广西HIV-1 CRF01-AE env和gag区快速基因分型方法的建立

[目的]建立一种快速简便的基因分型方法,对广西HIV-1 CRF01-AE毒株env和gag基因区进行亚型鉴定。[方法]从HIV阳性样品中提取核酸,使用HIV-1M组通用引物对env和gag基因区进行第一轮扩增,第二轮则使用CRF01-AE亚型的特异性引物进行扩增,根据扩增的目的带位置来判断亚型。将通用引物扩增出的所有样本进行基因测序以验证结果。[结果]43份CRF01-AE样本中,经env基因区亚型特异性引物PCR法检测得出39份(90.70%),灵敏度为90.70%,而gag基因区亚型特异性引物PCR法检测得出42份(97.34%),灵敏度为97.34%。将基因测序法和亚型特异性引物PCR法的检测结果进行比较,经差异性检验显示两种方法检测结果在两基因区中差异均无统计学意义,env基因区两方法检测结果结果一致者占90.70%。而gag基因区则高达97.34%。重复实验显示env基因区平均重复性为93.80%(61/65),gag基因区为98.30%(59/60)。[结论]该方法是一种简便、快速、低成本,具有高度灵敏性和特异性的HIV-1 CRF01-AE env和gag基因区分型法,能够直接对广西HIV-1 CRF01-AE重组毒株进行鉴定。     

龙岩市HIV-1流行株基因亚型流行状况

目的了解龙岩市HIV-1流行株的亚型分布和传播特点,为HIV疫情防控和AIDS临床诊疗提供依据。方法收集龙岩市2016年1月至2017年6月新发感染HIV患者122例个案信息及血样样本,用描述流行病学方法分析个案信息,并对其血样用巢式PCR法分别对pol区和env区基因片段进行扩增,利用HIV BLAST亚型分析工具对序列进行初步分型。结果122例的亚型样本115例HIV/AIDS中,男88例、女27例,性别比3.3∶1;年龄40~59岁占41.7%(48/115);感染途径主要是性传播;122份样本分别获得合格pol基因序列99份,6种亚型;env基因序列99份,4种亚型,以CRF07_BC和CRF01_AE亚型为主,且以CRF07_BC亚型(55.7%)为优势。结论龙岩市HIV感染者中存在多种重组亚型,AIDS防治工作面临新的挑战,应加大HIV-1基因亚型和重组体的检测和分析力度,及早发现HIV-1流行的基因背景情况,有针对性地采取相应干预措施,以降低HIV的传播率。     

西安市男男性行为人群感染HIV-1的分子流行病学研究

目的 了解西安市MSM感染HIV-1毒株亚型分布。方法 采集2010--2012年西安市确证的经男男同性传播的HIV感染者外周静脉血5ml,抗凝后分离血浆,提取总RNA,利用巢式反转录PCR扩增HIulgag和env基因,利用Mega5.2软件与国际参考序列进行拼接、比对、计算基因离散率和构建系统进化树;同时进行流行病学问卷调查,行为学调查重点包括性行为特征、吸毒史、献血史等。结果 168份样本中,165例gag与env序列分型结果 一致,分别为79例(47.0%)CRF01AE、74例(44.o%)CRF07BC、12例(7.1%)B亚型。3例gag与env序列分型结果不一致,分别为2例(1.2%)CRF01AE/A1、1例(0.6%)CRF07BC/CRF01AE。结论 西安市MSM感染HIV-1毒株亚型主要为CRF01AE、CRF07BC。     

