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相似文献
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1.
目的:分析蛋白EgG1Y162-2通过不同长度接头序列连接后形成的肽段四聚体蛋白EgG1Y162-2(4)的氨基酸序列特征,明确其理化性质及三级结构,预测并对比经不同长度柔性接头连接后其优势抗原表位变化,为增强重组疫苗免疫原性选取最理想的linker序列。方法:利用生物信息学方法选择GSGGSG、GGGGSGGG和GSGGSGGGSGGSGGG 3种linker序列进行连接设计EgG1Y162-2(4)重组蛋白疫苗。在线软件ProtParam分析其理化性质;SOPMA在线数据库对设计有不同linker序列的重组蛋白二级结构进行预测分析;I-TASSER在线软件预测所设计重组疫苗的三级结构,并使用SYFPEITHI、IEDB等软件对其T/B细胞抗原表位进行预测。结果:经预测通过GSGGSG、GGGGSGGG、GSGGSGGGSGGSGGG 3种linker序列连接的EgG1Y162-2(4)均是稳定蛋白且具有亲水性并得到其二级结构特点。设计的重组疫苗EgG1Y162-2(4)通过生物信息学方法预测得知通过GSGGSG连接的EgG1Y162-2(4)中α螺旋占8.50%,β-转角占16.67%,无规则卷曲约占40.48%,延伸链约占34.35%,该蛋白有8个T/B联合表位,前后串联的EgG1Y162-2蛋白不仅能够正常折叠,且与EgG1Y162-2蛋白相比T/B抗原表位未发生偏移。三级结构显示通过linker序列GSGGSG串联的4个蛋白EgG1Y162-2均能正常表达,而通过GGGGSGGG、GSGGSGGGSGGSGGG串联的蛋白EgG1Y162-2(4)表位发生了一定程度右移。结论:利用GSGGSG 6个氨基酸连接EgG1Y162-2蛋白构成的EgG1Y162-2(4)的T/B联合表位高度重合,表位未发生迁移说明蛋白EgG1Y162-2(4)通过这种方式连接后几乎未对EgG1Y162-2蛋白优势表位造成影响,并通过重复蛋白表位数增强疫苗免疫应答效果,制备有效的棘球蚴病表位疫苗。  相似文献   

2.
目的 :构建细粒棘球绦虫疫苗候选分子EgA31重组质粒 ,表达及纯化EgA31 GST融合蛋白 ,为疫苗的研究奠定基础。方法 :PCR扩增EgA31cDNA ,将得到的cDNA经限制性内切酶酶切 ,然后亚克隆入pGEX 5X 3质粒 ,转化BL2 1宿主菌 ,IPTG诱导重组质粒的表达 ,亲和层析纯化表达产物 ,Bradford法测定重组蛋白含量 ,用SDS PAGE和Westernblot进行分析鉴定。结果 :SDS PAGE显示分离纯化的EgA31 GST融合蛋白为 4 5kDa ,测序检验重组质粒中EgA31cDNA序列正确。EgA31 GST融合蛋白免疫豚鼠得到的抗血清可与细粒棘球绦虫原头蚴总蛋白在 6 6kDa处特异性反应。结论 :EgA31 GST融合蛋白获得高效表达 ,并成功纯化 ,初步实验证明具有良好的免疫原性 ,可用于进一步疫苗的免疫注射实验  相似文献   

