神农香菊自然居群遗传变异评价研究及核心种质筛选＊

目的 本文对神农香菊（Chrysanthemum indicum var. aromaticum）自然居群的遗传多样性、遗传结构及特征代谢产物开展研究，并以此为依据筛选核心种质，为神农香菊的资源保护和应用提供理论依据。方法 利用21对分别来源于基因组和转录组数据的简单重复序列引物（SSR）对我国神农架林区的151份神农香菊样本、41份疑似野菊样本和武汉市洪山区11份野菊对照样本进行居群遗传多样性和遗传结构分析。基于遗传信息，采用高效液相色谱技术（HPLC）对不同遗传分组的代表性纯合样本开展9种代谢物的差异分析，利用最小距离逐步取样策略（LDSS）筛选神农香菊的核心种质。结果 21对引物在所有研究样本中共扩增出202个等位基因，每个位点平均等位基因数为9.619个。神农架5个居群的平均有效基因数（N_e）为2.518，香农多样性指数（I）为1.004，多态性信息含量（PIC）为0.526，杂合度（H）为0.246。居群间具有较低的遗传分化（F_st<0.12）和较高的基因流水平（N_m>1）。遗传结构分析显示，神农架的所有样品可分为三个遗传组。异绿原酸C、蒙花苷、木犀草苷等物质在三个组的样本间有明显的含量差异。基于遗传信息，最终筛选出了来自神农架3个地方居群的45份核心种质。结论 本研究展示了神农香菊自然居群整体存在的中高水平的遗传多样性，同时神农香菊样本与邻（混）生的疑似野菊样本具有清晰的形态差异，但两者间可能存在基因流或遗传混杂。这些信息为研究神农香菊的起源进化和对其资源的开发应用提供了理论和数据支撑。     

基于表型性状和SSR标记的半夏遗传多样性分析及分子身份证构建

目的 研究半夏种质间遗传多样性，解析种质间的亲缘关系，为半夏种质鉴定、品种选育及资源保护提供依据。方法 该研究以27份半夏作为实验材料，测定其株高、叶长、叶宽等7个表型性状，并基于半夏转录组数据开发设计简单重复序列（SSR）引物，对27份半夏进行聚合酶链式反应（PCR）扩增，利用POPGENE32、PowerMarker V3.25和NTSYS-PC 2.10e软件对半夏种质进行遗传多样性分析。结果 共筛选出10对具有高度多态性的引物（PIC>0.5），4对中度多态性的引物（0.25<PIC<0.5）。平均检出等位基因3.928 6个，平均Nei''s多样性指数（H）和Shannon''s指数（I）分别为0.557 8和1.002 9，表现出较高的遗传多样性水平。聚类分析将半夏种质分为7个亚类，同一省份的半夏聚类在相同亚类。采用14对引物构建了27份半夏种质的SSR分子身份证，实现了对每个地区半夏的快速鉴别。结论 研究结果可为后续半夏的遗传多样性和居群结构研究奠定基础，并为半夏种质资源的鉴定、图谱构建和分子辅助育种提供科学依据。     

基于ISSR的野生和栽培的褐苞薯蓣遗传多样性分析

目的 研究广山药的来源植物褐苞薯蓣种质资源遗传多样性、亲缘关系，为褐苞薯蓣遗传差异的评定及优良种质资源的筛选提供分子水平的参考依据。方法 采用ISSR（简单序列重复区间）分子标记技术对不同居群褐苞薯蓣104份样品进行遗传多样性分析。结果 从150条引物中共筛选出9条引物，其中包含通用引物7条，自设引物2条；9条引物109个样品扩增出总条带106条，其中多态性条带为104条，多态性比率为98.11%，等位基因数（Na）为1.9811，有效等位基因（Ne）为1.6357，Nei??s基因多样性指数（h）为0.3675，Shannon??s信息指数（I）为0.5439，说明褐苞薯蓣整体遗传多样性水平较高；通过比较野生样品居群和栽培样品居群的Na值、Ne值、H值、I值，发现野生居群样品比栽培居群样品具有更高的遗传多样性。遗传距离和聚类分析结果表明遗传距离与地理距离具有一定的相关性；野生品和栽培品之间存在遗传差异。结论 ISSR分子标记方法能用于褐苞薯蓣种质资源的遗传多样性分析及遗传分化的分析，本研究结果能为褐苞薯蓣的相关分子生药学研究提供科学依据。     

