基于GEO数据库的不明原因复发性自然流产患者子宫内膜差异基因筛选及其生物信息学分析

目的探讨不明原因复发性自然流产(URSA)患者子宫内膜差异基因筛选及其相关信号通路及生物学过程。方法在基因表达总览(GEO)数据库中,以“recurrent spontaneous abortion”“recurrent pregnancy loss”“endometrium”“homo sapiens”为关键词,检索URSA患者子宫内膜基因芯片数据集。利用R语言对URSA患者子宫内膜基因芯片数据进行分析,筛选差异基因,并对不同芯片数据集间差异基因取交集,获得共同差异基因。利用David数据库对共同差异基因的基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路进行富集分析。利用STRING数据库对这些基因数据集的差异基因编码蛋白的蛋白质与蛋白质相互作用(PPI)网络进行构建,并采用Cytoscape软件(v3.0)进行可视化。结果①本研究获得GSE26787和GSE65099共计2个URSA患者子宫内膜基因数据集,对这2个数据集差异基因取交集,最终获得23个共差异基因,其中上调基因为19个,分别为ADM2、SH3D21、FGFR4、SULT2B1、NRG2、SERPINA4、NLRP5、FAM124B、MCOLN3、SLC7A1、PPP1R1B、SQLE、SLC24A4、PLPPR5、EPHB3、SMIM24、ZNF589、SOX7、EDN3;下调基因为4个,分别为PRKCB、ANG、IRX5、ATG9B。②共同差异基因GO富集分析获得BP、CC和MF共计3个部分结果。共同差异基因在BP中,主要涉及细胞Ca 2+稳态、血管生成及细胞内信号传导;在CC中,主要涉及膜的整体组分;在MF中,主要涉及受体结合。③KEGG通路富集分析结果显示,共同差异基因富集于ErbB信号通路(P=0.070,FDR=55.245)。涉及该信号通路的共同差异基因为NRG2和PRKCB。结论基于GEO数据库,采用生物信息学的方法筛选到参与URSA发生、发展的部分差异基因,并为进一步研究提供数据支撑。     

红色荧光蛋白变种mCherry的表达、纯化和应用探讨

目的 应用pET表达系统原核表达红色荧光蛋白变种mCherry,分析重组mCherry表达与荧光变化的关系,为其纯化及作为原核报告系统应用提供依据.方法 根据GenBank中收录的mCherry氨基酸序列合成其编码基因,构建pET-mCherry表达质粒,转化入大肠埃希菌BL21 (DE3)表达宿主.在不同诱导时间点,考察菌株荧光强度、mCherry表达量、培养上清液mCherry泄漏情况.诱导10h后提取重组mCherry,利用荧光强度估算提取收率,并通过凝胶电泳分析提取液的蛋白纯度.结果 成功构建pET-mCherry表达载体,并在BL21(DE3)中得到高效诱导表达.荧光检出滞后于mCherry的表达,随诱导时间延长重组mCherry不断泄漏至培养液中.初步提取的重组mCherry纯度达到95％以上.结论 应用pET表达系统可高效表达mCherry,过表达mCherry可泄漏至胞外,方便其纯化.mCherry作为原核报告系统应用时,合理的诱导时间可能是关键影响因素.     

MOLECULAR CLONING OF hTRT CATALYTIC DOMAIN FROM HeLa CELLS AND ITS EXPRESSION IN E. Coli AND PURIFICATION

ＩＮＴＲＯＤＵＣＴＩＯＮ　　Ｔｅｌｏｍｅｒａｓｅ,ｔｈｅｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｐｒｏｔｅｉｎｅｎｚｙｍｅｔｈａｔｅｌｏｎｇａｔｅｓｔｅｌｏｍｅｒｅｓ,ｉｓｂｅｌｉｅｖｅｄｔｏｐｌａｙｍａｉｎｒｏｌｅｉｎｍａｉｎｔａｉｎｉｎｇｌｉｆｅ ｓｐａｎｏｆｃｅｌｌｓ Ｔｈｉｓｃｏｎｃｅｒｎｓｃｅｌｌｕｌａｒｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ ,ａｇｉｎｇａｎｄｃａｎｃｅｒｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ(1) Ｒｅｃｅｎｔｌｙ ,ｈｕｍａｎｔｅｌｏｍｅｒａｓｅｒｅ ｖｅｒｓｅｔｒａｎｓｃｒｉｐｔａｓｅ(ｈＴＲＴ)ｈａｓｂｅｅｎｉｄｅ…     