3.
目的:应用生物信息学方法预测H1N1亚型流感病毒血凝素Th和B细胞相关抗原表位,并初步分析其抗原性,为研制H1N1亚型流感病毒的表位疫苗奠定基础.方法:依据近年流感病毒流行趋势,从GenBank下载具有代表性的H1N1亚型流感病毒HA蛋白氨基酸序列.进行生物信息学综合分析预测,获得Th和B细胞相关抗原表位,并比较其保守性和特异性.通过Balb/c小鼠H1N1亚型流感病毒阳性血清与表位肽的结合试验,初步鉴定候选表位抗原性.结果:综合多项预测及空间构像模拟结果,我们获得了三条候选Th和B细胞表位,分别为HA_(73~87)、HA_(125~139)、HA_(188~205).候选表位处于H1N1亚型流感HAI蛋白序列上相对保守的区域内,且与目前流行的H1N1亚型流感病毒HA相应区域具有较好的一致性.而不同候选表位在BMB/e小鼠H1N1亚型流感病毒阳性血清反应中显示了不同抗体结合能力,预示了其成为功能表位的可能.结论:所筛选的表位具有成为H1N1亚型流感病毒HA Th和B细胞相关抗原表位的可能.此研究为深入揭示流感病毒感染与免疫机制,H1N1亚型流感功能表位认知及表位疫苗研究奠定了基础.  相似文献   

4.
目的运用免疫信息学技术预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的B细胞、细胞毒性T淋巴细胞(CTL)和辅助T(Th)细胞的抗原表位。方法从NCBI数据库检索SARS-CoV-2蛋白序列,根据抗原性≥0.5和氨基酸数≥100进行筛选,最终的蛋白序列用于后续的抗原肽的预测。用蛋白质结构预测软件Phyre2进行三维结构的预测、蛋白质模型结构的细化软件GalaxyRefine优化蛋白的三维结构,最后用蛋白质结构同源建模SWISS-MODEL系统对优化后的结构进行准确性评估。蛋白序列用于CTL、Th细胞和线性B细胞抗原肽预测,三维结构用于结构性B细胞抗原预测。免疫表位数据库和分析资源(IEDB)预测SARS-CoV-2的CTL和Th细胞抗原表位,B细胞线性抗原肽预测软件Bepipred Linear Epitope Prediction 2.0和B细胞结构抗原肽预测软件ElliPro-Epitope prediction based upon structural protrusion分别预测B细胞线性和结构抗原肽。结果从NCBI数据库获得了27个SARS-CoV-2的蛋白序列,去掉抗原性0.5和氨基酸数100的蛋白质后,最终选定9个蛋白进行后续抗原肽预测。最终获得了24个CTL、20个Th细胞、12个B细胞线性表位和16个B细胞结构表位。结论获得的抗原表位可用于后续多表位疫苗的设计,相较于只针对单种蛋白靶点的抗原表位而言,多靶点抗原表位具有更强的免疫原性,这些抗原表位对SARS-CoV-2疫苗而言,具有一定的参考价值。  相似文献   

5.
本文应用生物信息学技术预测结核分枝杆菌潜伏感染相关蛋白Rv2004c的抗原表位,为结核病的诊断和疫苗研发筛选合适的抗原靶位。通过Blast分析发现Rv2004c蛋白与人类蛋白的同源性较低;采用DNAStar软件包中的Protean软件分析其二级结构、亲水性、抗原性、柔韧性及表面可能性,预测该蛋白有10个候选B细胞抗原表位;应用RANKPEP及SYFPEITHI法预测该蛋白有37个候选Th细胞抗原表位,主要位于第200位氨基酸之后,其中HLA-DRB1*0401及HLA-DRB1*0701表型相对的表位数目较多且某些候选表位的主要组织相容性复合体(MHC)限制类型存在交叉重叠;应用SYFPEITHI法、BIMAS法及NetCTL法预测该蛋白有10个候选细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位,其中以HLA-A2限制性表位数目较多、分值较高。由此得出结论:Rv2004c蛋白含有较多潜在的T细胞和B细胞抗原表位,可作为新的结核病诊断试剂和疫苗研发的候选靶蛋白。  相似文献   

