年龄或性别无相关性.BRAF基因突变率为0.结论 某地区结直肠癌患者KRAS基因突变率高,靶向治疗前进行突变状态检测具有重要临床价值.     

酶切富集联合DHPLC检测肿瘤患者外周血EGFR和KRAS基因突变及其临床应用

目的 建立一种REDE-DHPLC检测外周血肿瘤游离核酸EGFR、KRAS基因突变的方法,并探讨其临床应用价值.方法 采用限制性内切酶Mse Ⅰ、Msc Ⅰ、BstN Ⅰ和BglⅠ分别切断EGFR基因第19、21号外显子和KRAS基因第12、13号密码子的野生型片段以富集突变片段,建立检测血浆EGFR和KRAS基因突变的REDE-DHPLC法,并采用50%、10%、5%、1%和0.1%稀释度的质粒标准品评价REDE-DHPLC法和传统DHPLC法的检测灵敏度.然后,采用REDE-DHPLC法检测120例NSCLC和120例结直肠癌患者血浆和石蜡组织标本中的EGFR和KRAS基因突变.同时,用传统DHPLC法和测序法进行平行检测,以评价REDE-DHPLC法检测NSCLC和结直肠癌患者血浆中2个基因突变的诊断效能.结果 REDE-DHPLC法对EGFR和KRAS基因4个突变位点检测的灵敏度均达0.1%,传统DHPLC法检测灵敏度均为1.0%,REDE-DHPLC法对含0.1%突变的质粒标准品重复2～3次检测均为阳性.REDE-DHPLC法、传统DHPLC法和测序法检测120例NSCLC患者血浆EGFR基因总突变率分别为27.5%、16.7%和12.5%,检测120例结直肠癌患者血浆KRAS基因总突变率分别为38.3%、25.8%和16.7%.REDE-DHPLC法检测EGFR和KRAS基因总突变率均高于传统DHPLC法(x2值分别为4.092、4.301,P均＜0.05)和测序法(x2值分别为8.438、14.127,P均＜0.05);将REDE-DHPLC法检测EGFR和KRAS基因突变与传统DHPLC法相比,敏感度均为100%(20/20,31/31),特异度分别为87.0%(87/100)和83.2%(74/89);与测序法相比,敏感度均为100%(15/15,20/20),特异度分别为82.9%(87/105)和74.0%(74/100).REDE-DHPLC法与传统DHPLC法检测EGFR、KRAS基因突变的符合率分别为89.2%(107/120,Kappa=0.690,P＜0.05)和87.5%(105/120,Kappa=0.718,P＜0.05).REDE-DHPLC检测血浆与组织标本中EGFR和KRAS基因总突变符合率分别为91.7%(33/36,Kappa=0.939,P＜0.05)和90.2%(46/51,Kappa=0.914,P＜0.05).结论 REDE-DHPLC法灵敏度和特异性高,结果易判读,且可有效避免纯合点突变漏检,有望成为临床实验室外周血EGFR和KRAS基因突变检测的推广方法.

