赤芝全基因组SSR位点的筛选及种质资源遗传多样性分析

目的:基于赤芝全基因组序列开发SSR标记,研究其种质资源遗传多样性,为赤芝种质资源品种鉴定和分子育种提供理论基础。方法:利用60对SSR引物,对26份不同来源的赤芝菌株进行扩增以筛选出具有多态性的位点;采用毛细管电泳对其进行基因分型,并分析菌株间的遗传多样性。结果:60对引物中,筛选出24个有多态性条带的SSR位点。共扩增出269个多态性条带,平均每个SSR位点增出11.20个多态性条带;检测出150个等位基因,平均检测出6.23种基因型;各引物的多态信息含量(PIC)为0.57～0.91,平均为0.81;遗传一致性和遗传距离变异范围分别为0.28～0.95和0.06～0.73;聚类分析结果分析可以很好的反映出各个菌株间的亲缘关系,在遗传距离系数0.17处可分为4大类,部分来自同一地区的菌株材料分散于各个分支,未体现明显地域性,说明菌株的遗传背景复杂,多态性高。结论:筛选出的24个赤芝SSR位点,可以用于赤芝菌株资源遗传多样性分析,为赤芝优良品种的引种及选育提供理论基础。     

云贵地区金铁锁EST-SSR遗传多样性分析

目的分析云贵地区金铁锁Psammosilene tunicoides遗传多样性和变异情况。方法采用转录组测序技术开发金铁锁的EST-SSR引物,并利用筛选出的分子标记对金铁锁进行多态性分析。结果共获得了17 530条含SSR位点的EST序列;筛选出了14对具有较高多态性的EST-SSR引物,对云贵地区的17份金铁锁进行多样性分析,发现其在位点水平上多态性信息含量(PIC)范围为0.350 0~0.795 0,具有较高的多态性;在群体水平上明显偏低,多态位点百分率(PPB)为64.29%~100%,Nei’s基因多样性指数的范围为0.188 2~0.477 7,平均0.323 2;云贵地区金铁锁群体内基因流(Nm)较小(Nm均值为0.302 0),群体间存在较大的遗传分化(Fst均值为0.452 9)。结论转录组测序丰富了金铁锁EST数据库;云贵地区金铁锁的遗传多样性可能与其繁殖方式、分布区较长的进化历史有关,群体间遗传分化大可能是地理阻隔截断了不同群体间的基因交流。     

苦玄参转录组EST-SSR引物开发及群体遗传多样性分析

目的研究18个苦玄参种群的遗传多样性及亲缘关系,为苦玄参的资源评价及开发利用提供依据。方法采用EST-SSR引物开发技术,利用SSR分子标记,分析18个种群的遗传多样性,并基于遗传距离对其进行聚类分析,明确各种群间的亲缘关系。结果从100对EST-SSR标记中,筛选出具有多态性的引物48对。随机抽取20对具有多态性的引物对18个种群进行扩增,共扩增出71个等位基因,平均每对引物3.55个。各引物间多态位点百分数(P)为0～40.7%,平均19.9%;多态信息含量(PIC)为0～0.794 1,平均0.397 7;Shannon信息指数(I)为0～1.814 3,平均0.808 4。观测杂合度(Obs_Het)为0～0.442 3,平均值0.212 7;预期杂合度(Exp_Het)变化范围0～0.826 9,平均值0.455 8。18个种群群内近交系数(Fis)值为-0.095 3～0.663 9,平均0.159 2;总群体内亚群间近交系数(Fit)值为0.062 6～0.858 7,平均0.537 2;遗传分化系数(Fst)为0～0.686,平均0.449 6。基因流(Nm)在0.114 4～0.759 4,平均值为0.306 1。各种群基因多样性指数(Nei)为0～0.401 6、I为0～0.620 9,广西梧州最高,云南普洱龙潭乡最低。云南景洪勐龙镇和云南景洪景哈乡遗传距离最近,仅0.031 9;广西龙州和云南勐海县打洛镇遗传距离最大,为0.963 8。在遗传距离0.321 3处,可将18个种群分成4个群体,其中广西3个种群归入同一群体,云南勐满镇、勐伦镇及勐遮镇归为同一个群体,第3个群体为云南勐海县勐宋乡,其余种群归入第4个群体。结论 18个种群遗传分化水平不一致,各种群杂合度差异较大。种群间Nm较小,群体基因交换不大;群体内存在一定的近交率,种群亲缘关系受地理隔离影响较大。     

