基于生物信息学分析ASPH在预测肺腺癌预后中的价值及机制研究

目的:探讨天冬氨酸β-羟化酶(ASPH)在肺腺癌中的表达情况、预后价值和在癌症中的作用机制。方法:使用Oncomine、GEPIA和TIMER数据库分析ASPH在肿瘤组织和正常组织中的表达差异,并用HPA数据库在蛋白水平验证,推测其临床意义。应用Kaplan-Meier plotter及GEPIA探讨ASPH表达水平与肺腺癌患者总生存时间的关系,提取Oncomine数据库中患者的生存信息加以整理分析,绘制生存曲线,研究ASPH表达水平与预后的关系。绘制ASPH蛋白互作网络,并进行功能富集分析,研究其作用机制。结果:来自Oncomine、GEPIA和TIMER数据库的数据均表示ASPH在肺腺癌组织中显著高表达(P＜0.05),GEPIA数据库还证明了ASPH与肺腺癌患者病理分期显著相关。分析Oncomine数据表明,ASPH表达升高肺腺癌患者的生存时间更短(HR=0.39,95%CI:0.17~0.88,P=0.024 0),GEPIA及Kaplan-Meier plotter分析结果均支持ASPH高表达预示着肺腺癌患者预后更差(P=2.4E-08)。ASPH及相关基因功能涉及钙离子调控及缺氧反应,并参与Notch、mTOR信号通路,影响肿瘤的发生与发展。ASPH还与免疫细胞浸润及相关标志物呈现弱相关性。结论:ASPH在肺腺癌组织中表达明显升高,预示着患者预后不良,且参与多条与癌症相关的信号通路,与免疫细胞浸润呈现弱相关性,ASPH可能是肺腺癌新的预后和潜在治疗标志物。     

TM9SF3在肺腺癌中的表达和临床意义

目的 探讨TM9SF3在肺腺癌中的表达及其临床意义。方法 利用TCGA和GEPIA数据库筛选差异表达的TM9SF家族分子，并分析其对肺腺癌患者预后的影响。通过人类蛋白组学图谱数据库、免疫印迹实验和聚合酶链式反应实验验证TM9SF3在LUAD患者中的表达和定位。利用GSEA分析与TM9SF3相关的基因的信号通路富集分析。使用TIMER数据库和CIBERSORT算法分析差异表达的TM9SF3和免疫细胞浸润程度的相关性。结果 TM9SF3在LUAD的表达显著升高，并对LUAD患者的预后有显著不良影响。免疫印迹实验和聚合酶链式反应实验结果证实TM9SF3在LUAD高表达。同时，与TM9SF3表达相关的基因主要富集在调节免疫细胞活性的细胞信号通路。TM9SF3的表达与六种免疫细胞的表达改变明显相关。结论 TM9SF3在肺腺癌中差异表达并且可作为肺腺癌患者潜在的预后标志物。TM9SF3也能够改变LUAD患者中免疫细胞浸润水平，有望成为一个新的肺腺癌免疫治疗潜在靶点。     

