新型冠状病毒疑似感染病例下呼吸道病原谱分析

  目的  了解2020年1 — 3月北京市朝阳区100例新型冠状病毒（SARS-CoV-2）疑似感染病例的下呼吸道病原谱。  方法  采用实时荧光定量聚合酶链式反应（real-time PCR）方法检测疑似病例痰标本中28种呼吸道病原,包括 14种病毒、11种细菌、肺炎支原体、肺炎衣原体、真菌。  结果  100份SARS-CoV-2疑似感染病例痰标本中,所检测病原核酸阳性率为72.00%（72/100）,SARS-CoV-2阳性率为15.00%（15/100）,革兰阴性菌、革兰阳性菌、真菌、肺炎支原体、肺炎衣原体的阳性率分别为32.00%（32/100）、24.00%（24/100）、39.00%（39/100）、6.00%（6/100）、3.00%（3/100）,甲型流感病毒、乙型流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒、鼻病毒均有检出。 混合感染（同时检出≥2种病原）的检出率为35.00%（35/100）。 15份SARS-CoV-2阳性标本中混合感染标本13份。  结论  北京市朝阳区2020年1 — 3月的100例SARS-CoV-2疑似感染病例的下呼吸道病原谱多样,以真菌、SARS-CoV-2、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌为主,SARS-CoV-2阳性病例下呼吸道混合感染以金黄色葡萄球菌合并真菌为主。     

2016－2019年浙江省湖州市儿童严重急性呼吸道病毒感染流行病学分析

  目的  了解2016 — 2019年浙江省湖州市儿童严重急性呼吸道感染（SARI）病毒分布情况,分析病毒病原学构成及流行情况,为科学防控与临床诊断治疗提供依据。  方法  回顾分析2016 — 2019年湖州地区14岁以下儿童SARI病例,采集呼吸道标本（咽拭子或下呼吸道标本）,采用荧光PCR技术检测13项常见呼吸道病毒病原体。 采用SPSS 22.0软件对数据结果进行统计分析。  结果  共收集病例2105例,儿童SARI病毒阳性检出率分别为57.27%、46.22%、32.71%和31.99%。 不同年度阳性检出率差异有统计学意义（P<0.05）。 病毒感染总阳性检出率为41.90%,其中位居前3位分别为呼吸道合胞病毒（8.98%）、甲型流感病毒（7.60%）、人腺病毒（5.94%）。 春季、夏季、秋季、冬季呼吸道病毒感染阳性检出率分别为43. 65%、30.75%、40.73%和49.67%,差异有统计学意义（P<0.05）。 0～、1～、4～、7～14岁年龄组阳性检出率分别为50.84%、52.98%、43.00%和36.22%,差异具有统计学意义（P<0.05）。 0～和1～岁组感染阳性检出率明显高于4～和7～14岁组。男性感染阳性检出率（42.06%）和女性（41.69%）差异无统计学意义（P=0.864）。  结论  2016 — 2019年湖州地区儿童SARI病毒阳性检出率呈现逐年下降趋势,且基本处于散发状态,但病毒阳性检出率依然较高。 1岁以下儿童更易感染呼吸道病毒,并可能引起SARI。 冬春季依然是儿童呼吸道传染病的高发季节。     

2021年冬季江苏省常熟市成年人患者呼吸道鼻病毒感染分析

目的 了解2021年冬季江苏省常熟市成年人呼吸道感染者的病毒流行情况和鼻病毒的感染种类及型别。方法 采集江苏省常熟市门诊与呼吸道感染住院成年人患者的咽拭子样本,采用实时荧光定量聚合酶链式反应（PCR）方法开展15种常见呼吸道病毒检测;扩增鼻病毒VP4-VP2基因测序,以MEGA 7.0软件对获取序列进行系统发育分析与同源性分析。结果 共收集咽拭子样本333份,检出病毒阳性样本120份,阳性检出率为36.04%,其中人鼻病毒（human rhinovirus, HRV）检出样本数占阳性样本的28.33%(34/120),检出率最高,其次是腺病毒22.50%(27/120)和乙型流感病毒15.83%(19/120)。以单一病毒感染为主,占83.33%(100/120);混合感染以2种病毒为主80%(16/20),3种病毒共感染仅有4份。34份鼻病毒感染样本中成功扩增出32条条带,比对分析发现涉及20种血清型,分属于HRV-A(19株)、HRV-B(9株)和HRV-C(4株)3种。结论 HRV是2021年冬季江苏省常熟市成年人呼吸道感染的主要病原体之一,存在HRV-A、HRV-B、HRV-C...     

