16S rDNA克隆文库法分析小龙虾肠道细菌多样性

利用16S rDNA克隆文库法对小龙虾肠道共生细菌进行系统发育分析。采用细菌16S rDNA通用引物以小龙虾全肠DNA为模板扩增共生细菌的16S rDNA并建立基因文库,对得到的基因序列进行系统发育分析。结果表明,从小龙虾肠道共得到24个不同的16S rDNA序列,系统发育分析表明这24个16S rDNA序列代表的克隆分别与柠檬酸杆菌属、拟杆菌属、梭菌属、Anaerorhabdus furcosa、Haloplasma、希瓦菌属、巨型球菌属、中慢生根瘤菌属、Brachymonas、Sinanaerobacter、Cyanobium、丹毒丝菌属菌株的16S rDNA序列最为接近,相似性为83.6%～99.4%。小龙虾肠道内细菌资源丰富,且肠道细菌在小龙虾食物消化过程中发挥一定作用,而16S rDNA克隆文库法在反映小龙虾肠道中主要微生物的物种组成,特别是样本中优势微生物类群上具有一定优势。     

超高温大曲细菌微生物群落结构的研究

采用构建细菌16S rRNA基因文库研究郎酒超高温大曲中细菌群落结构。随机挑选58个阳性克隆子进行测序分析。结果表明,大曲内细菌群落组成较为简单,主要分布于芽孢杆菌科和高温放线菌科;将序列相似度大于或等于97%的定义为同一个OTU(Operational taxonomic units),可分为6个不同的OTUs。其中,枝芽孢杆菌属(Virgibacillus)和高温放线菌属(Thermoactinomyces)为优势种群,占全部克隆子的比例分别为44.83%和43.1%;其他类群包括芽孢杆菌属(Bacillus)和葡萄球菌属(Staphylococcus)。     

土壤中降解烟碱细菌多样性研究

为了解烟草根围土壤中可降解烟碱细菌的多样性,采用0.1％的烟碱为唯一碳源和氮源的无机盐培养基,从云南省普洱、玉溪、曲靖、楚雄、大理五个地区59个土样中分离得到302株降解烟碱细菌;16S rDNA序列分析结果表明,302株菌分属厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌 门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)四大类群,分别与数据库中已知的节杆菌属(Arthrobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、微球菌属(Micrococcus)、纤维单胞菌属(Cellulomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、短状杆菌属(Brachybacterium)、根瘤菌属(Rhizobium)、中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、剑菌属(Ensifer)、两面神菌属(Janibacter)、鞘脂杆菌属(Sphingobacterium)、Balneimonas具有较高的相似性.其中节杆菌属、芽孢杆菌属和类芽孢杆菌属为土壤中降解烟碱细菌的优势菌属.     

基于高通量测序对宜宾芽菜中细菌群落结构分析

目的:研究宜宾芽菜发酵过程中细菌微生物多样性。方法:采用Illumina高通量测序技术对芽菜样本中所有细菌的16S V1-V3区进行测序,应用QIIME软件和Mothur软件分析和统计样品序列数目、OUT数量,并进行聚类分析。结果:宜宾芽菜发酵过程中6个阶段的样本共获得204997条有效序列,优化后有效序列数为41703条,共9202个OTU分类;主要细菌类群为Firmicutes(厚壁菌门)下的Bacillus(芽孢杆菌属),Bacteroidetes(拟杆菌门)下的Flavobacteriaceae(黄杆菌属)和Sphingobacterium(鞘脂杆菌属),Proteobacteria(变形菌门)下的Sphingomonas(鞘脂单孢菌属)、Acidovorax(嗜酸菌属)、Chromohalobacter(色盐杆菌属)和Pseudomonas(假单胞菌属)以及Actinobacteria(放线菌门)下的Arthrobacter(节杆菌属)。结论:宜宾芽菜发酵过程中细菌菌群处于动态变化中,随着发酵的进行,部分细菌逐渐减少或消失,优势细菌趋于稳定。     

