Wistar大鼠c-ski基因部分序列的克隆、测序及实时荧光定量PCR的建立

目的 测定Wistar大鼠c-ski基因部分序列,并应用于检测大鼠c-ski基因表达的实时荧光定量PCR的建立.方法 提取培养的Wistar大鼠皮肤成纤维细胞总RNA,通过RT-PCR扩增,将扩增产物克隆到PMD-18T载体上并测序.根据获得的c-ski基因部分序列设计实时荧光定量PCR引物,建立SYBR green定量PCR检测方法,并检测培养的大鼠皮肤成纤维细胞c-ski mRNA表达水平.结果 获得的Wistar大鼠c-ski基因cDNA序列长561bp,为未曾报道的新序列,其与人、小鼠具有较高的同源性,Gen-Bank收录(收入号DQ409171).建立的SYBR green定量PCR检测标准品在103～109拷贝范围内的相关系数为0.991 49.体外培养的Wistar大鼠皮肤成纤维细胞样晶中c-ski mRNA水平为(1.024±0.18)×106拷贝/μl.结论 新获得了Wistar大鼠c-ski基因部分序列,该序列可用于实时荧光定量PCR的建立.     

DEK基因RNAi慢病毒表达载体的构建及其功能鉴定

目的：构建DEK基因的RNA干扰（ RNAi）慢病毒表达载体,并对其生物学功能进行初步检测。方法采用RNAi技术,根据DEK基因的序列,确定其有效靶序列,合成DEK基因的Oligo DNA,退火形成双链DNA,将其克隆到经BamHⅠ与EcoRⅠ酶切后的小干扰RNA（ siRNA）表达载体PSIH-H1上,产生PSIH-H1-DEK慢病毒载体,筛选阳性克隆并测序鉴定。与3个包装质粒共转染293T细胞,包装成慢病毒后感染乳腺癌细胞ZR75-1,经嘌呤霉素（ puromycin,puro）筛选2周后,收集部分细胞利用实时聚合酶链反应（ real time-PCR,RT-PCR）和Western印迹分别检验DEK在信使RNA （ mRNA ）和蛋白水平的敲低效果,并通过细胞生长实验检测DEK对人乳腺癌细胞系ZR75-1细胞生长的影响。结果 PCR和DNA测序结果证实,DEK siRNA慢病毒表达载体PSIH-H1-DEK构建成功。 RT-PCR和Western印迹结果显示,构建的DEK siRNA可有效抑制DEK基因的表达,并由此建立了敲低DEK的稳定克隆。生长曲线实验表明, DEK siRNA可抑制人乳腺癌细胞系ZR75-1细胞的生长。结论成功构建了DEK基因的RNAi慢病毒表达载体,感染人乳腺癌细胞系ZR75-1细胞后,有效沉默了ZR75-1细胞中的DEK基因的表达,为进一步研究DEK基因在乳腺癌中的作用奠定基础。     

大鼠c-ski基因siRNA真核表达载体的构建及其在成纤维细胞中的干扰效果观察

目的构建大鼠c-ski基因的特异性siRNA沉默质粒,并评价其在大鼠皮肤原代成纤维中的干扰效果。方法采用pSUPER质粒构建大鼠c-ski基因siRNA的重组真核表达质粒,转染大鼠皮肤成纤维细胞,采用荧光纤维镜观察转染效率,BrdUELISA法检测转染后细胞增殖情况并作为其干扰效果的初步筛选,定量PCR、免疫组化法检测c-ski基因和蛋白的表达变化。结果构建3个c-SkisiRNA沉默质粒,按照质粒(μg)/脂质体(μl)1∶2.5的比例转染时效率最高,约为53.5%。转染c-SkisiRNA沉默质粒后,细胞增殖降低,且抑制效果与转染剂量成正比。定量PCR、免疫组化法结果显示转染后c-ski基因表达下调51%(P<0.01),蛋白表达明显降低。结论c-Ski沉默质粒构建成功,瞬时转染大鼠皮肤原代成纤维细胞后可以显著抑制c-ski基因和蛋白的表达。     