Abstract：

Objective To establish a REDE-DHPLC method for detecting the EGFR and KRAS mutations in plasma DNA from tumor patients, and investigate its clinical significance. Methods Restriction endonucleases Mse Ⅰ , Msc Ⅰ , BstN Ⅰ and Bgl Ⅰ were used to digest the wild type fragments of exon 19,exon 21 of EGFR gene and coden 12, 13 of KRAS gene for enriching the mutation fragments, and REDE-DHPLC method was established to detect EGFR and KRAS mutations. The sensitivities of REDE-DHPLC and conventional DHPLC were analyzed by using a series of plasmids containing 50%, 10%, 5%, 1% and 0. 1% mutation genes. Then, Plasma samples and paraffin-embedded tissue samples of 120 NSCLC patients and 120 colorectal cancer patients were detected by REDE-DHPLC. Compared with conventional DHPLC and sequencing, the diagnostic efficiency of REDE-DHPLC method was evaluated by detecting the mutation status of 2 genes in plasma of NSCLC and colorectal cancer patients. Results The sensitivity values of REDE-DHPLC and conventional DHPLC for detecting mutations in 4 loci were 0. 1% and 1%respectively. Plasmid DNA containing 0.1% mutation gene was detected to be positive continually for 2 to 3 times by REDE-DHPLC. EGFR mutation rates of 120 plasma from NSCLC patients detected by REDE-DHPLC, conventional DHPLC and sequencing methods were 27. 5%, 16. 7% and 12.5% respectively, and KRAS mutation rates of 120 plasma from colorectal cancer patients were 38. 3%, 25. 8% and 16. 7%,respectively. The positive rates of EGFR and KRAS mutation detected by REDE-DHPLC were significantly higher than conventional DHPLC(x2 = 4. 092, 4. 301, all P ＜ 0. 05 ) and sequencing method (x2= 8. 438,14. 127,all P ＜ 0. 05 ). In comparison with conventional DHPLC, the sensitivities of REDE-DHPLC for detecting EGFR and KRAS mutation were 100% (20/20,31/31), the specificities were 87. 0% (87/100)and 83. 2% (74/89). In comparison with sequencing method, the sensitivities of REDE-DHPLC were 100%( 15/15,20/20), the specificities were 82.9% (87/105)and 74. 0% (74/100). The coincidence rate of the two methods for detecting EGFR and KRAS mutation were 89. 2% ( 107/120, Kappa = 0. 690, P ＜ 0. 05 ) and 87.5% ( 105/120, Kappa= 0. 718, P ＜ 0. 05 ). The Consistency of EGFR and KRAS mutation status in plasma and tissues detected by REDE-DHPLC were 91.7% (33/36, Kappa =0. 939,P ＜0. 05)and 90. 2 %(46/51, Kappa = 0. 914, P ＜ 0. 05 ), respectively. Conclusions The REDE-DHPLC method is highly sensitive and specific for detecting EGFR and KRAS mutations in plasma DNA from tumor patients. The results are easy to be interpreted without missing homozygous point mutation, which indicate that the detection of EGFR and KRAS mutations in plasma DNA by REDE-DHPLC could therefore extend to be usedin clinical laboratory.     

焦磷酸测序法检测结直肠癌患者K-ras基因外显子2第12和13密码子点突变

目的 探讨焦磷酸测序法检测结直肠癌患者肿瘤组织K-ras基因外显子2第12和13密码子点突变方法的临床应用价值.方法 以已知K-ras基因突变的结直肠癌细胞株SW480、DLD-1和野生型细胞株HT-29 DNA作为测序模板检验焦磷酸测序法的准确性.对含不同比例(2％、3％、5％、10％、20％、30％和50％)结直肠癌细胞株K-ras基因的DNA混合样本采用焦磷酸测序法进行基因突变率检测,并与Sanger测序结果平行进行Fisher精确检验比较,评价其灵敏度.同时用焦磷酸测序法检测分析30份临床结直肠癌患者石蜡包埋组织中K-ras基因第12和13密码子突变.结果 当混合已知突变类型的结直肠癌细胞株K-ras基因的DNA样本突变DNA比例在5％和10％浓度时,Sanger测序法检出K-ras基因突变率分别为33.3％ (4/12)和58.3％ (7/12),焦磷酸测序法分别为91.7％(11/12)和100％( 12/12),且2种方法检出K-ras基因突变率的差异有统计学意义(P＜0.05).此外,用焦磷酸测序法从30例结直肠癌患者石蜡包埋组织标本中检出K-ras基因外显子2第12和13密码子突变10例,均为杂合型突变,突变率为33.3％ (10/30).最常见的突变类型为G＞A转换[50％(5/1O)]和G＞T颠换[(30％(3/10)].结论 焦磷酸测序法检测结直肠癌K-ras基因外显子2第12和13密码子突变具有敏感、准确的优点,可用于临床个体化治疗中肿瘤基因突变检测.     

基于下一代测序平台的结直肠癌KRAS基因检测

目的 基于下一代测序技术,检测和分析结直肠癌KRAS基因的突变情况,以及评估其应用于临床分子诊断中的可行性.方法 应用Ion Proton半导体测序仪,检测108例结直肠癌患者的石蜡包埋组织样本的KRAS基因突变情况,并与作为金标准的一代测序检测结果进行对比.结果 下一代测序检测结果与一代测序检测结果基本一致,符合率为94％,灵敏度高达100％.结论 通过对108例临床样本的检测分析后,该下一代测序检测方法可用于检测结直肠癌KRAS基因突变情况.     

