库蠓核糖体DNA内转录间隔区1序列的测定与分析

目的 测定核糖体DNA内转录间隔区1(nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer 1, rDNA-ITS1)序列进行库蠓种类鉴别与系统发育分析,以探究rDNA-ITS1序列在库蠓分子鉴定和系统发育研究方面的适用性。方法 采用DNA扩增、纯化、克隆及测序的方法获得荒川库蠓Culicoides arakawai、凹缘库蠓C. holcus、连斑库蠓C. jacobsoni、印度库蠓C. indianus、霍飞库蠓C. huffi和肩宏库蠓C. humeralis等6种库蠓的rDNA-ITS1序列,基于Kimura 2-parameter公式计算种内和种间遗传距离,应用MEGA 6.06软件分析DNA序列碱基组成并以环纹埃蠓Allohelea annulata为外群构建系统发育树(邻接法和最大似然法)。结果 上述6种库蠓的rDNA-ITS1序列经过Clustal W比对及人工校对和编辑后的长度为352 bp,其中T、C、A、G 4种碱基的含量分别为36.8%、13.0%、30.0%和20.1%,A+T的含量(66.8%)高于C+G的含量(33.1%);K-2p遗传距离在种内和种间具显著差异(t=32.430,P<0.05);系统发育树中不同种类库蠓各自构成单系(群),同种类不同地理种群聚为一支,其与形态学鉴定结果一致。结论 本研究证实了rDNA-ITS1序列可用于进行库蠓及其近似种的分子鉴定和系统发育分析。     

基于线粒体COI基因序列进行库蠓二囊亚属近似种的分子鉴定

目的 通过采用线粒体COI基因进行库蠓近似种分子鉴定的方法,来弥补传统形态学在种类鉴定中存在的操作繁琐、难度大等不足,从而实现库蠓近似种的快速、准确鉴别。方法 采用DNA测序的方法获得库蠓属二囊亚属的林岛库蠓(C. gaponus)、标翅库蠓(C. insignipennis)、无害库蠓(C. innoxius)、连斑库蠓(C. jacobsoni)、南山库蠓(C. lansangensis)、新竹库蠓(C. liui)、长喙库蠓(C. longirostris)、异域库蠓(C. peregrinus)等8种库蠓近似种的部分线粒体COI序列,并对其进行分子鉴定;基于Kimura 2-parameter模型分析遗传距离,同时应用MEGA 6.0软件以荒川库蠓C. arakawai为外群构建系统发育树。结果 8种库蠓COI序列长度约650 bp;遗传距离在种内和种间具有统计学差异(t=119.452,P<0.05);系统发育树中不同库蠓种类各自构成单系(群),同种类不同地理种群聚为一支。结论 本研究证实了线粒体COI序列可用于进行库蠓近似种的分子鉴定。     

滇西横断山区家畜体表蜱类调查及鉴定

目的 调查滇西横断山区家畜体表蜱的种类。方法 采集家畜体表寄生的蜱虫,经形态学鉴定后,用PCR法扩增蜱虫样本的16S rRNA、12S rRNA、COI、ITS2的基因片断,测序后进行序列分析。结果 共采集成虫蜱样本1 874只,经形态学鉴定为1科、1属(扇头蜱属Rhipicephalus)、4种,其中微小扇头蜱(R. microplus)1 637只(占87.35%)),镰形扇头蜱(R. haemaphysaloides)218只(11.63%),短小扇头蜱(R. pumilio)11只(0.59%),血红扇头蜱(R. sanguineus)8只(0.43%)。样品分子鉴定结果与形态学鉴定结果一致。系统发育树分析显示,微小扇头蜱Y2 16S rRNA、12S rRNA、COI、ITS2的基因序列分别与来自印度(EU918188)、贵州(KC503259)、马来西亚(KM246873)、贵州(KC503274)的微小扇头蜱在同一分支上,而与以往云南发现的微小扇头蜱不在同一分支;镰形扇头蜱Y5的 16S rRNA、12S rRNA和COI基因序列分别与来自泰国(KC170743)、台湾(DQ003005)和湖南(KM083593)的镰形扇头蜱在同一分支上;短小扇头蜱Y6和Y01 的ITS2基因序列与来自澳大利亚的短小扇头蜱(AF271282)在同一分支上。结论 滇西横断山区家畜体表蜱以微小扇头蜱为优势种,短小扇头蜱为云南境内首次发现。     

