13 种河豚鱼CO I基因部分DNA序列分析及在物种鉴定中的应用

应用CO I基因聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增通用引物,对福建省和海南省搜集的3?属13?种河豚鱼样品与9?个未知种名的河豚鱼样品的CO?I基因靶序列片段进行PCR扩增和测序,13?个已知物种样品的DNA序列提交基因库（GenBank）,取得相应的登录号。各物种CO I基因靶序列长度均为681 bp。应用DNAMAN V6软件对样品的DNA序列进行同源性比对分析,建立样品间系统关系同源树。基于CO I基因序列,供试13 个样品被划分为4?个类群组。群间的同源率为84%,群内同源率为90%～100%。根据序列同源性分析结果,9?个未知种名的样品被归类到2?个类群组中,判定这9?个样品为东方鲀属或腹刺鲀属,其中1?个样品（HNW2）为月腹刺鲀,4?个样品（HNW3、HNW4、FJW2、FJW5）为棕斑腹刺鲀,1?个样品（HNW1）为暗鳍腹刺鲀;3?个样品（FJW1、FJW3、FJW4）为横纹东方鲀。探讨基于DNA条形码技术的CO I基因靶序列片段在河豚鱼种属鉴别中应用的可能性。     

河豚鱼16S rRNA基因部分DNA序列分析及应用

应用16S rRNA基因聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增通用引物,对3 属13 种福建省搜集的河豚鱼样品与9 个未知物种的河豚鱼样品的16S rRNA基因序列中的部分片段进行PCR扩增与脱氧核糖核酸（deoxyribonucleic acid,DNA）碱基序列测定,各物种序列长度在611～614 bp之间。应用DNAMAN V6软件进行样品间DNA序列同源性比对分析,建立样品间系统关系同源树。供试13 个样品被划分为4 个类群组,群间的同源率为87%,群内同源率为94%～100%。根据序列同源性分析结果,9 个未知种名的样品被归类到3 个类群组中,推测9 个未知种名的样品为东方鲀属或腹刺鲀属。探讨了16S rRNA基因部分DNA序列测试及同源性分析技术在河豚鱼种属鉴别中应用的可能性。     

河豚鱼Cyt b基因部分DNA序列分析与应用

建立河豚鱼物种DNA鉴别技术,根据GenBank公布的河豚鱼细胞色素b基因序列,应用软件Primer Premier5.00版设计上游引物HT1-F与下游HT1-R,对3属9种福建省搜集的常见的河豚鱼与2种未知物种名称且外观无法进行形态学判断的河豚鱼样品的细胞色素b基因序列中的部分片段进行PCR扩增,PCR产物通过琼脂糖凝胶电泳确证、纯化后,进行DNA碱基序列测定,序列长度均为423bp。应用DNA MANN软件进行样品间DNA序列同源性比对分析,建立样品间系统关系树状图,供试11个样品被划分为3个类群,第Ⅰ组与第Ⅱ组之间的同源率为89%,这2组与第Ⅲ组之间的同源率为85%。根据序列同源性分析结果,可推测2个未知种名的样品为腹刺鲀属或东方鲀属。     

COI及cytb基因对河鲀鱼鱼种鉴定的适用性研究

目的建立河鲀鱼DNA条形码鉴定方法,探讨细胞色素氧化酶亚基I(COI)及细胞色素b(cytb)基因对我国常见东方鲀属、兔头鲀属河鲀鱼鱼种鉴定的适用性。方法野捕河鲀鱼经形态学鉴定后,钓取COI及cytb基因序列并测序。从Gen Bank下载已有河鲀鱼参考序列,分别构建COI及cytb基因分子进化树,确定样品种属并与形态学鉴定比对。应用所建方法对中毒样品进行河鲀成分鉴定。结果 COI和cytb基因分子进化树将57份样品聚类到东方鲀属和兔头鲀属的9个鱼种,除棕斑兔头鲀和暗鳍兔头鲀(COI进化树)、暗纹东方鲀和晕环东方鲀(cytb进化树)外,2种条形码均能对其余鱼种进行有效区分。中毒样品经鉴定均含有月兔头鲀。结论所建立的DNA条形码方法可有效鉴定河鲀鱼鱼种,弥补形态学鉴定的缺陷。     