6.
目的 筛选问号钩端螺旋体(简称钩体)属特异性外膜蛋白OmpL1和LipL21有效T和B细胞联合抗原表位,为研制多抗原肽(multiple antigenic peptide,MAP)疫苗提供基础.方法 采用生物信息学方法预测OmpL1和LipL21分子中T和B细胞联合抗原表位.采用PCR扩增候选联合抗原表位片段并分别构建其噬菌体展示系统.分别以rOmpL1或rLipL21、黄疸出血群赖株、钩体患者抗血清为一抗,采用Western blot检测各抗血清与目的表位的免疫反应性及其强度.结果 通过抗原表位预测,选择了高分值的4个OmpLl和2个LipL21联合表位.经扩增获得了预期的各抗原表位片段,各目的表位序列均准确插入噬菌体PⅢ蛋白N端并有效表达.各抗血清均能识别上述6个联合表位.其中LipL21的97~112和176-184表位对任一抗血清均显示相似强度的杂交条带.综合4个OmpL1表位对3种抗血清的不同Western blot结果及其实际意义,杂交信号从强到弱依次为173~191、87~98、297~320和59~78表位.结论 所研究的6个联合表位均分别为LipL21和OmpL1的有效抗原表位,其中LipL21的97~112、176~184和OmpL1的87~98、173~191表位可应用于钩体MAP疫苗研制.  相似文献   

7.
目的:运用生物信息学相关软件,预测欧洲女贞花粉主要过敏原Lig v 1 的理化性质和结构,为Lig v 1 重组表达系统的选择和过敏原性改造提供参考。方法:查询文献获得Lig v 1 的氨基酸序列,运用生物信息学软件分析其理化性质(ProtParam)、信号肽(SignalP 4.1 Server)、跨膜区(TMHMM Server v.2.0)、二级结构(GOR4)、MHC域类抗原表位(NetMHC域2.2 Server)、B 细胞抗原表位(ProteanTM 5.01)以及系统发生树(MEGA 6)。结果:Lig v 1 在大肠杆菌中稳定性较好,不存在信号肽与跨膜区;二级结构中无规则卷曲占大多数;Lig v 1 潜在MHC域类抗原表位为30 ~44 区域;B 细胞抗原表位既具有连续的氨基酸序列,也具有不连续的氨基酸序列;Lig v 1 与欧洲白蜡以及木犀榄的同源蛋白进化距离最近。结论:大肠杆菌是适合重组Lig v 1 的表达系统,Lig v 1 抗原表位分析为低过敏原性改造提供参考。  相似文献   

8.
为了研究细粒棘球绦虫EgA31重组蛋白的抗原性 ,作者将细粒棘球绦虫 6 6kDa抗原的cDNA克隆EgA31 3′端 5 0 0bp碱基片断亚克隆入pGEX 5X表达质粒 ,构建EgA31 GST重组蛋白原核表达系统 ,所制备的重组蛋白免疫豚鼠获得抗血清 ;免疫试验表明该抗血清可识别EgA31 GST重组蛋白及细粒棘球绦虫 6 6kDa抗原 ,也可与多房棘球蚴、犬复孔绦虫、犬钩虫、日本血吸虫的成虫虫体总蛋白 6 6kDa抗原分子发生交叉反应 ,提示EgA31抗原分子在上述虫体中均有存在  相似文献   

9.
目的:提高蓝耳病毒NSP7基因的表达水平和促进其可溶性表达,验证重组蛋白的免疫学活性,为猪繁殖呼吸综合征血清学鉴定奠定基础。方法:通过同源性分析软件分析28株NSP7基因的保守性,抗原表位预测网站预测NSP7蛋白的抗原表位,可溶性表达预测网站分析NSP7基因可溶性表达概率,随后挑选保守性高的NSP7基因进行密码子优化并合成,最后利用SDS-PAGE探究重组蛋白表达产物存在的形式和表达的最佳条件,Western blot和ELISA探究重组蛋白的免疫学活性。结果:蓝耳病毒NSP7基因较保守,抗原表位较多,经过密码子优化后以可溶性形式表达; SDS-PAGE分析表明重组蛋白的相对分子质量约为49 k D,最佳表达条件为34℃0. 8 mmol/L IPTG 7 h; Western blot和ELISA结果显示纯化的蛋白具有免疫学活性。结论:重组蛋白以可溶性形式表达且具有免疫学活性,为PRRSV血清学鉴定奠定基础。  相似文献   