NaCl胁迫对膜荚黄芪种子萌发和幼苗生理特性的影响

目的 对壮药战骨种质资源的遗传多样性进行研究.方法 采用ISSR分子标记技术分析9个战骨种群的遗传多样性.结果 13条引物共检测到73个位点,其中65个位点具有多态性,多态位点百分率(PPL)为89.04％.战骨总的Nei’s基因多样度指数(H)为0.226 5,Shannon's多样性信息指数(I)为0.357 2,各种群的平均H、I为0.147 6、0.221 9.种群间基因分化系数(Gst)为0.348 4,基因流(Nm)为0.935 1.9个种群可聚类划分为2个大种群组.结论 战骨种群遗传多样性为中等偏低水平;战骨种群的遗传变异主要存在于种群内;战骨的生物学特性和分布区域的片段化是导致种群间出现一定的遗传分化和种群遗传多样性较低的主要原因.     

三叶青种质资源遗传多样性的SSR荧光标记分析

目的研究三叶青64个种质的遗传多样性和亲缘关系。方法利用SSR荧光标记对其进行PCR扩增,利用POPGENE32软件分析三叶青64个种质的遗传多样性和亲缘关系,利用UPGMA法构建其亲缘关系树状图,利用NTSYS软件构建其主成分分析二维图和三维散点图。结果从14对引物中筛选出8对条带清晰、重复性好的引物,对64份供试材料的基因组DNA进行扩增。8个SSR标记的观察等位基因数(Na)变化范围为3～13,均值为7.875 0;有效等位基因数(Ne)变化范围为1.424 9～6.087 4,均值3.605 2;Shannon信息指数(I)变化范围为0.689 5～2.082 4,均值1.424 0;观测杂合度(Ho)变化范围为0.206 3～0.734 4,均值0.524 7;期望杂合度(He)变化范围为0.300 6～0.842 4,均值0.658 4;Nei’s基因多样性(H)0.298 2～0.835 7,均值0.653 2;多态信息含量(PIC)变化范围为0.288 0～0.817 5,均值0.614 5,遗传相似系数变化范围为0.115 4～0.954 5,遗传距离变化范围为0.000 0～3.218 1,说明64份三叶青种质亲缘关系较远,遗传分化程度较大。在遗传距离1.018 9处,64份三叶青种质可分为5大组。结论地理差异与种质遗传差异无必然联系。三叶青种质资源具有丰富的遗传多样性,SSR荧光标记分析结果可为三叶青种质资源的利用和品种选育提供一定的参考。     

华细辛转录组SSR标记的开发及其在华细辛遗传多样性分析中的应用北大核心CSCD

为探索华细辛的遗传多样性,该研究基于转录组测序结果进行SSR标记的开发,并以来自不同地区的华细辛5个种群为分析样本,利用GenALEx 6.5、NTSYS 2.1和Structure 2.3.4等软件进行遗传多样性评估。结果显示,从华细辛转录组中筛选得到的16个多态性丰富且重复性好的SSR标记,以其两侧序列为模板设计引物,能够对华细辛5个种群的150个个体样本进行稳定扩增,共得到56个多态片段,平均每对引物扩增3.5个多态片段,变化范围为2~8个,检测到平均期望杂合度(H_(e))、Shannon′s多样性指数(I)、Nei′s基因多样性指数(H)、多态性信息含量指数(PIC)的均值分别为0.172、0.281、0.429、0.382。种群间遗传分化系数(F_(ST))均值为0.588,与分子方差分析(AMOVA)结果[华细辛种群间变异程度(69%)大于种群内变异程度(31%)]相一致,各种群的多态位点百分率(PPL)范围从大到小依次为SNJ>LN>SY>SZ>TB。主成分分析(PCoA)和UPGMA聚类分析进一步显示,华细辛个体样本均按地理分布进行遗传聚类,与Structure聚类分析结果一致。综上所述,从转录组中开发的SSR标记能够有效评估华细辛自然分布种群间的遗传分化程度和种群遗传结构,揭示华细辛遗传多样性较为贫乏,遗传变异主要体现在种群水平,以及种群间遗传分化程度与地理距离存在相关性。     

