TM9SF3在肺腺癌中的表达和临床意义

目的 探讨TM9SF3在肺腺癌中的表达及其临床意义。方法 利用TCGA和GEPIA数据库筛选差异表达的TM9SF家族分子，并分析其对肺腺癌患者预后的影响。通过人类蛋白组学图谱数据库、免疫印迹实验和聚合酶链式反应实验验证TM9SF3在LUAD患者中的表达和定位。利用GSEA分析与TM9SF3相关的基因的信号通路富集分析。使用TIMER数据库和CIBERSORT算法分析差异表达的TM9SF3和免疫细胞浸润程度的相关性。结果 TM9SF3在LUAD的表达显著升高，并对LUAD患者的预后有显著不良影响。免疫印迹实验和聚合酶链式反应实验结果证实TM9SF3在LUAD高表达。同时，与TM9SF3表达相关的基因主要富集在调节免疫细胞活性的细胞信号通路。TM9SF3的表达与六种免疫细胞的表达改变明显相关。结论 TM9SF3在肺腺癌中差异表达并且可作为肺腺癌患者潜在的预后标志物。TM9SF3也能够改变LUAD患者中免疫细胞浸润水平，有望成为一个新的肺腺癌免疫治疗潜在靶点。     

MAD2L1在肺腺癌中的表达及对免疫微环境的影响

目的 探讨MAD2L1在肺腺癌组织中的表达对患者预后及免疫微环境的影响。方法 通过TCGA和GEO数据库分析在肺腺癌组织及正常肺组织样本中MAD2L1的表达差异，生存分析评价其表达水平与患者预后的关系，StarBase数据库构建肺腺癌miRNA-MAD2L1调控网络，分析肺腺癌组织中MAD2L1的表达与免疫细胞浸润的关系。结果 肺腺癌组织中MAD2L1表达上调且MAD2L1高表达与肺腺癌的病理分期、淋巴结转移显著相关，MAD2L1表达水平高的肺腺癌患者预后较差，miR-101-3p/MAD2L1轴被确定为MAD2L1在肺腺癌中最有潜力的上游调控相关途径，MAD2L1表达水平与肿瘤免疫细胞浸润和免疫检查点表达呈显著相关。结论 MAD2L1在肺腺癌组织中高表达，与肺腺癌不良预后及肿瘤免疫浸润相关，可作为肺腺癌患者治疗的潜在靶点。     

基于生物信息学方法分析PTGIS基因在膀胱癌中的表达及临床意义

目的:利用Oncomine、GEPIA、LinkedOmics数据库分析前列环素合酶(prostacyclin synthase,PTGIS)在膀胱癌中的表达及与临床预后的关系。方法:应用Oncomine、GEPIA数据库中关于PTGIS研究的数据,对其在膀胱癌中的表达水平变化进行分析。采用GEPIA数据库分析PTGIS表达水平与膀胱癌患者生存预后之间的关系。LinkedOmics数据库分析PTGIS基因表达与膀胱癌临床病理特征的相关性。应用Genecards数据库收集与 PTGIS 基因有关的蛋白,并通过 STRING 绘制PTGIS有关蛋白网络图,分析蛋白富集的生理过程。结果:对Oncomine数据库、GEPIA数据库关于膀胱癌和膀胱正常组织中PTGIS基因差异表达的研究,结果显示膀胱癌组织中PTGIS 基因的表达显著低于膀胱正常组织（P＜0.05）。通过GEPIA数据库生存分析发现PTGIS 基因低表达患者的总体生存率明显高于高表达患者,低表达患者的预后更好（P＜0.05）。通过Genecards数据库收集到与PTGIS有关的蛋白有CYP51A1、PTGES、PTGDS、AKT1、TBXAS1等30个,其有关蛋白富集分析结果显示主要富集在前列腺素代谢、调节活性氧代谢、炎症反应等生理过程。结论:PTGIS基因在膀胱癌中低表达,其表达水平与生存预后相关,PTGIS基因可为膀胱癌的治疗提供参考,为其进一步深入研究提供理论基础。     