E3泛素连接酶HECW2在胃腺癌组织中的表达及其临床意义

目的：采用生物信息学方法分析E3泛素连接酶（HECW2）在胃腺癌组织中的表达及其临床意义,为寻找胃腺癌诊断和预后生物标志物提供新的线索。方法：用R语言分析HECW2在泛癌中的表达及其与泛癌预后的关系。借助UCSC Xena、HPA、Kaplan-Meier Plotter等数据库分析HECW2在胃腺癌组织中的表达及其与临床病理特征之间的关系。采用WB法检测中国人胃腺癌组织及其癌旁组织中HECW2蛋白水平以验证数据库中的分析结果。借助TIMER和Cibersort数据库分析HECW2与胃腺癌免疫浸润的关系。通过LinkedOmics数据库对胃腺癌中HECW2进行GO功能分析和KEGG信号通路富集分析及相关性基因分析。结果：生物信息学分析结果表明,33种不同类型肿瘤中,包括胃腺癌在内的12种肿瘤中HECW2呈显著高表达（均P<0.05）,WB 法结果显示,中国人胃腺癌组织中 HECW2 也呈显著高表达（P<0.05）。HECW2 表达水平越高,胃腺癌患者 OS 越短,包括CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞在内的免疫细胞浸润丰度越高（均P?0.01）。此外,HECW2相关信号通路主要富集于细胞外基质受体相互作用、黏着斑、细胞黏附和氧化磷酸化等生理病理过程（均P?0.01）。结论：HECW2在胃腺癌组织中呈显著高表达且其与胃腺癌预后不良和免疫细胞浸润密切相关,有成为胃腺癌预后标志物和治疗靶点的潜力。     

肺腺癌PET/CT代谢指标与免疫细胞标志物表达水平的相关性

目的：分析肺腺癌18F-FDG PET/CT代谢指标与免疫细胞标志物表达水平的相关性，探讨其在肺腺癌治疗及判断预后中的作用。方法：回顾性分析2008 年4 月至2014 年8 月在天津医科大学肿瘤医院收治并接受PET/CT检查的85 例肺腺癌患者的临床资料，应用免疫组织化学法检测癌组织中CD3、CD8、CD68、CD163、CD11c、Foxp3、PD-1 和PD-L1 的表达水平，采用Pearson相关性检验PET/CT各指标[肿瘤原发灶最大摄取标准值（SUVmax）、标准摄取值峰值（SUVpeak）和平均标准摄取值（SUVmean）]与CD68+肿瘤相关巨噬细胞（CD68+TAM）和肿瘤代谢指标[肿瘤代谢体积（MTV）、糖酵解总量（TLG）]的相关性，Kaplan-Meier 法分析肿瘤代谢与免疫指标和患者生存的相关性。结果：SUVmax、SUVpeak和SUVmean与CD68+ TAM的表达水平在肺腺癌患者中呈负相关（r=-0.253、-0.265、-0.263，均P<0.05)，与PD-1+TIL表达水平呈正相关（r=0.427、0.402、0.395，均P<0.01）。MTV、TLG与Foxp3+Treg、PD-1+TIL 表达水平呈正相关（r=0.313、0.307、0.29、0.407，均P<0.01）。Kaplan-Meier 法生存分析发现，SUVmax、SUVmean、CD11c+DC、PD-L1+细胞和TLG水平与患者预后（PFS或OS）显著相关（均P<0.05）。结论：肿瘤原发灶代谢状态与肿瘤浸润免疫细胞标志物表达显著相关，该两项中的部分指标与患者预后显著相关，提示18F-FDG PET/CT检测指标反映的肿瘤代谢和微环境免疫状态对肺腺癌患者预后判断及免疫治疗具有重要的参考价值。     

CDHR2在肺腺癌中的表达及其与预后的关系

目的 探讨CDHR2在肺腺癌(LUAD)组织中的表达及其与临床病理特征和预后的关系,并分析CDHR2与LUAD肿瘤免疫浸润的关系.方法 挖掘TCGA、GEPIA数据库中CDHR2在LUAD中的表达及与预后的关系;免疫组织化学染色检测83例LUAD患者的癌组织及癌旁正常组织中CDHR2的表达情况,并分析其与患者临床病理特...     

