CD24分子基因多态性与系统性红斑狼疮的相关性研究

目的:研究CD24基因单核苷酸多态性(SNP)位点rs52812045与中国汉族人群系统性红斑狼疮(SLE)的相关性。方法:采用聚合酶链反应及限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,对54例SLE患者及70例健康对照者CD24SNP位点rs52812045进行多态性检测。结果:CD24基因位点rs52812045可以检测到T/T、T/C、C/C 3种等位基因分布;系统性红斑狼疮患者和健康对照者CD24基因型T/T的频率分别为29.6%和11.5%,CD24的杂合基因型T/C的分布分别为51.9%和31.4%,基因型C/C的频率分别为18.5%和57.1%。统计学分析,SLE组CD24基因rs52812045位点T等位基因携带者显著高于正常对照组[分别为73.1%和42.9%,χ2=9.318,P<0.05,OR=2.182(1.068-4.458)],T等位基因频率显著高于对照组(分别为44.4%和27.1%,χ2=8.056,P<0.05)。结论:CD24SNP位点rs52812045与中国汉族人群SLE的发病具有显著相关性;CD24SNP位点rs52812045的T等位基因可能是SLE的易感基因之一。     

中国汉族儿童TIRAP基因单核苷酸多态性分析未显示其与结核病的易感相关

目的 探讨中国汉族儿童TIRAP基因Tag SNP位点的多态性与结核病易感性相关关系,以明确TIRAP基因在儿童结核病发病中的作用。方法 本课题组收集339名汉族儿童结核病患者,以同期查体的392名儿童作为对照,采用病例对照研究,应用高通量MassARRAY技术对于TIRAP基因的SNP位点进行基因分型研究。使用的是改进的盐析法进行基因组DNA的提取。结果 TIRAP基因的5个Tag SNPs(rs563011、rs8177400、rs1786704、rs8177375、rs8177352),除了1个SNP位点(rs563011)等位基因检出率<95%及1个(rs8177400)AA基因型在人群中的分布为0,另外3个SNPs位点(rs1786704、rs8177375、rs8177352)的等位基因、基因型以及单体型在结核病组和对照组的分布差异均无统计学意义(P>0.05)。结论 TIRAP基因多态性与中国汉族儿童结核病易感不存在相关性。     

中国汉族人群Megsin基因变异与部分多态性位点鉴定

目的：了解中国汉族人群Megsin基因变异,并对部分多态性位点进行鉴定,筛选适合IgA肾病相关研究的多态性位点．方法：从基因库中挑选部分Megsin基因不同功能区域的单核苷酸多态性（SNP）位点,应用聚合酶链式反应．限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）和直接测序的方法,鉴定IgA肾病患者和正常对照组各位点基因型,计算各位点杂合度,根据杂合度大小和疾病组与正常对照组杂合度的差别,筛选适用于IgA肾病相关研究的多态性位点．结果：在12个从基因库挑选的SNP位点中,6个在我国汉族人群中未发现具有多态性,6个具有多态性．在第5内含子发现两个新的SNP位点．在8个确实具有多态性的位点中,3个属少见多态,5个属常见多态,各SNP位点杂合度在IgA肾病组和正常对照组差异无显著性（P〉0．05）．结论：中国汉族人群Megsin基因变异与基因库中高加索人群存在较大差异,这可能与中国汉族人群对IgA肾病的高发病率具有重要联系．     

中国汉族人群2型糖尿病30个候选基因相关性分析

目的鉴定中国汉族人群2型糖尿病易感基因。方法对30个候选基因进行单核苷酸多态性(SNP)的发现、基因分型,并进行单倍型构建。对群体资料的SNP和单倍型数据进行病例-对照研究,并在77个trio家系中进行传递不平衡检验(TDT)。应用报告基因法对1个阳性SNP位点rs5210的基因表达调控作用进行分析。结果KCNJ11基因的几个SNP位点与中国汉族人群2型糖尿病相关,其中rs5219的等位基因频率,rs5210、rs2285676和rs5219的基因型频率,以及由rs5219和rs5215构成的单倍型GA的频率,在病例组和对照组间差异具有显著性(P<0·05),单倍型GA的TDT检验也具有统计学差异(P<0·05)。报告基因分析显示rs5210两个等位基因的基因表达调控作用差异具有显著性(P<0·05)。结论KCNJ11基因是中国汉族人群2型糖尿病易感基因之一。     