CD147 SiRNA对胃癌细胞株SGC7910生长及凋亡的影响

目的：观察小分子干扰RNA（siRNA）沉默CD147基因在胃癌细胞株SGC7910中的表达,并探讨CD147基因对胃癌细胞生长、凋亡的影响。方法：根据CD147 cDNA序列设计具有短发夹结构的两条DNA序列,与载体pSilencerTM 4.1-CMV neo构建重组表达载体,鉴定后转染至SGC7910细胞,western blotting检测抑制效果,MTT检测细胞增殖情况,流式细胞术检测肿瘤细胞凋亡情况。结果：成功构建了针对CD147基因表达的干扰质粒,有效抑制了SGC7910细胞增殖,促进了SGC7910细胞凋亡。结论：CD147靶向RNA干扰重组表达载体为肝癌的基因治疗提供了可能。     

小鼠Islet-1基因RNAi慢病毒载体的构建

目的构建高效沉默小鼠Islet-1基因的慢病毒载体。方法针对小鼠Islet-1基因设计3个RNAi靶序列,合成相应的短发卡RNA(shRNA)寡核苷酸序列(oligo):Sh1、Sh2、Sh3,分别插入经酶切后的PLVTHM载体。经PCR和测序方法筛选阳性克隆,抽提阳性克隆质粒经大肠埃希菌扩增后,与其辅助包装质粒共同感染293T细胞制备慢病毒载体,利用斑形成试验测定病毒滴度。感染C3H10T1/2细胞株,以流式细胞仪检测其感染效率、荧光定量PCR检测其干扰效率。结果与正常C3H10T1/2细胞比较,测序及PCR结果显示目的片段插入正确;病毒滴度值为3.87×108TU/ml;慢病毒载体对C3H10T1/2细胞感染效率达90.36%;3个靶点(抑制效率分别为76.8%5、5.1%和11.7%)均有干扰效果,与正常细胞比较,Sh1靶点干扰效果最为显著(76.8%,P<0.05)。结论成功构建高效沉默Islet-1基因慢病毒载体。     

慢病毒载体介导E6AP基因敲低乳腺癌细胞株的构建及其功能检测

目的：构建E6AP基因的小干扰RNA（siRNA）真核表达载体,并检测其对乳腺癌细胞ZR75-1生长的影响。方法利用RNA干扰（RNAi）技术设计并合成两条E6AP基因的siRNA,并将其与siRNA表达载体pSIH-H1连接。经过酶切和测序鉴定成功后,人胚肾细胞293T包装E6AP siRNA的慢病毒,然后感染乳腺癌细胞ZR75-1,建立敲低E6AP表达的稳定细胞株。稳定细胞株建立后通过实时定量PCR（ qRT-PCR）和Western 印迹等方法检测RNAi的干扰效果,并利用细胞生长实验检测E6AP siRNA对乳腺癌细胞生长的影响。结果 DNA测序证明,成功构建了E6AP siRNA的表达载体。实时定量PCR和Western 印迹实验证明,构建的siRNA确能有效抑制E6AP基因的表达,并建立了敲低E6AP表达的稳定细胞株。生长实验表明,E6AP siRNA可有效抑制细胞的生长。结论成功构建E6AP基因的siRNA真核表达载体,转染细胞后能有效地抑制E6AP基因的表达,且抑制细胞ZR75-1的生长。     

CD147SiRNA对胃癌细胞株SGC7910生长及凋亡的影响

目的:观察小分子干扰RNA(siRNA)沉默CD147基因在胃癌细胞株SGC7910中的表达,并探讨CD147基因对胃癌细胞生长、凋亡的影响.方法:根据CD147 eDNA序列设计具有短发夹结构的两条DNA序列,与裁体pSilencerTM 4.1-CMV neo构建重组表达载体,鉴定后转染至SCC7910细胞,wes...     