2018－2019年北京市呼吸道感染病例中肠道病毒D68型临床和流行特征研究

  目的  分析北京市2018—2019年呼吸道感染病例中肠道病毒D68型（EV-D68）感染者的流行特征。  方法  利用北京市呼吸道病原体监测系统,收集2018—2019年全市35家哨点医院就诊的急性呼吸道感染患者的临床标本及流行病学资料,利用实时荧光PCR方法筛查肠道病毒和EV-D68,对EV-D68阳性标本进行VP1区序列的扩增、测序及进化分析。  结果  2018—2019年共收集急性呼吸道感染病例15 645例,检出肠道病毒阳性者467例（2.98%）。 22例（0.14%）EV-D68阳性病例中,<18岁组11例,18～60岁组7例,>60岁组4例;夏季（6—8月）检出7例,秋季（9—11月）11例,冬季（12月至次年2月）3例,春季（3—5月）1例;8例被诊断为上呼吸道感染,14例为肺炎（其中2例为重症肺炎）;主要临床症状为发热（18/22,81.8%）、咳嗽（15/22,68.2%）。 14例EV-D68阳性经测序鉴定毒株属于亚型B3和新亚型D3,其中2018年有8例为B3亚型感染、1例为D3亚型感染,2019年5例均为D3亚型。  结论  EV-D68引起的呼吸道感染在北京市持续存在,主要在夏秋季流行,B3和新亚型D3为主要流行亚型。     

2019年武汉儿童医院15 636例呼吸道感染儿童7项病毒检测结果分析

  目的  分析2019年1 — 12月武汉儿童医院住院患儿常见呼吸道病毒感染流行特征,为临床诊断治疗提供依据。  方法  采集2019年1 — 12月因呼吸道感染就诊的住院患儿鼻咽拭子标本,采用直接免疫荧光法对副流感病毒1、2、3型（PIV1、2、3型）,流感病毒A、B型（FluA、B型）,腺病毒（ADV）,呼吸道合胞病毒（RSV）共7项呼吸道病毒抗原进行检测,并统计分析患儿的一般情况。  结果  2019年武汉儿童医院共收集15 636份标本,7项呼吸道病毒的检出率为27.26%（4 262/15 636）,RSV、ADV、PIV3型、FluB型、FluA型、PIV1型、PIV2型的阳性率分别是8.58%（1 341/15 636）、8.06%（1 261/15 636）、6.47%（1 012/15 636）、1.27%（198/15 636）、1.20%（188/15 636）、1.15%（181/15 636）和0.83%（129/15 636）。 男性患儿的7项病毒总阳性率高于女性,差异有统计学意义（χ2=21.031,P<0.001）。 7项病毒中仅RSV的检出率男性高于女性,且差异有统计学意义（χ2=12.442,P<0.001）,其他病毒的检出率差异均无统计学意义（P>0.05）。 6月龄至1岁及<6月龄患儿中病毒总检出率分别为33.85%（717/2118）、31.68%（1027/3242）,差异无统计学意义（χ2=2.760,P=0.097）,但高于其他年龄组。 7项病毒总检出率在春季最高,秋季最低。 其中RSV在冬、春季检出率较高,PIV3型和ADV在夏、秋季检出率较高,存在明显季节性。 其中混合感染48例,最常见混合感染病毒类型是PIV3型和RSV（50.00%,24/48）。  结论  7项病毒总检出率在武汉市不同性别、年龄、季节呼吸道感染患儿中存在差异,临床医生常规诊断中可以作为参考。     

北京市海淀区新型冠状病毒肺炎患者及其家庭成员呼吸道病原谱研究

  目的  分析北京市海淀区新型冠状病毒肺炎（COVID-19）患者及其家庭成员中常见呼吸道病原体的流行情况,比较混合感染患者与只感染新型冠状病毒（SARS-CoV-2）患者的疾病严重程度差异。  方法  使用多重荧光定量PCR方法对2020年1 — 6月北京市海淀区疾病预防控制中心检测的所有COVID-19患者及其家庭成员同期采集的样本进行呼吸道病原谱检测,并比较混合感染与非混合感染患者在性别、年龄构成和疾病严重程度方面的差异。  结果  在部分COVID-19患者样本中检出副流感病毒、人偏肺病毒、冠状病毒NL63型和肺炎支原体,部分家庭成员样本中检出呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒和甲型H3型流感病毒。 混合感染与非混合感染患者在性别、年龄构成和疾病严重程度上的差异无统计学意义。  结论  海淀区COVID-19患者存在多种呼吸道病原体与SARS-CoV-2混合感染现象,且与家庭成员呼吸道样本的病原谱不同。混合感染没有加重COVID-19患者的症状。 通过呼吸道病原体多重PCR检测,可提供更为精准的医疗策略。     