GSDMB和ZPBP2基因单核苷酸多态性与宁夏汉族人群系统性红斑狼疮的相关性研究

目的 分析GSDMB基因rs7216389位点及ZPBP2基因rs11557467、rs12936231位点单核苷酸多态性与宁夏汉族系统性红斑狼疮(SLE)发生的相关性.方法 采用病例-对照关联研究,利用Taqman基因分型系统检测144例SLE患者和322例正常对照者的3个SNP位点,分析组间基因型及等位基因频率的分布差异.结果 2组3个SNP位点基因型频率差异无统计学意义(P＞0.05);患者组rs11557467 T、rs12936231G、rs7216389C等位基因频率均小于对照组,但差异无统计学意义(P＞0.05).结论 GSDMB基因rs7216389位点及ZPBP2基因rs11557467、rs12936231位点单核苷酸多态性与宁夏汉族人群SLE发生无相关性.     

PSORS1C1/CDSN基因多态性与强直性脊柱炎遗传易感性关系的研究

目的 银屑病易感基因1候选基因1(psoriasis susceptibility 1 candidate 1,PSORS1C1,之前的SEEK1)的5’-UTR区域存在角膜锁链蛋白(corneodesmosin,CDSN)基因.本文探讨PSORS1C1/CDSN基因多态性与强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)遗传易感性之间的关系.方法 本研究首先针对PSORS1 C1/CDSN基因区域的16个SNP位点,采用定制的Illumina 96-SNP VeraCode microarray基因芯片,对51例AS患者DNA进行基因分型.初步筛选到AS疾病易感性相关位点后,再使用同样方法增大样本量,对200例AS患者DNA进行基因分型.最后采用Taqman基因分型方法验证两次芯片结果.结果 基因芯片结果表明rs3130983、rs3778638和rs4959053在AS和对照组中等位基因频率和基因型频率有显著差异.Taqman基因分型技术验证了基因芯片结果.说明rs3130983、rs3778638和rs4959053与AS发病有相关性.结论 PSORS1C1和CDSN基因可能是AS的易感基因.     

应用单核苷酸多态性技术筛查2型糖尿病易感基因

目的利用单核苷酸多态性(SNP)标记,在中国北方汉族2型糖尿病相关基因定位区域(1p36.33-p36.23、1q24.3-25.1及1q42.12-42.13)内寻找疾病易感基因位点以及与疾病相关的单倍型.方法通过公共SNP数据库和对样本库全基因测序寻找SNP位点的途径,在定位区域内选择了33个候选基因中的124个SNP位点,用测序法对236例北方汉族散发2型糖尿病患者及152例正常对照个体进行SNP基因分型及病例-对照关联分析,并对具显著性差异的SNP位点进行单倍型分析.结果124个SNP位点中有4个SNP位点的分布频率在病例组和正常对照组存在显著差异(P＜0.05),分别为sAC基因中的rs203849(P=0.005,OR=1.60)和rs203826(P=0.016,OR=1.60),PANK4基因中的rs7535528(P=0.028,OR=1.45)和CASP9基因中的rs884363(P=0.043,OR=1.37).在这4个SNP位点构成的组合型中发现,有2种组合型的频率分布在病例组与对照组之间差异有显著性(P＜0.001).此外,对sAC基因的单倍型分析发现,有4种单倍型与疾病发生相关.结论sAC、PANK4和CASP9基因为中国北方汉族人群2型糖尿病候选易感基因,这3个基因可能在2型糖尿病易感性上有协同作用.     

染色体20q13区域SNP与中国人2型糖尿病的相关性

目的采用单核苷酸多态性(SNP)标记,在以往所发现的中国汉族2型糖尿病相关基因定位区域(20q13)内寻找疾病易感基因位点。方法选取70例散发糖尿病病人及其正常配偶作为研究对象,通过生物信息学方法在公共SNP数据库中查找定位区域内11个候选基因的21个SNP位点,用等位基因专一性实时PCR方法进行分型,并做病例—配偶对照关联分析。结果21个SNP中有8个在中国人群中为常见SNP位点。病例—配偶对照关联分析结果显示,PRex1基因的SNP位点rs3936192的等位基因频率在2型糖尿病组和正常对照组间有显著性差异(P=0．0280)。结论上述SNP位点可能与中国汉族2型糖尿病相关,为进一步研究这一位点所在的基因与2型糖尿病的关系提供了理论依据。     