载体介导的siRNA对SGC-7901胃癌细胞中hPOT1表达的抑制作用

目的构建人端粒保护蛋白（hPOT1）基因的短链干扰核糖核酸（siRNA）表达载体，观察其在胃癌细胞中抑制hPOT1基因表达的作用，为进一步研究hPOT1在胃癌细胞生长增殖中的作用打下基础。方法设计并化学合成64nt编码hPOT1 siRNA基因片段的寡核苷酸，退火成双链后将其连接到pSUPER质粒的H1 RNA启动子下游，构建psiRNA-hPOT1重组质粒。经酶切、测序鉴定后，用脂质体介导的基因转染方法，转人SGC-7901胃癌细胞，用半定量RT-PCR检测hPOT1表达水平的变化。结果测序结果表明重组质粒psiRNA-hPOT1 64个碱基成功插人到预定位置，并且序列完全一致。hPOT1 siRNA表达载体psiRNA-hPOT1转入胃癌细胞后，可明显抑制SGC-7901细胞hPOT1的表达。结论构建的hPOT1基因的siRNA表达载体psiRNA-hPOT1重组质粒能显著抑制hPOT1基因在SGC-7901胃癌细胞中的表达。     

siRNA表达载体对MCF-7细胞生长及其hTERT基因表达抑制的研究

目的构建人端粒酶反转录酶(hTERT)基因的RNA干扰(RNAi)表达载体,探讨该载体对人乳腺癌MCF-7细胞生长及hTERT基因表达的影响。方法设计针对hTERT基因的干扰靶序列,构建siRNA重组表达质粒pGenesil-hTERT,将该质粒酶切测序鉴定后,以脂质体转染MCF-7细胞,RT-PCR和Western blot技术分别检测hTERT基因及其蛋白的表达,MTT法观察转染后MCF-7细胞生长情况。结果酶切电泳和测序分析表明插入序列正确,重组质粒构建成功。该质粒转染MCF-7细胞后,hTERT基因mRNA和蛋白质的表达水平均显著降低,MCF-7细胞生长抑制。结论内源性短发夹状siRNA能有效抑制hTERT基因的表达,进而抑制乳腺癌MCF-7细胞的增殖生长,这也为肿瘤的基因治疗提供了实验依据。     

瘢痕疙瘩和正常皮肤组织中基因表达的变化

目的 应用基因表达谱芯片筛选瘢痕疙瘩发生相关基因,并对部分基因的功能进行初步分析。方法 按微阵列排列,将8400种人类基因PCR产物制成微阵矩表达谱芯片;提取瘢痕疙瘩和正常皮肤的总RNA,并纯化mRNA。将等量的两种组织的mRNA分别进行逆转录,合成荧光分子(Cy5或Cy3)掺入的cDNA作为探针,芯片杂交和严格洗片后,扫描芯片荧光信号图像,计算机分析比较两种组织中差异表达的基因。通过RT-PCR方法检测NGF、TGF-β1和c-myc基因在不同组织中的表达变化。结果 在所检测的3对临床标本中,瘢痕疙瘩和正常皮肤间存在差异表达的基因有402条(4．75％),主要涉及胞外基质、运输蛋白、细胞信号和传导蛋白、细胞骨架和运动相关蛋白的基因等。这些差异表达基因与瘢痕疙瘩的发生可能存在相关性。RT-PCR研究发现,瘢痕疙瘩内NGF、TGF-β1和c-myc的基因表达水平均明显高于正常皮肤。结论多种基因参与调控瘢痕疙瘩的发生,对相关基因群的研究有助于认识瘢痕疙瘩的形成机制。NGF、TGF-β1和c-myc在瘢痕疙瘩形成过程中可能起着重要的调节作用。     

