初烤和复烤对烟叶真菌群落结构的影响

为了解初烤和复烤环节对烟叶真菌群落结构的影响,以贵州湄潭、平坝和惠水的烟叶为研究对象,通过高通量测序技术分析不同加工阶段（初烤前、初烤后、复烤前和复烤后）烟叶的真菌群落。12个样本共检测到真菌界4个门、23个纲、71个目、196个科、445个属、724个种和1 171个OTUs。结果表明初烤和复烤前后的烟叶真菌组成存在明显差异:在属水平上,初烤前Sampaiozyma和Symmetrospora为优势属,其相对丰度分别为44.27%和21.24%;初烤后Sampaiozyma、链格孢属（Alternaria）和未分类的亚隔孢壳科（Didymellaceae）真菌为优势属,其相对丰度分别为37.87%、18.42%和12.89%;复烤前曲霉属（Aspergillus）、Sampaiozyma和根霉属（Rhizopus）为优势属,其相对丰度分别为60.82%、24.12 %和2.51%;复烤后Sampiozyma和曲霉属（Aspergillus）为优势属,其相对丰度分别为46.12%和25.78%。Sampaiozyma在4个加工阶段一直占据优势地位。      

感染白粉病烟株典型病级叶际真菌群落结构与多样性分析

为明确感染白粉病烟株的典型病级烟叶叶际真菌群落结构与多样性的变化,在同一烟株上采集3级病级烟叶(BFn)和9级病级烟叶(BFl)样品,采用Illumina MiSeq测序技术对叶际真菌群落进行高通量测序,并分析了各样品的真菌群落结构与多样性。结果表明:(1)感染白粉病3级病叶真菌群落丰富度高于9级病叶;(2)在门水平上,所有样品的优势菌门为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota);(3)在属水平上,3级病叶真菌种类远多于9级病叶,3级病叶主要菌属为高氏白粉菌属(Golovinomyces,相对丰度99.47%)、曲霉属(Aspergillus,0.16%)、红酵母属(Rhodotorula,0.13%)、链格孢属(Alternaria,0.08%);9级病叶主要菌属为高氏白粉菌属(99.43%)、曲霉属(0.54%)和链格孢属(0.01%)。因此,3级和9级病叶主要优势菌属均为高氏白粉菌属,其丰度受病情指数的影响较小。     

雪茄茄芯烟叶工业二次发酵过程中细菌与真菌群落多样性变化分析

  目的  为分析茄芯烟叶在二次发酵过程中细菌和真菌群落多样性及菌群动态变化规律。  方法  以德雪三号初次发酵烟叶为试验材料,采用细菌16S rDNA和真菌ITS1的Illumina MiSeq高通量测序技术,分析烟叶二次发酵0、5、10、15和20 d时细菌和真菌群落结构及丰度信息。  结果  发酵0 d时细菌群落Chao1、ACE和Shannon指数最高,分别为423.38、424.40和4.67;发酵10 d时真菌群落Chao1和ACE指数最高,分别为85.82、89.49。基于门水平,随着发酵时间的增加,细菌从以变形菌门（Proteobacteria）为优势转变为以厚壁菌门（Firmicutes）为主,真菌主要优势菌门为子囊菌门（Ascomycota）,相对丰度在71.61%~98.16%之间。基于属水平,葡萄球菌属（Staphylococcus）为整个发酵过程中的主要优势细菌属,在发酵15 d时相对丰度最大（91.25%）;次要优势细菌属由假单胞菌属（Pseudomonas）、马赛菌属（Massilia）等转变为芽孢杆菌属（Bacillus）、土地芽孢杆菌属（Terribacillus）;曲霉属（Aspergillus）为真菌绝对优势菌属,平均丰度达到87.40%。LEfSe分析结果表明,21种细菌在属水平上有显著性差异,6种真菌在科水平上有显著性差异。  结论  茄芯烟叶在二次发酵过程中细菌和真菌群落的丰富度和多样性随着发酵时间的增加总体呈降低趋势。在属水平上,不同发酵时间茄芯烟叶细菌和真菌群落组成结构相似,相对丰度有明显差异,Staphylococcus和Aspergillus为二次发酵过程中的主要优势菌属。      