SSR标记甘肃栽培党参种质资源的遗传多样性分析

目的:研究甘肃栽培党参的亲缘关系、居群结构及遗传多样性分析。方法:采用SSR分子标记技术对供试材料进行标记,利用POPGEN和NTSYS软件对数据进行整理分析。结果:筛选出16对引物,共扩增出125个条带,多态性条带120个,多态位点百分率(PPB)为96%。平均等位基因数(Na)1.9524,平均有效等位基因数(Ne)1.5078,平均Nei's基因多样性(H)0.3061,平均多态性信息含量(PIC)0.3378,平均Shannon's信息指数(I)0.4658。6个党参居群的总遗传多样度(Ht)为0.3118,居群内遗传多样度(Hs)为0.2655,居群间遗传分化系数(G_(st))为0.1484,基因流(N_m)为2.8685。结论:甘肃党参种质资源具有丰富的遗传多样性,遗传基础较窄,遗传变异主要存在于居群内部。     

苦豆子主要生物碱含量表型性状的SSR标记关联分析

为深入研究并充分利用药用植物苦豆子Sophora alopecuroides,寻找与苦豆子生物碱含量相关联的分子标记。该研究利用SSR分子标记对23个苦豆子居群的遗传多样性和群体结构进行探讨,并在此基础上与主要生物碱含量的表型性状做关联分析。23个苦豆子居群P=40.10%,H=0.335 3,I=0.504 5,G_(st)=0.433 7,N_m=0.625 9,表明不同苦豆子居群间基因交流比较少,遗传分化大。UPGMA聚类结果显示来自甘肃、内蒙古、青海的苦豆子居群与来自宁夏的苦豆子居群亲缘关系较近,而来自新疆的苦豆子居群则与其他地区的苦豆子居群亲缘关系较远。群体结构分析将23个苦豆子居群分为2个亚群。关联分析表明13个SSR标记共26个位点分别与MA,OMA,SC,OSC含量4个表型性状相关联(P0.005),单个关联标记位点的表型变异解释率(R~2)为36.45%～77.93%,其中高阈值(P0.000 1)下与MA和OSC含量相关联的位点各有1个,其解释率均超过50%;此外,引物S29在P0.005水平下共有7个位点与MA含量相关联。研究结果为苦豆子生物碱生物合成代谢途径中重要基因的发掘奠定基础。     

甘肃黄芪资源的遗传多样性和聚类分析

目的:对甘肃省药用黄芪资源的遗传现状展开调查。方法:采集甘肃主栽地区的黄芪资源,利用SSR分子标记技术进行遗传多样性分析和聚类分析。结果:9对SSR引物对甘肃6处主栽地区的57份样本进行PCR扩增,PCR产物分子量在100~500 bp之间,多态性位点82个,多态性比率为97.56%,平均每条引物的多态信息含量为0.438。在物种水平上,等位变异数为1.976,有效等位基因数为1.459,Nei's基因多样性指数为0.279,Shannon信息指数为0.431,居群内遗传多样度为0.248,居群间遗传分化系数为0.117,基因流系数为3.775,不同居群间遗传一致度为0.896~0.977。结论:甘肃主栽地区的黄芪资源种质较为纯正,具有丰富的遗传多样性,其遗传变异主要来自居群内部,居群间基因交流频繁,居群间亲缘关系的远近与它们的地理距离大致相同。此外,聚类分析结果显示,参试SSR引物在相似度0.46处可辨别岩黄芪属与黄芪属,黄芪属中的蒙古黄芪、膜荚黄芪及东俄洛黄芪不能区分。     