多基因DNA条形码鉴定6 个鳗鱼物种

建立6?种鳗鱼的物种多基因DNA条形码精准鉴定方法。以鳗鱼DNA为模板,采用3?对通用引物对6?种鳗鱼的3?个基因（16S rRNA、Cyt b、COⅠ）部分DNA片段进行聚合酶链式反应扩增、测序,结果6?种鳗鱼各获得3?条16S rDNA（638～643?bp）、Cyt?b（464～466?bp）、COⅠ（705～707?bp）基因部分DNA序列,从中选取各物种序列同源的片段设计3 对新引物对6 种鳗鱼的16S rRNA、Cyt b、COⅠ基因部分DNA片段进行PCR扩增,其产物大小分别为504～507、400、609?bp,再从各片段中筛选出具有6?种鳗鱼物种特异性强的、碱基数分别为262、280、300?bp的3?条DNA片段序列,作为6?种鳗鱼物种的3?个基因的标准DNA条形码,应用DNAMAN?V6软件进行同源性分析,并通过GenBank数据库的比对验证,制定了供检测实践用的同源率判别指标,建立鳗鱼物种的多基因条形码检测方法。应用该方法对30?个待检鳗鱼样品进行检测,结果表明,各样品基于3?个基因DNA条形码的比对,符合同源率指标,物种判别结果互相吻合,从而精准判别样品的所属物种。该方法稳定、精准、易于操作,可应用于6?种鳗鱼的物种鉴定,值得推广。     

限制性内切酶酶切确证河豚鱼成分PCR检测结果

动植物成分的聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）检测往往出现假阳性结果,为了有效排 除河豚鱼成分检测中出现的假阳性现象,提高检测结果的准确性,应用河豚鱼PCR检测引物进行河豚鱼成分的PCR 检测与限制性内切酶NmeA Ⅲ酶切确证实验。18 个供试样品中3 个样品无PCR扩增产物,判为阴性结果,15 个样品 初步判为疑似阳性。应用限制性内切酶NmeA Ⅲ对疑似阳性样品的PCR产物进行酶切与电泳分析,电泳图谱与河豚 鱼阳性对照不同的2 个样品,判定为假阳性结果,电泳图谱与阳性对照相同的4 个未知学名的河豚鱼加工样品,确 证为阳性结果,即检出河豚鱼成分,PCR产物序列经GenBank同源性序列查询比对（BLAST）予以验证,建立了简 便的河豚鱼成分PCR检测结果确证方法。     

基于DNA条形码技术的海参物种鉴定

DNA条形码技术(DNA barcoding)是一种新型高效的物种鉴别方法。本研究基于DNA条形码技术,以线粒体细胞色素氧化酶I基因(COI)和16S核糖体RNA(16S rRNA)基因作为靶基因对海参物种进行鉴别,结果表明COI基因或16S rRNA基因均能实现大部分海参的物种鉴定,部分样品需结合两个靶基因鉴定出来。将所建立的DNA条形码方法用于市售海参样品的物种鉴定,24份市售海参样品中10份市售海参样品的物种鉴定结果与标签名称相符,6份样品与标签名称不符,存在将低价海参品种标为高价海参的现象;其余8份样品的标签只有商品名但没有明确的物种信息,利用DNA条形码技术对其鉴定可得到明确的海参种名。本研究结果证实DNA条形码技术可应用于市售海参的物种鉴定,为海参的监管提供技术支撑。     