基于Oncomine数据库及GEPIA数据库分析CHI3L2基因在胶质母细胞瘤中的表达及与预后的相关性

目的:基于Oncomine数据库及GEPIA数据库分析CHI3L2基因在胶质母细胞瘤中的表达及与预后的相关性。方法:检索Oncomine和GEPIA数据库中相关胶质母细胞瘤的数据集，分析胶质母细胞瘤组织与正常对照组织之间基因表达的差异，采用GEPIA数据库进行在线生存分析。结果:Oncomine数据库中共收集了449项关于CHI3L2基因在肿瘤与正常组织中表达比较的研究结果，表达差异有统计学意义的研究结果有23项，其中有9项研究结果呈高表达，14项研究结果呈低表达。与对照组相比，在胶质母细胞瘤组织中CHI3L2的表达显著高于正常组织（P＜0.05）。结论:CHI3L2在胶质母细胞瘤组织中呈高表达，且与胶质母细胞瘤患者预后相关，为临床胶质母细胞瘤的治疗及基因靶向药物的研制提供重要理论依据。     

AKR7A3在肺腺癌中异常表达及临床意义

目的:探讨醛-酮还原酶家族7成员A3（AKR7A3）在肺腺癌中的异常表达及与临床病理特征的关系，并探究其临床意义。方法:采用生物信息学数据库分析、免疫组化、Western Blot、Real-time PCR等方法对肺腺癌组织及不同细胞中AKR7A3的表达进行检测与分析。结果:Oncomine数据库分析结果显示，在肺腺癌中，AKR7A3的表达普遍高于正常肺组织，分别为正常肺组织的1.811倍（P=0.022）、1.356倍（P<0.01）、1.413倍（P=0.002）。Kaplan-Meier Plotter数据库分析结果显示，AKR7A3高表达的患者较低表达的患者生存时间缩短，差异具有统计学意义（P=0.003 7）。免疫组化染色显示肺腺癌组织中AKR7A3的表达较癌旁增高，在与临床病理特征的相关性分析中，发现其与肿瘤分化程度（P<0.01）、淋巴结转移情况（P=0.029）以及TNM分期（P<0.01）相关，且会造成患者生存时间缩短（P=0.031）。Cox多因素分析表明AKR7A3可能是影响肺腺癌患者预后的独立危险因素(P=0.012)。Western Blot及Real-time PCR实验提示不同肺腺癌细胞中AKR7A3蛋白及mRNA表达普遍增高。结论:AKR7A3在肺腺癌中表达增高，对预后有不良影响，有促进肿瘤发生发展的作用。     

E3泛素连接酶HECW2在胃腺癌组织中的表达及其临床意义

目的：采用生物信息学方法分析E3泛素连接酶（HECW2）在胃腺癌组织中的表达及其临床意义,为寻找胃腺癌诊断和预后生物标志物提供新的线索。方法：用R语言分析HECW2在泛癌中的表达及其与泛癌预后的关系。借助UCSC Xena、HPA、Kaplan-Meier Plotter等数据库分析HECW2在胃腺癌组织中的表达及其与临床病理特征之间的关系。采用WB法检测中国人胃腺癌组织及其癌旁组织中HECW2蛋白水平以验证数据库中的分析结果。借助TIMER和Cibersort数据库分析HECW2与胃腺癌免疫浸润的关系。通过LinkedOmics数据库对胃腺癌中HECW2进行GO功能分析和KEGG信号通路富集分析及相关性基因分析。结果：生物信息学分析结果表明,33种不同类型肿瘤中,包括胃腺癌在内的12种肿瘤中HECW2呈显著高表达（均P<0.05）,WB 法结果显示,中国人胃腺癌组织中 HECW2 也呈显著高表达（P<0.05）。HECW2 表达水平越高,胃腺癌患者 OS 越短,包括CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞在内的免疫细胞浸润丰度越高（均P?0.01）。此外,HECW2相关信号通路主要富集于细胞外基质受体相互作用、黏着斑、细胞黏附和氧化磷酸化等生理病理过程（均P?0.01）。结论：HECW2在胃腺癌组织中呈显著高表达且其与胃腺癌预后不良和免疫细胞浸润密切相关,有成为胃腺癌预后标志物和治疗靶点的潜力。     