青钱柳种质资源SCoT分子标记遗传多样性分析＊

目的 采用SCoT分子标记技术评价青钱柳的遗传多样性。方法 采集广西、湖南、湖北、江西、安徽和贵州6省22个居群共176份样本，对不同居群青钱柳的遗传多样性进行研究。结果 筛选出了5条引物，并对176个样品进行PCR扩增，扩增出总条带数69条，其中多态性条带数69条，多态性百分比（PPB）为100%。有效等位基因（Ne）为1.4912，Nei''s基因多样性指数（H）为0.3017，Shannon''s信息指数（I）为0.4662，种质间基因分化系数（Gst）为0.3742，基因流（Nm）为0.8362。NTSYS聚类分析结果表明，地域和种质是影响青钱柳样品间遗传相似度的重要因素，同一种质、同一地域的样品亲缘关系更为接近。结论 不同的青钱柳居群遗传多样性丰富，其中广西桂林全州县野生和广西柳州三江县栽培的遗传多样性最高，具有很高的进化潜力。地域和种质（野生或栽培）是影响青钱柳各居群间亲缘关系的重要因素，除此之外，还有海拔、土壤、气候、水质、光照、甚至微生物等因素互相叠加，共同对青钱柳产生影响，从而造成青钱柳种质资源的遗传多样性复杂多样。该结果为青钱柳良种选育及质量评价提供科学依据。     

基于ISSR和SRAP分子标记的黄精种质遗传多样性研究

目的 研究黄精Polygonati Rhizoma居群遗传多样性,为黄精药材资源保护和新品种培育提供依据。方法 以4个居群22个种源47份黄精种质资源为材料,选用14条ISSR和11对SRAP分子标记进行多态性检测、遗传多样性比较和聚类分析,揭示黄精种质的遗传多样性及地理分布特征。结果 ISSR引物和SRAP引物分别扩增出186和142条清晰带数,其中多态性条带数分别为185和140,多态性比率（percentage of polymorphic bands,PPB）分别为99.46%和98.59%;遗传多样性分析显示,ISSR和SRAP标记下基因分化系数（G_st）分别为0.279 9和0.231 6,即黄精遗传变异主要发生在种群内,居群间基因流（N_m）分别为1.286 4和1.659 3,遗传相似系数在0.053 3~0.948 1和0.032 8~0.967 7。聚类结果显示,相同黄精药材基原种质聚在一起,ISSR和SRAP标记分别将黄精居群分为5和3大类群,且以ISSR标记的聚类结果更符合实际地域分布。结论 黄精种质遗传多样性丰富,ISSR和SRAP标记可适用于黄精亲缘性鉴定,研究结果可为黄精资源的保护和育种提供一定参考。     

