线粒体基因组的研究——Ⅰ.猪肝线粒体基因组的限制性内切酶图谱

猪肝线粒体DNA 经限制性内切酶BamHI、BglI、EcoRI 和PstI 水解分别切成5、3、3和4个片段,对这些片段的分子量进行了测定.EcoRI 片段的顺序是以复制位移环(D-环)为基准通过部分水解产物的电泳和电镜分析确定的。BamHI、BglI 和PstI 的切割位点则根据双酶水解产物的分析,参照EcoRI 位点进行定位,从而得到了由15个片段组成的物理图谱。猪肝线粒体DNA 的分子量为10.40×10~6道尔顿,有15.76千碱基对。     

几种鱼肝线粒体基因组的研究

我们用简易方法提纯了武昌鱼、乌鱼、草鱼和白鲢肝脏线粒体(mt)DNA。武昌鱼mt DNA经五种限制酶BamHI、BglⅡ、BglI、EcoRI和HindⅢ单酶完全酶解分别产生2、2、3、3和3个片段。乌鱼肝mt DNA用EcoRI、BamHI、pstI和BglⅡ单酶解分别得到1、2、2和2个片段。草鱼mt DNA亦作相应的酶解。所有各片段经琼脂糖凝胶电泳测定出它们的分子量(MW):武昌鱼肝mt DNA的MW10.2×10~6道尔顿,长约16.6kb;乌鱼肝mt DNA MW9.99×10~6道尔顿,长16.2kb;草鱼mt DNA的分子量10.13×10~6,长16.22×10kb。用七对限制酶双酶全酶解构建出武昌鱼mt DNA五种限制酶图谱。用六对限制酶双酶解构建出乌鱼mt DNA四种限制酶图。以酵母线粒体15S rRNA为探针对武昌鱼、白鲢鱼和乌鱼mt DNA12S rRNA基因进行了初步定位。     

用PCR扩增和克隆鸡传染性贫血病毒全基因组DNA

根据已发表的序列,分别在鸡贫血病毒(CAV)环形基因组DNA(全长2.3kb)的EcoRI位点和BamHI位点的两侧选择适当序列合成两对引物,用PCR技术,从斑点杂交检测到病毒核酸的CAV感染的MDCC-RP1细胞基因组DNA中,分别扩增出包含EcoRI和BamHI分割开的病毒基因组两部分(1.5kb和0.8kb)约1.5kb和约1.25kb的两个片段.再将其中相应序列拼接克隆进pUC18载体,获得包含CAV全基因组序列DNA片段的克隆质粒pCAV2.4.酶切分析表明,该质粒具有预期的BamHI位点、PstI位点、HindⅢ位点,而预期的EcoRI位点消失.重组质粒插入DNA片段的两端序列分析表明,质粒pCAV2.4是包含CAV全基因组序列的重组质粒,插入DNA片段序列中的EcoRI位点序列发生了一个碱基突变.     

达乌尔鼠兔和高原鼠兔肝脏线粒体DNA的限制性内切酶图谱的比较研究

达岛尔鼠兔肝细胞线粒体DNA(mtDNA),经限制性内切酶HindI、HindII,EcoRI和BamHI酶切后分别产生5、4、3、2个片段。通过琼脂糖凝肢电泳对这些片段进行测定,并画出其酶切图谱。高原鼠兔肝细胞mtDNA经限制性内切酶EcoR I和BamH 1酶切后,分别产生4、2个片段,对其片段的分子量也进行了测定。测定结果,达乌尔鼠兔肝细胞mtDNA的分子量为10.25MD(兆道尔顿)．大小为16.25kbp(千碱基对);高原鼠兔肝细胞mtDNA的分子量为9.31MD,大小为l5.066kbp。并对两种鼠免的限制性内切酶片段进行了比较讨论。     

武昌鱼肝线粒体DNA限制性内切酶酶解图谱与12SrRNA基因的初步定位

武昌鱼肝线粒体(mt)DNA经六种限制性内切酶BamHI,BgⅢ,BgⅡ,EcoRI,HindⅡHpall单酶完全酶解分別得到2,2,3,3,3和7个片段。用琼脂糖凝胶电泳测得各个酶解片段的长度和分子量,经计算该mtDNA长约16.6kb,分子量10.2×10~6道尔顿(dalton)。用七对限制酶双酶全酶解,构建出五种限制性内切酶图谱。以酵母线粒体15SrRNA基因为探针对武昌鱼肝mtDNA中的12SrRNA基因进行初步定位。     

