硇洲岛牡蛎相关细菌抗菌筛选及系统发育分析

以8个敏感菌株作为指示菌,采用管碟法对分离自湛江硇洲岛（20°52′N～20°56′N,110°33′E～110°38′E）潮汐带香港巨牡蛎(Crassostrea hongkongensis)中的72株细菌的发酵液进行抗菌筛选,并对阳性菌株进行基因组DNA提取、16S rRNA基因PCR扩增和序列测定,继而进行系统发育分析。抗菌实验结果表明,受试菌株中有23株菌的发酵产物具有抗菌活性（阳性率31.9%）,其中有5个菌株（JSM 111024、JSM 111027、JSM 111029、JSM 111076、JSM 111083）具有较强的抗菌活性。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明,这23株菌具有较高的类群多样性和物种多样性,属于3个系统发育群/门(Alpha Proteobacteria、Gamma Proteobacteria、Bacteroidetes)中的8个科(Aeromonadaceae、Flavobacteriaceae、Halomonadaceae、Idiomarinaceae、Phyllobacteriaceae、Pseudoalteromonadaceae、Shewanellaceae、Xanthomonadaceae)的8个属(Idiomarina、Halomonas、Myroides、Nitratireductor、Oceanimonas、Pseudoalteromonas、Shewanella、Wohlfahrtiimonas),可分为11个物种。优势类群为Gamma Proteobacteria亚门（14株）,其中优势属为Oceanimonas属（6株）;第二大类群为Bacteroidetes门（7株）,都属于Flavobacteriaceae科的Myroides属。具有较强抗菌活性的5个菌株中,有4个菌株（JSM 111024、JSM 111027、JSM 111029、JSM 111083）属于Alpha Proteobacteria 亚门Phyllobacteriaceae科〖WTBX〗Oceanimonas属,而菌株JSM 111076属于Gamma Proteobacteria 亚门Aeromonadaceae科Nitratireductor属。     

DNA识别受体PYHIN家族及相关病毒免疫逃逸机制的研究

宿主细胞内的DNA识别受体可识别病毒核酸分子并激活细胞天然免疫反应,从而产生抗病毒效应;同时,病毒也进化出相应机制来逃避或抑制这种免疫反应。本文总结了宿主细胞内DNA识别受体PYHIN家族识别病毒核酸并激活细胞天然免疫反应的特点和分子机制,并讨论了病毒逃避宿主天然免疫应答的方式。     

AMPK上游激酶——肿瘤抑制因子LKB1

AMPK是哺乳动物细胞中高度保守的蛋白质,是细胞的“代谢感受器”。AMPK的活化需要上游激酶(AMPKK)对AMPKα亚基活化环上Thr172进行磷酸化来完成。最近的研究发现,肿瘤抑制因子LKB1可以磷酸化Thr172进而激活AMPK,因此认为它是AMPKK家族的成员。     

Arg缓解MSTN对猪肌肉间充质干细胞成脂-分化的抑制

间充质干细胞可分化为脂肪细胞并沉积脂质,从而增加动物脂肪沉积.因此,猪肌肉间充质干细胞被认为是肌内脂肪的重要来源之一.本研究主要在体外探讨了肌肉生长抑制素（MSTN）对猪肌肉来源间充质干细胞成脂分化的影响及Arg的调控作用.结果表明,外源添加MSTN活性蛋白极显著地降低了胞内甘油三酯水平,而添加Arg或MSTN抗体则表现相反的作用（P〈0.01）.同时添加Arg可缓解MSTN对间充质干细胞脂质沉积的抑制作用（P〈0.01）.生脂转录因子表达模式分析表明,外源添加MSTN抑制了细胞PPARγ2和aP2的表达,添加Arg和MSTN抗体增强了细胞ADD1的表达（P〈0.01）.此外,同时添加MSTN蛋白和Arg较仅添加MSTN蛋白极显著增强了细胞ADD1和PPARδ的表达（P〈0.01）,同时添加MSTN和Arg抗体较仅添加MSTN抗体显著增强了细胞ADD1,PPARδ,C/EBPα,PPARγ2和LPL的表达（P〈0.05）.由此可见,MSTN抑制了猪肌肉来源间充质干细胞成脂分化,添加Arg至少部分地通过上调ADD1和PPARδ的表达来缓解MSTN对成脂分化的抑制作用.     

细菌纤维素的研究进展

细菌纤维素是一种新型微生物合成材料,在食品、医药、纺织、化工等方面有着巨大的应用潜力。简要介绍了细菌纤维素的性质和结构特点,系统阐述了细菌纤维素的生物合成途径及影响细菌纤维素产量的因素。     