HIV-1重组毒株gag区快速基因分型方法

目的建立一种简便、快速基因分型方法,对广西人类免疫缺陷病毒（HIV-1）重组毒株gag基因区进行亚型鉴定。方法从HIV阳性样本中提取核酸,使用HIV-1 M组通用引物对gag区进行第1轮扩增,第2轮使用分别检测C亚型和CRF01-AE重组型的二套特异性引物放入同一反应管中进行扩增,根据不同亚型扩增的目的带位置不同判断亚型。另外设计了一套引物,专门用于检测B’/C重组毒株。扩增出的所有样本均进行基因测序和系统树分析以验证结果。结果54份样本中,经基因测序和系统树分析证实CRF08-BC样本4份（7.41%）,CRF01-AE样本46份（85.18%）,4份（7.41）无法确定亚型。经亚型特异性引物PCR法检测出4份（100%）B’/C重组毒株,45份（97.83%）CRF01-AE重组毒株,灵敏度为98%,特异性为100%。2种方法检测结果经差异性检验显示,P〉0.05,差异无统计学意义,结果一致性高达98.15%。与基因分析结果吻合。重复实验显示,B’/C的平均重复性为100%（20/20）,CRF01-AE为98.3%（59/60）。结论该方法具有简便、快速,高度灵敏度和特异性的特点,可直接对广西HIV-1重组毒株CRFO 1-AE gag基因区进行分型。     

山东省HIV-1流行株多基因区亚型分析

目的 了解流行于山东省境内HIV-1毒株的亚型，尤其是流行重组型毒株的种类及变异情况，分析其来源并推测其流行趋势。方法采集93份HIV-1感染者的外周静脉防凝血，提取前病毒DNA进行体外扩增，获得包膜蛋白（env）、核心蛋白（gag）、tat区基因的核酸片段，并对各基因区核苷酸进行测定和分析。结果发现在所有目标人群中共存在B、B，、C3种亚型以及CRF07-BC、CRF08-BC、CRF01-AG和CRF01-AE4种重组毒株，其中B’亚型数量最大71株（占77．2％），CRF01-AE9株（占9．8％），CRF07-BC、CRFOB-BC各3株（均占3．3oA），B、C和CRF02-AG各2株（占2．2％）。3个基因区env区变异最大，gag和tat相对保守。3种优势亚型中，A／E变异最大，B’次之，B’／C最保守。结论山东省HIV-1流行毒株亚型众多。各优势毒株发生了不同程度的变异，在山东省有流行加快的趋势，应加强防控。     

海南省HIV-1基因亚型分析

目的 分析海南省人类免疫缺陷病毒-1(HIV-1)基因亚型,监测HIV毒株的流行状况.方法 从88份HIV-1抗体阳性的血浆中提取RNA,逆转录后采用PCR法扩增HIV-1基因序列中的env及pol基因,对扩增产物进行核苷酸序列测定,经比对分析而确定基因亚型.构建最大似然(ML)进化树,分析感染者间的传播链.结果 88份样品中,有83份样品被扩增出HIV-1的env及pol基因片段;共发现6种HIV-1亚型和重组型,其中CRF01-AE亚型70份,B'亚型8份,C亚型2份,B亚型和CRF08-BC、CRF01-AE/B'重组亚型各1份.在ML进化树上83份样品分成4个传播群(66/83)和非传播群(17/83),其中传播群1最庞大(59/83).结论 海南省HIV/AIDS的HIV-1基因亚型至少有6种,其中CRF01-AE为主要亚型,占84.33%(70/83),主要分布在静脉吸毒者及其性伴侣之间,形成了一个庞大的传播群.其次为B'亚型(9.6%).另外的4种亚型(6%)仅见单个病例.提示海南省静脉吸毒为主要的感染途径(67.5%);经性接触传播的亚型种类复杂多样,包括本次检出的全部亚型和重组株.     