金钗石斛居群遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

目的 探讨不同地区金钗石斛Dendrobium nobile居群间的遗传多样性及遗传分化关系。方法 基于引物结合位点间扩增（inter-primer binding site，iPBS）分子标记对广西5个县共35份金钗石斛进行遗传关系、遗传多样性和种群间遗传分化分析，并构建能区分35份金钗石斛种质的DNA指纹图谱。数据分析使用NTSYS-pc 2.10e统计软件计算遗传相似系数并构建聚类分析图谱，采用Popgene 1.32软件计算遗传多样性指数与居群遗传分化系数。结果 8条iPBS引物共扩增出158条条带，多态性条带为143条，多态条带百分率（percentage of polymorphic bands，PPB）为90.51%；在遗传距离0.70处，35份种质分为7大类群，居群在分子水平上出现明显分化；遗传相似系数（genetic similarity coefficient，G_s）变化范围为0.559 0～0.975 9，变幅为0.416 9；平均观测等位基因数（observed number of alleles，N_a）、平均有效等位基因数（effective number of alleles，N_e）、Nei’s基因多样性指数（Nei’s gene diversity index，H_e）、Shannon多样性信息指数（Shannon information index，I）分别为1.898 7、1.505 0、0.300 7、0.454 2，居群间存在丰富遗传多样性；基因多样度（total genetic diversity，H_t）、各居群基因分化系数（gene diversity within population，H_s）、居群间遗传分化系数（coefficient of gene differentiation，G_st）分别为0.299 8、0.214 9、0.283 0，居群间遗传变异占总变异的28.30%，居群内的遗传变异占总变异的71.70%，遗传变异主要来源于居群内部；基因流（gene flow，N_m）为1.266 5，居群间存在较高水平的基因交流。引物2219和2399可单独鉴别出35份种质，试验基于引物2399的“0，1”矩阵构建35份种质的指纹图谱，此图谱可为金钗石斛品种的分类与鉴定提供参考。结论 金钗石斛居群间遗传多样性较丰富，总变异主要来源于居群内变异，居群间存在较高水平的基因交流。揭示了金钗石斛种质间的遗传关系及其居群遗传多样性，为野生金钗石斛种质的保护工作的开展奠定基础。     

广东省巴戟天DNA条形码及遗传多样性分析＊

目的 构建广东省巴戟天DNA条形码数据库以及研究广东省不同产地巴戟天的遗传多样性。方法 采用DNA条形码技术对149个巴戟天样本进行分析，构建DNA条形码数据库。利用ISSR分子标记技术对广东省8个居群的巴戟天进行遗传多样性分析。结果 巴戟天五个通用条形码的PCR测序成功率为psbA-trnH > rbcL > matK > ITS2 > ITS，149个巴戟天样本建立了含有569条序列的数据库。研究筛选出6条ISSR引物，从巴戟天中扩增得80条条带，多态性比率为92.50%，遗传相似系数在0.5625-0.8910，表明广东省巴戟天的遗传多样性较高。ISSR标记揭示的PCoA结果、UPGMA聚类分析结果一致，八个居群分为两大支。结论 广东省巴戟天具有较高的遗传多样性。     

基于SSR分子标记的灯盏花遗传多样性分析

目的 研究灯盏花Erigeron breviscapus居群遗传多样性，为灯盏花资源的合理利用与保护提供科学依据。方法 采用12对简单重复序列（SSR）分子标记对灯盏花16个野生居群共243个样品进行遗传多样性研究，计算遗传多样性参数，并进行主坐标分析和结构聚类分析。结果 共检测到209个等位基因，平均每个位点的等位基因数为17.417个；基于12对SSR引物和16个灯盏花居群，观测杂合度（H₀）分别为0.603，0.613，期望杂合度（H_e）分别为0.658，0.659，香浓（Shannon）信息指数（I）分别为1.443，1.446，遗传分化系数（F_st）0.123，基因流（N_m）2.077；分子方差分析（AMOVA）与遗传分化分析结果显示主要变异来源于居群内个体间变异；居群间遗传距离和遗传一致度分别为0.107（YA和XY）~0.713（SZ和XZD），0.490（SZ和XZD）~0.899（YA和XY）；主坐标分析和结构聚类分析分别将16个居群分为2组。结论 SSR分子标记结果显示，灯盏花居群遗传多样性较高，居群内和居群间具有一定的遗传分化和N_m；遗传变异主要存在于居群内个体间。该实验结果可为灯盏花后续的优良种质选育等研究提供参考依据。     

AFLP标记对灯盏花遗传多样性及选育品系群体一致性的分析

目的: 对灯盏花群体种质资源进行分析,为灯盏花的品种选育提供依据。 方法: 用筛选出来的11对引物对采自云南泸西、昆明、大理、丘北、石林的6份灯盏花种质资源进行AFLP遗传多样性分析。 结果: ①11个引物在6份种质资源中共产生636条DNA片段,其中604条带为多态性条带,约占82.40%。 ②在相似系数为0.706时,6份不同地区的灯盏花可聚为3类,第1类包括千山1号和千山2号大部分样品及大理、石林、昆明3个地区的野生居群;第2类为丘北的野生居群;第3类主要为部分千山2号及其他地区样品。千山1号和千山2号灯盏花平均遗传相似系数大,遗传相似系数变幅小,品系内遗传分化较小,遗传性状较稳定; ③对6份灯盏花样品的分子系统聚类分析表明:地理来源相同的部分有相对聚合现象或少部分品系出现交差聚类,与其亲缘关系较近有关;丘北居群自行一类,与其特异的遗传基础差异较大有关。 结论: AFLP对灯盏花的遗传多样性分析具有可靠性;系统选育对灯盏花的育种具有可行性。     

