不同治疗方法对消化道肿瘤患者外周血中MDSCs亚群的影响

目的探讨不同治疗方案对消化道肿瘤患者外周血单个核细胞(PBMCs)中髓源性抑制细胞(MDSCs)亚群水平的影响。方法选取郑州大学第二附属医院消化道肿瘤患者40例和健康体检者10例,收集其化疗、手术、手术联合化疗前、后的外周血标本,用流式细胞术检测消化道肿瘤患者外周血粒细胞样MDSCs(G-MDSCs)和单核细胞样MDSCs(M-MDSCs)的表达,ELISA检测其功能因子Arg-1和iNOS。结果消化道肿瘤患者外周血中G-MDSCs和M-MDSCs的水平显著高于健康对照组。化疗、手术及联合治疗后外周血中G-MDSCs和M-MDSCs水平均降低,化疗、手术后MDSCs释放iNOS下降。G-MDSCs在有淋巴结转移、肿瘤直径≥5 cm的患者中较高;M-MDSCs在分化程度低的患者中较高。结论消化道肿瘤患者外周血中G-MDSCs和M-MDSCs亚群水平升高,手术、化疗以及二者联合可降低MDSCs亚群水平,并且降低MDSCs功能。G-MDSCs与肿瘤直径、淋巴结转移有关,M-MDSCs与分化程度有关。     

胰腺癌生存相关lncRNA的筛选和验证

目的通过生物信息学分析筛选出与胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma,PDAC)患者生存相关的长链非编码RNA(lncRNA),并预测其靶基因及相关信号通路。方法通过肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载PDAC及癌旁组织的表达谱数据及相应的临床资料,并对这些数据进行生存分析,然后通过共表达分析及基因富集分析找到与差异lncRNA表达相关的mRNA和信号通路。最后通过细胞实验验证AC015660.1、CASC8在PDAC细胞中的表达。结果通过TCGA筛选出4个在PDAC中差异表达的lncRNA,其中AC015660.1和CASC8表达上调,对其进行共表达分析,分别预测出2个靶基因mRNA;对进行单基因GSEA分析,预测出8条CASC8可能的作用通路。细胞实验显示,AC015660.1和CASC8均在PDAC细胞中高表达。结论通过生物信息学分析筛选出与PDAC生存相关的lncRNA,为胰腺癌的预后评估提供了潜在靶点。     

原发性肝细胞癌GOLM1基因异常表达和相关miRNA和lncRNA预测

目的通过GOLM1(GP73)在原发性肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达,分析其作为HCC诊断标志物的可行性,并预测其相关RNA。方法分析在线数据库HCC中GOLM1 mRNA表达,用含90对HCC组织和癌旁正常组织的组织芯片和免疫组化方法检测GOLM1蛋白表达;用TCGA转录组数据预测GOLM1相关的miRNA和lncRNA。结果 HCC中GOLM1 mRNA的表达高于癌旁正常组织,与HCC患者临床分期、肿瘤分级和总生存时间相关。GOLM1蛋白在HCC与癌旁组织中的表达差异无统计学意义(P 0. 05)。生物信息学分析预测到与GOLM1存在可能调控关系的lncRNA 6个、miRNA 48个。结论 GOLM1 mRNA可作为HCC的诊断和预后标志物,成功预测到与GOLM1相互作用的lncRNA 6个、miRNA 48个。     

食管鳞癌中miR-204、miR-205相关ceRNA网络构建及部分lncRNA功能分析

目的用生物信息学方法预测食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中miR-204、miR-205相关竞争性内源RNA(ceRNA)网络。方法通过TCGA数据库筛选癌及癌旁组织差异表达的mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)和miRNA,构建miR-204、miR-205相关ceRNA网络,并对筛选出的差异基因进行生存分析,利用GO、KEGG和PPI进一步分相关lncRNA的功能。结果以log FC2且P0.05为标准,筛选出和miR-204、miR-205相关差异表达mRNA 13个,lncRNA 38个,并构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。LINC00504、FER1L6-AS1与亚洲人ESCC患者生存相关。GO、KEGG和PPI分析显示:7个同时调节miR-204、miR-205的lncRNA可能参与ESCC的形成和进展。结论通过分析ESCC转录组测序数据,预测出以miR-204和miR-205为节点的调控网络,可能是ESCC重要的调控机制和诊疗靶点。     