2015-2021年江苏省徐州市住院儿童严重急性呼吸道感染病例鼻病毒感染分析

目的 了解2015—2021年江苏省徐州市住院儿童严重急性呼吸道感染（SARI）病例中病毒谱的构成，进一步探究人鼻病毒（hRV）的分子流行病学特征。方法 使用实时荧光定量聚合酶链式反应技术（RT-PCR）对咽拭子标本中的常见呼吸道病毒进行检测。巢式PCR法扩增hRV阳性样本的VP4/VP2区基因序列，构建系统发育树，并进行同源性分析。结果 1 663份标本中呼吸道病毒检出阳性641份（38.54%）。hRV的检出率位居第1位，为13.95%(232/1 663)。2018年hRV的检出率明显较高（28.08%）；呈现夏秋高峰的季节性流行特征。2020年后，hRV在1—6月的检出率明显降低，但7月后检出率迅速回升，且在3～6岁年龄组中明显上升，≥6岁组中明显下降。hRV的VP4/VP2区序列比对分析发现涉及29种血清型，以hRV-A组为主。结论 hRV是2015—2021年徐州市住院儿童SARI病例中主要流行的呼吸道病毒，以hRV-A组为主要流行，血清型具有多样性。hRV的流行在2020年受到了短暂的抑制之后迅速回升，提示需要对hRV感染进行持续监测。     

北京市通州区新型冠状病毒肺炎流行初期肺炎病例呼吸道病原流行特征分析

  目的   研究北京市通州区新型冠状病毒肺炎（COVID-19）流行初期肺炎病例中主要呼吸道病原的流行情况。  方法   252例肺炎病例被纳入本研究,采集病例的呼吸道样本（对144例病例同时收集咽拭子和痰液样本）进行32种呼吸道病原的实时荧光PCR方法检测。  结果   病毒、细菌和肺囊虫的阳性率分别为13.10%（33/252）、50.00%（126/252）和1.59%（4/252）。 43例病例呼吸道样本中检出多种病原,混合感染率为17.06%（43/252）,其中13例病例为病毒与细菌或病毒与肺囊虫的混合感染,30例病例为细菌与细菌或细菌与肺囊虫的混合感染。 患基础疾病和无基础疾病病例中流感嗜血杆菌（χ2=9.557,P=0.002）、肺炎支原体（χ2=7.831,P=0.005）的阳性率差异均有统计学意义。 5个年龄组病例中病毒（χ2=16.112,P=0.003）、肺炎支原体（χ2=10.741,P=0.030）的阳性率差异均有统计学意义。 144例肺炎病例的痰液和咽拭子样本病毒阳性率差异无统计学意义（χ2=1.003,P=0.316）,而痰液样本中肺炎链球菌的检出率高于咽拭子样本（χ2=5.533,P=0.019）。  结论   COVID-19流行初期（2020年1—3月）,肺炎病例呼吸道中存在一定比例的混合感染,其下呼吸道样本（痰液）的细菌阳性率高于咽拭子样本。     

2015－2019年上海市急性呼吸道感染病例人冠状病毒感染情况分析

  目的   了解上海市急性呼吸道感染病例中人冠状病毒（HCoV）的分布特征,深入了解HCoV的流行规律,为其防控提供科学依据。   方法   收集2015 — 2019年上海市急性呼吸道感染监测标本3 531份,利用多重PCR技术进行常见呼吸道病原体的检测。   结果   在3 531份标本中,病毒总检出率为39.73%（1 403/3 531）。 其中,HCoV检出率为3.14%（111/3 531）。 HCoV在急性呼吸道感染病例中的总检出率仅次于流感病毒和人鼻病毒/肠道病毒,流行亚型以HCoV-OC43、HCoV-NL63为主,不同HCoV亚型在人群中呈隔年交替流行的趋势。 混合感染发生率高达36.93%（41/111）,混合感染病例中的重症比例较高。   结论   HCoV是上海市急性呼吸道感染的重要病原,应加强急性呼吸道感染病例病原学监测,重点关注HCoV与其他病原的混合感染。     