酒鬼酒成熟糖化料细菌的分离和系统发育多样性分析

采集酒鬼酒成熟糖化料样品,采用纯培养法以3种基础分离培养基分离样品中的细菌(含放线菌),采用16S rRNA基因序列分析法对分离菌株进行发育多样性分析。用营养琼脂(nutrient agar)、LA(Luria-Bertani agar)和海洋琼脂(marine agar)培养基进行分离,得到82个细菌菌株。根据菌落形态、细胞形态和革兰氏染色实验结果,去除部分冗余,最终得到47个代表性菌株。系统发育分析结果表明,所得47个代表性菌株分属于细菌域(Bacteria)的5个大的系统发育类群/门(phylogenetic group/phylum),近半数菌株(23株,48.9%)属于厚壁菌门,其中优势菌群为芽孢杆菌科(Bacillaceae)的芽孢杆菌属(Bacillus),共有11个分离菌株(23.4%)。这47个代表性菌株可以归为31个不同物种,且大多数与它们的系统发育关系最密切的已知物种的典型菌株之间存在一定的遗传差异,16S r RNA基因序列相似性处于96.52%～99.73%之间。其中有2个菌株(JSM 2032011,JSM 2032014)与其系统发育关系最密切的已知物种的典型菌株之间的16S rRNA基因序列相似性较低,可能代表潜在的新分类单元(potential new taxa)。菌株JSM 2032011与假单胞菌属(Pseudomonas)的Pseudomonas hunanensis LVT的系统发育关系最密切,但它们之间的序列相似性较低(97.54%);菌株JSM 2032014与赖氨酸芽胞杆菌属(Lysinibacillus)的Lysinibacillus jejuensis N2-5T的系统发育关系最密切,它们之间的序列相似性只有96.52%。而且这2个菌株在系统发育树上在各自的簇群中形成了独立的进化分支。因此,菌株JSM 2032011和JSM2032014可能分别代表了假单胞菌属和赖氨酸芽胞杆菌属的潜在新种(potential new species)。以上结果表明,酒鬼酒成熟糖化料分离的细菌具有较高的类群多样性和物种多样性,且蕴含着一些新的微生物类群/物种。     

山西老陈醋大曲细菌群落结构及多样性研究

山西老陈醋是以大曲为发酵剂,自然固态发酵的传统酿造食品。大曲中的微生物在其发酵过程中起重要作用。为了分析山西老陈醋大曲细菌群落结构及多样性,提取山西老陈醋大曲样品总DNA,应用Miseq高通量测序平台结合16S rDNA序列分析大曲细菌群落结构。大曲中的细菌种类丰富,包括:厚壁菌门、变形菌门、放线菌门和拟杆菌门,其中厚壁菌门和变形菌门为优势菌门,分别占大曲总细菌的69.67%和29.17%,放线菌门及拟杆菌门仅占大曲总细菌的0.86%和0.28%。厚壁菌门上仅检测到杆菌纲,主要包括乳杆菌属(32.82%)及芽孢杆菌属(29.45%)。在变形菌门上检测到γ-变形菌纲,主要包括泛菌属(27.36%)和不动杆菌属(0.80%)。放线菌门与拟杆菌门结构简单,分别检测到放线菌纲和黄杆菌纲,属水平上分别检测到糖多孢菌属(0.59%)和黄杆菌属(0.27%)。本研究揭示了山西老陈醋大曲细菌群落结构,为明确山西老陈醋微生物酿造机理提供基础数据。     

浓香型白酒窖池中细菌群落结构的研究

为探究浓香型白酒窖池中细菌群落结构和多样性变化，采用HiSeq高通量测序技术，对6个窖池样品中的细菌16S rRNA基因V3～V4区进行测序分析，比较了窖泥和酒醅中的细菌物种组成和丰度，解析了窖泥和酒醅中共有的细菌物种和关键差异物种，探究了浓香型白酒窖池中潜在的关键细菌菌种。研究结果表明，3个窖泥样品共注释到1 009个OTUs,主要分布于厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidete),其中厚壁菌门菌株的丰度超过了60%;3个酒醅样品共注释518个OTUs,主要分布于厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)。窖泥样品中的细菌物种总数和多样性均高于酒醅样品，窖泥样品中关键的细菌菌种主要来自梭菌属(Clostridium IV)、岩石单胞菌属(Petrimonas)、沉积物棒菌属(Sedimentibacter)、嗜蛋白菌属(Proteiniphilum)和喜热菌属(Caloramator);酒醅样品中关键的细菌菌种主要来自乳杆菌属(Lactobacillus)、丙酸杆菌属(Propioni...     