10.
目的:预测H5N1亚型禽流感病毒血凝素Th和B细胞相关抗原表位,并初步分析其抗原性.方法:依据近年H5N1亚型禽流感病毒流行趋势,下载得到相关HA蛋白氨基酸序列.进行生物信息学综合分析预测,获得Th和B细胞相关抗原表位,并比较其保守性和特异性.通过BALB/c小鼠和SPF鸡H5N1亚型禽流感病毒阳性血清,初步鉴定候选表位抗原性.结果:综合多项预测及空间构象模拟结果,我们获得了三条候选Th和B细胞表位,分别为HA141~155、HA206~223、HA302~316.候选表位处于H5N1亚型禽流感HA1 蛋白序列上相对保守的区域内,且与目前流行的H5N1亚型禽流感病毒HA相应区域具有较好的一致性.而不同候选表位在BALB/c小鼠和SPF鸡H5N1亚型禽流感病毒阳性血清反应中显示了不同抗体结合能力,预示了其成为功能表位的可能.结论:所筛选的表位具有成为H5N1亚型禽流感病毒HA Th和B细胞相关抗原表位的可能.本研究为深入揭示流感病毒感染与免疫机制,H5N1亚型禽流感功能表位认知及表位疫苗研究奠定了基础.  相似文献   

11.
目的 利用生物信息学预测髓样分化蛋白-2(myeloid differentiation protein-2,MD-2)的B细胞抗原表位,为MD-2特异性抗体的制备提供实验基础。方法 采用多种生物软件和互联网服务器,以单参数(亲水性、抗原性、可及性及可塑性)预测为基础,二级结构预测初步筛选,抗原指数最终确定的方法预测MD-2的B细胞抗原表位。结果 96~110序列(RGSDDDYSFCRALK)的亲水性和抗原指数(AI=0.043)显著高于其他候选片断;65~76序列(YIPRRDLKQLYF)和107~117序列(ALKGETVNTTI)的A1分别为0.0063和0.0036。结论 96—110序列(RGSDDDYSFCRALK)是MD-2的B细胞优势抗原表位。  相似文献   

12.
目的 筛选幽门螺杆菌(Hp)尿素酶B亚单位(UreB)分子中的抗原表位,为研制多抗原肽(MAP)疫苗奠定基础。方法 采用生物信息学技术对UreB的T细胞和B细胞表位进行预测和分析。构建ureB基因原核表达系统,Ni-NTA亲和层析法提纯目的重组表达产物rUreB,常规皮内免疫法制备兔抗血清。选择UreB主要T细胞和B细胞联合表位肽并构建其噬菌体展示系统,PEG/NaCl沉淀法提纯重组噬菌体,SDS-PAGE鉴定目的重组PⅢ蛋白(rPⅢ)。分别以商品化抗跏全菌IsG和rUreB抗血清为一抗,采用Western blot对上述表位肽进行鉴定和筛选。结果 与GenBank中相关序列比较,所克隆的ureB基因核苷酸和氨基酸相似性分别为96%~99.5%和96%~100%。rUreB表达量约为细菌总蛋白的52%,提纯后仅见单一蛋白条带。预测的4个主要表位肽UreB230、UreB322、UreB479和UreB527在M13噬菌体中获得成功表达,采用不同一抗的Westernblot均显示相似的阳性结果,但UreB322和UreB527反应强度明显高于UreB230和UreB479。结论 本研究成功地构建ureB基因高效原核表达系统和UreB主要T细胞和B细胞联合表位肽噬菌体展示系统。所采用的生物信息学技术可有效地预测抗原表位。UreB322和UreB527是UreB有效抗原表位,可作为幽门螺杆菌MAP疫苗的候选表位。  相似文献   