慢性阻塞性肺疾病急性加重期患者的腺病毒感染及基因特征分析

  目的  了解慢性阻塞性肺疾病急性加重期（acute exacerbation of chronic obstructive pulmonary disease,AECOPD）患者的呼吸道病毒感染情况及腺病毒感染特点。  方法  收集2020年11月至2021年4月安徽省蚌埠市某三甲医院AECOPD住院重症患者咽拭子,采用实时荧光定量PCR（qPCR）方法筛查16种常见呼吸道病毒,对腺病毒（ADV）阳性样本扩增腺病毒六邻体基因,构建进化树。  结果  AECOPD患者呼吸道样本中呼吸道病毒检出率为38.38%（109/284）,其中,ADV检出率最高,为27.81%（79/284）。 重症患者ADV感染以C1型为主,同时,有B、C和D等多个亚型存在。 结合临床数据,AECOPD患者中,感染ADV的较未感染ADV的病程长、预后差。  结论  临床应对AECOPD患者的呼吸道病毒感染情况进行有效监测,以提高诊断和治疗效果。     

江苏省常熟市一起聚集性儿童上呼吸道感染疫情的病原学调查

目的 分析2021年9月江苏省常熟市某幼儿园一起急性上呼吸道感染聚集性疫情发生的原因。方法 收集2021年9月江苏省常熟市某幼儿园急性上呼吸道感染患儿的临床信息,采集患儿咽拭子样本。采用实时荧光定量PCR对样本进行18种呼吸道病原体筛查。利用巢式PCR法对高检出率的鼻病毒进行分型片段扩增及测序。使用MEGA 7.0软件对测序结果进行序列比对,并构建系统进化树。结果 此次聚集性急性上呼吸道感染疫情主要临床症状为流涕、咽痛。共采集患儿咽拭子样本51份,其中男童24份、女童27份。18种呼吸道病原体筛查结果显示,检出率为80.39%(41/51),其中单一病毒检出率为64.71%(33/51),混合病毒检出率为15.69%(8/51)。检出的单一病毒中鼻病毒占比最高,为42.43%(14/33)。其他病毒占比依次为细小病毒B19占18.18%(6/33),博卡病毒为15.15%(5/33),冠状病毒229E为6.06%(2/33),人偏肺病毒、乙型流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒、冠状病毒OC43和NL63均为3.03%(1/33)。7例鼻病毒与其他病毒混合感染。对21份鼻病毒阳性样本进行V...     

2019年湖北省武汉市儿童呼吸道合胞病毒感染临床特征及流行病学分析

目的分析2019年湖北省武汉市呼吸道合胞病毒(RSV)引起儿童急性呼吸道感染(ARTI)的流行病学特征,总结其临床特点。方法收集2019年因ARTI在武汉儿童医院治疗的患儿鼻咽拭子标本。采用直接免疫荧光法检测样本中的RSV,根据临床资料进行流行病学分析。结果 2019年武汉市ARTI患儿中RSV阳性率为8.41%,不同年龄段患儿检出率差异有统计学意义(P<0.05),且RSV的检出率随患儿年龄增加而逐渐降低。男性患儿中的检出率高于女性患儿(P<0.05)。RSV在1-2、12月检出率最高,在5-7月检出率最低。患儿临床表现主要为咳嗽、发热、喘息。部分患儿可出现其他并发症,如肝功能异常、癫痫、心律失常、中耳炎等。RSV与其他呼吸道病毒的混合感染率为2.81%,主要为副流感病毒3型及腺病毒。结论 RSV是武汉市儿童ARTI的常见病原,流行时间为12月至次年2月,患儿年龄越小越容易被感染。RSV易与副流感病毒3型及腺病毒发生混合感染。     

2019-2020年北京市顺义区呼吸道感染住院儿童病原体检测分析

目的 了解2019-2020年北京市顺义区呼吸道感染住院儿童中常见呼吸道病原体的变化特点,为儿童呼吸道疾病防治提供依据.方法 收集2019-2020年北京市顺义区医院儿科呼吸道感染住院患儿病例信息.采用Excel 2007汇总患几年龄、性别、呼吸道病原体(立克次体、肺炎支原体、呼吸道合胞病毒、肺炎衣原体、甲型流感病毒、...