雀形目10种鸟类线粒体的DNA变异及分子进化

采用14种限制性内切酶（Apa I、BamHI、Bgl Ⅱ、EcoRI、EcoRV、HindⅢ、HpaI、KpnI、PstI、PuvⅡ、SalI、ScaI、XbaI和XhoI）对雀形目3科10种鸟类（蒙古百灵、喜鹊、小嘴乌雅、白腰朱顶雀、锡嘴雀、朱雀、红腹灰雀、灰腹灰雀、红交嘴雀和黄喉Wu）进行限制性片段长度多态分析（RFLP分析）。结果表明：雀形目鸟类基因组大小存在遗传多态性,不同类群在酶切类型上表现出各自的特点,雀形目鸟类与非雀形目鸟类在线粒体DNA的进化速率有着相同的特点,化石记录的地质年代与线粒体DNA分子时钟记录的年代有着惊人的吻合,这两个互为独立事件的统一,提示线粒体DNA作为分子进化的良好工具。     

棉铃虫核多角体病毒基因库及其物理图谱

本文报道棉铃虫核多角体病毒DNA经限制性内切酶BamHI酶解,琼脂糖凝胶电泳分离,得到大小不同的11种片段。所得片段与BamHI酶解的pBR_(322)质粒DNA进行体外重组并转化大肠杆菌LE392菌株。根据菌落杂交和插入片段的分子量等鉴定,证明获得11个插入了病毒DNA片段的重组质粒,但其中两个大片段克隆的分子量比原片段小。通过限制酶EcoRI和BamHI酶解片段的交叉吸印杂交及用~(32)p标记的克隆片段与病毒DNA酶解片段杂交等方法,构建了病毒基因组BamHI的物理图谱。杂交结果表明,病毒基因组主要由独特的序列组成。     

鹅源腺病毒基因组DNA物理图谱的构建

将鹅源腺病毒Y81G4株全基因组DNA的HindⅢ酶切片段分别插入质粒pUC18, 成功构建了全基因组DNA文库.在此基础上,将重组质粒携带的插入片段切出、回收并分别用地高辛标记后作为探针,与经限制酶BamHI、EcoRI、PstI、Eco RV消化的病毒基因组DNA进行Southern Blotting,杂交结果经比较综合后获得了该病毒基因组DNA的HindⅢ、Ba mH I、EcoR I、PstI、EcoR V限制性内切酶的物理图谱.利用已发表的含有鸡EDS76病毒AA-2 株基因组DNA右末端的重组质粒pBE42作为探针,与本病毒两末端重组质粒进行Southern Blo tting,根据同源性杂交结果确定了本病毒基因组DNA物理图谱与EDSVAA-2株相应的方向. 本病毒基础因组DNA物理图谱的精确构建,为进行基因组结构分析,筛选复制非必需区,构建禽腺病毒载体打下了基础.     

应用聚合酶链反应突变和克隆HIV-lgag基因片段

作者设计并合成了一对突变引物PGO1和PGO2,分别在两引物中设计了两个突变点,使突变后基因含有EcoRI、BamHI和ATG及TAA序列,以便于HlV-1gag基因序列的定向克隆和表达。用PCO1和PGO2作引物,采用PCR方法从HIV-1基因组DNA中扩增出一个长504bp的DNA片段,用EcoRl和BamHI双酶切位点将此片段定向克隆入pUC19质粒。将克隆基因插入M13mp18进行DNA序列分析,结果表明,该基因序列及读框完全正确,且在其5′末端突变出EcoRI位点和ATG起始码,3′末端突变出TAA终业码和BamHI位点,从而为该基因的表达研究奠定了基础。     

太湖新银鱼线粒体DNA物理图谱及分析

采用改进的碱裂解法制备太湖新银鱼线粒体DNA,构建其PvuⅡ、BamHI、X hoI、SalI、EcoRI和PstI等6种限制性内切酶的物理图谱。比较了鲑形目3种鱼的线粒体DNA物理图谱,根据限制性位点差异法计算它们之间的遗传距离, 利用UPGMA聚类分析法构建分子聚类图,结果表明:红点鲑属与大西洋鲑先聚在一起,再与太湖新银鱼相聚,前两者间遗传距离为12.33%,亲缘关系较近,太湖新银鱼与这两者间的遗传距离为21.36%,亲缘关系较远,表明银鱼科与鲑科分离较早。 Abstract:The mitochondrial DNA(mtDNA)from Neosalanx taihuensis Chen was prepared by the improved alkaline lysis procedure.The cleavage sites map of six kinds of restriction endonucleases(PvuII,BamHI,XhoI,EcoRI and PstI)was determined.The physical maps of mtDNAs from N.taihuensis Chen,Salvelinus taxa and Salmo salar were analyzed.Genetic distances between mtDNAs were calculated by the formula of Nei and Li(1979).Phylogenetic reconstruction method,UPGMA,was used to analyze the genetic relationships and the molecular dendrogram was established and revealed:the genetic distance between Salvelinus taxa and Salmo salar is 12.23% and that between N.taihuensis Chen and Salvelinus taxa-S.salar is 21.36%.Thisc indicates that Salangidae diverged from Salmoninae earlier.     