微小染色体维持蛋白3在脑胶质瘤中的表达及其临床意义

[摘 要] 目的：分析微小染色体维持蛋白3（minichromosome maintenance protein 3,MCM3）在脑胶质瘤中的表达情况、临床意义和可能参与的生物学过程,并探究其与胶质瘤免疫的关系。方法：在线检索GEPIA和Oncomine数据库获得MCM3在胶质瘤组织中的表达情况,利用CGGA数据库在线分析MCM3表达和胶质瘤临床病理特征的关系。同时收集2019年1月到2020年3月在山西省人民医院神经外科接受手术治疗的24例胶质瘤患者的肿瘤标本和8例非肿瘤对照标本,采用免疫组化SP法检测MCM3的表达,对生物信息学分析结果进行验证。在TCGA和CGGA数据库中利用Kaplan-Meier生存曲线评价MCM3对胶质瘤预后的作用。通过Linkedomic数据库、STRING数据库和Cytoscape软件获得与MCM3表达显著相关的基因。使用DAVID数据库对MCM3及其显著相关基因进行GO和KEGG分析,探究基因功能。最后在TIMER数据库中探究MCM3表达和胶质瘤免疫浸润的关系。结果：综合生物信息学与临床数据分析显示,MCM3在胶质瘤组织中相对正常组织呈高表达（P=0.024）,其表达量随着病理级别逐渐升高（P=0.001）。生存分析显示,MCM3高表达与胶质瘤不良预后有关（P＜0.05）。GO和KEGG分析显示,MCM3及其显著相关基因主要富集于细胞周期、DNA复制和调节DNA损伤修复等方面。TIMER数据库分析结果显示,在胶质瘤队列中,MCM3与多种免疫浸润细胞具有相关性（P＜0.05）。结论：MCM3在胶质瘤中高表达且与不良预后有关,其可能与胶质瘤细胞的细胞周期、DNA复制、调节DNA损伤修复和免疫微环境有关。MCM3能促进胶质瘤的进展,可作为胶质瘤患者预后判断指标和潜在的治疗靶点。     

SQLE在乳腺癌中的表达及其临床意义的生物信息学分析

目的:利用生物信息学方法分析角鲨烯环氧化酶（squalene epoxidase,SQLE）在乳腺癌中的表达情况及其临床意义。方法:挖掘Oncomine和GEPIA数据库中 SQLE在乳腺癌和正常乳腺组织中的表达情况,分析CCLE数据库中 SQLE在乳腺癌细胞系中的表达水平,同时利用HPA和UALCAN数据库分析 SQLE蛋白在正常和乳腺癌组织中的表达水平,并利用免疫组化方法通过临床样本进一步验证SQLE蛋白的表达情况。最后用K-M plotter数据库和GEPIA数据库分析 SQLE表达与预后的关系。结果:Oncomine和GEPIA数据分析显示 SQLE基因在乳腺癌组织中高表达,CCLE数据分析表明 SQLE在乳腺癌细胞系中显著高表达,HPA数据库免疫组化结果和UALCAN数据库结果以及临床样本免疫组化结果均显示乳腺癌组织 SQLE蛋白相对于正常乳腺组织高表达;Kapan-Meier Plotter和GEPIA数据库分析显示高表达SQLE的乳腺癌预后不良。结论:SQLE在乳腺癌组织和细胞中均高表达,其可能是乳腺癌中潜在的促癌基因,有望成为乳腺癌治疗的新靶标。     

钙磷蛋白表达在预测乳腺癌预后中的价值

目的 探讨钙磷蛋白与乳腺癌发生发展的关联性及与免疫细胞的相关程度对预测乳腺癌预后的价值。方法 通过UALCAN、LinkedOmics、Kaplan-Meier Plotter、TIMER等数据库分析了钙磷蛋白在乳腺癌组织中的表达情况,与乳腺癌患者生存情况及免疫细胞浸润程度的关系。结果 钙磷蛋白在乳腺癌组织中的表达水平显著高于癌旁组织、正常组织,且与乳腺癌患者的不良预后相关,亚组分析发现钙磷蛋白的表达水平受到肿瘤分级、人种、年龄、月经状态、分子分型、病理类型等因素的影响。在激素受体阳性患者中钙磷蛋白与免疫细胞,尤其是与T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞的浸润程度呈负相关。结论 钙磷蛋白在乳腺癌组织中高表达,具有一定的诊断价值,并且其可能通过调节肿瘤相关免疫细胞的功能导致乳腺癌患者尤其是激素受体阳性患者的耐药而产生不良预后,具有潜在的预测预后的功能。     