基于SSR分子标记的裸花紫珠种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

目的 研究裸花紫珠Callicarpa nudiflora种质资源遗传多样性,为其种质资源鉴定及优异种质筛选提供依据。方法 采用SSR分子标记技术,探究103份裸花紫珠种质遗传多样性,基于遗传距离进行UPGMA聚类分析,以SSR扩增条带为基础建立供试材料扩增条带DNA指纹图谱。结果 14对引物共扩增出92个等位基因（number of alleles,Na）,有效等位基因（effective number of alleles,Ne）占比39.37%。平均多态性信息含量（polymorphism information content,PIC）为0.468 2,6对引物具有高度多态性（PIC>0.5),6对具有中度多态性（0.25相似文献   

莪术种质资源的RAPD-PCR分析

目的探讨不同品种莪术的亲缘关系和遗传多样性,对其进行分子标记鉴定。方法采用RAPD-PCR标记方法研究来源于不同地域的4个种42个样本的莪术种质资源。采用POPGEN32分析其遗传相似系数和遗传距离,UPGMA方法聚类。结果 90个随机引物中筛选出10个引物,共扩增出83个位点,其中多样性位点64个,占77.5%,遗传距离变化范围0.22~0.58,获得清晰的RAPD-PCR图谱,建立了不同种莪术亲缘关系的树状结构图。结论莪术群体中存在较丰富的遗传多样性,具有明显的遗传分化,这些遗传分化是莪术种质资源筛选的关键,是莪术高效育种和生物技术开发的基础。     

广西地不容SSR标记开发及遗传多样性研究

目的基于广西地不容转录组序列开发SSR引物,并用于该物种自然居群遗传多样性的研究。方法从广西地不容转录组测序获得的unigene序列中挖掘SSR位点,采用Oligo 7.0软件设计引物,通过电泳法筛选得到多态性高的SSR引物用于遗传多样性研究。结果从广西地不容转录组20 637条unigene序列中,搜索到6 833个SSR位点,出现频率为33.11%。基于转录组序列设计50对引物,筛选得到10对多态性高的引物。10对引物在5个居群63个样本中共扩增得到83个条带,有效条带百分率为100%,多态性信息量(PIC)为0.6889。在物种水平和居群水平上,Nei基因多样性指数(H)分别为0.725 2和0.613 4,Shannon多样性指数(I)分别为1.576 6和1.220 3,观察杂合度(Ho)分别为0.584 5和0.558 4,期望杂合度(He)分别为0.731 2和0.643 5。居群的遗传分化系数(Fst)为0.146 5,基因流(Nm)为1.456 9。UPGMA聚类分析表明,5个居群可分为3支系。结论开发的SSR标记适用于广西地不容的遗传多样性分析。广西地不容在物种和居群水平上均具较高的遗传多样性,遗传分化主要存在于居群内部。     

绞股蓝种质资源遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

目的研究绞股蓝Gynostemma pentaphyllun种质资源的遗传多样性及亲缘关系。方法采用ISSR分子标记技术对来自全国12个省市不同生态环境的48份绞股蓝种质材料进行遗传多样性及亲缘关系分析。结果 100条ISSR引物中共筛选出15条扩增条带清晰、稳定性好且多态性明显的引物,48份材料DNA扩增共获得214个位点,其中多态位点206个,多态性比率(PPL)96.26%,平均每条引物扩增位点为14.27个;平均观察等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon多样性信息指数(I)和Nei’s基因多样性指数(H)分别为1.962 6、1.335 8、0.221 1和0.359 8;种质材料间的遗传相似系数变幅为0.57~0.96,平均为0.72。利用UPGMA聚类分析,以遗传相似系数0.71为界,48份材料聚为4大类。结论绞股蓝种质材料间的遗传多样性较高,种质间的亲缘关系与其地理分布和生态环境并不完全一致。     