鲤鱼、鲫鱼肌细胞线粒体DNA的限制性内切酶酶切图谱比较

鲤鱼肌细胞线粒体DNA经限制性内切酶Bam HI和Eco RI酶切后,皆被切成3个片段;鲫鱼肌细胞线粒体DNA经上述两种限制性内切酶酶切后,皆被切成2个片段。通过琼脂糖凝胶电泳对这些片段进行测定,并分别画出它们的酶切图谱。鲤鱼肌细胞线粒体DNA的分子量约为10.50×10~6道尔顿,有16.99千碱基对;鲫鱼肌细胞线粒体DNA的分子量约为9.40×10~6道尔顿,有15.21千碱基对。     

氧化硫硫杆菌pTt54质粒的限制性酶切分析及其在大肠杆菌中的克隆

对pTt54质粒进行了限制性酶切分析,实验证明pTt54质粒上有一个EcoRI切点和一个Sau3Ai切点,无BamHI、BclI,BglII、HindIII,Sall、XhoI、Kpnl、PvuII、Pstl切点。绘出了该质粒的酶切图谱,分子量为2.14Kb。pTt54质粒分别通过EcoRI位点和BamHI位点与pBR 325质粒重组,得到了重组质粒pSDT541和pSDT542,这两个质粒均可作为氧化硫硫杆菌遗传信息转移系统的载体。     

大麦DNA单限制性酶切选择性扩增多态性技术及其优化

建立和优化了大麦DNA单限制性酶切选择性扩增多态性技术体系(SADF).分别用限制酶PstI、EcoRI和MseI酶切大麦基因组DNA,再与各自相应的人工接头连接,使用带三个选择碱基的引物进行选择性扩增.结果表明:采用分别优化建立的标准PCR扩增检测体系,六个识别碱基的PstI和EcoRI的SADF均能得到丰富稳定的带形,四个识别碱基的MseI不能得到明显谱带.SADF扩增产物片段大小范围为:PstI一般在200～2000bp,而EcoRI在200～1000bp;两者在不同大麦品种中均能检测到多态性,可用于不同大麦品种的检测,但PstI得到的带型明显优于EcoRI,在大麦中得到的片段具有范围宽、分布均匀、易于观察、多态性高等特点。 Abstract:A method named selective amplification DNA fragments (SADF) using single restrictive enzyme was established and optimized in barley.The barley genome DNA was first restricted into fragments of varied length with PstI,EcoRI and MseI respectively,then ligated with synthetic adapters.The ligated sets of fragments were used as templates for PCR amplification.Ideal amplification results could be obtained with different amplification procedure for PstI and EcoRI.Except MseI,both PstI and EcoRI could obtain abundant and reproducible bands,but SADF of PstI was more suitable for barley studies because of wider,more recognizable and polymorphic distribution of bands.     

条纹斑竹鲨线粒体DNA的研究

用6种限制性内切酶分析了4条条纹斑竹鲨的线粒体DNA(mtDNA)。PstⅠ、Hpa Ⅰ、XbaⅠ、EcoRⅠ、EcoRⅤ、BglⅡ在条纹斑竹鲨mtDNA分子上分别具有0至2个切点, mtDNA分子大小为16.6kb,根据单酶和双酶完全酶解片段的大小,构建了条纹斑竹鲨mtDNA 的限制性酶切图谱。 Abstract:Mitochondrial DNA(mtDNA)form 4 samples of Chiloscyllium plagiosum was analyzed by 6 kinds of restriction.The number of cleavage sites were as follow:2 for HpaI,XbaI and EcoRI respectively;1 for BglII and EcoRV respectively;None for PstI.Molecular size of mtDNA was found to be 16.6kb.According to analysis of single and double enzyme cleavage,the map of restriction enzyme was constructed.     