OLC1在肺鳞癌组织中的过表达与患者的不良预后相关

背景与目的 OLC1(overexpressed in lung cancer 1)是本实验室前期工作中筛选克隆出的一个新型肺癌相关基因.它在肺癌和其它恶性肿瘤中均有较高表达,并与食管鳞癌、卵巢癌、乳腺癌、结直肠癌患者的不良预后相关.本研究旨在检测OLC1在肺鳞癌(squamous cell carcinoma,SCC)和腺癌(adenocarcinoma,ADC)患者肿瘤组织中的表达情况,研究其与肺癌患者预后之间的关系.方法 分别对108例肺鳞癌和90例肺腺癌的癌组织进行免疫组织化学染色,检测OLC1蛋白的表达水平,分析OLC1的表达水平与临床特征及预后的关系.结果 OLC1在肺腺癌组织中的过表达率显著高于鳞癌(87.5%vs 55.3%,P<0.001).OLC1在癌组织中的过表达与肺腺癌患者的预后无显著相关性,与肺鳞癌患者的预后关系的单因素分析显示两者存在相关性(P=0.042),而多因素分析则显示OLC1过表达与鳞癌患者预后的相关性无统计学意义(P=0.05).结论 OLC1在肺腺癌组织中的过表达高于鳞癌,在癌组织中的过表达仅与鳞癌患者的不良预后相关,但不能作为影响预后的独立危险因素.     

铁死亡相关基因GLS2在泛癌中的预后及免疫价值

目的 基于生物信息学方法评估铁死亡相关基因GLS2在泛癌中对预后及免疫的相关作用。方法 采用癌症基因组图谱（TCGA）、GTEx、癌症细胞系百科全书（CCLE）及国际癌症基因组联盟（ICGC）等在线数据库进行GLS2基因泛癌分析,从基因表达、基因突变、生存分析、免疫浸润、免疫检查点相关基因和TMB及MSI等多个方面挖掘GLS2基因在不同肿瘤中的作用。结果 GLS2在大多数癌组织与癌旁组织的表达具有显著差异,并且该表达与这些癌症的预后相关。在多种癌症中,GLS2的表达与免疫细胞浸润之间存在正相关关系,并与免疫检查点相关基因有关。GLS2还与TMB、MSI和甲基化呈正相关,其表达与可能的治疗反应具有一定关系。结论 通过对铁死亡相关基因GLS2的泛癌分析表明,GLS2的表达可能作为肾透明细胞癌、肾上腺皮质癌、肺腺癌、胰腺癌诊断及预后的重要标志物。     

嘌呤能受体X1与肺腺癌预后及免疫细胞浸润的相关性研究

目的：探索嘌呤能受体X1(purinergic receptor，P2RX1)与肺腺癌(LUAD)患者预后及免疫细胞浸润的相关性。方法：利用生物信息学技术分析非小细胞肺癌中P2RX1的表达及其甲基化与患者预后的关系，对P2RX1共表达基因进行富集分析并筛选核心基因。利用TIMER 2.0数据库、R软件等分析P2RX1与免疫细胞、免疫检查点、免疫基质评分等的相关性。结果：P2RX1在LUAD中表达下调，低表达P2RX1的患者预后较差(P<0.05)，且P2RX1与肿瘤纯度、分期等临床病理因素有关(P<0.05)。P2RX1的表达与肺鳞癌患者预后无明显相关。Cg06475633等P2RX1 CpG位点甲基化与患者预后相关。P2RX1共表达基因主要富集于免疫细胞活化、分化等通路和生物学进程，核心基因主要包括BTK、IKZF1等。P2RX1的表达与B细胞浸润、免疫/基质评分、PD-1、CTLA-4等多个免疫检查点显著相关(P<0.05)。结论：P2RX1有望成为LUAD诊断和免疫治疗的新靶点。     