基于SSR标记与化学成分构建十堰地区天师栗核心种质库＊

目的 利用筛选出十堰的天师栗中高多态性SSR位点评价天师栗种质资源的遗传多样性，结合有效药用成分含量，构建十堰地区天师栗核心种质库。方法 收集十堰地区114份天师栗种质资源，以七叶树基因组为参考，采用荧光毛细管电泳筛选出高多态性SSR位点，对天师栗种质资源进行遗传多样性分析。利用HPLC测定不同种质干燥娑罗子中七叶皂苷的含量。采用最小距离逐步聚类取样策略（LDSS），根据遗传多样性保留程度初步筛选出核心种质，并对该核心种质与原始种质的遗传多样性参数进行T检验，选择与原种质差异不显著的核心种质为最佳核心种质。结果 筛选出13对高多态性SSR分子标记，遗传多样性评价结果表明十堰地区天师栗种质资源遗传多样性较高，遗传分化较小，存在着较大的基因流，114份种质资源未分为不同的亚群，周家坝和辽叶居群间具有较近的遗传亲缘关系，且周家坝居群娑罗子中的七叶皂苷A及七叶皂苷B含量普遍较高。最终筛选出的核心种质共23份，占总种质资源的20.17%，其中周家坝12份样本、辽叶6份样本、普龄5份样本。结论 将SSR分子标记与主要有效药用成分结合，采用LDSS取样策略构建十堰地区天师栗种质资源核心种质库的方法具有可行性，能够有效的保存与管理天师栗种质资源，也为当地天师栗品种改良、新品种选育研究等提供了研究基础。     

多花黄精转录组SSR位点分析及分子标记开发

目的基于转录组测序数据鉴别和分析多花黄精EST-SSR位点,开发可用于多花黄精种质资源评价与利用的SSR标记。方法利用MISA工具从多花黄精转录组126 544条Unigenes中鉴定SSR位点并进行分析;利用Primer 3.0设计SSR引物,随机选择50对SSR引物进行有效性验证。结果从9 982条Unigenes中鉴定出12 317个包含2～6个核苷酸重复类型的SSR位点,SSR的分布频率为9.73%,发生频率为1/5.91 kb;SSR位点中的主导类型是二核苷酸重复,占总SSR的53.14%,其次是三核苷酸重复,占33.31%。SSR引物的有效性筛选显示,50个SSR引物对中有29个(58%)可从多花黄精中扩增出预期大小的SSR条带。SSR荧光标记的毛细管电泳检测显示在多花黄精的7个SSR位点共鉴定出了9种基因型,进一步验证了SSR引物的有效性。结论多花黄精转录组SSR位点出现频率高,重复类型丰富,多态性较高,这将为多花黄精遗传多样性分析和遗传图谱构建提供大量有价值的候选标记,也可为黄精属内种间物种的分子鉴别、多花黄精优良品种的分子辅助育种提供技术手段。     

三叶青种质资源遗传多样性的ISSR分析

目的对我国三叶青种质资源64个样本的遗传多样性进行分析。方法利用ISSR-PCR技术进行扩增,然后利用POPGENE 32软件及NTSYS软件分析三叶青种质资源64个样本的遗传多样性及亲缘关系,并根据UPGMA法,构建亲缘关系树状图。结果从30条引物中筛选出10条条带清晰、重复性好的引物对64份供试材料的基因组DNA进行扩增。扩增出了83个多态位点,多态百分数为71.43%～100.00%,平均多态百分数为94.31%,引物S17扩增得到的多态位点最多,为11个;引物P6扩增得到的多态位点最少,为5个,10条引物扩增得到的多态位点平均为8.3个;遗传多样性分析显示,平均检测等位基因数(N_a)为1.943 1,平均有效等位基因数(N_e)为1.381 08,64个样本的平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.242 98,平均Shannon多样性指数(I)为0.385 83。64个样本遗传相似系数的变异范围为0.431 8～0.988 6。根据相似系数矩阵按UPGMA法进行聚类,在遗传相似性系数为0.715 5处,64份供试材料可分为6组;另外,根据10个ISSR引物的扩增结果,筛选出引物ISSR 20、UBC857和S17扩增的DNA指纹图谱可用于64个三叶青样本种质的鉴定。结论我国三叶青种质资源拥有丰富的遗传多样性和基因的相对稳定性,ISSR分析可揭示我国三叶青种质资源间的亲缘关系,为评价、鉴定和新品种选育提供一定的参考依据。