13.
目的 使用生物信息学方法预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白(S蛋白)的结构特点,并预测可能的B细胞和T细胞表位。方法 从NCBI数据库中获取SARS-CoV-2的S蛋白氨基酸序列,通过蛋白质基本性质分析工具ProtParam分析S蛋白的理化性质;利用综合性序列工具软件Lasergene和蛋白质二级结构分析软件SOMPA分析S蛋白二级结构;蛋白质同源物/类似物Y识别引擎Phyre2和分子图像观察软件Rasmol构建并分析S蛋白三级结构;B细胞表位预测工具ABCpred、 BepiPred和BcePred预测S蛋白的B细胞抗原表位;利用免疫表位数据库IEDB预测S蛋白的T细胞抗原表位。结果S蛋白由1273个氨基酸组成,理论等电点为6.24,原子组成为C6336H9770N1656O1894S54,属于稳定亲水性蛋白。Lasergene软件的Gramier-Robson方法预测显示:α螺旋占23.5%、 β折叠占53.7%、转角区域占14.9%、无规则卷...  相似文献   

14.
目的:基于新型冠状病毒(SARS-CoV-2)全病毒或Spike蛋白作为免疫原可能存在的无关抗原表位干扰,筛选鉴定优势保护性抗原表位,构建候选多价表位疫苗。方法:以免疫信息学确定诱导主要中和抗体、激活细胞免疫应答的细胞保护性抗原表位,以Raptor X、trRosetta预测蛋白疫苗的二级、三级结构,并对候选蛋白疫苗进行二硫键的设计及对接分析,以C-ImmSim服务器模拟预测分析多表位疫苗的免疫原性和免疫应答。结果:实验筛选了Spike蛋白免疫原性强的B细胞表位,具有高保守性和人群覆盖度广的IFN-γ、IL-4阳性的Th表位及CTL表位,计算模拟验证了疫苗的免疫应答特性。结论:信息学分析结果初步显示候选表位疫苗具有良好的平衡体液免疫和细胞免疫应答能力。  相似文献   

15.
 目的 原核表达单纯疱疹病毒1型(HSV-1) 糖蛋白D(gD)主要抗原表位区,纯化融合表达蛋白并对其进行鉴定。方法 用Lasergene7.0中Protean软件对HSV-1 gD氨基酸序列进行抗原表位预测和分析,筛选出gD主要抗原表位区(gD MED),人工合成该区域cDNA序列,构建原核表达载体pET-GST-gD MED;将重组质粒转化大肠杆菌(E.coli)BL21(DE3) pLysS,用异丙基-β-D-硫代吡喃半乳糖苷(IPTG)诱导表达,通过GST?Bind 纯化试剂盒对gD MED融合蛋白进行纯化;Western blot对gD MED融合蛋白的免疫活性进行分析。结果 HSV-1 gD在266~394区域富含抗原表位,人工合成了该区域的cDNA序列,并成功构建了原核表达载体pET-GST-gD MED;gD MED融合蛋白主要以可溶形式表达,分子质量约为45 ku,纯度能达95%;Western blot结果显示,gD MED融合蛋白能与感染HSV-1患者的血清发生特异结合。结论 成功表达和纯化了具有良好抗原性的HSV-1 gD MED融合蛋白,为HSV免疫诊断试剂盒和基因工程疫苗的研制奠定了基础。  相似文献   

16.
目的:利用重叠延伸PCR合成风疹病毒E1基因的抗原肽段,构建其原核表达载体并表达蛋白,为进一步获得高质量的rE1重组抗原肽奠定基础。方法:利用软件对风疹病毒E1基因进行生物信息学分析,根据大肠杆菌密码子偏爱性对其密码子进行优化;设计多对寡核苷酸引物,以重叠延伸PCR法合成相应抗原肽段,克隆后测序鉴定。再以酶切连接的方法将合成的抗原肽序列克隆导入原核表达载体pET32a;利用IPTG诱导抗原肽段的表达,SDS-PAGE和West-ern blot法分析表达产物。结果:经过6轮重叠延伸PCR扩增,成功获得与预期目的序列一致的风疹病毒E1基因抗原肽并构建获得重组质粒pET32-rE1;在37℃下分别以终浓度为1 mmol/L和0.5 mmol/L的IPTG诱导抗原肽表达,SDS-PAGE和Western blot法检测到预期的蛋白条带;且以IPTG终浓度为1 mmol/L诱导6 h后表达量最高。结论:成功合成了密码子优化的风疹病毒E1基因抗原肽段,构建其原核表达载体pET32-rE1并表达该抗原肽。  相似文献   