不同产地温莪术遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析＊

目的 采用简单序列重复区间（ISSR）分子标记技术分析不同产地温莪术的遗传多样性和亲缘关系。方法 以3个产地8个温莪术居群的42个样品为材料，从20条ISSR引物中筛选出6条进行PCR扩增，扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测后，利用PopGene 32软件对不同居群ISSR标记结果进行多态性分析，通过UPGMA方法聚类并构建亲缘关系树。结果 6条引物共扩增出 42 个多态性位点，居群水平多态位点平均百分率为29.17%。居群间遗传分化系数Gst为0.3886，居群间每代个体的基因流系数（Nm）为 0.7868。8个居群遗传一致性范围为 0.8481-0.9736，遗传距离范围为 0.0268-0.1647。结论 供试8个温莪术居群之间的遗传多样性水平偏低，遗传变异较少，基因流动性水平较低。本研究的开展为温莪术的引种栽培及育种提供了一定的分子生物学依据。     

基于SSR分子标记的裸花紫珠种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

目的 研究裸花紫珠Callicarpa nudiflora种质资源遗传多样性,为其种质资源鉴定及优异种质筛选提供依据。方法 采用SSR分子标记技术,探究103份裸花紫珠种质遗传多样性,基于遗传距离进行UPGMA聚类分析,以SSR扩增条带为基础建立供试材料扩增条带DNA指纹图谱。结果 14对引物共扩增出92个等位基因（number of alleles,Na）,有效等位基因（effective number of alleles,Ne）占比39.37%。平均多态性信息含量（polymorphism information content,PIC）为0.468 2,6对引物具有高度多态性（PIC>0.5),6对具有中度多态性（0.25相似文献   

三叶青种质资源遗传多样性的SSR荧光标记分析

目的研究三叶青64个种质的遗传多样性和亲缘关系。方法利用SSR荧光标记对其进行PCR扩增,利用POPGENE32软件分析三叶青64个种质的遗传多样性和亲缘关系,利用UPGMA法构建其亲缘关系树状图,利用NTSYS软件构建其主成分分析二维图和三维散点图。结果从14对引物中筛选出8对条带清晰、重复性好的引物,对64份供试材料的基因组DNA进行扩增。8个SSR标记的观察等位基因数(Na)变化范围为3～13,均值为7.875 0;有效等位基因数(Ne)变化范围为1.424 9～6.087 4,均值3.605 2;Shannon信息指数(I)变化范围为0.689 5～2.082 4,均值1.424 0;观测杂合度(Ho)变化范围为0.206 3～0.734 4,均值0.524 7;期望杂合度(He)变化范围为0.300 6～0.842 4,均值0.658 4;Nei’s基因多样性(H)0.298 2～0.835 7,均值0.653 2;多态信息含量(PIC)变化范围为0.288 0～0.817 5,均值0.614 5,遗传相似系数变化范围为0.115 4～0.954 5,遗传距离变化范围为0.000 0～3.218 1,说明64份三叶青种质亲缘关系较远,遗传分化程度较大。在遗传距离1.018 9处,64份三叶青种质可分为5大组。结论地理差异与种质遗传差异无必然联系。三叶青种质资源具有丰富的遗传多样性,SSR荧光标记分析结果可为三叶青种质资源的利用和品种选育提供一定的参考。     