靶向人乙型肝炎病毒siRNA的构效关系研究

目的:在体外模型HepG2.2.15细胞中研究靶向人乙型肝炎病毒(HBV)小分子干扰RNA(siRNA)的构效关系.方法:靶向HBV基因不同位置合成21条siRNA,分析多条siRNA在HBV 8个基因型(共120条序列)中的保守性情况以及siRNA的二级结构特点.利用乙肝表面抗原(HBsAg)ELISA定量方法与荧光定量PCR方法检测8iRNA在不同浓度下(1,10,100 nmoL/L)对HepG2.2.15细胞中乙肝病毒HBsAg和mRNA表达的抑制情况.SPSS进行定量构效关系(QSAR)分析.结果:半数(13/21)的siRNA以浓度依赖模式抑制靶基因的表达(P＜0.05).其中537,672,1263,1658等序列活性显著高于阳性对照序列.QSAR分析显示siRNA基因型同源性(P＜0.01)、S/P和X区(P＜0.05)与siRNA活性有紧密关系;重叠基因[S/P/前基因组(pregenome)mRNA]区域局部靶mRNA二级结构保守性、发卡环、多茎环和茎的碱基数目与siRNA活性相关(R=0.994,P=0.009).结论:siRNA的靶点序列、siRNA本身的一级序列与二级结构对其抑制靶基因的活性有显著影响,具有明显的构效关系.优选siRNA可能作为治疗多基因型乙肝感染的候选序列.     

野生型p16基因体外诱导人瘢痕疙瘩成纤维细胞衰老的研究

目的：观察野生型p16基因对人瘢痕疙瘩成纤维细胞的生物学效应，探讨对瘢痕疙瘩进行基因治疗的可行性。方法：通过基因转染将含p16 cDNA的真核表达载体pcDNA3-p16导入人瘢痕疙瘩成纤维细胞中，筛选出阳性克隆后用测定细胞生长曲线、细胞周期及细胞超微结构等方法观察细胞的变化，用衰老相关-β-半乳糖苷酶染色法鉴定细胞形态。结果：细胞在转染野生型p16基因后自第3代起形态发生明显变化，细胞增殖明显减慢，细胞周期分析显示有96．7％的细胞处于G1期；电镜分析表明，细胞出现明显的溶酶体超载现象。衰老相关-β-半乳糖苷酶染色证实细胞进入衰老期。结论：野生型p16基因可诱导入瘢痕疙瘩成纤维细胞提前进入衰老阶段，这为瘢痕疙瘩基因治疗提供了实验依据。     

锌指蛋白A20基因沉默载体制备及初步应用

目的 设计并制备有效干扰细胞内锌指蛋白A20(简称A20)表达的基因沉默载体,初步用于观察A20基因沉默对细胞炎症应答的影响. 方法 人工设计并合成A20特异性RNA干扰寡核苷酸片段(ASRF),构建A20基因沉默载体pSUPER-EGFP-A20 siRNA.采用基因转染技术使人单核细胞株THP1感染pSUPER-EGFP-A20 siRNA,用适时荧光定量PCR技术鉴定转染细胞A20基因的沉默率;用ELISA测定细胞核内NF-κB活性及培养上清液中的TNF-α水平.结果 在设计的2条ASRF中,以M59465-385R/F对细胞A20表达的抑制效果最佳,基因沉默率达83.86%.初步应用表明,A20基因沉默后THP1内NF-κB活性水平增加了78.13%,释放的TNF-α增加了49.30%. 结论 成功得到了高效A20基因沉默载体,初步应用研究提示A20表达的意义在于下调细胞炎症应答程度.     

TLR4基因RNA干扰载体的构建及其抑制效率比较

目的 构建含有Toll样受体4(TLR4)基因特异性RNA干扰序列的pSliencer4.1-CMV neo载体,比较其对TLR4的抑制效率.方法 通过Ambion公司的在线软件设计TLR4基因(GenBank:NM138554)的RNA干扰(RNAi)序列,按siRNA设计的优化原则筛选靶序列,再选取其中部分序列进行合成,经退火、连接,构建含有TLR4基因特异性RNA干扰序列的pSliencer4.1-CMVneo载体.用脂质体SPort XP-1分别将载体及阳性和阴性对照质粒转染血管内皮细胞系EVC-304细胞,提取细胞总RNA,进行RT-PCR反应,筛选抑制效率较高的载体.结果 共设计出可供选择的序列228条,经BLAST比对后,有30条序列有较好的序列特异性,并根据其在基因中的相对位置选择9条作为siRNA靶序列.RT-PCR结果表明其中有5个载体具有较高的抑制效率,以TS4,TS6,TS8抑制效率最高,分别为89%,90%,88%,其余siRNA的抑制效率均未超过50%.抑制效果较好的5条序列在TLR4基因中的位置分别为444、1 203、1 389、2 774、3 409nt处.结论 成功构建了抑制效率较高的TLR4基因特异性RNA干扰序列的pSliencer4.1-CMV neo载体,筛选出特异性抑制TLR4表达的序列,为TLR4信号转导的研究奠定了基础.     