肺鳞状细胞癌中PTHLH基因表达与抗肿瘤免疫的相关性研究

目的：分析甲状旁腺激素样激素（PTHLH）基因与肺鳞状细胞癌（LSCC）患者预后及其与肿瘤微环境（TME）免疫细胞浸润的相关性。方法：通过 UALCAN、TIMER、cBioPortal 数据库在泛癌水平分析 PTHLH 在泛癌中的表达情况,运用 KaplanMeier Plotter数据库分析PTHLH在LSCC中的表达及其与患者的预后关联。选用2017年1月至2020年12月在甘肃省肿瘤医院手术切除的 24 例 LSCC 患者的癌及癌旁组织标本,用 qPCR 和 WB 法分别检测 LSCC 组织中 PTHLH mRNA 和蛋白的表达,用qPCR法检测各种趋化因子和MHC分子的表达水平。采用TIMER数据库联合CIBERSORT反卷积法分析PTHLH基因表达和LSCC的TME中免疫细胞浸润的关系。结果：LSCC组织中PTHLH mRNA和蛋白的表达水平均显著高于癌旁组织（均P<0.05）,且PTHLH高表达LSCC患者的OS明显缩短（P<0.01）。PTHLH的表达与LSCC患者TME密切相关（P<0.01）。PTHLH的表达与B细胞、CD8+T细胞、CD4+ T 细胞、中性粒细胞和 DC 等免疫浸润呈显著负相关（r=-0.142、-0.123、-0.224、-0.166、-0.213,均P<0.01）。PTHLH高表达抑制趋化因子、MHC分子的表达,从而抑制炎症反应、免疫浸润、抗肿瘤免疫反应等。PTHLH的表达与免疫检查点分子CTLA-4、PDCD1、TIGIT呈负相关（r=-0.340、-0.441、-0.38,均P<0.01）。结论：PTHLH与肿瘤免疫抑制相关,有望成为预测LSCC患者预后和免疫治疗效果的潜在生物标志物。     

肺腺癌中FAT1的表达及其与免疫细胞浸润关系的研究

背景与目的 肺癌是癌症相关死亡的主要原因。非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer, NSCLC）是肺癌最常见的病理分型,其中又以肺腺癌占比最高。非典型性钙黏蛋白1(FAT atypical cadherin 1, FAT1)是一种受体样蛋白,在肺腺癌中存在高频率突变,其编码的蛋白在细胞黏附、细胞增殖、分化等过程中发挥着重要的作用。本研究旨在研究FAT1在肺腺癌中的表达及与免疫浸润的关系。方法 通过下载癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）和基因型-组织表达（Genotype-Tissue Expression, GTEx）相关数据,获得513例肺腺癌样本、397例癌旁样本的基因表达水平及相关临床信息。分析肺腺癌组织中FAT1基因m RNA表达水平以及FAT1基因的表达与肺腺癌患者的预后关系,通过通路富集分析探索FAT1基因调控的相关信号通路。利用免疫蛋白印迹检测FAT1在肺上皮细胞和不同肺癌细胞系中的表达差异,免疫组织化学染色法被用于检测FAT1在肺癌和癌旁组织中的表达。结果 14%的肺腺癌患者中存在FAT1基因突变;TC...     

BIRC5基因在非小细胞肺癌中的表达及与免疫细胞浸润和预后的关系

目的:通过生物信息学方法分析杆状病毒凋亡抑制蛋白5(baculoviral inhibitor of apoptosis repeat-containing protein 5,BIRC5)基因在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)与正常组织中的表达差异,并分析其与NSCLC...     

CBX3在肺腺癌中的表达、预后相关性及对癌细胞生物学行为的影响

背景与目的:作为异染色质重要组分的染色体盒3(chromobox 3,CBX3)参与多种癌症的发生、发展过程,而CBX3基因在肺腺癌中的表达情况和作用尚不清楚.探讨CBX3在肺腺癌中的表达与肺腺癌患者预后的关系,并研究CBX3对A549肺腺癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响.方法:下载癌症基因组图谱(The Cancer...     

