硇洲岛潮汐带牡蛎相关可培养细菌多样性

[目的]了解南海硇洲岛潮汐带香港巨牡蛎(Crassostrea hongkongensis)相关可培养细菌的多样性.[方法]应用纯培养法分离样品中的细菌(含放线菌),采用基于16S rRNA基因序列的系统发育分析方法研究这些分离菌株的生物多样性.[结果]用补充0-25％(W/V) NaC1的MA、MH和NA培养基从样品中分离到102株细菌,在形态观察和部分生理生化实验结果的基础上去冗余,选取74个代表性菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育分析.结果表明,这些菌株归为38个物种,属于4个大的系统发育类群(Gamma-Proteobacteria,Alpha-Proteobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes)的16个科、18个属.大多数菌株属于Gamma-Proteobacteria亚门(45株,60.8％),其余依次是Firmicutes门(12株,16.2％)、Bacteroidetes门(11株,14.9％)和Alpha-Proteobacteria亚门(6株,8.1％).大多数菌株与其系统发育关系最密切的有效发表种典型菌株之间(16S rRNA基因序列相似性为94.3％-99.8％)存在一定的遗传差异,其中JSM 111069可能代表Carnobacteriaceae科的潜在新属;菌株JSM 111039和JSM 111085可能分别代表Bacillus属的两个新物种,菌株JSM 111020、JSM 111072和JSM 111090可能分别代表Pseudoalteromonas、Proteus和Idiomarina属的新物种.[结论]南海硇洲岛潮汐带牡蛎中存在较为丰富的原核生物多样性,并潜藏着一定数量的微生物新类群(物种).     

波赛链霉菌JMC 06001抑菌活性物质的特性研究

使用藤黄八叠球菌（Sarcina lutea）、枯草芽胞杆菌（Bacillus subtilis）、大肠埃希菌（Escherichia coli）、黑曲霉（Asperillus niger）、产气肠杆菌（Enterobacter aerogenes）、变形杆菌（Proteus vulgaris）、白色念珠菌（Candidaalbicans）、青霉（Penicilliumsp.）、铜绿假单胞菌（P.aeruginosa）9种指示菌,采用杯碟法检测抑菌活性。研究了波赛链霉菌JMC 06001菌株（Streptomyces peucetiusJMC 06001）发酵液和菌丝体中活性物质的抑菌谱,对由该菌株产生的抑菌物质的温度、pH值、抗紫外线方面的稳定性进行了考察。利用硅胶柱层析和薄层层析对抑菌物质的分离也做了初步的研究。结果表明,该菌株的发酵产物对部分革兰阳性菌、革兰阴性菌和部分真菌有较为明显的抑制作用。稳定性试验结果显示,该菌株产生抑菌活性物质的最适温度为40℃左右,最佳pH值在7.0左右,具有较好的热稳定性和较宽的pH作用范围,抗紫外线辐射能力较强。通过硅胶柱层析分离和薄层色谱检测,显示该菌次生代谢产物中的抑菌活性物质包含了多种成分。     

高望界土壤放线菌抗菌活性筛选及生物学特征

为了从土壤环境中筛选产生抗菌活性物质的放线菌,采用琼脂扩散法对分离自湖南省高望界自然保护区森林土壤的169株放线菌进行抗菌活性检测,采用16S RNA基因序列分析法进行系统发育分析,采用常规方法进行生物学特性研究。结果表明,有47株受试菌株的发酵产物显示抗菌活性阳性(27.8%),其中6株具有较强抗菌活性。形态观察结果表明,这6株菌株均为典型的产丝产孢放线菌,在多数培养基上生长良好,气生菌丝和孢子丝丰富。系统发育分析表明,6株菌株均属于链霉菌属(Streptomyces),归为5个物种。菌株JSM 147612、JSM 147786、JSM 147831和JSM 147846分别与链霉菌属的已知物种S.violascens(序列相似性为99.93%)、S.malachitospinus(99.65%)、S.anulatus(99.72%)和S.aureus(99.38%)系统发育关系最为密切;菌株JSM 147823和JSM 147842之间的序列相似性为99.86%,应该属于同一物种,与它们系统发育关系最为密切的是S.albidoflavus(相似性分别为99.72%和99.58%)。     