基于生物信息学方法分析LAYN在甲状腺癌中临床预后价值及对免疫细胞浸润的影响

目的 探索LAYN基因在甲状腺癌组织中的表达与临床预后的相关性及对免疫细胞浸润的影响,为进一步研究潜在的分子机制提供基础。方法 在Oncomine和GEPIA数据库中检索甲状腺癌相关的基因,分析LAYN基因在甲状腺癌组织与正常组织之间表达的差异。通过GEPIA数据库分析LAYN基因与甲状腺癌患者临床分期及预后的相关性。结合ImmucellAI及TIMER2.0工具分析LAYN基因与甲状腺癌组织中CD4⁺T细胞和CD8⁺T细胞浸润丰度的关系。联合STRING数据库分析LAYN表达相关的蛋白。通过实时荧光定量PCR(RT-PCR)进一步验证检测甲状腺癌组织及癌旁组织,甲状腺癌细胞系SW579,TPC-1及甲状腺上皮细胞TEC中LAYN的表达水平。结果 Oncomine、GEPIA和STRING数据库结果表明,与正常甲状腺组织相比,LAYN基因在甲状腺癌组织中低表达(P＜0.05)。LAYN基因与甲状腺癌临床TNM分期相关(P＜0.05),Ⅲ/Ⅳ期患者肿瘤组织中LAYN基因低表达。LAYN基因高表达组患者总生存期(Overall survival,OS)较差,而无疾病生存期(Disease free survival,DFS)较好(P＜0.05)。在甲状腺癌组织中,CD4⁺T细胞和CD8⁺T细胞的浸润丰度较低,且CD4⁺T细胞和CD8⁺T细胞的浸润丰度与LAYN基因的表达水平呈正相关(P＜0.05)。此外,LAYN相互作用的蛋白为PNRC1,MAGEH1,HAPLN1,SMOC1,PRSS12,HMMR,NF2,TLN2,TLN1,TLE2。RT-qPCR验证结果表明,LAYN在甲状腺癌及甲状腺癌细胞系SW579及TPC-1中低表达(P＜0.05)。结论 LAYN基因在甲状腺癌组织中低表达,且与甲状腺癌患者临床TNM分期及预后相关,可作为预后判断的分子标志物。其潜在机制可能通过影响浸润性免疫细胞丰度发挥作用。为研究甲状腺癌致病机制及靶向药物的开发提供理论依据。     

EN2在胶质母细胞瘤中的表达及其预后价值

目的:探讨EN2在胶质母细胞瘤中的表达及其预后价值。方法:利用Oncomine 数据库及GEPIA数据库分析EN2 在胶质母细胞瘤组织中的表达情况;检索GEPIA数据库，分析EN2 在胶质母细胞瘤组织中的表达与预后的相关性。结果:在胶质母细胞瘤组织中EN2的mRNA表达显著高于正常对照组(P＜0.05）；EN2的mRNA表达量与胶质母细胞瘤总生存期存在相关性，即低表达EN2的患者预后较好，高表达EN2的患者预后较差(P=0.015)。结论:EN2基因在胶质母细胞瘤组织中呈高表达，其表达水平对预测胶质母细胞瘤患者的预后具有重要意义。     

