埃博拉病毒2014年毒株的基因组变异特征分析

目的 2014年在西非国家暴发的埃博拉疫情,与既往的疫情相比,流行病学特征有所改变,即病毒的致死能力减弱、人际传播能力增强。本文拟通过对埃博拉病毒2014年毒株基因组共102株序列的分析,研究其变异特征,探讨病毒基因组变异与其流行病学特征改变之间的关系。 方法 选取NCBI公共数据库中埃博拉病毒全基因组序列,应用mummer3.0软件分析病毒基因组变异特征;使用MEGA5软件进行蛋白进化分析;应用CPHmodels和PyMOL软件,根据蛋白同源性模拟蛋白的三维构型。 结果 埃博拉病毒2014年毒株（扎伊尔型）基因组中,共有606个位点发生变异,其中有49个变异位点是2014毒株特有的、并导致所编码的氨基酸发生非同义突变。特别是NP蛋白第128位、GP蛋白第82位和L蛋白第1951位氨基酸,不仅在2014年之前所有的扎伊尔型毒株中是保守不变的,而且在其余埃博拉病毒亚型之间也是高度保守的,但在2014毒株中却发生了特异性的变异。 结论 埃博拉病毒2014年毒株基因组具有独特的变异特征,使得NP、GP和L蛋白发生变异,特别是GP蛋白第82位氨基酸由丙氨酸突变为缬氨酸,将影响其所在的?螺旋的稳定性,这可能是2014年毒株致死能力减弱和传播能力增强的原因之一。基因组变异是否直接导致此次疫情中病毒流行病学特征改变,还需要进一步的实验研究证实。     

功能性SNP的筛选方法及其在疾病易患性研究中的应用

单核苷酸多态性(SNP)是继微卫星后第三代DNA遗传标记。近年来已鉴别出大量疾病的易患基因与位点,然而由于传统统计学方法的不足,加大了假阳性结论产生的概率。为解决这一问题,研究者们应用质粒转染、电泳移动漂移实验以及染色质免疫沉淀等技术从大量潜在的易患位点中鉴别出许多真正具有功能的SNP位点。现以结构基因中SNP所在位置进行分类,从影响基因表达以及改变蛋白质功能等方面出发,对各SNP功能研究方法进行总结。     

新的具有高度多态性的日本血吸虫微卫星位点的鉴定

目的 从基因组序列中选择和设定新的、可用于研究日本血吸虫多态性的微卫星位点。 方法 672个日本血吸虫标本取自安徽、江西、湖南、湖北和四川等5省的7个流行区现场。根据日本血吸虫基因组数据库中的初始数据设计引物,对标本的17个全新的日本血吸虫微卫星位点进行分析。用GenMapper 4.0 软件（Applied Biosystems）进行初始数据处理,用GenClone 1.0软件计算种群内各标本的遗传距离;用GenAlEx6软件统计等位基因的变化;用GenClone 1.0 软件计算种群内各标本的遗传距离;用UPGMA 谱系图分析种群间遗传距离。 结果 17个微卫星位点均呈现多态性。对江西都昌种群的这17个位点进行分析,标本之间的遗传距离大多为25～32,显示江西都昌种群内各个标本之间的遗传差异明显。对7个地区种群分析的结果显示种群间的差异较为明显。类平均法系统聚类分析（UPGMA） 谱系图显示,江西都昌、安徽铜陵、湖北沙市和湖南常德的种群同为一簇,其遗传距离为0.017 8～0.036 3;安徽贵池和湖南岳阳的为另外一簇,其遗传距离为0.024 7;而四川西昌单独为一簇,与其他两簇的遗传距离为0.019 2～0.069 3。 结论 选择的17个微卫星位点可作为研究日本血吸虫种群遗传学的有效标记,并揭示中国大陆该虫种存在着复杂的遗传变异。     

日本血吸虫弹性蛋白酶基因的克隆、表达及虫期特异性转录

目的 克隆和表达日本血吸虫弹性蛋白酶基因（SjCE-2b），纯化表达重组蛋白，并研究该基因在各虫期的转录情况。 方法 预测SjCE-2b基因的编码序列。绘制血吸虫尾蚴弹性蛋白酶家族成员系统进化树。用RT-PCR和蛋白质印迹（Western blotting）分析SjCE-2b基因在日本血吸虫各期转录的差异。将RT-PCR扩增得到的SjCE-2b基因亚克隆至载体pET28b，在大肠埃希菌中诱导表达得到重组蛋白rSjCE-2b，用组氨酸标签亲和层析法纯化表达产物，Western blotting分析其免疫原性。 结果 在虫卵、子胞蚴和成虫检测到SjCE-2b基因转录本（714 bp），表达的重组蛋白rSjCE-2b，相对分子质量约为Mr 31 000，与预测的融合蛋白相对分子质量相符。构建了重组原核表达载体SjCE-2b/pET28b，并在大肠埃希菌中表达。纯化后的重组蛋白rSjCE-2b可被日本血吸虫感染的兔血清识别。 结论 在日本血吸虫虫卵、子胞蚴和成虫发现SjCE-2b基因转录本。SjCE-2b基因有可能成为潜在的日本血吸虫病疫苗候选抗原和药物及诊断靶点。     

新一代高通量测序技术及其临床应用前景

自1987年美国Applied Biosystems (ABi) 公司推出第一台自动化测序仪-ABi370以来,Sanger测序法以其可靠、准确、读长高等优点而得以迅速发展,并被广泛运用于科研和临床工作.但Sanger测序法的局限性在于对电泳分离技术的依赖,以及无法再进一步地扩大并行和微量化,造成该技术对不同生物基因组进行序列测定的规模限制和代价高昂,绘制第1张人类基因组图谱前后共耗费13年时间,显然不是一个临床所能接受的速度.