1.1倍长乙型肝炎病毒基因组在Huh7细胞中的高效复制和表达

目的构建乙型肝炎病毒(HBV)1.1倍基因组长度的重组载体,研究其在人肝癌细胞系Huh7中的复制与表达。方法以慢性乙型肝炎患者C基因型HBV DNA为模板,用聚合酶链反应(PCR)扩增出HBV基因组的两条DNA片段,酶切后与载体连接成含HBV1.1倍基因组长度的重组载体。经PCR、酶切及测序鉴定后,将重组载体经FuGENEHD转染入Huh7细胞,用ELISA检测转染细胞培养上清液的HBsAg和HBeAg表达,用荧光定量PCR和Southern杂交检测HBV DNA的复制水平及复制中间体。结果经鉴定证实成功构建1.1倍基因组长度C基因型HBV重组载体,体外转染Huh7细胞48h后,培养上清液中检出HBsAg和HBeAg表达;转染72h后,荧光定量PCR检出较高的HBV DNA复制水平(107～109拷贝/ml);Southern杂交检出病毒复制中间体。结论构建的1.1倍长重组载体可以介导高水平的HBV病毒复制和基因表达,为进一步体外瞬时转染HBV表型耐药分析奠定基础。     

siRNA真核表达载体对大鼠耳蜗前体细胞Notch3基因表达的影响

目的 构建Notch3基因的siRNA真核表达载体,探讨其对大鼠耳蜗前体细胞中Notch3基因表达的影响.方法 机械分离并胰酶消化新生大鼠耳蜗感觉上皮,悬浮培养基培养耳蜗前体细胞.根据Notch3基因序列设计并合成2对siRNA,插入pSilencer4.1-CMV neo载体,进行酶切及测序鉴定.采用脂质体法向大鼠耳蜗前体细胞转染重组质粒,采用Real time-PCR和Western blotting法检测重组质粒对Notch3基因的干扰效果.结果 经前体细胞标记物Abcg2染色鉴定证实原代培养的细胞球为耳蜗前体细胞.酶切及测序鉴定证实成功构建了siRNA真核表达载体pSilencer-Notch3-S1和pSilencer-Notch3-S2. Real-time PCR和Western blotting检测结果显示所构建的Notch3基因真核表达载体成功地干扰了目的基因的表达.与空白对照组比较,转染pSilencer-Notch3-S1和pSilencer-Notch3-S2的细胞Notch 3 mRNA和蛋白表达量均有明显减少,而转染空质粒的细胞与空白对照组比较无显著差异.结论 成功构建了大鼠Notch3基因的RNAi真核表达载体,该载体在大鼠耳蜗前体细胞中对Notch3基因的表达可发挥抑制作用.     

慢病毒介导的RNA干扰对鼻咽癌细胞株中转移相关基因1的沉默效应

目的 评价鼻咽癌细胞株SUNE1的两个不同转移潜能亚株5-8F和6-10B中转移相关基因1(MTA1)表达的差异,以及慢病毒介导的RNA干扰技术对人鼻咽癌高转移潜能细胞株5-8F中MTA1的沉默效应.方法 采用RT-PCR和Western blotting检测5-8F和6-10B细胞中MTA1 mRNA和蛋白表达的差异.利用在线数据库和软件设计MTA1 siRNA片段,构建特异性MTA1的慢病毒干扰载体,转染鼻咽癌细胞5-8F,荧光定量PCR和Western blotting检测其MTA1 mRNA和蛋白表达的变化.结果 5-8F细胞中MTA1 mRNA和蛋白表达均高于6-10B细胞.经测序分析,插入片段正确;荧光定量PCR 和 Western blotting 检测显示,RNA干扰后MTA1的表达水平明显降低.结论 MTA1可能在促进鼻咽癌细胞株的恶性转化和转移潜能的增强中具有作用.MTA1 siRNA可高效、特异地抑制5-8F细胞MTA1表达,为研究MTA1基因在鼻咽癌发生发展中的作用提供了有价值的研究工具.     