食管鳞癌差异表达基因鉴定及亚洲人食管鳞癌预后lncRNA功能分析

目的用生物信息学方法分析食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中转录组差异表达RNA,筛选和预测特异lncRNA的功能。方法通过TCGA数据库筛选ESCC差异表达基因并构建相关ceRNA网络,在GEO中对差异lncRNA进行验证,并对筛选出的差异lncRNA进行生存分析。利用GO、KEGG和蛋白互作网络进一步分析与预后相关lncRNA的功能。结果通过TCGA数据库共筛选出差异表达mRNA 2 064个,lncRNA 1 160个,miRNA 69个,并成功构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。GEO、TCGA共有差异表达lncRNA 26个,其中AC009264.1、PGM5-AS1及LINC00460与亚洲人ESCC患者生存相关。GO、KEGG、PPI分析表明这3个预后相关lncRNA可能参与ESCC的形成与进展。结论通过分析ESCC转录组测序数据,发现一批预后相关lncRNA,有望为ESCC的治疗和预后预测提供新的靶点与分子标志物。     

利用TCGA数据库筛选食管鳞状细胞癌免疫相关mRNA

目的筛选食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)的免疫和预后相关特征基因。方法基于单样本基因集富集分析(ssGSEA),将TCGA数据库中的ESCC序列和临床资料分为3个免疫浸润组。应用表达数据(ESTIMATE)算法对ESCC组织中的基质细胞和免疫细胞进行分组效应评估,并应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选与免疫表型相关的共表达基因模块,挑选最相关模块中的节点基因,分析其与患者预后的相关性。结果利用ssGSEA算法,81例肿瘤样本分为高免疫组(14例)、中等免疫组(46例)和低免疫组(21例),并用HLA-I和PD-L1基因验证了分组效果。利用WGCNA获得了与免疫相关的模块,在此模块中找到6个免疫相关hub基因,其中HAVCR2 mRNA与ESCC患者生存相关。结论HAVCR2作为免疫相关基因,可能参与了ESCC的发生、发展,是ESCC潜在预后标志物。     

原发性肝癌GPC3基因异常表达和相关miRNA与lncRNA预测

目的分析GPC3对原发性肝细胞癌(HCC)的诊断价值,并预测其非编码RNA调控机制。方法用组织芯片和免疫组化方法检测GPC3蛋白表达,并用在线工具和TCGA数据库分析、预测GPC3相关的mi RNA和lnc RNA。结果 HCC中GPC3 m RNA和蛋白表达均高于癌旁组织,且和HCC肿瘤病理分级相关,GPC3蛋白表达和患者临床分期相关。预测到和GPC3存在调控关系的mi RNA 10个、lnc RNA 2个。结论 GPC3 m RNA和蛋白可作为HCC的诊断标志物,预测到与GPC3相互作用的非编码RNA。     

TCGA数据库中肝癌相关差异长链非编码RNA筛选和功能预测

目的通过数据库挖掘寻找肝癌差异长链非编码RNA并预测其调控机制。方法从TCGA数据库中下载374例肝癌样本和50例正常样本lncRNA、miRNA、mRNA的测序数据,筛选出差异基因后构建ceRNA网络关系图,对差异基因进行生存分析。设置差异倍数(fold Change)≥2,P 0. 01。结果在差异基因中发现77个lncRNA与miRNA相关,其中6个(HTR2A-AS1、AC073352. 1、AL359878. 1、AP002478. 1、C2orf48、MYLK-AS1)与肝癌的总生存期相关;并发现了以hsa-mir-424和hsa-mir-519d为关键节点的ceRNA调控网络。结论通过对TCGA肝癌基因数据的分析,筛选了6个lncRNA与肝癌的生存期有关,hsa-mir-424和hsa-mir-519d是重要的ceRNA调控网络节点。