酒鬼酒酿造环境异常球菌属菌株的生物学特征及系统发育分析

研究对分离自馥郁香型白酒酒鬼酒制曲和发酵车间空气的8株异常球菌属(Deinococcus)菌株的特征及系统发育分析进行研究。采用添加体积分数10%酒鬼酒混合浸汁的营养琼脂培养基分离,挑选并纯化与异常球菌属菌株表型相似的菌株,考察其相关生理生化特征,并进行基于16S rRNA基因序列的系统发育分析。通过表型特点筛选,得到23株异常球菌属疑似菌株。系统发育分析表明,23株菌株中有8株属于异常球菌属,归属于该属的4个种(D.radiotolerans、D.daejeonensis、D.ficus和D.yunweiensis)。形态观察和生理生化实验表明,这些异常球菌属菌株在内生孢子、革兰染色、过氧化氢酶实验、生长温度范围、生长pH范围、多聚物水解等特征方面,与它们系统发育关系最为密切的典型菌株之间存在不同程度的差异。     

发酵车间空气源细菌淀粉酶产生菌筛选及多样性分析

采用平板水解圈法(plate hydrolysis spot method)对分离自酒鬼酒发酵车间空气样品的细菌进行淀粉酶产生菌筛选,运用基于16S rRNA基因序列的分析方法对高酶活菌株进行系统发育多样性分析。结果表明,73个受试菌株中,有23株为淀粉酶产生菌,占受试菌株的31.5%,其中有9株为高酶活菌。23个淀粉酶产生菌类群多样性和物种多样性较高,属于4个大的系统发育类群(Actinobacteria、Deinococcus-Thermus、Firmicutes、Proteobacteria)中的10个科(Bacillaceae、Deinococcaceae、Intrasporangiaceae、Microbacteriaceae、Micrococcaceae、Nocardiaceae、Propionibacteriaceae、Pseudomonadaceae、Rhodobacteraceae、Xanthomonadaceae)的13个属,可分为21个物种。进一步分析表明,9株高酶活菌属于细菌域(Eubacteria)的4个大的系统发育类群(Actinobacteria、Deinococcus Thermus、Firmicutes、Proteobacteria)的7个科(Bacillaceae、Deinococcaceae、Micrococcaceae、Microbacteriaceae、Nocardiaceae、Rhodobacteraceae、Xanthomonadaceae),归属于8个属。研究结果表明,酒鬼酒发酵车间空气源细菌存在较高比例的淀粉酶产生菌,且这些菌株具有较高的类群多样性和物种多样性。     

两种类型膳食纤维对BALB/c小鼠结肠细菌群落结构的影响

【背景】膳食纤维被认为是第七类营养素,主要在单胃动物后肠被微生物利用。【目的】研究典型可溶性膳食纤维燕麦β-葡聚糖和典型不可溶性膳食纤维微晶纤维素(MCC)对小鼠结肠细菌群落结构和组成的影响。研究结果可为动物含纤维饲粮的科学配制提供参考,并为人类食品中不同类型膳食纤维的合理利用提供一定借鉴。【方法】选用27只6周龄健康雄性BALB/c小鼠(18.13±0.95 g),按体重无差异原则随机分为3组,分别饲喂含20%MCC(纯度≥99%,M组),28%燕麦β-葡聚糖(纯度为70%,G组)和不含膳食纤维(对照组)的饲粮,试验期为21 d。试验结束后每个处理随机选取3只小鼠处死,收集结肠食糜,利用PCR-DGGE(Polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis)和高通量测序技术比较分析各组小鼠结肠食糜细菌群落结构的差异。【结果】3组小鼠结肠细菌PCR-DGGE图谱条带丰富度和Shannon指数存在明显差异,表现为G组低于M组和对照组(P=0.027,0.035);聚类分析发现,3组小鼠各有2个样品聚于一簇,各组条带相似性为:G组71%,M组55%,对照组67%。高通量测序发现,3组小鼠结肠细菌Shannon指数和β-多样性指数存在显著差异(P=0.047,0.035);Bacteroidetes、Firmicutes和Proteobacteria为小鼠结肠中的优势细菌门类,占总比例的95.9%-99.4%。与对照组相比,G组小鼠结肠Bacteroidetes相对丰度升高26.78%,M组降低15.62%,其中S27_4科属水平未分类细菌和Bacteroides属细菌对这种差异的贡献最大(P=0.099,0.051);G组Firmicutes相对丰度较对照组降低28.99%,而M组比对照组高15.82%,且该差异主要由Clostridiales目某属细菌、Ruminococcaceae科某属细菌和Lactobacillus属细菌造成(P=0.027、0.061和0.079)。【结论】两种类型的膳食纤维均对小鼠结肠细菌群落结构产生影响,饲粮中添加高水平燕麦β-葡聚糖降低了小鼠结肠细菌群落的多样性;小鼠结肠存在特异性利用两种纤维的菌群;S27_4科细菌更偏好于利用燕麦β-葡聚糖等植物性多糖,Clostridiales目可能存在特异性利用纤维素的细菌种群。     

肝癌细胞特异性结合单链抗体三维结构的同源模建

用MSI公司开发的计算机辅助分子设计系统模建肝癌细胞表面抗原特异性单链抗体三维结构。先分别模建VH(variable region of the heave chain)和VL(variable region of the light chain)两个结构域,然后搭建出scFv(single chain variable fragment)片段的整体三维结构,并对模建的结构进行分子力学和动力学优化;对结构的合理性验证显示模建结构是合理的。文章可为预测该特异性单链抗体的生物活性以及研制高亲和力、高特异性的双价抗体提供结构信息。