RNA干扰抑制胆囊癌血管内皮细胞生长因子的实验研究

目的：构建编码胆囊癌VEGF基因的短发夹状RNA（shRNA）,观察shRNA干扰对胆囊癌血管内皮细胞表达的影响。方法：根据人VEGF基因的序列选择了4个位点设计shRNA,制备VEGF-shRNA质粒表达载体,并进行测序分析。将重组质粒转染到胆囊癌细胞GBC-SD中,采用荧光PCR检测VEGF-mRNA表达情况,ELISA法及Western-blot法检测VEGF蛋白含量。结果：成功构建了靶向VEGF基因的shRNA质粒表达载体,并经测序验证。实时荧光PC分析shRNA2抑制VEGF基因的mRNA表达,抑制率可达86%.由ELISA法及Western-blot法看出ShVEGF-1、ShVEGF-2、ShVEGF-3、ShVEGF-4中VEGF的表达得到明显的抑制,且Sh-VEGF-4效果最显著（P〈0.05）,而NC细胞（阴性对照）则基本没有抑制VEGF的表达（P〉0.05）。结论：成功构建靶向VEGF的shRNA表达质粒,其对胆囊癌血管内皮细胞表达具有明显抑制作用。     

多效生长因子基因沉默抑制PTEN基因敲除细胞的增殖

目的：在肿瘤抑制基因PTEN缺失的小鼠胚胎成纤维细胞Pten-/-MEF241细胞中,研究多效生长因子（pleiotrophin,Ptn）对细胞增殖的影响.方法：设计并合成可编码针对小鼠Ptn基因的小干扰RNA （siRNA）寡核苷酸,构建至pSilencerTM3.1-H1载体,将载体转染进Pten^-/-MEF241细胞中,获得稳定表达细胞克隆株,通过Northern印迹检测Ptn基因表达被抑制的情况,根据细胞生长曲线检测沉默Ptn基因对Pten^-/-MEF241细胞生长的影响.结果：获得的稳定克隆株中,与对照细胞相比,Ptn基因的表达在转染Ptn siRNA-B的3株细胞中均得到了有效的抑制,而在转染Ptn siRNA-C的2株细胞中抑制效果较差.生长曲线结果显示,在Pten^-/-MEF241细胞中,沉默Ptn基因能够减缓Pten^-/-MEF241细胞的生长速度.结论：本研究获得了可有效抑制Ptn基因的小干扰RNA,证明沉默Ptn基因可抑制PTEN 基因缺失细胞的增殖,提示Ptn可作为治疗具有PTEN基因突变的肿瘤的药物靶标.     

RNA干扰沉默p16基因对小鼠胚胎成纤维细胞衰老的影响

目的：探讨RNA干扰沉默小鼠p16基因表达对137Csγ射线诱导的小鼠胚胎成纤维细胞（MEF）衰老的影响。方法构建p16 RNA干扰载体,采用实时荧光定量PCR、Western blot和衰老相关β-半乳糖苷酶（SA-β-Gal）染色观察RNA干扰前后辐射诱导衰老的MEF细胞mRNA水平、蛋白水平和衰老细胞百分率等的变化。结果辐射诱导衰老的MEF细胞RNA干扰后24 h,照射＋p16 siRNA-1和照射＋p16 siRNA-2组p16 mRNA 相对表达水平较照射组显著降低（t=16.52、16.13,P均〈0.05）,蛋白水平较照射组显著降低;干扰后5 d,照射＋p16 siRNA-1和照射＋p16 siRNA-2组SA-β-Gal染色阳性细胞百分比[（34.17±2.08）%和（33.83±1.75）%]明显低于照射组[（68.83±1.26）%]（t=37.72、38.09,P均〈0.01）。结论 RNA干扰沉默小鼠p16基因表达能够抑制MEF细胞的衰老,为其在细胞衰老相关研究中的应用奠定了基础。