一种KRAS基因突变检测方法的建立及初步应用

目的建立一种KRAS基因实时荧光定量PCR-Sanger测序突变检测方法,并初步探讨其临床应用价值。方法以KRAS基因热点突变区域12、13密码子为研究位点设计特异性扩增、测序引物,利用已知野生型、突变型样品以TA克隆技术构建相应质粒作为标准品,建立KRAS基因实时荧光定量PCR—Sanger测序突变检测方法,并进行方法学和应用评估。结果成功构建了KRAS基因12、13密码子野生型、突变型质粒。建立了KRAS基因实时荧光定量PCR—Sanger测序突变检测方法,该方法灵敏度高（9．39×10^1copies／uL）,重复性好（实时荧光定量PCR部分批内、批间变异系数分别为1．60％、2．54％）。该法与传统Sanger测序法同时检测40例临床样品,结果符合率为100％。结论本研究成功建立了可用于临床样品检测的KRAS基因实时荧光定量PCR—Sanger测序突变检测方法。     

结直肠癌患者应用ARMS法检测KRAS、NRAS、PIK3CA、BRAF基因突变分析

目的探讨结直肠癌(CRC)患者应用扩增阻碍突变系统(Amplification Refractory Mutation System,ARMS)法检测KRAS、NRAS、PIK3CA及BRAF基因突变情况并分析其与临床病理特征的关系。方法收集中国医科大学附属盛京医院60例结直肠癌患者手术切除组织,采用ARMS法检测KRAS、NRAS、PIK3CA及BRAF基因突变情况。结果 KRAS基因突变23例,突变率为38.3%;NRAS基因突变1例,突变率为1.7%;PIK3CA基因突变4例,突变率为6.7%;BRAF基因突变3例,突变率为5%。检出双突变2例,分别为PIK3CA与KRAS突变,PIK3CA与BRAF突变。有淋巴结转移患者KRAS基因突变率显著高于无淋巴结转移患者(P=0.031)。KRAS、NRAS、PIK3CA、BRAF基因突变之间无明显相关性。结论在结直肠癌患者中,KRAS基因突变率最高,且多发生于有淋巴结转移患者,NRAS、PIK3CA、BRAF基因突变率较低。对结直肠癌患者进行KRAS、NRAS、PIK3CA、BRAF基因联合检测,为临床个体化靶向治疗提供更准确的理论依据。     

同时性结直肠癌原发灶和肝转移灶中KRAS基因突变的一致性分析

目的:比较KRAS基因突变率在结直肠癌原发灶和肝转移灶之间的差异,并探索KRAS突变对初始可切除同时性结直肠癌肝转移患者同期切除术后预后的影响。方法:回顾性分析同期切除的139例同时性结直肠癌肝转移患者的临床病理资料。运用Pyrosequencing焦磷酸测序法检测原发灶和转移灶中KRAS基因的突变情况,比较两者之间KRAS突变率的差异;同时采用Kaplan-Meier生存分析和Cox回归模型分析KRAS突变对预后的影响。结果:139例患者的围手术期死亡率为0%,并发症发生率为28.1%。28.8%(40/139)的患者原发灶中KRAS发生了突变;KRAS突变和临床病理因素无明显相关性。KRAS突变率在原发灶中为29.5%(28/95),在转移灶中为31.6%(30/95),两者间差异无显著统计学意义(P=0.157)。KRAS突变与总生存时间无相关性,与较短的无疾病生存时间相关(P=0.041),且是短的无疾病生存时间的独立预后因素(P=0.012)。结论:KRAS突变率在原发灶和转移灶中存在高度一致性,且与短的无疾病生存时间相关,在决定同期手术决策时需要考虑KRAS状态。     