RAB1A在垂体腺瘤组织中的表达及临床意义

目的 探讨RAB1A在垂体腺瘤（PA）组织中的表达及临床意义。方法 收集2018年1月至2021年8月手术切除并经术后病理确诊的104例PA,根据Knosp分类法判断肿瘤侵袭性。用免疫组织化学染色法和免疫印迹法检测PA组织RAB1A的表达水平。结果 104例PA中,侵袭性41例,非侵袭性63例。侵袭性PA组织RAB1A高表达率为[65.85%（27/41）]明显高于非侵袭性PA组织[36.51%（23/63）;P<0.05]。侵袭性PA组织RAB1A蛋白相对表达量（2.87±0.54）明显高于非侵袭性PA组织[（1.67±0.48）;P<0.05]。多因素logistic回归分析显示RAB1A高表达（OR=1.908;95% CI 1.004~3.786;P=0.003）是PA侵袭性生长的独立影响因素。ROC曲线分析显示RAB1A鉴别PA侵袭性生长的曲线下面积为0.851,灵敏度、特异度分别为85.13%和79.12%。结论RAB1A的表达水平与PA的侵袭性有关,检测RAB1A可辅助评估PA的侵袭性。     

胶质母细胞瘤组织RBM8A表达与病人预后及替莫唑胺化疗敏感性的关系

目的 探讨胶质母细胞瘤（GBM）组织RNA结合基序8A（RBM8A）蛋白表达与病人预后及替莫唑胺（TMZ）化疗敏感性的关系。方法 选取2015年6月至2020年6月手术切除的GBM组织130例及颅脑损伤减压术中切取的非肿瘤脑组织20例（对照）,用免疫组化法检测组织RBM8A表达。术随访时间3~50个月,中位随访时间为12个月。结果 GBM组织RBM8A高表达率[86.15%（112/130）]明显高于对照组[20%（4/20）;P<0.05]。随访期间死亡98例,失访2例;多因素Cox回归分析显示,RBM8A高表达是GBM病人生存预后不良的独立危险因素（P<0.05）。生存曲线分析显示,RBM8A高表达GBM病人中位无复发生存时间和总生存时间均明显低于低表达病人（P<0.05）;RBM8A低表达GBM病人中,TMZ化疗病人无复发生存时间和总生存时间均明显高于未化疗病人（P<0.05）;TMZ化疗与RBM8A高表达GBM病人无复发生存时间和总生存时间无明显关系（P>0.05）。结论 GBM组织RBM8A呈高表达,与病人不良生存预后有关。检测RBM8A有助于评估GBM病人对TMZ化疗敏感性。     

基因芯片分析孤儿核受体NURR1上调表达对前列腺癌LNCaP细胞基因表达谱的影响

目的探讨孤儿核受体NURR1表达上调对前列腺癌细胞基因表达谱的影响。 方法构建NURR1过表达载体,通过慢病毒感染方式上调前列腺癌LNCaP细胞中NURR1的表达水平。通过免疫细胞化学染色检测NURR1蛋白的表达,通过基因表达谱芯片分析NURR1过表达组和对照组LNCaP细胞的mRNA、lncRNA表达水平的变化。通过KEEG和GO分析探讨NURR1过表达对相关信号通路和功能的影响。 结果NURR1基因在LNCaP细胞过表达,与对照组比较共有515个基因发生差异表达,其中上调的mRNA238个,下调的mRNA195个;上调的lncRNA54个,下调的lncRNA28个。差异表达的mRNA和lncRNA主要在于细胞分子功能的改变,其中视网膜结合功能、铁离子结合能力、神经轴突调控以及氧化还原过程、细胞外区域的细胞学组成改变最为显著。细胞因子与细胞因子受体的相互作用以及调节干细胞多能性的有关信号通路都发生显著性改变。 结论NURR1基因的上调表达对前列腺癌细胞mRNA以及lncRNA表达谱显著改变,可能与其促进前列腺癌进展的功能有关。     