清香型大曲细菌群落结构的比较分析

通过构建细菌16SrRNA基因文库、RFLP指纹图谱分析、测序和系统发育学分析,分别对汾酒清茬曲、后火曲和红心曲的细菌群落结构进行比较。结果表明,清香型3种大曲细菌均分属于芽孢杆菌纲、放线菌纲及变形菌纲,但具体种属组成存在一定差异,其中清茬曲的优势细菌菌群为乳杆菌属和葡萄球菌属(占全部克隆子的比例分别为37.78%,22.22%);后火曲的优势细菌菌群为乳杆菌属、葡萄球菌属、芽孢杆菌属、魏斯氏菌属(占全部克隆子的比例分别为35%,16.67%%,16.67%,13.33%);红心曲的优势细菌菌群为乳杆菌属、芽孢杆菌属、高温放线菌属(占全部克隆子的比例分别为26.67%,28.89%,17.78%)。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析玉米内生细菌多样性

为了调查玉米内生细菌种类多样性。应用高通量测序技术测定玉米内生细菌的16S rDNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和Alpha多样性,以及物种丰富度的差异。本研究获得用于分析的有效序列和OTU数为96334/156;稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。玉米(样品名YM)的Chao1指数为156.0,Shanno多样性指数为1.211。玉米内生细菌分布于以下6个属:鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,37.78%)、盐单胞菌属(Halomonas,33.33%)、假单胞菌属(Pseudomonas,13.33%)、希瓦氏菌属(Shewanella,6.67%)、甲基杆菌属(Methylobacterium,4.44%)、土地杆菌属(Pedobacter,4.44%);玉米内生细菌优势菌属为鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,37.78%)、盐单胞菌属(Halomonas,33.33%)。Illumina Mi Seq高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供了更加准确、科学的数据资源。     

自然发酵的岭南桑葚果酒的细菌多样性分析

目的:基于高通量测序分析不同自然发酵周期的岭南桑葚果酒的细菌分布特征。方法:采集广州永和镇创鲜果桑采摘园的6个月短时发酵桑葚新酒(STF)和18个月长时发酵桑葚陈酒(LTF),提取其发酵全液总的生物DNA,进行16S rRNA细菌保守区域扩增、纯化和测序。下机后通过专业的生物学分析软件对测序数据进一步加工,包括物种注释、聚类分析、潜在生物功能预测分析、多样性分析等。结果:高通量测序获得新酒和陈酒的平均细菌Tag 数目分别为126 126个和127 401个,平均OTUs 数目分别为746个和789个,经物种注释,主要为变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、蓝细菌门、放线菌门、Epsilonbacteraeota、酸杆菌门、浮霉菌门、芽单胞菌门和绿弯菌门10个菌门,以拟杆菌门分枝杆菌属、变形菌门雷拉内拉菌属、变形菌门弯曲菌属、厚壁菌门链球菌属、变形菌门不动杆菌属、变形菌门慢生根瘤菌、变形菌门拉尔斯顿尼亚菌属、变形菌门帕拉伯克霍尔德菌属、拟杆菌门拟杆菌属和放线菌门的分枝杆菌属为主,其中新酒中的拟杆菌门分枝杆菌属显著高于陈酒(P<0.05),变形菌门不动杆菌属显著低于陈酒(P<0.05)。结论: 不同发酵周期的桑葚果酒细菌具有不同丰富度的微生物群落多样性和差异化的菌群组成结构,功能预测分析显示LTF样本菌群中与免疫疾病、心血管疾病、发育、信号分子及相互作用等相关基因功能序列增加,提示桑葚果酒发酵时间过长,增加了产品的食用安全风险。     

山西太子滩温泉土壤放线菌多样性及功能基因筛选的研究

收集太子滩温泉周围的4份土壤样品,用6种分离培养基对土壤中的细菌进行分离,再通过分析16S rRNA基因序列对分离菌株进行初步分类鉴定。采用PCR技术和琼脂糖凝胶电泳检测放线菌是否具有抗生素生物合成基因NRPS、PKS I、PKS II。从4个土壤样品中共分离出104株放线菌,主要分布于放线菌域的3目5科12属,包括链霉菌属（Streptomyces）、微杆菌属（Microbacterium）、壤霉菌属（Agromyces）等;菌株M6W4-7-2与发表菌株Streptomyces ruber NRRC 14600T的16S rRNA基因序列相似性为98.58%,可能为链霉菌科链霉菌属的潜在新种。太子滩温泉附近土壤有着丰厚的放线菌资源,且放线菌的抗生素合成基因的阳性率较高,具备从中发现放线菌新物种及新抗生素的潜力。     