HRM法检测结直肠癌组织KRAS基因密码子12和13点突变

目的 建立HRM法检测大肠癌患者肿瘤组织KRAS(v-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog)基因突变的方法 .方法 采用HRM法对含不同比例KRAS基因突变型质粒的系列混合样本进行检测,以评价其灵敏度.应用HRM法检测60份大肠癌患者新鲜肿瘤组织KRAS基因密码子12和13的突变状况,并与直接测序法的结果 进行比较分析.结果 HRM法只需在PCR结束后直接运行高分辨熔解,即可获得检测结果 .HRM法可检出系列混合样本中突变型质粒比例为10%的突变,其检测灵敏度达10%.HRM法从60份大肠癌患者组织标本中,检出17份KRAS基因密码子12或13突变(28.3%);直接测序法检出15份(25.0%)突变,2份未检出KRAS基因突变.HRM法检测的敏感度为100%(15/15),特异度为96%(43/45).结论 HRM法在筛选大肠癌标本的KRAS基因突变类型时,具有操作简便、快速、灵敏,单管避免污染等优点,完全符合临床个体化治疗的要求,值得推广.     

建立一种HBV突变检测的蝎子实时荧光PCR新方法

目的：为 HBV 突变检测建立一种有效、快速、简捷的蝎子实时荧光 PCR 新方法。方法同时用蝎子实时荧光 PCR 新方法和 Sanger 测序法对比：对157例 HBV 患者的血清的 DNA 进行 HBV 基因rtN236T 突变检测,统计其符合率;通过对混有不同比例的 HBV 基因 rtN236T 突变核酸的样本进行对照检测来比较两者的灵敏度。结果在157例 HBV 患者的血清样本中,蝎子实时荧光PCR 新方法检测到 rtN236T 突变的有69例,而 Sanger 测序法检测的有68例,其符合率为98.6％;蝎子实时荧光PCR 新方法能检测出混有5％突变的样本,其灵敏度达5％,比 Sanger 测序法高。结论蝎子实时荧光 PCR 新方法能有效检测到 HBV 突变,且比 Sanger 测序法更为简单、快速、灵敏度高,适合临床应用。     

胰腺癌中EGFR、KRAS、BRAF基因突变状况分析及意义

目的:检测胰腺癌组织EGFR、KRAS、BRAF基因突变状况,为胰腺癌EGFR靶向治疗研究奠定基础.方法:提取胰腺癌及胰腺良性病变石蜡组织切片中基因组DNA,PCR扩增EGFR 18、19、21外显子片段,KRAS2、3外显子片段,BRAF15外显子片段,采用直接测序法检测其突变状况.结果:32例胰腺癌患者中有24例患者存在KRAS基因突变,10例良性病变组织均未发现突变,两者差异具有统计学意义(x2=14.57,P=1.35× 10-4),其中22例12密码子突变(G12D14例,G12V8例);2例61密码子突变(Q61L).所有检测样本中未见BRAF突变.共3例EGFR突变,其中包括1例19外显子突变(de1746-750),2例21外显子突变(L858R),10例良性病变组织未见突变.结论:在胰腺癌中KRAS基因突变可能为EGFR通路失调的主要原因,其次是EGFR突变,BRAF突变未见.     

Impact of KRAS mutations on clinical outcomes in pancreatic cancer patients treated with first-line gemcitabine-based chemotherapy

Although erlotinib has become an important therapeutic option in addition to gemcitabine, the high frequency of KRAS mutations in pancreatic cancer probably limits the benefits. We retrospectively studied 136 pancreatic cancer patients with available formalin-fixed paraffin-embedded tumor blocks from 2003 to 2009 to understand the clinical significance of KRAS mutations in pancreatic cancer patients treated with gemcitabine-based chemotherapy. KRAS mutations were analyzed by sequencing codons 12, 13, and 61. In this study, 71 (52.2%) of the 136 pancreatic adenocarcinomas examined harbored a point mutation in codons 12 (n = 70) and 61 (n = 1) of KRAS. KRAS mutation was not associated with clinicopathologic parameters. Patients with KRAS mutations showed a worse response (11.3%) than those with wild-type KRAS (26.2%) and poor survival (mutant KRAS, 5.8 months vs. wild-type KRAS, 8.0 months; P = 0.001). Multivariate analysis revealed good prognostic factors for overall survival as well to moderately differentiated histology (P < 0.001; HR = 0.437, 95% CI: 0.301-0.634), locally advanced disease (P < 0.001; HR = 0.417, 95% CI: 0.255-0.681), response to first-line chemotherapy (P = 0.003; HR = 0.482, 95% CI: 0.297-0.780), and wild-type KRAS (P = 0.001; HR = 0.523, 95% CI: 0.355-0.770). However, the observed survival advantage is derived from the subgroup of patients treated with gemcitabine/erlotinib (9.7 vs. 5.2 months; P = 0.002), whereas no survival difference based on KRAS mutation status is obvious in the other subgroup of patients treated without erlotinib (7.0 vs. 7.0 months; P = 0.121). These results need to be further explored in upcoming prospective studies to provide a rationale for personalized medicine in pancreatic cancer.     