湖州市不同感染人群HIV-1流行毒株亚型分析

目的了解湖州市HIV-1型流行毒株的基因型分布情况,为艾滋病防治工作提供科学依据。方法采集204份HIV-1型抗体阳性的全血标本,从样本中提取病毒RNA,采用巢式PCR方法扩增病毒gag基因,对PCR产物进行核苷酸序列测定。应用Clustal W软件对测序结果和HIV分型参考株序列进行多序列比对和分析;使用MEGA 4.0软件进行系统进化分析。结果 204份标本有138份样品扩增出HIV-1的gag基因片段,共存在4种HIV-1亚型和重组型。其中CRF07_BC重组亚型74株(53.62%)、CRF01_AE重组亚型40株(28.99%)、B亚型12株(8.69%)、CRF08_BC重组亚型12株(8.69%)。异性、同性性传播以CRF07_BC和CRF01_AE为主;注射吸毒传播以CRF07_BC为主。结论湖州市不同感染人群中主要存在4种基因亚型,CRF07_BC已成为湖州市不同感染人群中HIV主要流行亚型,重组型毒株占优势,应加强对HIV-1流行毒株亚型变异的监测,及时调整防控策略。     

东莞市HIV-1流行株pol基因序列特征和亚型分析

目的 了解东莞市人类免疫缺陷病毒Ⅰ型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）感染者的流行病学特征及亚型的分布情况。方法 选取50例样本,收集流行病学资料,采用RT-PCR法扩增pol基因序列并测序,应用BioEdit、Genotyping和MEGA等生物学软件对pol基因进行序列分析。结果 收集的50例样本最终成功扩增得到32份样本的pol基因序列,其中CRF01_AE亚型12例;CRF_07BC亚型11例;B亚型7例;CRF55_01B亚型2例。各亚型基因离散率分别为CRF01_AE是（0.075±0.039）、CRF07_BC是（0.030±0.009）、B亚型是（0.073±0.022）,各亚型之间的基因离散率差异有统计学意义（F=41.055,P<0.001）,CRF01_AE亚型和B亚型内毒株间的基因离散率均大于与CRF07_BC亚型（P值均小于0.001）。结论 CRF01_AE和CRF_07BC亚型在东莞市HIV-1流行株中占优势,CRF07_BC亚型在各亚型之间的基因离散率最小。     

淮安市艾滋病异性性传播方式及分子流行病学研究

目的了解淮安市经异性性传播感染的HIV/AIDS人群的性传播构成方式以及病毒亚型分布情况。方法对艾滋病病例报告系统中,现住址为淮安市的经异性性传播病例进行面对面问卷调查,内容包括社会人口学特征和高危行为史。从经异性性传播感染的HIV/AIDS病例血液中提取DNA或RNA,用巢式PCR或RT-PCR方法扩增gag、env基因区片段,测定序列并分析。结果共调查HIV/AIDS病例166例,经商业异性性传播者占38.0%,经婚内或者固定性伴侣性传播者占40.4%,经非婚非商业异性性传播者占21.7%。结合gag和env 2个基因片段,最终确定了103分样本的基因亚型,发现有6种HIV-1亚型和重组型,其中,CRF01_AE占52.4%、CRF07_BC占20.4%、CRF08_BC占11.7%、B'(泰国B)占9.7%、B(欧美B)占3.9%、CRF55_01B占1.9%。结论淮安市HIV经异性性传播方式以经婚内或固定性伴传播为主;感染HIV-1流行株较为复杂,存在6种亚型和重组型,其中CRF01_AE重组型是主要流行株。     

深圳市男男性行为人群人类免疫缺陷病毒1型流行株的聚集性分析

目的研究深圳市男男性行为(MSM)人群人类免疫缺陷病毒1(HIV-1)亚型的聚集性,为艾滋病的预防治疗提供科学依据。方法 RT-PCR巢式扩增深圳市MSM人群HIV-1病毒的gag基因和env基因,结合HIV数据库和MEGA4.02软件分析测序结果,确定亚型;建立进化树,比较各亚型的组内基因离散率。结果深圳市MSM人群中HIV-1流行株以CRF01-AE为主,占53.0%,与CRF07-BC、CRF08-BC、B、C共同存在,各个亚型均形成了簇集(cluster);B亚型cluster的基因离散率最大(gag区:9.5%,env区:16.1%),CRF01-AE形成了3个独立的cluster。结论深圳市MSM人群中流行的HIV-1毒株是复杂的,并且不同亚型的毒株也有各自的变异,以CRF01-AE和B亚型最为典型,病毒基因的变异对病毒的表型,疾病的进程及耐药性的影响尚待进一步研究。     