基于荧光定量PCR和高通量测序技术的葡萄园土壤细菌群落结构多样性分析

土壤细菌在葡萄园生态系统中起着重要作用,具有十分重要的生态功能。以贵州镇远葡萄园基地根际、非根际土壤为研究对象,在对土壤的基本理化指标及酶活检测的基础上,采用荧光定量PCR(Q-PCR)和Illumina Miseq高通量测序技术对葡萄园根际和非根际土壤的细菌菌群结构进行分析。结果表明,葡萄园根际土壤细菌16S r RNA基因的拷贝数在1.38×108~1.17×109copies/g之间,高于非根际土壤。Illumina Miseq高通量测序显示,葡萄园根际土壤细菌呈多样性分布且优势菌群突出,主要涵盖了变形菌门(Protecbacteria),放线菌门(Actinbacteria),酸杆菌门(Acidobacteri),厚壁菌门(Firmicute),绿弯菌门(Chloroflexi),蓝藻门(Cyanobacteria),泉古菌门(Crenarchoeo),拟杆菌门(Bacteroidetes),芽单胞菌门(Gemmatimonadete),硝化螺旋菌门(Nitrospirae)。其中变形菌门和放线菌门为优势菌群,两者相对丰度之和占到了53.33%~67.28%。葡萄园根际土壤的主要优势细菌属包括乳球菌属(Lactococcus),节细菌属(Arthrobacter),Candidatus nitrososphaera,亚硝化螺菌属(Nitrososphaera),热单胞菌属(Thermomonas),Phycicoccus,泛菌属(Pantoea),芽孢杆菌属(Bacillus),埃希氏杆菌属(Escherichia),鞘脂单胞菌属(Sphingomonas),和溶杆菌属(Lysobacter)。α多样性分析表明,不同位点的根际土壤细菌多样性比较接近,而根际土壤细菌多样性低于非根际土壤。冗余分析(RDA)进一步分析表明,葡萄园土壤细菌群落多样性与土壤养分及酶活存在不同程度的相关关系,群落结构多样性受多种因素的影响。     

高通量测序分析食用玫瑰花瓣内生细菌多样性

目的:比较食用玫瑰与观赏玫瑰花瓣内生细菌群落结构差异。方法:应用高通量测序技术测定食用玫瑰(SM)和观赏玫瑰(GM)花瓣内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和Alpha多样性,以及物种丰富度的差异。结果:本研究获得用于分析的有效序列和OTU数为17 401/27(SM)、11 143/24(GM);稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。SM和GM样品的Chao1指数分别为34.0和25.667,Shannon多样性指数分别为1.269和0.649。观赏玫瑰花瓣内生细菌的优势菌属为埃希氏菌属(34.48%)、无色杆菌属(13.79%)、寡养单胞菌属(13.79%);食用玫瑰花瓣内生细菌的优势菌属为Faecalibacterium属(25.53%)、无色杆菌属(17.02%)、瘤胃球菌属(14.89%)。地发菌属、冷杆菌属、瘤胃球菌属为食用玫瑰特有,在观赏玫瑰中未检测到。结论:食用玫瑰与观赏玫瑰花瓣内生细菌菌群存在差异,高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供准确、科学的数据资源。     

广西烟草内生细菌的动态分布及其对烟草疫霉的拮抗作用

从广西百色市的9个烟草品种中分离出470株内生细菌菌株,经常规细菌鉴定方法和16S rDNA序列分析,获得的菌株分别属于肠杆菌属(Enterobacter)、沙雷氏菌属(Serratia)、芽孢杆菌属(Bacillus)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、寡养单胞菌属(Stenotro-phomnas)和假单胞菌属(Pseudomonas),其中土壤杆菌属和肠杆菌属为烟草内生细菌中的优势种群。烟草内生细菌的类群和数量随烟草种植地点、品种、器官和生育期的不同而不同。烟草内生细菌在根部数量最多,其次是茎和叶。内生细菌的总量从缓苗期到旺长期增加,之后显著下降。从470株烟草内生细菌菌株中筛选出对烟草疫霉有拮抗作用的菌株56株,其中芽孢杆菌菌株Y10的抑制效果最好,抑制率达91.48%,室内盆栽防治效果为68.72%。     