NDST3基因多态性与云南汉族精神分裂症的关联

目的 探讨欧洲人群中检测到的精神分裂症易感基因NDST3的多态性与中国汉族云南地区精神分裂症的关联性.方法 采用SNa Pshot技术对云南地区精神分裂症患者 (n=364) 和正常对照组 (n=287) 进行SNP位点rs11098403的基因分型;应用阳性和阴性症状量表 (PANSS量表) 评估精神分裂症患者的精神症状, 通过线性回归分析rs11098403多态性与精神分裂症易感性及rs11098403多态性与精神症状的关联.结果 NDST3基因rs11098403位点基因型和等位基因分布频率在病例组和对照组之间差异无统计学意义 (P>0.05) ;也与阳性症状、阴性症状和一般精神病性症状评分无关.结论 NDST3基因SNP rs11098403多态性与云南汉族精神分裂症的遗传易感无关联性.SNP rs11098403多态性与精神分裂症的关联性与欧洲人群的不同.     

宁夏汉族人群细胞色素P4501B1 SNP rs1056836分布研究

目的研究细胞色素P450(cytochrome P450)1B1基因SNP rs1056836在宁夏地区正常汉族人群中的基因型频率、等位基因频率分布特征。方法应用等位基因特异性扩增(AS-PCR)及DNA测序法对410名宁夏汉族正常成人CYP1B1rs1056836C→G位点基因多态性的分布进行测定,并应用χ2检验比较宁夏汉族人群与我国其他地区汉族人群基因频率的分布情况。结果宁夏汉族人群CYP1B1SNP rs1056836的基因型频率分别为C/C31.9%,C/G54.9%,G/G13.2%。结论宁夏汉族CYP1B1SNP rs1056836分布频率与欧美及国内其他地区人群具有显著性差异(P<0.005),并且男女之间也存在显著性差异(P<0.005)。     

环氧化酶-2基因单核苷酸多态性与中国汉族头颈部鳞状细胞癌易感性的相关性研究

目的:研究环氧合酶-2(Cyclooxygenase-2,COX-2)基因rs689466G>A和rs5275T>C位点单核苷酸多态性位点与中国汉族人群头颈癌易感性。方法:运用TaqMan-MGB基因分型方法,检测中国汉族人群中260例头颈部鳞癌患者和1 047例健康对照的rs689466G>A和rs5275T>C基因型,运用χ2检验和多因素Logistic回归等分析其与头颈癌发生的相关性。结果:纳入研究的头颈部鳞癌患者和对照组在饮酒比例上有显著差异性(P<0.001),而环氧合酶-2两个多态性的基因型频率在病例和对照组间分布并没有显著不同。进一步分层分析未能发现两位点的多态性改变与头颈部鳞癌的风险增加有关。结论:COX-2 rs689466G>A和rs5275T>C多态性可能与中国汉族人群头颈部鳞癌的发生无关。     

白细胞介素10基因单核苷酸多态性与小儿哮喘易感性的相关性研究

目的：探讨白细胞介素10（IL-10）基因3个单核苷酸多态性位点（rs1800896、rs3021097和rs3024492）与哮喘遗传易感性的相关性。方法：采用Sequenom MassARRAY-IPLEX SNP检测系统,分别对湖北省黄石地区汉族人群中200例正常健康者（对照组）和189例哮喘患者组（病例组）IL-10 3个单核苷酸多态性位点（SNP）（rs1800896、rs3021097和rs3024492）进行基因分型并分析两组间分布情况。用Hardy-Weinberg平衡对位点的基因型分布进行检验后,用χ2检验统计分析病例组和对照组基因型和等位基因的频率;采用Logistic回归模型进行计算,消除性别年龄因素对统计的影响,寻找出在病例组和对照组之间存在显著性差异的SNP位点,从而揭露IL-10多态性与哮喘之间的关联性。结果：①rs1800896位点存在G/G、G/A、A/A 3种基因型,其在病例组的分布频率为4.2%、57.1%、38.7%,在对照组的分布频率为0%、19.5%、80.5%,两组之间差异有统计学意义（P=0.001）;②rs3021097位点存在T/T、C/T和C/C 3种基因型,在病例组的分布频率为49.7%、40.8%和9.5%,在对照组的分布频率为46.5%、43.5%和10%,两组之间差异有显著统计学意义（P=0.45）;③rs3024492位点在汉族人群中只存在T/A和A/A 2种基因型,其在病例组的分布频率为4.8%和95.2%,在对照组的分布频率为5.5%和94.5%。两组之间有差异,但无统计学意义（P=0.7）。结论：在湖北黄石地区人群中,IL-10基因多态性与小儿哮喘易感性相关。其中rs1800896和rs3021097与小儿哮喘的易感性显著相关,而rs3024492与小儿哮喘的易感性不相关。     