钝裂银莲花Actin基因片段的克隆与序列分析

提取钝裂银莲花叶片中的基因组DNA,用来克隆其Actin基因序列片段,为研究其生理功能及其他基因在钝裂银莲花中的表达和调控奠定基础。根据GenBan中登录的植物肌动蛋白基因同源核苷酸保守序列设计简并引物。以钝裂银莲花叶片总DNA为模板,利用RT—PCR技术获得了3个Actin基因片段。序列分析表明,3个Actin基因片段长为780bp,含有一段内含子,第一段外显子编码128个氨基酸,具有2个Actin基因的功能位点;与其他植物同源序列进行分析表明,其核苷酸序列同源性在81%-90％之间,氨基酸序列同源性在95％-100％之间。第二段外显子编码84个氨基酸,与其他植物同源性序列进行分析表明其氨基酸序列同源性在94％-99％之间。本研究中得到的3个基因序列是Actin基因的同源片段,分别命名为AOACTI,AOACT2,AOACT3。     

滁菊类黄酮3′-羟化酶基因的克隆及分子特性

以安徽滁州地区特有的药食两用植物资源——滁菊(Dendranthema morifolium‘chuju’)为试材,采用同源基因克隆方法克隆滁菊类黄酮3′-羟化酶基因(flavonoid 3′-hydroxylase,f3′h),NCBI注册号HQ256697。结果表明:采自不同地点的滁菊样品均能扩增出一条长381bp的f3′h基因片段,该片段与探针序列GU249553第3外显子对应区域的核苷酸序列同源性达98.69%,同源区域内有5个单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphisms,SNP),其中3个SNPs导致氨基酸编码序列的改变。滁菊与葡萄属(Vitis vinifera)、高粱属(Sorghum bicolor)、芸苔属(Brassica napus)、牵牛属(Ipomoea nil Magenta)、苹果属(Malus×domestica)、番薯属(Ipomoea purpurea)等物种f3′h基因的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别在60%～98%和68%～97%之间。不同植物f3′h基因的分类与物种间的亲缘关系存在明显的相关性,菊属植物f3′h基因在系统进化中处于较高位置。     

烟草CONSTANS同源基因的克隆与分析

日照长度影响植物的生长发育,在拟南芥中CONSTANS是植物光周期开花途径中的关键基因。利用同源序列法结合RACE 技术从短日照烟草品种Kutsaga.Mammoth10 中分离出了开花时间相关的CO(CONSTANS)同源基因,并命名为NtCO1(基因登录号JN022535.1)。经序列分析,NtCO1 全长1493 bp,具有完整的开放阅读框(ORF,81~1292 bp),编码403 个氨基酸;具有CO 蛋白典型的结构域;氨基末端有两个B-box 结构,羧基末端有CCT 保守结构域。氨基酸同源性比对发现,NtCO1 与茄科CO 同源蛋白一致性最高,同马铃薯CO 序列一致性达到86.5%;与拟南芥CO 蛋白和水稻Hd1 氨基酸序列一致性也分别达到50%和43.7%。基因表达分析表明,NtCO1在叶片中优势表达,茎中次之,根中最弱     

DNA条形码COI序列在常见肉类鉴别中的应用研究

为了对常见的4种肉类及相关肉制品进行掺假鉴定,判别与产品标签是否相符,本研究以COI基因为靶基因,建立了4种动物源性食品DNA条形码鉴别技术。分别提取牛、羊、猪、鸭四大物种的基因组DNA为模板,以其COI基因的保守序列区设计6对通用引物,结合文献报道及数据库提供的7对通用引物进行PCR扩增,并将测序结果提交Gen Bank数据库Blast比对,评价不同DNA条形码的检测鉴别能力。筛选出COI-A为最优序列,在4个物种中扩增效率100%。对抽检的20个批次的肉加工品样品进行检测,鉴定结果约有90%的样品与产品标签标示的成分相符。其中1个批次的牛丸制品因肉类成分含量低未扩增成功,1个批次的牛丸制品检出鸭源成分,判定掺假。DNA条形码技术快速有效,本研究筛选的COI-A序列可直接用于牛、羊、猪、鸭及其肉制品的鉴定,并为其它常见动物源性食品的种类鉴定提供一定参考依据。     