建立一种EGFR突变检测的凸环引物荧光PCR新方法

目的建立一种能快速、有效检测EGFR突变的凸环引物荧光PCR新方法。方法同时用凸环引物荧光PCR技术法和Sanger测序法对混有不同比例的EGFR突变型质粒的样本进行对照检测,以对比两者灵敏度;采用两种方法对93例肺癌组织的EGFR基因进行热突变位点E746一A750del和L858R的检测,并统计其符合率。结果在93例肺癌组织的DNA中,凸环引物荧光PCR技术法和Sanger测序法检测到EGFR突变分别为29例（E746．A750del15例,L858R14例）和28例（E746-A750del15例,L858R13例）,符合率达96．6％,且凸环引物荧光PCR技术法能检测出混有5％突变质粒型的样本,其灵敏度达5％,比Sanger测序法高。结论凸环引物荧光PCR技术法比测序法更为简便,且灵敏度更高,易于实现,2小时内即可得出准确结果。     

Sanger测序技术在检测肺癌吉西他滨化疗耐药敏感基因CDA中的应用

目的分析吉西他滨耐药敏感基因胞苷脱氨酶(CDA)多态性位点突变,以实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)法为参照,探讨Sanger测序技术应用于临床样本检测的适用性。方法随机选取255例ⅢB和Ⅳ期晚期非小细胞肺癌(NSCLC)外周血样本,提取DNA,分别采用qPCR法和Sanger测序法检测CDA基因G208A和A79C突变情况,评价Sanger测序法检测的敏感度和特异度。结果 255例ⅢB和Ⅳ期晚期NSCLC外周血样本Sanger测序法和qPCR法检测CDA基因突变的成功率分别为98.04%(250/255)和97.25%(248/255)。以qPCR法为参照,Sanger测序法检测的敏感度和特异度分别为92.50%和99.52%,两种方法检测出的突变分型完全吻合。结论采用Sanger测序法可有效检测耐药基因CDA突变,实现了突变分型,可准确、高通量、高效检测CDA突变位点,为临床NSCLC对吉西他滨用药敏感提供一种有效检测手段。     

焦磷酸测序法快速检测胰腺癌K-ras基因点突变

目的 建立基于焦磷酸测序技术的胰腺癌K-ras基因点突变的检测方法,并与Sanger测序法作一比较.方法 用焦磷酸测序法(Pyrosequencing)和Sanger测序法(Sanger sequencing)分别在10名正常胰腺组织、49例胰腺癌、11例慢性胰腺炎、18例胰腺良性囊肿、7例胰岛素癌、9例壶腹癌、7例胆管癌及7例十二指肠乳头癌石蜡包埋组织的DNA中检测K-rag基因12密码子点突变.结果 采用上述两种方法在所有正常胰腺组织、慢性胰腺炎、胰腺良性囊肿、胰岛素癌、壶腹癌、胆管癌及十二指肠乳头癌均未见K-ras基因点突变,而采用焦磷酸测序法发现胰腺癌石蜡包埋组织K-ras基因点突变率为71.4%(35/49),显著高于采用Sanger测序法发现胰腺癌石蜡包埋组织K-rag基因点突变率(61.2%,30/49).结论 焦磷酸测序法较Sanger测序法更为敏感,且焦磷酸测序法准确、快速、高通量,适合临床标本的批量测定.