基于SCoT分子标记的金花茶组植物种质资源遗传多样性分析

目的利用SCoT分子标记技术分析27份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源鉴定保护和开发利用提供理论依据。方法从100条SCoT引物中筛选出条带重复性好、多态性高的引物对供试材料进行PCR扩增,用NTsys 2.10e计算种质间的遗传相似系数,用非加权平均距离法(UPGMA)进行聚类分析,构建系统发育进化树。结果从100条SCoT引物中筛选出13条引物共扩增出566条条带,其中多态性条带549条,多态性比率为97%,平均每条SCoT引物扩增的总条带数和多态性条带数分别为43.54、42.23条,多态性比率为89.74%～100.00%,平均为96.82%;27份金花茶组植物种质间的遗传相似系数为0.367～0.754。聚类分析结果显示,遗传相似系数在0.480处可将27份金花茶种质划分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ 5组,遗传相似系数在0.511处第Ⅰ组被划分为a、b亚组,在0.517处第Ⅱ组被划分为c、d亚组,在0.508处第Ⅳ组被划分为e、f亚组。结论不同金花茶组植物种质间的遗传多样性丰富,SCoT分子标记多态性高,重复性好,可有效用于金花茶组植物种质资源遗传多样性分析,为金花茶组植物种质资源的鉴定保护、分子辅助育种和开发利用提供理论依据。     

三叶青种质资源遗传多样性的ISSR分析

目的对我国三叶青种质资源64个样本的遗传多样性进行分析。方法利用ISSR-PCR技术进行扩增,然后利用POPGENE 32软件及NTSYS软件分析三叶青种质资源64个样本的遗传多样性及亲缘关系,并根据UPGMA法,构建亲缘关系树状图。结果从30条引物中筛选出10条条带清晰、重复性好的引物对64份供试材料的基因组DNA进行扩增。扩增出了83个多态位点,多态百分数为71.43%～100.00%,平均多态百分数为94.31%,引物S17扩增得到的多态位点最多,为11个;引物P6扩增得到的多态位点最少,为5个,10条引物扩增得到的多态位点平均为8.3个;遗传多样性分析显示,平均检测等位基因数(N_a)为1.943 1,平均有效等位基因数(N_e)为1.381 08,64个样本的平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.242 98,平均Shannon多样性指数(I)为0.385 83。64个样本遗传相似系数的变异范围为0.431 8～0.988 6。根据相似系数矩阵按UPGMA法进行聚类,在遗传相似性系数为0.715 5处,64份供试材料可分为6组;另外,根据10个ISSR引物的扩增结果,筛选出引物ISSR 20、UBC857和S17扩增的DNA指纹图谱可用于64个三叶青样本种质的鉴定。结论我国三叶青种质资源拥有丰富的遗传多样性和基因的相对稳定性,ISSR分析可揭示我国三叶青种质资源间的亲缘关系,为评价、鉴定和新品种选育提供一定的参考依据。     

新疆荒地阿魏遗传多样性的ISSR分析

目的研究新疆荒地阿魏Ferula syreitschikowii种质资源的亲缘关系及遗传多样性。方法以96份新疆荒地阿魏种质资源为材料,从33条ISSR引物中筛选出条带清晰、多态性好的引物15条,进行ISSR分子标记分析。结果共扩增获得292条完整、清晰的谱带,其中多态性条带为289条,多态位点比率为99.01%,表明新疆荒地阿魏种质资源多态性较高,具有较高的遗传多样性。经相关统计软件计算结果分析,平均有效等位基因数为1.725 6,平均Nei’s基因多样性指数为0.404 8,平均Shannon’s信息指数为0.587 9,遗传相似性系数为0.500 0～0.828 7。UPGMA聚类结果显示96份材料分为2个类群13个亚类,能够将不同来源的种质资源区分开来。结论从分子水平上揭示了新疆荒地阿魏地理分布与种质资源间的亲缘关系及较高的遗传多样性,为荒地阿魏品种鉴定提供相关依据。     