烟草种子附生真菌群落结构与多样性

为了解烟草种子附生真菌的群落结构和多样性。采用Illumina MiSeq高通量测序技术测定K326、云烟85、L8、301种子的附生真菌。结果表明K326种子的优势属为链格孢属（Alternaria）、赤霉菌属（Gibberella）、隐球菌属（Cryptococcus）、镰刀菌属（Fusarium）及红酵母属（Rhodotorula）等;云烟85的优势属为赤霉菌属、小画线壳属（Monographella）、链格孢属、红酵母属及镰刀菌属;301的优势属为链格孢属;L8的优势属为链格孢属、曲霉菌属、镰刀菌属、赤霉菌属及隐球菌属等。      

一种未知真菌性叶斑病发病烟叶真菌群落分析

为了解贵州省福泉市一未知烟草叶斑病的病原,采用Illumina Miseq高通量测序技术分析了健康与发病烟叶真菌群落结构与多样性差异。结果表明,烟叶发病后叶际真菌群落结构改变,丰富度与多样性降低。发病烟叶真菌群落Sobs指数、Ace指数、Chao1指数和Shannon指数整体低于健康烟叶,Simpson指数整体高于健康烟叶。差异显著性分析表明,健康烟叶组样品真菌群落数在纲(p=0.027)、目(p=0.035)、科(p=0.026)、属(p=0.021)、种(p=0.029)和OTU(p=0.038)水平均显著高于发病烟叶组样品。Student’st检验结果表明,Boeremia属、红酵母属Rhodotorula和Unclassified_c_Dothideomycetes属在健康烟叶与发病烟叶中相对丰度均存在显著性差异。其中发病烟叶中Boeremia为最优势菌属,健康烟叶中红酵母属为最优势菌属。推测该未知真菌性烟草叶斑病可能是由Boeremia属真菌导致。     

烟草靶斑病叶际微生物群落结构与多样性分析

为揭示烟草靶斑病叶际真菌与细菌群落结构与多样性，利用Illumina高通量测序技术对感病与健康烟叶叶际真菌与细菌菌群组成进行测序分析。感病烟叶与健康烟叶叶际真菌主要为担子菌门（Basidiomycota）和子囊菌门（Ascomycota）两个菌门；感病与健康烟叶叶际细菌主要为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）等。在属水平上，感病烟叶的优势真菌属为亡革菌属（Thanatephorus）、Stagonosporopsis、链格孢属（Alternaria）、亚隔孢壳属（Didymella）；优势细菌属为泛菌属（Pantoea）、假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacter）。健康烟叶的优势真菌属为链格孢属（Alternaria）、异壳二孢属（Neoascochyta）、亚隔孢壳属（Didymella）、Stagonosporopsis和枝孢属（Cladosporium）；优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、泛菌属（Pantoea）、肠杆菌属（Enterobacter）。...     

再造烟叶生产过程物料微生物群落结构分析

为分析造纸法再造烟叶生产过程微生物的多样性及其分布与变化情况,以再造烟叶生产过程各物料为研究对象,采用Illumina高通量测序技术对25个物料样品的细菌16S rRNA V3-V4区和真菌ITS序列进行测序分析,获得了生产过程物料细菌和真菌丰度及群落组成情况。结果表明:①再造烟叶生产过程物料中共检测出393个细菌属和165个真菌属,其中优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、假丝酵母属（Candida）和曲霉属（Aspergillus）;②生产过程不同物料微生物群落多样性和结构存在明显差异,聚类分析显示细菌属多样性和结构变化相对较小而真菌属变化相对较大;③从萃取到制涂布液过程中,细菌乳杆菌属（Lactobacillus）相对丰度逐渐增加,而真菌假丝酵母属（Candida）相对丰度总体逐渐降低。      

基于高通量测序技术分析霉变核桃仁真菌多样性

目的:研究核桃仁在适宜霉变条件(温度25 ℃、相对湿度85%)下的真菌侵染过程，揭示其霉变过程中真菌群落的结构与真菌群落样性变化。方法:采用Illumina Miseq高通量测序方法分析核桃仁霉变过程中的真菌群落组成和多样性。结果:子囊菌门是核桃样品霉变的主要真菌门类，相对丰度在27.41%~99.98%范围，其次是担子菌门，相对丰度在0.01%~32.56%范围。在真菌属水平上，霉变过程中的主要优势种群为镰孢菌属、链格孢属、赤霉属与曲霉属。1周内核桃仁的霉变过程可大致分为Ⅰ期(0~2 d)、Ⅱ期(3~4 d)、Ⅲ期(5~7 d)3个时期，Ⅱ期与Ⅰ期相比镰孢菌属出现明显的富集，Ⅲ期与Ⅱ期相比镰孢菌属、链格孢属与曲霉属出现明显的富集，Ⅲ期与Ⅰ期相比镰孢菌属、链格孢属与曲霉属出现明显的富集。结论:核桃仁霉变过程中真菌微生物群落的变化分为3个时期，真菌多样性呈下降趋势，镰孢菌属、链格孢属与曲霉菌属是其霉变的优势真菌种群。     

