环氧合酶-2抑制剂的对接(Dock)研究

环氧合酶－２具有多种结构类型的抑制剂，比较分子力场分析难以建立它们的定量构效关系。根据自由能原理，抑制剂结合酶的自由能变与活性呈线性关系，本文选择了１２个典型结构的环氧合酶－２抑制剂进行对接，通过分析结合能与活性的相关性，得到了较好的构效模型，相关系数ｒ＝０．８５７，在建立构效模型的同时，通过图形学分析，揭示了这些抑制具有较高活性的原因。     

阿片类药物透过血脑屏障的三维构效研究

目的:建立药物透过血脑屏障的三维构效模型,为药物分子设计提供理论依据。方法与结果:利用比较分子力场分析方法建立了阿片类药物透过血脑屏障的三维定量构效模型,该模型有较高的预测能力,交叉验证系数r²_cv=0.718,相关系数r²=0.978,F₃,7=67.902,标准偏差SE=0.209。结论:根据CoMFA模型系数等势图,解释了该类药物透过血脑屏障的构效关系。     

维甲类化合物构效关系研究维甲酸核受体与选择性配体相互作用的分子模拟

目的：研究维甲酸核受体蛋白α,β和γ３种亚型的氨基酸序列差异性,确定可能与抑制剂选择性结合有关的氨基酸残基,揭示维甲酸类药物的毒副作用和与其结合多种受体亚型的关系,设计、开发受体选择性的维甲类分子。方法和结果：基于已解析的γ受体亚型的晶体结构,利用分子图形学和计算化学方法预测了未知的α,β亚型的三维结构;通过３种维甲酸核受体分别与其泛激动剂、选择性激动剂及无结合活性的维甲酸分子之间的分子对接研究,定性解析了抑制剂立体结构上的微小差异导致不同受体产生选择性的本质原因。结论：有选择性受体结合活性的维甲类化合物是进行低毒作用的新型维甲类药物研究和开发的基础。     

维甲类化合物构效关系研究维甲酸核受体与选择性配体相互作用的分子模拟

目的：研究维甲酸核受体蛋白α,β和γ 3种亚型的氨基酸序列差异性,确定可能与抑制剂选择性结合有关的氨基酸残基,揭示维甲酸类药物的毒副作用和与其结合多种受体亚型的关系,设计、开发受体选择性的维甲类分子。方法和结果：基于已解析的γ受体亚型的晶体结构,利用分子图形学和计算化学方法预测了未知的α,β亚型的三维结构;通过3种维甲酸核受体分别与其泛激动剂、选择性激动剂及无结合活性的维甲酸分子之间的分子对接研究,定性解析了抑制剂立体结构上的微小差异导致不同受体产生选择性的本质原因。结论：有选择性受体结合活性的维甲类化合物是进行低毒作用的新型维甲类药物研究和开发的基础。     

药物透过血脑屏障的3D-QSPR:H2受体拮抗剂的CoMFA和EVA分析

目的:药物透过血脑屏障是药代动力学的重要过程,H2受体拮抗剂是作用于神经外周的抗溃疡药物,为避免该类药物透过血脑屏障损伤中枢神经,产生毒副作用,指导该类药物的设计与合成.方法和结果:选择了不依赖于实验参数的比较分子力场分析(CoMFA)方法和最近发展的本征值(EVA)方法,建立了有关的三维药代动力学性质(3D-QSPR)模型.CoMFA模型的统计参数为:交叉验证系数r2cv=0.625,相关系数r2=0.893,F3,17=47.270,标准偏差SE=0.254;EVA模型的统计参数为:交叉验证系数r2cv=0.697,相关系数r2=0.922,F3,17=67.766,标准偏差SE=0.203.结论:两种方法都能建立三维定量构效模型,EVA模型有更高的预测能力.     

多巴胺D2受体三维结构预测及与激动剂配体相互作用的研究

以细菌视紫红质(bacteriorhodopsin)的三维晶体结构为模板,预测了多巴胺D2受体跨膜区的7个α螺旋肽段的三维结构。根据定点突变实验数据以及预测的受体三维结构,确定了激动剂配体结合腔由Asp86,Ser141,Ser144等12个氨基酸残基组成。为了校正和检验所得的模型,分别以一组刚性、一组柔性的激动剂与受体对接(DOCK),分析-logIC₅₀和结合能Eb相关性,较好的结果说明该模型是可靠的。     

Modeling of Dopamine D2 Receptor and its Agonist DOCK Analyses

以细菌视紫红质（ｂａｃｔｅｒｉｏｒｈｏｄｏｐｓｉｎ）的三维晶体结构为模板，预测了多巴胺Ｄ２受体跨膜区的七个α螺旋肽段的三维结构。根据定点突变实验数据以及预测的受体三维结构，确定了激动剂配体结合腔由Ａｓｐ８６，Ｓｅｒ１４１，Ｓｅｒ１４４等十二个氨基酸残基组成。为了校正和检验所得的模型，分别以一组刚性、一组柔性的激动剂与受体对接（ＤＯＣＫ），分析ｌｏｇＩＣ５０和结合能Ｅｂ相关性，较好的结果说明该模型是可靠的     

多巴胺D2胺体三维结构预测及与激动剂配体相互作用的研究

以细菌视紫红质（bacteriorhodopsin）的三维晶体结构为模板，预测了多巴胺D2受体跨膜区的七个α螺旋肽段的三维结构。根据定点突变实验数据以及预测的受体三维结构，确定了激动剂配体结合胺由Asp86,Ser141,Ser144等十十个氨基酸残基组成。为了校正和检验所得的模型，分别以一组刚性、一组柔性的激动剂与受体对接（DOCK），分析－logIC50和结合能Eb相关性，较好的结果说明该模型是可靠的。     

药物透过血脑屏障的3D-QSPR:H2受体拮抗剂的CoMFA和EVA分析

目的：药物透过血脑屏障是药代动力学的重要过程,H₂受体拮抗剂是作用于神经外周的抗溃疡药物,为避免该类药物透过血脑屏障损伤中枢神经,产生毒副作用,指导该类药物的设计与合成。方法和结果：选择了不依赖于实验参数的比较分子力场分析(CoMFA)方法和最近发展的本征值(EVA)方法,建立了有关的三维药代动力学性质(3D-QSPR)模型。CoMFA模型的统计参数为：交叉验证系数r²_cv=0.625,相关系数r2=0.893,F_3,17=47.270,标准偏差SE=0.254;EVA模型的统计参数为：交叉验证系数r²_cv=0.697,相关系数r²=0.922,F_3,17=67.766,标准偏差SE=0.203。结论：两种方法都能建立三维定量构效模型,EVA模型有更高的预测能力。