新余市HIV-1流行毒株基因分型及其流行特征分析

目的了解新余市HIV-1的流行亚型、遗传多样性及其分子流行病学特征,为艾滋病的治疗与预防提供实验室数据。方法随机收集49份血清抗-HⅣ阳性者的血浆标本并提取RNA,逆转录为模版DNA后采用巢式PCR法扩增基因e聊及gag,并对扩增产物进行测序,Blast比对确定基因亚型,构建系统进化树,分析其流行病学特征。结果 49份标本中,扩增出env及gag基因片段18份(36.73%),共发现2种基因型,其中CRF01-AE亚型16份(88.89%)、CRF07-BC亚型2份(11.11%)。两基因构建的系统进化树高度一致,主要是CRF01-AE、CRF07-BC流行。结论新余市至少有2种HⅣ-1基因亚型在流行,都为重组型,其中CRF01-AE为主要亚型。新余市应更加重视HIV-1基因亚型和变异的监测。     

北京市2006年HIV一1流行毒株的gag和env基因序列测定及亚型分析

目的监测2006年北京市北京户籍HIV感染者中HIV-1型流行病毒株的亚型分布特点和变化规律。方法采集北京市2006年新确认北京户籍HIV-1感染者的抗凝全血样品32份,分离血浆,提取病毒RNA,用巢式聚合酶链反应方法扩增病毒gag和env基因,并进行序列测定和亚型分析。结果系统进化分析表明北京户籍HIV-1感染者样品分别属于5个亚型,分别为B亚型9份,泰国B亚型2份、C亚型2份,流行重组型CRF07 BC亚型5份,流行重组型CRF01．AE亚型4份。结论北京市居民中已存在多种HIV-1亚型和流行重组型,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略。     

广东国际旅行人员HIV-1基因亚型分析

〔目的〕通过对广东口岸国际旅行人员中HIV感染者的亚型分析,监测HIV毒株的流行状况及其变化。〔方法〕从22份HIV-1抗体阳性样品中提取RNA或DNA,逆转录后或直接巢式PCR扩增HIV env及gag基因,对PCR产物进行核苷酸序列测定和分析,确定基因亚型。〔结果〕22份样品中共发现8种HIV-1亚型和重组型,其中CRF-BC重组型8份,CRF01-AE重组型4份,C亚型2份,B亚型2份,A1、G、J亚型及CRF02-AG重组型各1份,2份样品分型不明确。这些不同亚型的感染者来自包括中国在内的8个不同国家。〔结论〕国际旅行人员中HIV-1亚型和重组型种类复杂多样,是我国HIV毒株输入的主要来源。监测国际旅行人员中HIV感染者基因型分布及其变异,及时发现新型毒株对于艾滋病的预防和控制十分重要。     

广州市2004-2005年HIV-1毒株env基因V3区特征分析

目的了解广州市HIV-1流行株序列变异特征。方法随机选取广州市2004-2005年采集并确认的HIV-1抗体阳性的92份全血样本,提取其前病毒DNA,用nest-PCR分别扩增gag和env区基因,并测定、分析序列。结果经系统进化树分析92份样本中34份(36.9%)为CRF01_AE,40份(43.5%)为CRF07_BC,7份为CRF08_BC,7份为B,2份为B’,2份为C。V3环顶端四肽分析显示:14份CRF01_AEV3环顶端四肽存在GPGQ(9份)、GPGR(1份)、GPGK(2份)和GPGH(2份)4种类型;17份CRF07_BC和2份C亚型毒株V3环顶端四肽均为GPGQ;5份B亚型中4份为GPGR,1份为GLGR;2份B’亚型中1份为GPGQ,1份为GPGR。根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况,结果显示:50%(7/14)的CRF01_AE、88.2%(15/17)的CRF07_BC和2份C亚型毒株可能使用CCR5,2份B和1份B’亚型毒株可能使用CXCR4,其余毒株不能作出预测。结论广州市2004-2005年发现的HIV-1主要流行株CRF01_AEV3环顶端四肽变异较大,CRF07_BCV3环顶端四肽高度保守,该两种毒株中大部分可能为使用CCR5辅助受体的巨噬细胞噬性/NSI型毒株。     

