华细辛转录组SSR标记的开发及其在华细辛遗传多样性分析中的应用北大核心CSCD

为探索华细辛的遗传多样性,该研究基于转录组测序结果进行SSR标记的开发,并以来自不同地区的华细辛5个种群为分析样本,利用GenALEx 6.5、NTSYS 2.1和Structure 2.3.4等软件进行遗传多样性评估。结果显示,从华细辛转录组中筛选得到的16个多态性丰富且重复性好的SSR标记,以其两侧序列为模板设计引物,能够对华细辛5个种群的150个个体样本进行稳定扩增,共得到56个多态片段,平均每对引物扩增3.5个多态片段,变化范围为2~8个,检测到平均期望杂合度(H_(e))、Shannon′s多样性指数(I)、Nei′s基因多样性指数(H)、多态性信息含量指数(PIC)的均值分别为0.172、0.281、0.429、0.382。种群间遗传分化系数(F_(ST))均值为0.588,与分子方差分析(AMOVA)结果[华细辛种群间变异程度(69%)大于种群内变异程度(31%)]相一致,各种群的多态位点百分率(PPL)范围从大到小依次为SNJ>LN>SY>SZ>TB。主成分分析(PCoA)和UPGMA聚类分析进一步显示,华细辛个体样本均按地理分布进行遗传聚类,与Structure聚类分析结果一致。综上所述,从转录组中开发的SSR标记能够有效评估华细辛自然分布种群间的遗传分化程度和种群遗传结构,揭示华细辛遗传多样性较为贫乏,遗传变异主要体现在种群水平,以及种群间遗传分化程度与地理距离存在相关性。