DNA条形码技术在陕西省鼠形动物鉴定中的应用

目的 探究应用DNA条形码技术进行分子生物学鉴定的可行性,弥补形态学鉴定缺陷。方法 结合鼠疫监测工作,使用样方法、5 m夹笼法、夹夜法采集鼠形动物标本,所有标本形态学初步鉴定后基于线粒体细胞色素C氧化酶I亚基基因(COI基因)进行分子鉴定,计算遗传距离,构建系统发育树。结果 获得709只鼠形动物的COI基因序列,隶属于3目10科24属38种。COI基因序列显示种内遗传距离在3.6%以内, 平均为1.4%,种间遗传距离大于5.6%, 种间遗传距离显著大于种内遗传距离,属间、科间遗传距离界限不明显,对多只鼠形动物形态学鉴定结果进行了纠正。系统发育树显示同种个体聚为高支持度的单一分支,发现索氏仓鼠和中国仓鼠2个隐存种。结论 DNA条形码技术可对鼠形动物进行有效的鉴定,但因数据库的不完善,仍需将传统的分类学鉴定方法和现代分子生物学鉴定方法结合,以保证鉴定结果的准确性。     

重庆綦江赶水地区库蠓及其胃血血源分子鉴定

目的 利用物种线粒体CO Ⅰ基因对吸血库蠓胃血来源进行检测,研究库蠓的吸血习性。方法 采用诱蚊灯法于重庆綦江赶水地区不同生境采集吸血库蠓,并调查该地区吸血库蠓种类组成;同时根据周边环境中库蠓可能的吸血对象的线粒体CO Ⅰ基因序列差异,设计物种特异性引物,采用PCR技术对吸血库蠓胃内血粉进行线粒体CO Ⅰ基因扩增,通过将扩增产物与不同物种所对应的目的条带大小进行匹配,检测吸血库蠓胃内血粉种属来源。结果 鸡舍、羊舍和鸡鸭混合圈舍主要以荒川库蠓为主,分别占93.36%、75.26%和94.29%,猪舍以洋岛库蠓为主,占69.44%。通过随机抽样,对6种主要吸血库蠓的190份饱血库蠓胃血进行PCR检测,结果显示上述种类都存在兼性吸血的现象,可同时吸食4~6种动物的血液,其中琉球库蠓和荒川库蠓兼具吸食人血,两者吸食人血比例分别为56.52%和1.39%。结论 本研究初步证实物种线粒体CO Ⅰ基因序列可应用于吸血库蠓胃血来源的检测,同时发现6种吸血库蠓都为兼性吸血,具有吸血习性多样、对象广泛的特点。     

重庆市库蚊标本中宜昌病毒的分离鉴定

目的 对2017年采集自重庆地区蚊虫标本携带的病毒进行分离鉴定。方法 采用组织细胞培养法进行病毒分离,应用高通量测序技术获得病毒分离物的全基因组序列,采用系统发育法进行种类及分子特征分析。结果 库蚊标本来源的病毒阳性分离物 CQFD2017能引起白纹伊蚊细胞C6/36病变,但不能引起金黄地鼠肾细胞BHK-21、非洲绿猴肾细胞Vero病变。 CQFD2017全基因组序列长度为20 893 bp, 包含6个开放阅读框。系统进化分析发现,该毒株位于Nidovirales病毒目Mesoniviridae病毒科的Yichang病毒所在的进化分支,与Yichang病毒(NC_040534)的核苷酸一致性为98.6%,ORF1a和ORF1b区氨基酸一致性分别为99.06%和99.15%,因此将该毒株命名为Yichang病毒CQFD2017株。结论 2017年重庆市库蚊标本分离的CQFD2017株为Yichang病毒。     

基于COI基因的柴达盆地常见寄生蚤种的DNA条形码分析

目的 COI基因对柴达木盆地部分蚤种进行分子生物学鉴定,旨在完善蚤类传统形态分类法的不足。方法 PCR扩增68份蚤类标本的COI基因片段(约600 bp)并进行测序和比对;用MEGA 6软件的K2-P双参数模型计算种内及种间遗传距离,以邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统发育树。结果 共测得柴达木盆地19种蚤的68条COI基因序列,种内遗传距离0.01%~2.9%,种间遗传距离3%~15.4%,种间遗传距离显著大于种内遗传距离。结论 NJ树显示同一物种形成高支持率的单系,种间分支很明显,表明COI可以作为DNA条形编码基因对柴达木盆地的常见蚤类进行物种鉴定。     