酒鬼酒酿造环境异常球菌属菌株的生物学特征及系统发育分析

研究对分离自馥郁香型白酒酒鬼酒制曲和发酵车间空气的8株异常球菌属(Deinococcus)菌株的特征及系统发育分析进行研究。采用添加体积分数10%酒鬼酒混合浸汁的营养琼脂培养基分离,挑选并纯化与异常球菌属菌株表型相似的菌株,考察其相关生理生化特征,并进行基于16S rRNA基因序列的系统发育分析。通过表型特点筛选,得到23株异常球菌属疑似菌株。系统发育分析表明,23株菌株中有8株属于异常球菌属,归属于该属的4个种(D.radiotolerans、D.daejeonensis、D.ficus和D.yunweiensis)。形态观察和生理生化实验表明,这些异常球菌属菌株在内生孢子、革兰染色、过氧化氢酶实验、生长温度范围、生长pH范围、多聚物水解等特征方面,与它们系统发育关系最为密切的典型菌株之间存在不同程度的差异。     

具抗菌活性海洋放线菌菌株JMC 06001的分离和鉴定

从湛江硇洲岛高盐泥样中分离到一株微嗜盐放线菌JMC 06001,该菌株的发酵产物具有很强的抗菌活性.菌株JMC 06001在多数培养基上生长良好,气生菌丝白色,基内菌丝淡黄色至浅棕色.在燕麦琼脂(ISP 3)、甘油-天门冬酰胺琼脂(ISP 5)、葡萄糖-天门冬酰胺琼脂及马铃薯浸汁琼脂上产生黄色可溶性色素,在酵母膏-麦芽膏琼脂(ISP2)、蛋白胨酵母膏铁盐琼脂(ISP6)和营养琼脂上产生棕色可溶性色素.生长温度范围为4℃～40℃,最适生长温度28℃.生长pH范围为6.0～9.0,最适pH 7.0.能在含0～1.5 mol/L NaCl的培养基上生长,最适生长盐浓度为0.2～0.5 mol/L NaCl.根据其形态学特征、生理生化特征、细胞化学分类特征和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析结果,菌株JMC 06001被鉴定为链霉菌属(Streptomyces)的有效发表种波赛链霉菌(S.peucetius)的一个菌株.     

湛江硇洲岛海葵相关可培养细菌系统发育多样性

【目的】了解湛江硇洲岛海葵样品中相关可培养细菌的多样性。【方法】运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对样品中可培养细菌多样性进行研究。【结果】用补充0～2.0 mol/L NaCl 的MA、ISP 2、NA、SWA和HAA培养基从海葵样品中分离到126株细菌,通过形态观察和部分生理生化实验去冗余,选取42株具有代表性的菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育多样性分析。结果表明,42个分离菌株可分为25个物种,属于3个大的系统发育类群(Firmicutes,Gamma-Proteobacteria,Actinobacteria)、11个科、18个属。多数菌株属于Firmicutes门（17株,40.5％）和Gamma-Proteobacteria亚门（14株,33.3％）。这些分离菌株中,至少有6个菌株可能代表6个不同属的6个新物种：JSM 071004、JSM 071068、JSM 071073、JSM 072002、JSM 073008和JSM073097分别代表Bacillus、Halobacillus、Piscibacillus、Pontibacillus、Alteromonas和Nocardiopsis属的新物种。【结论】从以上结果可以看出,湛江硇洲岛海葵中存在较为丰富的微生物物种多样性和系统发育多样性,并且潜藏着较多的新的微生物类群（物种）。     