生态环境和基因型对成熟期雪茄烟叶际真菌群落的影响

为了揭示生态环境和基因型对雪茄烟叶际真菌群落结构的影响,本研究采用高通量测序技术分析了2个生态环境（五指山、儋州光村）和3个基因型（M1~M3）对大田成熟期雪茄烟叶际真菌群落结构的影响。研究表明,不同基因型的雪茄烟在不同生态环境条件下叶际真菌的Shannon、Simpson、Chao1和ACE指数存在显著差异,光村生态区的烟叶样本真菌OTU数量是五指山的3.07倍,三个不同基因型的雪茄烟叶中以M.3的OTU数量最高;3大优势菌群门分别是子囊菌门、担子菌门、被孢霉门;3大优势属分别是枝孢属,桑帕氏酵母菌属、尾孢菌属;叶际真菌群落结构受生态环境、基因型以及二者的交互作用的影响,但受生态环境影响最为显著。可知,生态环境是成熟期雪茄烟叶际真菌群落的主要影响因素。      

基于高通量测序分析储藏稻谷中的真菌群落结构与优势菌属

目的：探究不同环境条件下储藏稻谷中真菌多样性与真菌群落结构的变化。方法：以湖南衡阳仓储稻谷为研究对象,在不同温度（10、20、25、30、40?℃）和环境相对湿度（43%、75%和85%）条件下进行模拟储藏,然后利用Illumina HiSeq高通量测序技术分析原始稻谷与不同储藏条件下稻谷中真菌菌群结构与优势菌属。结果：基于可操作分类单元的物种分类分析,原始稻谷及在不同温度、湿度条件储藏后稻谷中的真菌群落共计属于6?个门、24?个纲、67?个目、160 个科、285?个属、406?个种。从门水平看,原始稻谷与储藏后的稻谷中子囊菌门（Ascomycetes）为优势菌门,相对丰度为2.53%～96.86%;其次为担子菌门（Basidiomycetes）,相对丰度为0.02%～9.39%。从属水平上看,稻谷中的优势菌属有白僵菌属（Beauveria）、Ophiosphaerella、曲霉属（Aspergillus）、赤霉属（Gibberella）、链格孢属（Alternaria）、暗球腔菌属（Phaeosphaeria）、黑孢属（Nigrospora）、微座孢属（Microdochium）和假丝酵母属（Candida）。从种水平上看,优势的菌种为球孢白僵菌（B. bassiana）、O. agrostidis、黄曲霉（A. flavus）、黑曲霉（A. niger）、赭曲霉（A. ochraceus）、错综赤霉（G. intricans）、链格孢霉（A. longissimi）、小孢暗球腔菌（P. microscopica）、黑孢霉（N. oryzae）。通过Venn分析与主成分分析,发现原始稻谷样品与不同温、湿度条件下储藏后的稻谷样品中真菌群落多样性存在较大差异,不同温、湿度条件中的稻谷样品真菌群落多样性之间也存在差异。结论：相对湿度是影响A. flavus相对丰度的最重要因素,当相对湿度为85%时,A. flavus相对丰度在各储藏条件中达到最大。综上所述,本研究对仓储稻谷的安全储存条件的优化提供了理论支撑。     