陕西省韩城市利什曼原虫SSU rRNA基因系统发育研究

目的 了解陕西省韩城市黑热病区利什曼原虫种类及分子遗传特征。方法 对来自韩城市的利什曼原虫阳性标本,进行SSU rRNA基因序列扩增,扩增产物进行测序,与其它不同种类、不同地区利什曼原虫的SSU rRNA基因序列进行比对,分析突变位点规律,建立系统发育树。结果 有3份标本SSU rRNA基因序列扩增测序成功,其基因序列与杜氏利什曼原虫、夏科氏利什曼原虫、婴儿利什曼原虫的SSU rRNA序列同源性较高,与婴儿利什曼原虫在UQ-II突变区有一个位点的变异,并与新疆荒漠虫株、甘肃省利什曼虫株聚为一类。结论 结合流行病学与SSU rRNA序列分析结果,陕西省韩城市黑热病病原体应为婴儿利什曼原虫。     

Illumina MiSeq对热带环境血蜱属成蜱内共生真菌多样性分析

目的 探讨海南热带环境血蜱属成蜱内共生真菌的群落组成及多样性分析。方法 对成蜱样本进行形态学分类,扩增线粒体COI基因进行分子鉴定;应用Illumina MiSeq平台对血蜱属内共生真菌ITS1基因进行高通量测序,以OTU聚类分析、Alpha多样性分析阐明内共生真菌群落组成及多样性。结果 热带环境游离血蜱属内共生真菌聚类为245个OTU;群落组成分布于子囊菌门(Ascomycota)占80.56%、担子菌门(Basidiomycota)占15.43%及接合菌门(Zygomycota)占0.37%;优势菌种为Zasmidium citrigriseum,占7.72%。Alpha多样性分析表明,血蜱属内共生真菌具有十分丰富的生物多样性。结论 热带环境血蜱属成蜱内共生真菌多样性的研究,可为揭示蜱与内共生真菌复杂的互作关系提供依据,为进一步阐明热带蜱的行为特征并探索有效的生物学防控策略提供新思路。     

长爪沙鼠和新西兰白兔源肺孢子虫ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列的测定与分析

目的测定长爪沙鼠及新西兰白兔源肺孢子虫的ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列,并与大鼠源肺孢子虫的相应序列进行比较分析。方法用地塞米松免疫抑制法诱导长爪沙鼠和新西兰白兔感染肺孢子虫;制作肺印片进行瑞-姬氏复合染色,通过镜检初步了解感染情况;提取肺孢子虫总DNA,设计合成引物进行PCR扩增;纯化扩增产物后克隆测序;与登录Gen-Bank的大鼠源肺孢子虫相关序列进行比较分析。结果长爪沙鼠源肺孢子虫的ITS1、5.8S rDNA和ITS2基因序列长分别为158、157和172bp,新西兰白兔源肺孢子虫的相应序列分别为129、158和178bp。结论本实验测得的长爪沙鼠及新西兰白兔源肺孢子虫的ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列以往未曾报道,此结果为肺孢子虫的遗传学研究提供了新的资料。     

新疆6种蚊虫的rDNA-ITS2区序列分析

测定并分析了新疆4种伊蚊和2种按蚊的rDNA-ITS2区序列,新疆伊蚊、刺扰伊蚊ITS2区长度分别为231bp-256bp、250bp或253bp,其克隆间、种内序列差异分别为0.3-4.3%、0.8%-1.4%,里海伊蚊与长刀伊蚊的长度为330bp、251bp,种内序列无差异;4种伊蚊种间序列差异明显大于种内差异水平,为12.3%-33.5%;赫坎按蚊和米赛按蚊的ITS2区序列长度分别为463bp、311bp,种内个体间无差异。而种间的差异为30.8%,结果显示rDNA-ITS2区序列差异,为形态上易混淆蚊种提供了有意义的分子监别特征。     