白细胞介素-1β基因多态性与新型甲型H1N1流感的关系

目的 探讨白细胞介素-1β(IL-1β)基因单核苷酸多态性(SNP)与新型甲型H1N1流感易感性的关系.方法针对IL-1β基因5’端的4个SNP位点(rs1143623,rs1143639,rs16944,rs3917345),使用飞行时间质谱分析技术(TOF-MS)对167例H1N1流感组患者和192例健康对照组人群检测其基因多态性.结果 rs16944有A和G两种等位基因,H1N1组A等位基因频率为61.9％,对照组为49.5％,差异有统计学意义(x2=10.761,P=0.001,OR=0.602,95％CI 0.444～0.816);rs1143639有G和A两种等位基因,G等位基因频率在H1N1组中为95.5％,对照组为98.7％,差异也有统计学意义(x2=6.708,P=0.0096,OR=3.564,95％CI 1.281～9.917);其余两个位点在两组人群间无统计学意义.结论 rs16944和rs1143639位点与新型甲型H1N1流感易感性相关.     

分拣蛋白受体1基因单核苷酸多态性与散发性阿尔茨海默病相关性

目的 探讨分拣蛋白受体1（SORL1）基因多态性与散发性阿尔茨海默病（SAD）的相关性.方法 采用病例对照研究方法,选取179例SAD患者和106例正常健康对照,利用连接酶检测-聚合酶链反应（LDR-PCR）方法对5个候选SORL1基因多态位点rs985421、rs12364988、rs4598682、rs3781834和rs3781836进行基因分型,比较不同等位基因及基因型与SAD发病风险的关系.结果 SORL1基因SNPrs985421等位基因A的频率在SAD组与正常对照组之间存在显著差异（趋势检验：P=0.0044,Padj=0.022;等位基因：P=0.0023,Padj=0.012）.分层分析发现,在APOEε4等位基因非携带者中,SAD组中SORL1SNP rs985421等位基因A的频率显著高于正常对照组（OR=2.260,95％ CI=1.269～4.024,P=0.0048）.此外,logistic回归分析结果进一步揭示SORL1基因rs985421等位基因A与SAD患病风险显著相关（OR=1.968,95％ CI=1.273～3.042,Padj=0.002）.然而,在其他四个SNPs中并没有观察到任何阳性关联信号.结论 SORL1基因SNP rs985421等位基因A可能与中国人群AD发病有关,并且是非APOE ε4依赖型的独立风险等位.     

九个候选SNP位点与汉族HAPE相关性分析

目的探讨rs10932688、rs12655827、rs2017869、rs4572038、rs4984295、rs11581271、rs17052028、rs3009568、rs4906864多态性位点与HAPE相关关系。方法采用病例对照研究,选取汉族HAPE患者135例,汉族健康对照者137例。采用改良多重高温连接酶检测法检测rs10932688、rs12655827、rs2017869、rs4572038、rs4984295、rs11581271、rs17052028、rs3009568、rs4906864单核苷酸位点的多态性并行相关分析。结果 rs10932688、rs12655827、rs2017869、rs4572038、rs4984295、rs11581271、rs17052028、rs3009568的基因型频率在HAPE组和对照组之间差异均无统计学意义。rs4906864的基因型TT在HAPE组（14.8%）和对照组（0.08%）间差异有显著性（P〈0.05）,odds ratio为0.425（0.187-0.966）;等位基因T在HAPE组（38.5%）和对照组（29.9%）间差异有显著性（P〈0.05）,odds ratio为0.682（0.477-0.973）。结论 rs4906864的基因型TT和等位基因T在HAPE组和对照组间差异有显著性,可能与HAPE病理生理过程相关。     