基于SSR分子标记的滇重楼遗传多样性研究

目的研究滇重楼Paris polyphylla var.yunnanensis自然居群的遗传多样性,为滇重楼资源的保护和合理利用提供数据。方法采用SSR分子标记对滇重楼5个不同居群共115份样品进行遗传多样性分析。结果筛选出8对可用SSR引物,多态位点百分率(PPB)为100%,多态信息量(PIC)为0.745 6。在居群水平和物种水平上,观测等位基因数(N_a)分别为8.425 0和17.750 0,有效等位基因数(N_e)分别为4.960 9和7.500 7,观测杂合度(H_o)分别为0.295 5和0.294 8,期望杂合度(H_e)分别为0.654 8和0.774 4,Shannon’s信息指数(I)分别为1.520 1和2.038 6。遗传分化系数(F_(st))为0.172 8,基因流(N_m)为1.196 6。利用UPGMA聚类分析,将5个居群分为2类。结论滇重楼遗传多样性水平较高,居群内和居群间具有一定的遗传分化。对保护和发展滇重楼资源提出若干措施,为滇重楼的保护和科学可持续利用提供参考。     

基于SRAP技术分析海南产南药益智的遗传多样性＊

目的 海南产南药益智为道地药材，为探究海南岛不同产地的南药益智资源的遗传多样性。方法 通过对144对SRAP引物进行筛选和优化，获得12对较好的引物，用以对海南岛内15个不同产地的90份样品进行遗传多样性分析。结果 SRAP-PCR扩增结果获得总条带数（TNB）为92，多态性条带数（NBP）为82，平均多态率（PPB）为89.1%。再以最佳引物f9-r10对90份益智样品进行SRAP-PCR分析，统计共获得407个条带，多态性条带数为407个，多态性比率为100%。聚类结果分析表明，不同产地益智的遗传相似系数在0.67-1.0之间，在遗传相似系数0.67处90份益智样品被分为Ⅰ和Ⅱ两大类，在遗传相似系数0.77处可分为6个亚类。结论 不同产地的南药益智遗传多样性与产地具有一定的相关性，来自五指山的益智遗传多样性最为丰富，为种质资源保护提供理论基础。     

栝楼SRAP引物筛选及遗传多样性分析

目的 分析不同来源栝楼Trichosanthes资源群体的遗传结构和自然亚群间基因漂移分析以及资源的遗传多样性，为栝楼育种奠定基础。方法 从100对相关序列扩增多态性（sequence-related amplified polymorphism,SRAP）引物中筛选出扩增效果好、稳定性高的43对引物对13个来源于3个自然亚群的栝楼资源进行扩增，进行不同亚群间和品种之间的遗传结构和多样性分析。结果 共扩增出691个位点，其中多态性位点百分率达到79.16%，整个群体的多态性信息含量（polymorphic information content,PIC）、观察等位基因数（observing the number of alleles,Na）、有效等位基因数（effective number of alleles,Ne）、香农信息指数（Shannon information index,I）和遗传距离（genetic distance,H）依次为0.495 5、1.791 6、1.374 6、0.359 4和0.231 6,3个自然亚群中其他野生类群的遗传丰富度最高，潜山和合肥自然亚群之...     

多花黄精转录组SSR位点分析及分子标记开发

目的基于转录组测序数据鉴别和分析多花黄精EST-SSR位点,开发可用于多花黄精种质资源评价与利用的SSR标记。方法利用MISA工具从多花黄精转录组126 544条Unigenes中鉴定SSR位点并进行分析;利用Primer 3.0设计SSR引物,随机选择50对SSR引物进行有效性验证。结果从9 982条Unigenes中鉴定出12 317个包含2～6个核苷酸重复类型的SSR位点,SSR的分布频率为9.73%,发生频率为1/5.91 kb;SSR位点中的主导类型是二核苷酸重复,占总SSR的53.14%,其次是三核苷酸重复,占33.31%。SSR引物的有效性筛选显示,50个SSR引物对中有29个(58%)可从多花黄精中扩增出预期大小的SSR条带。SSR荧光标记的毛细管电泳检测显示在多花黄精的7个SSR位点共鉴定出了9种基因型,进一步验证了SSR引物的有效性。结论多花黄精转录组SSR位点出现频率高,重复类型丰富,多态性较高,这将为多花黄精遗传多样性分析和遗传图谱构建提供大量有价值的候选标记,也可为黄精属内种间物种的分子鉴别、多花黄精优良品种的分子辅助育种提供技术手段。