贵州省安顺地区蛇源裂头蚴分离株的分子鉴定及种系发育关系分析

目的 对贵州省安顺地区蛇源裂头蚴分离株进行分子鉴定及种系发育关系的分析。方法 采集贵州安顺地区4种常见野生蛇(王锦蛇、乌梢蛇、黑眉锦蛇、灰鼠蛇)来源的裂头蚴,分别提取各裂头蚴基因组DNA,PCR扩增ITS1和cox1基因,所得PCR扩增产物经纯化并T-A克隆后测序。运用ClustalX1.81生物分析软件,将所得序列与GenBank所录迭宫属绦虫和其它属绦虫基因序列进行多重序列比对分析,并应用软件MEGA 6.0构建系统发育树(邻位连接法)。结果 成功扩增出8株裂头蚴的ITS1和cox1基因序列,ITS1大小为822~863 bp,cox1大小为404~415 bp,与预期的基因片段大小一致。基于ITS1和cox1基因序列构建的种系发育树与所有的猬迭宫绦虫均构成同一亚群,总分支的自展值高于50%,二者在不同的分离株之间呈现基因多态性。对8株裂头蚴ITS1和cox1序列的同源性进行比较,ITS1的同源性为70.27%~82.84%,而cox1的同源性为95.63%~99.50%,显示cox1的同源性高于ITS1。已向GenBank提交ITS1和cox1新序列各一条,登录号分别为KF990161和KJ418421。结论 贵州安顺地区不同蛇源裂头蚴分离株之间存在基因多态性。从总分支的自展值来看,cox1比ITS1更适合用于种内遗传多态性研究,ITS1适合做定种的分子标记。     

我国多斑按蚊复合体成员种的分子鉴别研究

目的建立我国多斑按蚊复合体5成员种的分子鉴别方法。方法测定并分析各成员种的rDNA-ITS2序列,并设计种特异引物,应用PCR法鉴别。结果多斑按蚊复合体5成员种的ITS2序列长度和GC含量分别为伪威氏按蚊328bp、58.54％、多斑按蚊330bp、57.85％、威氏按蚊337bp、59.05％、达罗毗按蚊334bp、58.68％和塞沃按蚊338bp、57.69％,各种内的ITS2序列保守,而种间的差异率范围为9.7％～18.9％。应用5.8S引物和5个种特异引物可以分别扩增出119、186、231、327和406bp等5条清晰不同的种特异条带,以鉴别各蚊种。结论基于ITS2序列差异建立的我国多斑按蚊复合体5成员种的PCR鉴别简便易行、可靠。     

不同地区微小按蚊rDNA-ITS2序列差异

目的　比较我国云南、海南省、广西壮族自治区及泰国等不同地区微小按蚊核糖体 DNA第 2内转录间隔区 ITS2 )序列差异。　方法　取单只雌蚊蚊腿消化提取 DNA,PCR特异扩增 r DNA- ITS2片段 ,并对其扩增产物纯化、测序及分析。　结果　发现 2种不同的 ITS2序列 Gen Bank登录号 :AF4 16 783,AF4 16 784 ) ,分别与微小按蚊 A和 C同源 ,ITS2序列长度及 GC含量分别为 4 81bp,5 4 .0 4 %和 4 83bp,5 4 .2 3% ,两者无显著性差异 ;但 2 2个固定位点存在碱基置换和插入 /缺失 ,序列差异为 5 .8%。　结论　研究区内微小按蚊存在 A和 C两个不同的亲缘种     

我国雷氏按蚊和嗜人按蚊的分子鉴别和分类地位的探讨

[目的 ]论证我国雷氏按蚊与嗜人按蚊的分类地位。 [方法 ]采用分子鉴别法 (鉴别PCR和rDNA ITS2序列 )检测辽宁及山东两省现场按蚊标本 ,并依据ITS2区序列建立分子系统树。 [结果 ]分子鉴别显示 ,辽宁和山东两省均存在雷氏按蚊和嗜人按蚊。我国雷氏按蚊 (辽宁和山东省 ,n =6 )和嗜人按蚊 (辽宁、云南、河南和四川省 ,n =10 )ITS2序列长度和GC含量分别为 45 1bp、 46 2 % ,44 8bp、 46 0 % ;各地雷氏按蚊和嗜人按蚊序列均无差异 ,但各地嗜人按蚊与对照组江苏的嗜人按蚊相比 ,种内序列差异为 0 88% ;雷氏按蚊与嗜人按蚊种间序列差异为 2 5 7%。分子系统树显示雷氏按蚊与中华按蚊、嗜人按蚊与凉山按蚊亲缘关系较近。 [结论 ]根据分子鉴别 ,确认我国雷氏按蚊与嗜人按蚊为同域分布的 2个独立种     