ALK融合基因阳性肺腺癌患者耐药核心基因鉴定及药物靶点分析

目的 探讨ALK融合基因阳性肺腺癌患者原发灶及转移灶基因表达谱的差异,从而探索转移灶耐药机制及相应的药物靶点分析。方法 GEO数据库中选取GSE125864,根据肿瘤组织取材部位不同分为原发灶组和转移灶组。首先,比较两组患者之间显著差异基因的表达,并分析这些显著差异基因在生物学功能和富集信号通路等方面的不同;其次,对显著差异基因进行蛋白-蛋白互作网络分析及关键模块、核心基因分析。最后,基于TCGA和癌症治疗反应门户数据库对筛选的10个关键核心进行预后、药物靶点预测等分析。结果 共筛选出227个差异基因,以肺腺癌原发灶为对照组,转移灶中共发现134个上调基因,93个下调差异基因;GO和KEGG富集分析显示,这些差异基因的功能主要涉及补体和凝血级联、化学致癌作用、视黄醇的新陈代谢等信号通路;通过蛋白-蛋白互作网络分析,筛选了10个核心基因,其中HRG、AHSG基因表达与肺腺癌不良预后相关,SERPINC1、HRG、APOA1、FGA、FGG等与多种潜在的小分子药物有一定相关性。结论 显著差异基因涉及的分子功能及信号通路可能引起ALK阳性肺腺癌患者转移灶耐药。     

基于生物信息学分析METTL7B在胶质瘤组织中的表达及其临床意义

目的:探讨甲基转移酶样蛋白7B(METTL7B)在胶质瘤组织中的表达及其与患者临床病理特征和预后的相关性.方法:基于CGGA数据库胶质瘤数据和GTEx数据库正常脑组织数据,分析METTL7B基因在胶质瘤与正常脑组织中的表达差异,并用GEPIA数据库数据和免疫组织化学染色法进行验证.用Kaplan-Meier生存分析、单...     

肺腺癌患者癌组织中MAP4的表达水平及其与病理参数、预后的关系

目的:分析肺腺癌患者癌组织中微管关联蛋白4（MAP4）的表达水平及其与病理参数、预后的关系。方法:选取我院2014年1月至2015年1月82例非小细胞肺癌（NSCLC）患者,利用免疫组织化学染色法对手术切除的癌组织及其癌旁正常组织的MAP4蛋白表达水平进行检测,并分析MAP4蛋白表达与患者临床病理参数和预后的关系。结果:MAP4蛋白在肺腺癌组织中的高表达率和表达水平均明显高于癌旁正常组织（P＜0.05）;其表达水平与肺腺癌患者的肿瘤浸润分期、淋巴结转移、分化等级相关（P＜0.05）。3年随访显示MAP4蛋白高表达组患者的中位生存时间、无病生存率、总生存率明显低于低表达组（P＜0.05）;Logistic回归分析MAP4表达水平、肿瘤浸润分期、淋巴结转移、TNM分期、分化等级均是肺腺癌患者预后不良的危险因素。结论:肺腺癌患者肿瘤组织中MAP4蛋白水平高表达可能会促进患者的病程发展,且是预测患者不良预后的危险因素。     

脑胶质瘤中CXC趋化因子表达的预后意义及免疫细胞浸润分析

目的 分析多形性胶质母细胞瘤（GBM）中CXC趋化因子的表达,研究其在GBM中的预后价值及其作为治疗靶点的潜在作用。方法 利用GEPIA数据库筛选出差异表达的CXC趋化因子,并分析CXC趋化因子对GBM患者预后的影响。使用String数据库预测邻近基因,并构建蛋白互作网络（PPI）。使用DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。使用TRRUST和LinkedOmics预测转录因子和激酶靶标。使用TIMER分析差异表达趋化因子与肿瘤纯度和免疫细胞浸润程度的相关性。结果 CXCL2/3/8/9/10/11/16在GBM中的表达显著上调,其中CXCL3/8与患者不良预后显著相关。差异表达趋化因子及其邻近基因主要富集于免疫调控和细胞凋亡的功能和信号通路。趋化因子的表达与六种免疫细胞的浸润水平存在相关性。结论 CXCL3/8可作为GBM患者潜在的预后标志物。CXC趋化因子与GBM肿瘤免疫有关。