江苏淮安市异性性传播人群HIV-1感染的分子流行病学研究

目的探究江苏省淮安市166例经异性传播感染的HIV/AIDS患者基因亚型种类分布。方法采用PCR方法扩增血样的eva基因与gag基因片段,在1.5%琼脂糖中进行凝胶电泳,扩增产物,测定基因序列。使用基因序列进化树进行进一步比对。采用χ~2检验探讨组间构成差异。结果 166份样本经检测,最终确定基因亚型103份,包括CRF07_BC、CRF01_AE、B'(泰国B)、CRF08_BC、CRF55_01B、B(欧美B)6种亚型和重组型,其中CRF01_AE是本地流行的优势毒株。不同性传播方式人群间HIV亚型分布差异无统计学意义(χ~2=12.41,P=0.191)。重组亚型CRF55_01B为在经非婚非商业临时性伴性传播的人群中首次发现。在20~29岁年龄组中,CRF01_AE所占比例最高(73.33%)。在男性样本中发现了2例CRF55_01B亚型,江苏省此前未见报道过该亚型的感染。结论 HIV基因亚型在不同地区、不同传播方式、年龄以及性别方面分布有差异。应根据HIV-1感染者流行趋势的变化,适时调整相应的防控策略。     

2018年临沂市MSM人群新感染 HIV-1病毒基因亚型分析

目的了解临沂市MSM人群新感染HIV-1病毒基因的流行亚型。方法收集2018年1～4月临沂市新感染的经男男性行为传播的未经治疗的HIV-1阳性血浆样本,应用巢式-聚合酶链反应(Nested-PCR)扩增病毒基因的pol区片段,进行基因测序和亚型分析。结果收集到符合条件的样本31例,成功扩增出29例感染者病毒的有效序列,共检出4种基因亚型:CRF07_BC、CRF01_AE、C、CRF55_01B,优势毒株为CRF01_AE(62.07%)和CRF07_BC(20.69%)亚型。结论本时段内临沂市新确证的MSM感染者毒株以CRF01_AE亚型为主,监测临沂市MSM人群HIV-1感染者毒株亚型分子流行病学特征,对临沂市艾滋病防治非常必要。     

天津市不同感染途径HIV-1感染者流行毒株亚型分析

目的 了解天津市HIV-1毒株的流行情况,比较不同感染途径HIV-1感染者中流行毒株的亚型分布.方法 采集100例感染途径已知的HIV-1感染者抗凝全血标本,提取DNA,用巢式聚合酶链式反应扩增病毒gag基因,并进行序列测定和亚型分析.结果 100份样品中,有87份样品被成功扩增出HIV-1的gag基因片段,通过系统进化分析,确定天津市HIV-1流行毒株分属4个亚型和重组型,其中CRF01 _AE比例最大,达59.77％(52/87),主要分布在通过同性和异性性传播的HIV-1感染者中,而在通过静注吸毒感染的HIV-1感染者中以CRF07_BC亚型为主.结论 天津市HIV-1流行株至少有4种基因亚型,且不同感染途径HIV-1感染者流行毒株的亚型分布略有不同,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略.     