基于核糖体 DNA 第二内转录间隔区基因的 9 种蚊虫分子鉴定

目的 分析常见 9 种蚊虫核糖体 DNA 第二内转录间隔区( rDNA-ITS2 )基因序列特征,为蚊虫种类分 子鉴定方法探讨提供依据。 方法 在山东省济宁市采集淡色库蚊、三带喙库蚊、二带喙库蚊、白纹伊蚊、刺扰伊蚊、中 华按蚊、骚扰阿蚊、常型曼蚊和黄色柯蚊成蚊,形态学种类鉴定后,提取上述 9 种蚊虫 DNA,PCR 扩增 rDNA-ITS2 基 因并测序;在 GenBank 中进行同源性比对,采用 Bioedit 7. 0 软件及 DNAMAN 软件对测序结果进行比对分析,通过 DNASTAR、ClustalX 1. 81 和 Mega6 软件分析列特征并构建系统进化树探讨系统发生关系。 结果 9 种蚊虫的 rDNA- ITS2 长度在 343 bp 与 577 bp 之间,共有 59 个保守位点、449 个变异位点、235 个简约信息位点和 191 个单态位点,9 种蚊虫种间序列同源性为 28. 21% ~ 53. 76%;所有蚊虫的 rDNA-ITS2 基因分子鉴定与形态学鉴定吻合率 100%,库 蚊属的淡色库蚊、三带喙库蚊和二带喙库蚊聚成一类,伊纹属的白纹伊蚊和刺扰伊蚊聚成一类,不同种蚊虫为独立 分支。 结论 核糖体 DNA 第二内转录间隔( rDNA-ITS2 )基因可用于蚊虫属和种的鉴定。     

云南香格里拉的带绦虫rDNA-ITS1序列测定及分析

目的利用分子生物学技术鉴定产于云南香格里拉带绦虫的种类,以明确当地是否存在亚洲带绦虫。方法从云南香格里拉采集带绦虫标本株成虫节片,抽提DNA,PCR扩增rDNA-ITS1区段,克隆此片段后做序列测定;结合GenBank中已知的亚洲带绦虫、牛带绦虫、猪带绦虫rDNA-ITS1序列,经DNAMAN软件处理后计算遗传距离并构建系统发育树状图。结果香格里拉的带绦虫标本与GenBank中已知的亚洲带绦虫序列同源性为99%;与牛带绦虫同源性98%;与猪带绦虫同源性92%。系统发育树显示:香格里拉标本与亚洲带绦虫标本遗传距离最近,距牛带绦虫标本较远,与猪带绦虫则更远。结论云南香格里拉存在亚洲带绦虫。     

大劣按蚊和斯氏按蚊核糖体基因内转录第二间隔区序列分析

目的分析对约氏疟原虫不易感的大劣按蚊和易感的斯氏按蚊核糖体基因内转录第二间隔区（rDNAITS2）的基因特征。方法对大劣按蚊和斯氏按蚊ITS2基因进行PCR扩增，PCR产物进行限制性片断长度多态性分析（RFLP）和基因测序，并采用相关在线程序及软件进行序列分析。测序结果与GenBank数据库中其它传疟按蚊的ITS2序列进行多序列比对，构建分子系统树。结果大劣按蚊和斯氏按蚊的ITS2基因PCR产物经限制性内切酶Xho I消化，产生不同的酶切图谱；测序结果表明大劣按蚊和斯氏按蚊ITS2序列分别为715bp和466bp，且两种按蚊ITS2序列的GC含量和简单重复序列等特征存在明显差异，两者碱基差异水平为53．5％；分子进化树显示，大劣按蚊和斯氏按蚊形成单独的支系。结论大劣按蚊和斯氏按蚊ITS2基因具有不同的基因特征，其遗传多态性可能与产生对约氏疟原虫的易感性不同有关，为进一步研究按蚊与疟原虫之间的相互作用奠定了基础。