ITGA2基因在胰腺癌中表达和临床意义的生物信息学分析

目的：　通过生物信息学方法研究ITGA2（integrin alpha-2）基因在胰腺癌中的表达情况、表达与预后的关系、表达与临床病理特征的关系,并进一步预测ITGA2的生物学功能。方法：　使用GEPIA在线工具分析肿瘤基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）中ITGA2基因在胰腺癌组织和正常组织中的表达差异,并回顾性分析表达水平与生存预后的关系。利用LinkedOmics数据库筛选ITGA2在胰腺癌中的共表达基因列表,在WebGestalt数据库中分析生物学功能。下载TCGA数据库中胰腺癌患者临床信息和ITGA2表达数据,分析ITGA2表达量与临床病理特征的关系,研究影响胰腺癌生存预后的危险因素。结果：　ITGA2在胰腺癌组织中显著高表达（P<0.05）;与低表达患者相比,ITGA2高表达的胰腺癌患者的总体生存期（log-rank P=0.002）、无病生存期（log-rank P=0.004）明显降低。利用LinkedOmics找出278个与ITGA2共表达的基因,GO分析显示这些基因主要参与细胞黏附、细胞间连接组成、细胞骨架形成等生物过程;KEGG分析显示显著富集于黏着斑、黏附连接、紧密连接、肌动蛋白细胞骨架的调节、肿瘤蛋白聚糖等通路。ITGA2表达水平与肿瘤分期（χ²=6.380,P=0.036）、肿瘤大小或侵袭范围（χ²=5.214,P=0.022）、肿瘤分化程度（χ²=11.998,P=0.002）显著相关具有统计学意义。Cox回归分析结果显示,ITGA2表达水平是影响胰腺癌患者预后的独立危险因素（HR=1.888,95%CI=1.021~3.490,P=0.043）。结论：　ITGA2基因与胰腺癌发生发展密切相关,可作为临床判定胰腺癌预后的标志物,并有成为肿瘤治疗靶点的潜力。     

基于基因表达汇编数据库的外周血中脊柱椎间盘退行性变诊断标志物的生物信息学分析

目的 通过生物信息学分析椎间盘退行性变（IDD）相关的差异表达基因（DEG）,寻找疾病的新型诊断标志物。方法 通过基因表达汇编（GEO）数据库GSE124272、GSE150408数据集下载IDD相关的外周血样本芯片数据,筛选出IDD组和正常组之间的DEG。使用DAVID在线数据库对DEG进行基因本体（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集,然后利用STRING在线数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并获取关键基因,并利用GSE23130数据集中的纤维环样本芯片数据进行验证。利用GSE124272、GSE150408数据集中的数据,采用受试者工作特征（ROC）曲线评估外周血中关键基因的诊断效能。结果 联合分析后筛选出597个DEG,包含363个上调基因和234个下调基因。GO功能富集分析发现DEG主要参与细胞黏附、细胞凋亡、趋化作用和细胞迁移等功能,KEGG分析发现DEG主要参与细胞外基质受体相互作用和癌症中的信号通路。PPI网络分析筛选出17个关键基因,经验证获得RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C这4个基因,ROC曲线分析显示这4个基因对IDD诊断效能显著,曲线下面积分别为0.763、0.741、0.710、0.702。结论 RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C或可成为IDD的新型诊断标志物,为该病进一步的功能研究提供理论依据。