克拉玛依市ＨＩＶ １犲狀狏犵犪犵狆狅犾基因特征变异研究

摘要：目的　研究克拉玛依市ＨＩＶ １犲狀狏、犵犪犵、狆狅犾基因特征及不同亚型混合感染情况。方法　巢氏ＰＣＲ 方法扩增２０１７年克拉玛依市ＨＩＶ 新发现病例犲狀狏、犵犪犵、狆狅犾基因,结合已知亚型利用Ｍｅｇａ软件分析测序 结果。结果　４８份样本犲狀狏、犵犪犵、狆狅犾三种基因分别获得合格序列３６ 份、３５ 份和４１ 份,ＣＲＦ０７＿ＢＣ 是 三种基因分型的主要亚型,ＣＲＦ０１ ＿ＡＥ 排第二位。除此外还发现克拉玛依市存在其他亚型和重组型, ＨＩＶ １狆狅犾基因有新型变异亚型ＣＲＦ７９＿０１０７、ＵＲＦ＿０１Ｂ、ＵＲＦ＿０２Ｂ。有６份样本存在三种基因分型不 完全一致情况,即不同亚型混合感染。结论　克拉玛依市ＨＩＶ １ 防控形势相对于新疆其他地市更加严峻, 预防和控制艾滋病在不同人群间相互传播、防止混合感染为目前首要任务。 关键词：ＨＩＶ １;犲狀狏、犵犪犵、狆狅犾基因;混合感染;系统进化树;亚型 中图分类号：Ｒ５１２．９　　文献标识码：Ａ　　文章编号：１００９ ６６３９ （２０１８）１１ ０８２２ ０４     

广西HIV-1双阳家庭病毒基因亚型及细胞嗜性分析

目的了解广西地区HIV-1双阳家庭的病毒基因亚型分布特征,同时分析env基因V3环序列变异特征及其辅助受体使用情况。方法收集2014—2015年在广西南宁市、柳州市、桂林市、贺州市、钦州市和贵港市共6个市疾病预防控制中心确证为HIV-1感染者的血浆样本,研究对象共来自95个双阳家庭。采用巢式PCR扩增HIV-1 env区基因,利用Sequencher、Bio Edit、Mega软件对序列进行拼接、整理和分析。结果本研究共分析166例HIV-1双阳家庭感染者env基因V3环序列,共发现6种亚型毒株,其中CRF01-AE为146例,构成比最大(87.95%);发现2例非流行重组体(URF)0107亚型;对CRF01-AE、CRF07-BC和CRF08-BC三种亚型的基因距离进行分析,发现其基因离散率相差不大。在HIV-1不同亚型毒株的四种gp120 V3环顶端四肽中,主要以GPGQ为主(85.54%);共有110(66.27%)条序列的毒株被预测为使用CCR5作为辅助受体,56条(33.73%)被预测为使用CXCR4作为辅助受体,没有发现R5/X4双嗜性毒株。结论在广西HIV-1双阳家庭中,流行毒株以CRF01-AE为主;毒株的gp120 V3环顶端四肽以GPGQ为主。广西HIV-1双阳家庭病毒株主要表现为巨噬细胞嗜性的非合胞体诱导型。     

同性和异性传播感染人群的HIV-1亚型分布和特征分析

目的了解河北省男男同性传播和异性传播人群HIV-1亚型分布和特征。方法从感染者的血浆样品中提取病毒RNA,逆转录后采用套式PCR扩增HIV-1 gag和env基因的部分片段,对PCR产物直接进行核苷酸序列测定,所获序列与各亚型国际参考株序列比对,确定基因型并进行系统进化树分析。结果同性传播的52例HIV-1感染者中,发现了3种HIV-1亚型和重组型,以CRF01-AE为主,占65.4%(34/52),其次为B亚型占30.8%(16/52);异性传播的60例HIV-1感染者中,存在6种亚型和重组型,以B亚型为主占43.3%(26/60),其次是CRF01-AE占30.0%(18/60),CRF07-BC占15%(9/60);两类人群的亚型分布差异有统计学意义(P<0.001)。异性感染人群的各亚型组内基因距离均大于同性感染人群。结论在河北省同性传播人群和异性传播人群中HIV-1亚型分布不均衡。