工业微生物菌种改良与重组工程技术

工业微生物菌种改良技术经历了诱变、遗传重组和基因工程技术改良菌种等三个发展阶段,第二代基因工程技术--基因打靶技术具有定位性强、打靶后新基因随染色体DNA稳定遗传的特点,使人们可以有目的地去改造生物的遗传物质,创造有利于生产的微生物新品种。重组工程技术是在大肠杆菌体内利用一个独立噬菌体重组系统,使用40～60bp的同源序列,高效催化线性打靶DNA片段与染色体DNA或质粒载体上的靶基因发生同源重组,对靶基因进行精确修饰。利用重组工程技术构建的打靶载体的同源序列长度可达10kb以上,甚至100kb以上,大大提高了同源重组的效率。重组工程技术具有完全取代传统DNA重组技术的趋势,为微生物的基因打靶技术提供了一个全新、高效手段,广泛应用在微生物菌种改良的基础理论研究和实际应用领域。     

应用DNA条形码技术鉴定烤鱼片、鱼干中河鲀鱼鱼种

应用DNA条形码技术对北京和厦门市市售烤鱼片、鱼干中河鲀鱼成分进行鉴定。方法 以烤鱼片、鱼干中提取基因组DNA为模板,利用针对河鲀鱼细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的特异性引物进行PCR扩增,将扩增产物克隆并测定线粒体COⅠ基因序列。将测序结果与GenBank中已有河鲀鱼的DNA序列进行BLAST比对,并且构建分子进化树。结果 本研究27份样品中有15份能扩增出特异性条带。通过BLAST比对和进化树分析,将15份样品归属到不同的河鲀鱼鱼种中。结论 北京和厦门市市售烤鱼片和鱼干中存在混入河鲀鱼的现象,应加强监管和规范产品的加工程序以避免中毒事件发生。     

阿魏侧耳漆酶基因的克隆

以阿魏侧耳(Pleurotus ferulae lanzi)CGMCC 5.774为实验材料,采用同源基因克隆方法克隆漆酶(Laccase,Lacc)基因。根据刺芹侧耳漆酶基因序列(AM774000.1、DQ234990.1)设计阿魏侧耳漆酶基因扩增引物,以阿魏侧耳c DNA为模板克隆漆酶基因CDS区序列,获得2条阿魏侧耳漆酶基因序列分别命名为PFLacc A(Genbank登录号KP246838)和PFLacc B(Genbank登录号KP246839)。PFLacc A(KP246838)和PFLacc B CDS(KP246839)序列长度均为1602 bp,与刺芹侧耳漆酶全CDS区相似性为97%,阿魏侧耳漆酶基因与刺芹侧耳漆酶基因具有高度的同源性。PFLacc A CDS和PFLacc B CDS序列均为全长的开放阅读框ORF,编码蛋白质长度为533 aa。PFLacc A蛋白和PFLacc B蛋白均包含长度为20 aa的信号肽和Cu-oxidase_3、Cu-oxidase、Cu-oxidase_2 3个结构域;Predict Protein对PFLacc A和PFLacc B二级结构进行分析,并通过SWISS-MODEL预测了该酶的三维结构。     

DNA条形码技术在肉品防欺诈鉴别中的应用

以DNA条形码技术鉴别进出口监督抽检的鱼肉等水产制品的种类来源,用以判别其与申报或产品标签是否相符.分别提取鱼肉等样品的基因组DNA,以目前国际上比较公认的动物线粒体细胞色素氧化酶COⅠ基因通用引物进行PCR扩增.PCR产物经测序分析后,将得到的扩增片段序列与Genbank数据库进行序列比对,同时提交Barcoding Life DNA条形码数据库(BOLD)进行鉴定分析.本批次监督抽检的16份鱼肉、鱼丸等水产制品中除1份样品未能成功获得鱼肉COⅠPCR扩增外,其余15份样品均顺利得到种类来源鉴定,鉴定结果约有31.25％的样品与产品标签标示不符.作为一种简单、快速、有效的分子鉴定技术,DNA条形码可以直接应用于鱼肉等动物源性食品的种类鉴定.     