利用非培养技术研究古井贡酒大曲中的细菌群落结构

淡雅型白酒古井贡酒大曲中的微生物群落结构一直未在分子水平上得到解析。本文采用构建16s rDNA克隆文库的非培养方法对古井贡酒中温大曲和高温大曲进行细菌群落结构及其多样性研究。所有克隆菌株归为36个OUT,分别属于厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和一些未培养菌类,其中厚壁菌门占多数。总体来说,中温大曲明显要比高温大曲细菌多样性更丰富一些。高温大曲的菌种相对比较单一,绝大多数为高温放线菌Thermoactinomyces sanguinis,而且仅存在于高温大曲中,占到高温大曲表面菌群的79.5%,高温大曲曲心菌群的98.5%。中温大曲的两个样本差距比较大。样本S1的优势菌为枝芽孢菌属(Virgibacillus sp.),占85.3%,另外还有少量的未培养菌类(12.9%)。中温大曲S2的细菌多样性比较丰富,优势菌属为乳杆菌属Lactobacillus(25.2%)、葡萄球菌属Staphylococcus(14.3%)、芽孢杆菌属Bacillus(13.4%)和各种未培养菌类(16.8%)。古井大曲中存在大量潜在新种,需要进一步鉴定。     

霉豆渣细菌多样性解析及基因功能预测

采用高通量测序技术解析霉豆渣中细菌多样性,通过PICRUSt软件进一步对细菌类群的基因功能进行了预测。结果发现:霉豆渣中细菌主要隶属于Proteobacteria(变形菌门,46.50%)、Firmicutes(硬壁菌门,38.80%)、Bacteroidetes(拟杆菌门,12.62%)和Actinobacteria(放线菌门,1.81%);优势菌属分别为Acinetobacter(不动杆菌属,17.27%)、Pseudomonas(假单胞菌属,10.38%)、Brevundimonas(短波单胞菌属,4.03%)、Stenotrophomonas(寡养单胞菌属,3.05%)、Comamonas(丛毛单胞菌属,2.52%),Enterococcus(肠球菌属,1.09%)、Bacillus(芽孢杆菌属,11.60%)、Brevibacillus(短芽孢杆菌属,2.41%)、Lysinibacillus(赖氨酸芽胞杆菌属,21.15%),Wautersiella(沃特氏菌属,8.68%)、Sphingobacterium(鞘氨醇杆菌属,2.17%)和Nocardia(诺片氏菌属,1.36%);有8个OTU(operational taxonoxic unit)在所有的霉豆渣样品中都存在,占OTU总数的0.59%,包含的序列数占总序列数的9.35%;有711个OTU仅在1个霉豆渣样品中存在,占OTU总数的52.47%,包含的序列数分别占总序列数的6.34%;PICRUSt分析发现霉豆渣中细菌类群具有较强的碳水化合物的运输与代谢和氨基酸的转运与代谢。由此可见,霉豆渣中蕴含了丰富的微生物群系,且不同样品间细菌类群的差异较大。     