基于生物数据挖掘分析DKC1在肝细胞癌中的表达及其与预后的关系

目的:探讨先天性角化不良基因1（dyskeratosis congenita 1,DKC1）在肝细胞癌（HCC）中的表达及预后意义。方法:运用Oncomine、GEPIA分析DKC1在HCC组织中的表达情况,通过GEPIA分析DKC1与HCC患者生存期的相关性,利用STRING工具分析DKC1的蛋白相互作用网络。结果:Oncomine数据库中DKC1基因癌组织/正常组织表达量分析结果共有421项研究,在癌组织中显著高表达48项,低表达0项。其中有2项研究结果涉及DKC1在HCC与正常肝脏组织中的表达。与对照组相比HCC组织中DKC1 mRNA表达显著高于肝脏正常组织（P＜0.05）;利用GEPIA 数据库生存分析功能发现,DKC1高表达与HCC预后呈负相关（P＜0.05）;通过STRING数据库构建蛋白互助网络图显示DKC1与NHP2、GAR1、NOP10、NOP56、NOP58、MPHOSPH10、NHP2L1、FBL、TERT、SHQ1等蛋白具有明显相互作用。结论:DKC1基因在HCC组织中高表达,DKC1表达与HCC患者预后相关,高表达患者预后差。     

CDHR2在肺腺癌中的表达及其与预后的关系

目的 探讨CDHR2在肺腺癌(LUAD)组织中的表达及其与临床病理特征和预后的关系,并分析CDHR2与LUAD肿瘤免疫浸润的关系.方法 挖掘TCGA、GEPIA数据库中CDHR2在LUAD中的表达及与预后的关系;免疫组织化学染色检测83例LUAD患者的癌组织及癌旁正常组织中CDHR2的表达情况,并分析其与患者临床病理特...     

基于数据挖掘分析S100A6在肝细胞癌中的表达及临床意义

目的:探讨S100蛋白超家族A6（S100 family member A6,S100A6）在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及临床意义。方法:利用Oncomine生物信息学在线分析网站，挖掘分析大型癌症公共数据癌症基因组图谱(TCGA)及GEO(Gene Expression Omnibus)中肝癌S100A6 mRNA的表达信息，基于TCGA中的肝癌数据，利用GEPIA、Kaplan-Meier Plotter进行患者生存分析。结果:在Oncomine数据库中，前后共收集了337项不同类型的研究结果，关于S100A6基因表达有统计学差异的研究结果有30个，其中S100A6基因表达降低的研究有12项，表达增高的研究有18项。共有4项研究涉及S100A6在HCC癌组织和正常肝组织中的表达，与正常肝组织相比，S100A6在HCC中高表达（P=4.58E-4）。此外，S100A6表达量与HCC总体生存率存在相关性，高表达S100A6的患者总体生存率较差（P=0.048、P=0.005 1）。进一步结合TNM分期进行分析发现，S100A6表达在Ⅳ期最高。S100A6表达与Ⅰ（P=0.31）、Ⅱ（P=0.2）期患者预后无相关性，在Ⅲ期患者中，高表达S100A6的患者总体生存率较差（P=0.007 1）。结论:本研究通过对基因芯片数据库中肿瘤相关基因信息的深入挖掘和剖析，发现S100A6基因在肝细胞癌组织中呈现高表达，并且与肝细胞癌预后关系密切，尤其对HCC Ⅲ期患者有预后指导意义。     

基于数据挖掘分析同源盒基因C9在胃癌中的表达及意义

目的通过数据挖掘分析同源盒基因C9(HOXC9)在人胃癌中的表达及其意义。方法利用TIMER、Fire Browse数据库分析HOXC9基因在不同肿瘤类型的表达情况;利用Oncomine、基因表达谱数据动态分析(GEPIA)、肿瘤基因组图谱(TCGA)、基因表达汇编(GEO)等数据库分析HOXC9基因在胃癌中的表达;Kaplan-Meier分析HOXC9基因高低表达与胃癌患者预后的关系;Ualcan数据库分析幽门螺杆菌感染与HOXC9基因表达的相关性;通过R软件包对HOXC9基因共表达的基因做共聚类微阵列数据分析;最后对胃癌中与HOXC9表达正相关的基因进行基因本体分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。结果TIMER、Fire Browse数据库的数据均提示HOXC9基因在绝大多数肿瘤组织中均有高表达趋势。Oncomine数据库中胃癌组织中HOXC9表达高于正常胃黏膜,并且TCGA、GEO数据库研究得到一致的结果。Kaplan-Meier Plotter数据库中231936-at芯片结果显示,HOXC9高表达组患者远期生存率下降。Ualcan数据库分析发现,幽门螺杆菌感染的胃癌HOXC9基因表达上调。胃癌中与HOXC9共表达的基因有HOXC6、HOXC8、HOXC10、HOXC11、HOXC13、HOTAIR等20个基因。GO分析发现胃癌中HOXC9富集在转录因子活性,与特定DNA序列结合、染色体结合、转录调控、细胞核、混合谱系白血病蛋白1复合体等相关的基因功能上;而KEGG富集分析发现HOXC9富集于钙离子信使通路、环磷酸鸟苷酸依赖性蛋白激酶信号通路、肿瘤的转录失调等9个通路。结论HOXC9在胃癌组织中呈高表达,与幽门螺杆菌感染相关,高表达患者的预后不良,有望成为胃癌治疗的新靶点。     