17.
目的构建尘螨Ⅱ类变应原Der f2和Der p2嵌合基因文库,并进行生物信息学分析。方法用PCR分别扩增Der f2和Der p2,扩增产物等量混合后用DNaseⅠ酶解;回收50~100 bp的片段,连续3轮无引物PCR,以Der f2基因的特异性引物进行有引物PCR,扩增片段连接于pUCm-T载体并转化E.coli DH-5α,随机挑取60个单菌落测序,应用生物信息学进行序列比对分析和抗原表位预测(包括T和B细胞抗原表位)。结果获得的10个重组子其编码蛋白不仅呈现新的Th细胞表位,也减少了B细胞表位。结论成功获得Der f2和Der p2嵌合基因文库,为后期筛选和制备高免疫原性和低变应原性的高效尘螨哮喘疫苗奠定了基础。  相似文献   

18.
目的通过对PSME的生物信息学分析,更多的了解该基因及蛋白结构与功能的相关信息。方法运用生物信息学方法分析PSME基因结构,序列及其编码蛋白的理化性质和结构与功能特征,蛋白相互作用网络以及抗原表位。结果用ExPASy的Computer PI/Mw、SMART等软件对其氨基酸序列进行分析,该蛋白的PI值为6.38,相对分子质量约为78 000。二级结构中α螺旋(H)占34.66%,β折叠(E)占12.93%,无规卷曲占52.41%。PSME信号肽位于1~22位氨基酸,150~248位为肽酶结构域,639~703位为转铁蛋白受体二聚体,且含有多个糖基化位点。通过DNA Star软件分析得到了PSME蛋白的抗原表位。结论利用生物信息学预测出的结构和功能信息,能为PSME蛋白的相关研究提供信息基础。  相似文献   

19.
苹果过敏原Mal d4蛋白抗原表位预测及交叉反应分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的:预测苹果过敏原Mal d 4蛋白B细胞和T细胞抗原表位,探讨Mal d 4蛋白与其同源蛋白之间的交叉反应性.方法:以苹果过敏原Mal d 4蛋白的氨基酸序列为基础,采用生物信息软件HNN预测二级结构;运用DNAStar和Bcepred软件预测其B细胞抗原表位,用NetMHCⅡ、NetMHCⅡpan、Syfpeithi及Propred软件综合预测T细胞抗原表位;采用Clustal X1.83、Swiss-Model软件比对同源序列和模拟空间构象.结果:该蛋白二级结构以无规则卷曲为主.B/T细胞共同抗原表位的区域为53~61、85~93.苹果Mal d 4蛋白与桃、芒果、甜樱桃、草莓中的前纤维蛋白氨基酸序列同源性达88%以上,空间构象相似.结论:苹果过敏原Mal d 4蛋白与桃、芒果、甜樱桃和草莓的前纤维蛋白之间可能存在交叉反应,其优势抗原表位区域可能为53~61、85~93,是后续过敏原改造的重点,为继续深入开展苹果过敏原基础性研究提供理论依据.  相似文献   

20.
目的:筛选和鉴定干燥综合征特异性α-胞衬蛋白(α-Fodrin)的抗原表位.方法:采用蛋白质计算机分析软件预测α-胞衬蛋白的抗原决定簇,设计8条重叠蛋白片段序列,应用GST融合表达系统原核表达该系列融合蛋白.通过Western blot实验检测融合蛋白片段的抗原性,并对抗原性片段以外的序列片段进行融合表达和检测,最终确定抗体所识别的部位.结果:8条重叠融合蛋白片段均有抗原性,最小片段以外序列的表达片段检测不具有抗原性.结论:α-胞衬蛋白的第1~59位氨基酸是其抗原表位区域,为进一步研究α-胞衬蛋白在干燥综合征中的作用机制和应用奠定了基础.  相似文献   

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