西沙野生诺尼果内生菌的分离与鉴定

采用传统微生物学分离培养方法对我国海南西沙野生诺尼果内生菌进行分离与鉴定研究。计数结果显示,成熟野生诺尼果内生菌菌落总数达1.0×105CFU/g,其中真菌总数为8.0×103CFU/g。进一步在25²8℃下分离得到22株细菌、14株酵母菌和9株霉菌,分别采用16S rDNA、26S rDNA D1/D2区和ITS rDNA序列进行扩增和系统发育分析。结果表明,(1)22株内生细菌分属于α变形菌纲(α-Proteobacteria)、β变形菌纲(β-Proteobacteria)、γ变形菌纲(γ-Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria)5个类群,包括亚西亚菌属(Asaia sp.)、黄杆菌属(Flavobacterium sp.)、伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia sp.)、泛菌属(Pantoea sp.)、根瘤菌属(Rhizobium sp.)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus sp.)、短小杆菌属(Curtobacterium sp.)、藤黄色杆菌属(Luteibacter sp.)8个属的10个已知种;(2)14株酵母分属于担子菌门(Basidiomycota)和子囊菌门(Ascomycota),包括隐球酵母菌属(Cryptococcus sp.)、Pseudozyma sp.、Sympodiomycopsis sp.和假囊酵母属(Eremothecium sp.)4个属的5个种;(3)9株霉菌均属于子囊菌门(Ascomycota),包括枝孢属(Cladosporium sp.)、轮层炭菌属(Daldinia sp.)、赤霉菌属(Gibberella sp.)、Nemania sp.和青霉属(Penicillium sp.)5个属的5个种。     

贵州省遵义地区3 个酱香型大曲细菌群落的比较分析

研究酱香型大曲主要产地遵义地区的细菌类群组成,并利用主成分分析法对这些细菌的类群和大曲的关系进行评定。样品采用454 FLX＋平台进行测序,样品中所测微生物为细菌,测序片段为16S rDNA V3～V5区,所有样品的优质序列按97%的相似度进行聚类,计算这些细菌类群的相对含量。用主成分分析法对细菌类群和大曲样品进行分析,结果显示：从3 个大曲样品中共检测出6 个门49 个属细菌,主要是厚壁菌门;样品MT01以高温放线菌属（Thermoactinomyces）34.40%、芽孢杆菌属（Bacillus）31.40%、Scopulibacillus 13.60%为主,占总量的79.40%,样品ZJ01以高温放线菌属（Thermoactinomyces）34.80%、芽孢杆菌属Bacillus 49.00%为主,占总量的84.80%,样品ZX01以高温放线菌属（Thermoactinomyces）66.10%为主;对3 个大曲样本进行主成分分析,发现棒状杆菌属（Corynebacterium）、魏斯氏菌属（Weissella）是影响样品MT01与ZJ01距离最近,ZX01相对距离较远的细菌类群。     

海巴戟天(诺尼)果内生细菌的初步分离与鉴定

首次对采自我国海南三亚市诺尼植物果实内生细菌进行初步分离与鉴定研究,相关研究为诺尼果内生菌研究奠定基础。采用传统微生物学分离培养方法对28℃培养条件下分离得到的15株细菌进行16S rDNA扩增和系统发育分析。研究表明,分离得到的15株诺尼果内生细菌分属于变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria)3个类群,包括甲基杆菌属(Methylobacterium sp.)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas sp.)、芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、节杆菌属(Arthrobacter sp.)、棒杆菌属(Corynebacterium sp.)、考克氏菌属(Kocuria sp.)和链霉菌属(Streptomyces sp.)7个属的11个已知种。研究结果表明,诺尼果中内生细菌具有较为丰富的多样性,获得了一批应用前景广泛的诺尼果内生细菌资源。     

洛阳烟区烟株根围抗烟草疫霉放线菌的筛选与鉴定

为筛选对烟草疫霉具有拮抗作用的放线菌菌株,有效防治烟草黑胫病,对洛阳烟区烟株根围土壤中分离的放线菌采用改良平板对峙法与菌丝生长速率法测定了供试菌株及其发酵液对烟草疫霉的拮抗作用,并通过形态学观察、生理生化测定及16S rDNA序列分析鉴定了优势拮抗放线菌的种类。结果表明:在获得的227个放线菌单菌落中,8个菌株的发酵液对烟草疫霉菌丝生长的抑制率达100%,被确定为优势拮抗放线菌。根据这些菌株的形态学观察、生理生化反应与16S rDNA序列分析结果,将菌株YY75鉴定为鲁萨链霉菌(Streptomyces lucensis),菌株YY124、YY135鉴定为高贵链霉菌(S. nobilis),菌株LN204、LN221、LN247鉴定为娄彻链霉菌(S. rochei),菌株SX92鉴定为珊瑚链霉菌(S. coralus),菌株SX59鉴定为金黄回旋链霉(S. aureoverticillatus),均属于放线菌门、放线菌纲、链霉菌目、链霉菌科、链霉菌属。