龙葵叶绿体ATP合酶α-亚单位基因的克隆

本研究以菠菜叶绿体DNA 2.45kb的SalI片段(含有ATP合酶α-亚单位基因)为探针,从龙英叶绿体DNA BamHI片段文库中筛选出含龙葵叶绿体atpA基因的克隆。通过Southrcn吸印与探针杂交,证明了重组质粒pSB 132的插入片段含有atpA基因。同时将atpA基因定位在龙葵叶绿体DNA SalI、BglI、XhoI和BamHI 4种酶切图谱的限制性片段上。     

含质粒复制起始区ori44的苏云金芽胞杆菌解离载体的构建

将苏云金芽胞杆菌转座子Tn4430的解离酶识别位点res分别插入克隆载体pRSET B和pUC19得到质粒pBMB1201和pBMB1202。这两个质粒分别经BamHI/Hin dⅢ和EcoRI/HindⅢ双酶切回收含res位点的小DNA片段,与穿梭载体pHT3101经EcoRI/HindⅢ双酶切后加收的含大肠杆菌复制起始区、氨苄青霉素抗性基因和红霉素抗性基因的3．3kb片段连接,获得重组质粒pBMB1203。封闭pBMB1203两res位点外的BamHI和EcoRI位点后,得到解离载体pBMB1204。将来源于苏云金芽胞杆菌库斯塔克亚种YBT－1520的质粒复制起始区ori44片段插入pBMB1204的两res位点之间,得到解离穿梭载体pBMB1205。该解离载体插入壮观霉素抗性基因后电转化无晶体突变株,在辅助质粒所提供的解离酶作用下可发生解离消除抗性基因,解离频率为100％,解离后的质粒稳定性为93％。利用解离穿梭载体pBMB1205可在用抗性筛选到转化子后特定消除抗性标记基因和其它非苏云金芽胞杆菌DNA片段。     

乙型肝炎病毒ayw亚型基因在大肠杆菌细胞中的克隆与表达

将克隆的乙型肝炎病毒(HBV)ayw亚型基因组DNA插入到质粒pBR322的EcoRI位点,经DNA分子杂交和限制性酶切分析表明,阳性重组体含有HBVDNA,方向为5′末端近BamHI位点,在大肠杆细胞中,插入片段能表达HBcAg和HBeAg及微量的HBsAG。     

中红侧沟茧蜂多分DNA病毒基本特征研究

本文首次报道中红侧沟茧蜂 (Microplitismediator)雌蜂卵巢中存在多分DNA病毒 (MicroplitismediatorPlolyd navirus,MmPDV) ,初步研究了MmPDV形态和基本生理生化特征。利用蔗糖密度梯度超速离心分离纯化了MmPDV粒子 ,电镜负染显示PDV粒子分三段 ,带有一明显的尾部结构 ,大小约为 130× 35nm ;SDS PAGE电泳条带较多 ,至少可以分辨出 2 6个电泳条带 ,表明病毒粒子衣壳蛋白复杂 ;琼脂糖凝胶电泳显示MmPDV基因组至少由大小不同、丰度不等的 14个DNA分子组成 ,用 6种内切酶 (EcoRI,HindIII,BssHII,PstI,BamHI,BglI)酶切MmPDV基因组后 ,估算出MmPDV基因组大小约为 10 8kb。用雌蜂输卵管萼液注射小地老虎幼虫 ,注射后的小地老虎体重和龄期发育动态表明 ,MmPDV具有抑制寄主生长发育的生理功能     

薄荷伪造桥虫多角体病毒及其核酸的限制性内切酶酶解分析

本文描述了从薄荷伪造桥虫(Argrogramma agnata stgr.)幼虫分离到的一种核型多角体病毒的形态以及采用简便的方法提取的核酸,经限制性内切酶 EcoRI,BamHI,HindⅢ,BglⅠ,BglⅡ和BglⅠ+BglⅡ,BamHl+EcoRl 酶解,获得该病毒核酸的酶解带谱。以入 DNA 的 EcoRl 酶解片段在凝胶中的迁移率与相应 DNA 片段分子量的对数值作标准曲线。从曲线上求得薄荷伪造桥虫多角体病毒核酸酶解各片段的分子量.此病毒核酸的平均分子量为108.51×10~6道尔顿。     

蓖麻蚕基因组中5S DNA的组织

用Southern方法研究了蓖麻蚕(Attacus ricini)5S核糖体RNA (5S rRNA)的基因在基因组中的组织情况。5S rRNA基因以顺向串联的多拷贝形式组成了5S DNA家族。家族的每个成员(5S DNA的重复单位)的大小为260bp(碱基对),即由120bp的基因区和140bp的空间区顺序所组成。在5S DNA的家族中没有限制性内切酶EcoRI、BamHI、PstI和BglⅡ的切点。限制性内切酶MboI、Hhal在每个重复单位中有一个切点,都是位于基因的顺序中。5S DNA重复单位的空间区顺序是不均一的,这一点可由限制性内切酶Hae Ⅲ和Alu Ⅰ切点的不规则分布而得以揭示。