烟草种子内生真菌群落结构和多样性分析

种子内生菌对种子的生长发育具有重要作用。为深入了解烟草种子内生真菌群落结构与多样性,以ITS区的rDNA为靶标序列,采用Illumina MiSeq测序技术对K326、云烟85和云烟87烟草种子内生真菌群落结构组成和多样性进行测定分析。结果表明,3个品种烟草种子共获得342 264条序列,聚类到110个分类操作单元（OTU）,分别属于5个门、13个纲、24个目、34个科、56个属。品种K326和云烟85种子内生真菌群落结构相似,多样性均高于云烟87。其中赤霉菌属Gibberella、小画线壳属Monographella、链格孢菌属Alternaria、镰刀菌属Fusarium、红酵母菌属Rhodotorula、炭疽菌属Colletotrichum、隐球菌属Cryptococcus和曲霉菌属Aspergillus等在烟草种子中丰度较高。FUNGuild功能预测结果显示,烟草种子内生真菌包括以下功能菌群：植物病原菌、动物病原菌、内生菌、木材腐生菌、地衣寄生菌、土壤腐生菌、木材腐生菌等。烟草种子有丰富的内生真菌定殖,其中潜在的有益功能菌群包括镰刀菌、炭疽菌、隐球酵母菌、赤霉菌、曲霉菌等。     

基于FUNGuild的镰刀菌根腐病发病烟株根际真菌群落研究

为了解镰刀菌根腐病发病烟株与未发病烟株在根际真菌群落结构与功能上的差异,联合应用高通量测序和FUNGuild技术研究了镰刀菌根腐病发病烟株与未发病烟株根际土壤中的真菌群落,结果表明:（1）镰刀菌根腐病发病烟株根际真菌群落的Shannon指数为4.14,而未发病烟株则高达4.71,未发病烟株根际真菌群落多样性显著高于发病烟株,镰刀菌根腐病发病烟株与未发病烟株根际土壤中的真菌群落在组成上有显著差异;（2）镰刀菌根腐病发病烟株根际真菌以病理营养型为主,占54.64%,而未发病烟株根际真菌则以腐生营养型为主,占46.10%;（3）镰刀菌根腐病发病烟株根际的病原菌相对丰度为30.73%,显著高于未发病烟株的1.12%,镰刀菌在病原菌群落中占绝对优势地位。高通量测序与FUNGuild联用可对土传病害感病烟株的根际优势病原真菌群落进行准确鉴定,可为烟草病害的防控提供科学参考。      

云南复烤烟叶不同地点醇化过程中可培养真菌种群分析

为较全面的了解云南复烤烟叶在不同地点醇化过程中真菌多样性,挖掘其中的有益微生物,提高烟草醇化品质,以复烤烟叶为试验材料,利用18S rDNA克隆测序技术,系统研究了其醇化过程中可培养真菌的种群结构。结果表明,醇化过程中,复烤烟叶叶面真菌数量除曲靖仓库在6月有所上升外,其余各地均随着醇化的进行而逐渐下降,其中曲靖和楚雄两地非常接近,元江最少;通过形态特征及18S rDNA鉴定,烟叶叶面真菌包括根霉属真菌、青霉属真菌、曲霉属真菌等24个真菌属（种）。不同地点,不同时期烟叶叶面真菌的数量、种类及优势种群不尽相同,而根霉属真菌始终为优势种群。     

健康与感染黑胫病烟株根际土壤与茎秆细菌群落结构与多样性

  背景和目的  黑胫病为烟草常见土传病害,当环境条件适宜时,土壤中的病原菌便会侵染烟株导致发病。  目的  研究感染黑胫病前后烟株根际土壤、发病茎秆以及病健交界茎秆细菌群落结构与多样性。  方法  以健康与感染黑胫病烟株根际土壤和茎秆为研究对象,通过PCR技术扩增样本中细菌16S rRNA基因的V3-V4可变区域,采用Illumina Miseq高通量测序技术对扩增片段进行测序,分析健康与感染黑胫病烟株不同部位细菌群落结构与多样性。  结果  感染黑胫病烟株根际土壤细菌群落较健康烟株丰富度增加,但多样性略有降低;发病烟株茎秆发病部位和病健交界部位的细菌群落丰富度和多样性较健康烟株均有增加,发病茎秆病健交界部位增幅显著。门水平上,变形菌门（Proteobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）以及放线菌门（Actinobacteria）等为根际土壤优势菌门,且在健康与感染黑胫病烟株中各优势菌门相对丰度无显著性差异。茎秆样品中变形菌门与蓝细菌门为优势菌门,病健交界茎秆中2者的相对丰度与健康茎秆和发病茎秆存在显著性差异。属水平上,健康与感染黑胫病烟株根际土壤中主要菌属为Candidatus_solibacter、芽单胞菌属（Gemmatimonas）和鞘脂单胞菌属（Sphingomonas）等。所有茎秆样品中优势菌属为蓝细菌（norank_c_Cyanobacteria）和劳尔氏菌属（Ralstonia）,病健交界茎秆中蓝细菌相对丰度与健康茎秆和发病茎秆差异显著。  结论  感染黑胫病后烟株各部位细菌群落结构发生改变,细菌群落多样性增加;所有样品中均检测到青枯病病原菌茄科劳尔氏菌,表明烟草黑胫病与青枯病存在混合发生的情况。因此在对烟草黑胫病防治的同时也需加强青枯病的防治。      