NRG1-ErbB4基因多态性与局灶性癫痫易感性的关系

  目的  研究云南地区患有局灶性癫痫人群的神经调节因子1（Neuregulin-1，NRG1）及其受体ErbB4基因的多态现象与局灶性癫痫易感性的关系。  方法  采用癫痫病例组和健康对照组对比分析，通过Snapshot检测方法，对云南地区的70例局灶性癫痫患者、64例健康对照者进行基因多态现象检测分析，研究对象样本均来自2020年3月到7月昆明医科大学第一附属医院。  结果  发现局灶性癫痫与NRG1（SNP rs35753505, T > C）的多态现象有相关性，NRG1（SNP rs35753505, T > C）基因型（P = 0.007）和等位基因（P = 0.005）的分布差异有统计学意义（P < 0.05）。与此同时，本研究还对NRG1下游受体ErbB4的基因多态性进行分析，发现ErbB4（SNPrs839523，G > A）基因型（P = 0.026）和等位基因（P = 0.013）、（SNPrs707284，A > G）基因型（P = 0.038）和等位基因（P = 0.018）的分布差异有统计学意义（P < 0.05），并且发现SNP rs707284携带的G/G基因型OR值为3.656（95% CI = 1.160-11.525）。  结论  携带突变纯合子G/G基因型的人群患癫痫的易感性较高，NRG1-ErbB4基因多态现象可能共同参与了局灶性癫痫的发生。     

1L-22RA1基因多态性与系统性红斑狼疮发病相关性的研究

 目的探讨白细胞介素22 受体A1（1L-22RA1 ）外显子基因多态性与中国北方汉族人群系统性红斑狼疮（SLE）及狼疮肾炎（LN）发病的相关性。方法利用基因测序、聚合酶链式反应鄄单链构象多态性（PCR鄄SSCP）电泳技术对中国北方汉族人群基因单核苷酸多态性（SNP）进行筛选,通过比较基因型在SLE 病例组与健康对照组中的分布,进而研究1L-22RA1与SLE/LN 的相关性。结果在1L-22RA1基因第7 外显子处存在1 个有义SNP 位点,该位点存在3 种基因型,即C/C 型、C/G 型和G/G 型。各型在SLE 病例组和健康对照组中的分布差异无统计学意义。结论1L-22RA1外显子基因有义SNP与中国北方汉族人群SLE 的易感性可能无相关性。     

蛋白激酶Cξ亚型基因内SNP功能分析

目的对中国北方汉族人群2型糖尿病易感基因蛋白激酶Cξ亚型(PRKCZ)基因内的5个单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphismSNP)标记在疾病发生中的作用进行分析。方法通过生物信息学比对及报告基因活性测定等方法分析PRKCZ基因内5个SNP位点对基因表达的影响。结果PRKCZ基因中rs427811和rs809912位点两种等位基因重组质粒报告基因活性存在明显差异,提示这两个位点可能影响PRKCZ基因表达。结论PRKCZ基因中两个SNP位点可能通过影响基因的表达水平而在中国人2型糖尿病发生中发挥作用。     

慢白激酶Cζ亚型基因及Urotensin Ⅱ基因中各有一个单核苷酸位点与中国北方汉族人群2型糖尿病相关

目的 采用单核苷酸多态性（single mucleotide polymorphism,SNP)标记,在以往中国北方汉族人群2型糖尿病相关基因定位区域（1p36.33-p36.23)内寻找疾病易感基因位点。方法 通过生物信息学方法在公共SNP数据库中查找定位区域内10个候选基因中的23个SNP位点,用单碱基延伸反应（single base extension,SBE)法对北方汉族人群散发2型糖尿病患者（192例）及对照组（172例）进行分型及病例－对照关联分析。结果 23个SNP位点中有8个为中国北方人群常见SNP位点;对病例组和对照组分型分析显示,位于蛋白激酶Cζ亚型（PRKCZ）基因中的一个位点（rs436045)及urotensin Ⅱ（UTS2）基因中的一个位点（rs228648),其等位基因频率在两组的差异具有统计学意义9P＜0．05）。结论 上述两个SNP位点可能和中国北方汉族人群2型糖尿病相关,以上结果为进一步研究上述两个位点所在的基因与2型糖尿病的关系提供了理论依据。