数据挖掘分析GALNT5在胰腺癌中的表达及意义

目的:数据挖掘分析GALNT5在胰腺癌中的表达水平，并评价其与病理分期的关系及对预后的影响。方法:利用Oncomine和THPA等肿瘤生物信息学在线分析网站，挖掘大型癌症公共数据库TCGA中胰腺癌患者GALNT5基因的mRNA及蛋白质表达信息。基于Kaplan-Meier方法和Log-rank检验，利用 GEPIA 数据库分析GALNT5基因的表达水平与胰腺癌病理分期和预后之间的关系。String-DB数据库用于构建GALNT5基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络。结果:与正常胰腺组织相比，胰腺癌组织中GALNT5基因的mRNA和蛋白表达明显升高。GALNT5基因表达水平越高，肿瘤病理分期越高。生存分析表明，与低表达组相比，GALNT5高表达组胰腺癌患者的总生存期和无病生存期明显降低。蛋白质相互作用网络结果表明，GALNT5蛋白表达与黏蛋白家族成员密切相关。结论:胰腺癌组织中GALNT5基因的高表达表明胰腺癌患者预后较差，并且与肿瘤病理分期呈正相关。 GALNT5基因可能是将来治疗胰腺癌的潜在新靶标。     

FN1在胃癌组织和细胞中的表达及意义

目的:研究纤维连接蛋白1（fibronectin-1,FN1）在胃癌组织和细胞中的表达,探讨其与预后的关系。方法:利用Oncomine数据库挖掘FN1在胃癌组织中的表达;实时荧光定量聚合酶链反应检测FN1在人胃癌细胞系中的表达;利用Kaplan-Meier Plotter分析FN1表达水平与胃癌预后的关系。结果:Oncomine 数据库分析FN1在多种肿瘤组织中表达增加,与胃正常组织相比,FN1在胃癌组织中表达增加,并具有统计学差异（P=1.41E-5)。FN1 mRNA在人胃癌细胞系SGC7901中表达水平增高,在胃癌组织中FN1蛋白表达增加。KM Plotter数据库分析结果显示FN1表达量与胃癌患者总体生存率存在相关性,即高表达FN1的患者总体生存率较差。结论:FN1在胃癌组织和细胞中的表达高于正常组织和细胞,是胃癌的危险因素,其表达水平越高预后越差。     

基于Oncomine数据库分析SNRPB基因在乳腺癌中的表达及临床意义

目的:研究小核糖体核蛋白B（small nuclear ribonucleoprotein polypeptides B and B1，SNRPB)在乳腺癌中的表达及临床意义。方法:运用Oncomine数据库搜索乳腺癌与SNRPB基因相关的数据，通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析SNRPB基因与乳腺癌患者预后的关系。结果:Oncomine数据库中SNRPB基因癌组织／正常组织表达量分析结果共有414个，在癌组织中显著高表达109个，低表达3个。其中13个分析结果显示SNRPB在乳腺癌组织(包括6个侵袭性乳腺癌分析结果)中显著高表达，低表达的分析结果为1个。运用Kaplan-Meier Plotter数据库分析结果显示，高表达SNRPB的乳腺癌患者其总体生存率（OS）、无复发生存率（PFS）、无远处转移生存率（DMFS）显著低于低表达SNRPB的乳腺癌患者(P＜0.05)。结论:SNRPB基因在乳腺癌中高表达，可以作为有效的生物标志物预测乳腺癌患者转移的发生及判断预后，可为乳腺癌的靶向治疗提供依据。