高通量测序解析烟草苗床期基质细菌和真菌群落结构与多样性变化

【背景和目的】烟苗的生长发育状况与育苗基质微生物密切相关,为了解烟苗育苗阶段基质细菌和真菌群落结构与多样性特征。【方法】采用IlluminaMiSeq高通量测序对育苗基质中细菌和真菌群落进行测序与分析。【结果】不同育苗阶段基质（播种后第10～66 d）真菌和细菌在菌群结构及相对丰度均存在差异。基质中优势细菌门均为变形菌门Proteobacteria(65.60%～72.80%)、拟杆菌门Bacteroidetes(16.75%～21.35%)和酸杆菌门Acidobacteria(1.38%～4.67%);优势细菌属均为德沃斯氏菌属Devosia(4.81%～14.20%)、罗河杆菌属Rhodanobacter(1.60%～6.19%)、戴氏菌属Dyella(0.38%～8.92%)等,其中,德沃斯氏菌属和罗河杆菌属在播种第66 d的相对丰度较第10 d分别降低8.6%和3.31%。播种第38 d基质细菌Shannon多样性指数和ACE丰富度指数最低,分别为7.25和1161.10;播种第24 d和66 d基质细菌Shannon多样性指数最高,分别为8.15和8.01。基质中优势真菌门均...     

基于MiSeq高通量测序技术渣豆酱微生物类群研究

该研究采用MiSeq高通量测序技术对鹤峰地区渣豆酱中细菌和真菌多样性进行了解析。结果发现,硬壁菌门（Firmicutes）为优势细菌门,芽孢杆菌属（Bacillus）和葡萄球菌属（Staphylococcus）为优势细菌属,平均相对含量分别为92.0%、56.87%和24.28%;子囊菌门（Ascomycota）为优势真菌门,青霉属（Penicillium）、耐碱酵母属（Galactomyces）和接合酵母属（Zygosaccharomyces）为优势真菌属,平均相对含量分别为82.57%、19.42%、17.09%和16.12%;经Mood-median检验发现,细菌的丰度显著低于真菌（P＜0.05）,而多样性差异不显著（P＞0.05）;经相关性分析发现,芽孢杆菌属与德巴利酵母属呈显著负相关（R=-0.997,P＜0.05）,乳酸杆菌属与念珠菌等真菌属均呈显著正相关（P＜0.05）,且相关系数均大于0.999。由此可见,鹤峰地区渣豆酱中细菌主要为芽孢杆菌属和葡萄球菌属,真菌主要为青霉属、耐碱酵母属和接合酵母属。     

基于Illumina MiSeq高通量测序分析清香型白酒酒糟微生物群落多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对清香型白酒酒糟中微生物多样性进行研究。结果表明,酒糟样品中细菌菌群的丰富度与多样性均大于真菌,细菌菌群归属于10个门、18个纲、31个目、66个科、86个属、124个种,真菌菌群归属于5个门、11个纲、20个目、33个科、49个属、66个种。优势细菌门（相对丰度≥1.0%）为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,优势细菌属为根瘤菌属（Rhizobium）、拉乌尔菌属（Raoultella）、谷氨酸杆菌属（Glutamicibacter）、红球菌属（Rhodococcus）、短波单胞菌属（Brevundimonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单孢菌属（Pseudomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、Devosia、嗜盐单胞菌属（Halomonas）、未分类-鼠杆菌属（unclassified-Muribaculaceae）、乳杆菌属（Lactobacillus）;优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）、毛霉门（Mucoromycota）及担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属为孢圆酵母属（Torulaspora）、伊萨酵母属（Issatchenkia）、横梗霉属（Lichtheimia）、根霉属（Rhizopus）、曲霉属（Aspergillus）、酵母属（Saccharomyces）。