双壳缝硅藻中国2新记录种——肿胀类辐节藻和英格兰盘状藻具孤点变种

该研究利用光学和扫描电子显微镜,对采自东洞庭湖国家自然保护区的2种双壳缝硅藻中国新记录种——肿胀类辐节藻和英格兰盘状藻具孤点变种的标本进行了详细形态学研究。观察发现：(1)肿胀类辐节藻具有4个鉴定特征：①壳瓣轮廓在大的标本中呈披针形,在小的标本中呈椭圆披针形;②线纹在壳面中部呈辐射状排列,彼此间隔相对较宽;③假隔片在壳面两端都存在;④ 孔纹在内壳面被具微孔的膜完全覆盖。(2)英格兰盘状藻具孤点变种也具有4个鉴定特征：①壳瓣线性椭圆形或椭圆形;② 线纹除了在壳面两端呈平行排列外,在壳面大部区域呈辐射状排列,中部线纹密度10～14条/10 μm;③在壳面中央有一个孤点;④孔纹内部开口被由4个支柱支撑的孔板所覆盖,孔纹密度35～40个/10 μm。该研究的详细描述和清晰的插图为肿胀类辐节藻和英格兰盘状藻具孤点变种的准确鉴定提供了参考。     

发酵车间空气源细菌淀粉酶产生菌筛选及多样性分析

采用平板水解圈法(plate hydrolysis spot method)对分离自酒鬼酒发酵车间空气样品的细菌进行淀粉酶产生菌筛选,运用基于16S rRNA基因序列的分析方法对高酶活菌株进行系统发育多样性分析。结果表明,73个受试菌株中,有23株为淀粉酶产生菌,占受试菌株的31.5%,其中有9株为高酶活菌。23个淀粉酶产生菌类群多样性和物种多样性较高,属于4个大的系统发育类群(Actinobacteria、Deinococcus-Thermus、Firmicutes、Proteobacteria)中的10个科(Bacillaceae、Deinococcaceae、Intrasporangiaceae、Microbacteriaceae、Micrococcaceae、Nocardiaceae、Propionibacteriaceae、Pseudomonadaceae、Rhodobacteraceae、Xanthomonadaceae)的13个属,可分为21个物种。进一步分析表明,9株高酶活菌属于细菌域(Eubacteria)的4个大的系统发育类群(Actinobacteria、Deinococcus Thermus、Firmicutes、Proteobacteria)的7个科(Bacillaceae、Deinococcaceae、Micrococcaceae、Microbacteriaceae、Nocardiaceae、Rhodobacteraceae、Xanthomonadaceae),归属于8个属。研究结果表明,酒鬼酒发酵车间空气源细菌存在较高比例的淀粉酶产生菌,且这些菌株具有较高的类群多样性和物种多样性。     

多位点序列和比较基因组学分析对盐单胞菌科菌株JSM 104105的系统发育学研究

【目的】为了精准地判定产铁载体嗜盐新菌株JSM 104105在盐单胞菌科(Halomonadaceae)中的系统发育地位。【方法】采用基于16SrRNA基因、DNA促旋酶B亚基基因(DNAgyraseB subunit gene, gyrB)和核糖核酸聚合酶σ因子RpoD基因(RNA polymerase sigma factor RpoD gene,rpoD)序列的多位点序列分析方法(multilocus sequence analysis, MLSA),对菌株JSM 104105的系统发育地位进行初步分析;采用比较基因组学分析(comparative genomics analysis),分析该菌株与其系统发育关系密切的典型菌株之间的GC含量、平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)和数字DNA-DNA杂交值(digital DNA-DNA hybridization, dDDH),并进行基因组系统发育学分析(phylogenomic analysis),更准确地判定菌株JSM 104105在盐单胞菌科中的系统发育地位。【结果】MLSA分析...     

环己酮降解细菌的筛选和系统发育分析

通过以环己酮为唯一碳源的选择培养基富集培养和细菌环己酮降解能力的测定,从巴陵石化公司环己酮生产车间排水口的污泥样品中分离到12株降解环己酮性能强的细菌菌株。根据形态观察、部分生理生化试验和16SrRNA基因序列的比对分析,初步确定这些菌株代表8个物种,属于3个大的系统发育类群/门(Actinobacteria,Proteobacteria,Bacteroidetes)的5个科、7个属;大多数菌株与其系统发育关系最密切的典型菌株之间存在一定的遗传差异。结果表明降解环己酮性能强的细菌具有较丰富的系统发育多样性。