高通量测序法对7种发酵豆腐细菌组成的比较研究

目的研究不同发酵豆腐的细菌菌群组成,了解此类产品的食品安全风险。方法从市场收集4个省份生产的7个品牌的发酵豆腐样品,并从中提取DNA,对16S rRNA基因的V3区进行PCR扩增,通过高通量测序和序列分析了解样品的细菌组成特征。结果各样品获得序列数平均为4 307条。序列分析结果表明7种样品中厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和梭杆菌门约占全部细菌的97.4%;各样品在门水平上为4~13类,在属水平上,样品的菌群组成复杂,大多数样品的细菌菌属都在10类以上,并发现样品的菌群组成与地域性和制作工艺密切相关;另外,部分样品检出较高丰度的克雷伯菌属、沙门菌属、克罗诺杆菌属等致病菌,及弧菌属、肠杆菌属和变形杆菌属等潜在有害菌属。结论产地和工艺对豆腐中的细菌具有明显的影响,现有发酵豆腐的生产模式造成产品病原菌的过度繁殖,产品存在食品安全风险。     

基于微型DNA条形码的多种动物源性成分的鉴定

通过分析51?种动物的DNA条形码序列,新设计一对微型DNA条形码的通用引物,建立一种联合微型DNA条形码和克隆测序法对动物源性多组分样品进行准确、高效鉴定的方法。用微型DNA条形码分别鉴定11?种常见食用肉类,判断其对物种鉴定的准确性,并比较其与标准DNA条形码对物种的鉴定效果,然后将11?种常见商品肉类等比例混合,探究克隆测序法对混合肉样品的鉴定效果。结果表明：引物有较好的通用性,能对具有不同的引物同源性水平的11?个物种进行有效扩增并获单一条带。微型条形码能准确鉴定11?个肉类物种,与常规DNA条形码鉴定效果一致。经克隆测序法,把混合样品的9?个物种一并检出,总体上达到了较高的检出效率,同时深入讨论了未能检出全部物种的原因。微型条形码良好的物种鉴定能力的研究结果为联合微型DNA条形码与二代测序技术进行混合样品中物种的高效鉴定提供参考依据。     

应用DNA条形码技术对深圳市售花胶鱼种鉴定与分析

目的 采用基于DNA条形码技术对深圳市售花胶鱼种进行鉴定与分析.方法 以细胞色素C氧化酶Ⅰ(cytochrome c oxidase,COⅠ)基因为目标基因,应用DNA条形码技术鉴别深圳各药房和超市零售花胶的种类来源.结果 94份花胶样品均扩增出特异性条带.根据BOLD系统鉴定结果统计,深圳地区市售花胶94份样品中,按...     

酿酒酵母转氨酶Ⅰ基因的克隆及序列分析

利用酿酒酵母YT0801的总DNA为模板,采用PCR技术克隆出转氨酶I基因的DNA序列,利用生物信息学工具对其核酸序列和蛋白序列进行分析。测序结果表明DNA序列含有一个1503bp的开放阅读框,编码500个氨基酸,推测等电点为5.81,相对分子质量为56.2ku。同源性比对结果显示,该基因及推测的氨基酸序列与已报道的ARO8基因(Gen Bank Accession No:NM 001181067.1)的同源性均为100%。此外,对其理化性质、信号肽、疏水性、亲水性、二级结构和三级结构进行了分析。该基因的成功克隆,为其功能研究和生物合成2-苯乙醇提供了分子基础。     

迟钝爱德华氏菌FimA基因的克隆及序列分析

以迟钝爱德华氏菌Et、XA、EA分离株的DNA为模板,采用PCR技术,扩增菌毛亚基(FimA)基因的DNA片段,将其克隆到pMD18-T载体上。通过序列测定,分析结果表明:Et、XA、EAFimA基因由534个核苷酸组成,编码177个氨基酸。Et、XA、EA之间FimA基因核苷酸同源性为99%,与其它分离物核苷酸同源性为76%～77%,氨基酸同源性为81%～82%。