内蒙古鄂尔多斯地区酸粥真菌多样性研究

以内蒙古鄂尔多斯地区的3种酸粥为研究对象,采用Illumina Miseq高通量测序技术与传统微生物学手段相结合的方法对其真菌多样性进行研究。结果表明,3种酸粥样品中存在着大量共有真菌菌群,其优势真菌主要由隶属于子囊菌门（Ascomycota）的假丝酵母属（Candida）和耐碱酵母属（Galactomyces）以及隶属于担子菌门（Basidiomycota）的毛孢子菌属（Trichosporon）构成,三者平均相对含量分别为84.30%、11.86%和3.45%;同时从3种酸粥样品中共分离出9株酵母菌,经分子生物学鉴定为茶叶籽酵母（Meyerozyma caribbica）、索拉尼假丝酵母（Candida solani）、库德毕赤酵母（Pichia kudriavzevii）、白地霉（Galactomyces candidum）、解脂耶氏酵母（Yarrowia lipolytica）和隐球酵母（Cryptococcus albidus）各1株以及近平滑假丝酵母（Candida parapsilosis）2株。     

巴彦淖尔酸粥细菌菌群多样性分析及其与风味的相关性

为解析内蒙古巴彦淖尔地区酸粥样品中细菌类群及其风味品质特征，该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对巴彦淖尔酸粥样品的细菌菌群多样性进行分析，利用电子鼻和电子舌技术对其气味和滋味品质进行检测，并对优势细菌属与风味品质之间的相关性进行研究。结果表明，酸粥样品中优势细菌门分别为厚壁菌门（Firmicutes）(88.71%)和变形菌门（Proteobacteria）(9.97%)，优势细菌属分别为乳杆菌属（Lactobacillus）(85.45%)、魏斯氏菌属（Weissella）(9.81%)和醋酸杆菌属（Acetobacter）(1.60%)，所有样品中包含7个核心操作分类单元（OTU），且Lactobacillus和Acetobacter为核心细菌属。酸粥气味特征主要体现在氮氧化合物、甲烷和萜类化合物上，滋味特征主要体现在酸味上。相关性分析表明，Acetobacter与芳香型化合物的生成呈极显著正相关（P<0.01）,Lactobacillus与氮氧化合物的生成呈显著正相关（P<0.05）,Weissella与酸粥样品的涩味呈显著负相关（P<0.05...     

基于Illunima Miseq测序技术的黄酒麦曲真菌多样性分析

该研究以采集的4个黄酒麦曲样品为研究对象,利用Illunima Miseq高通量测序技术对麦曲样品中真菌的群落结构和多样性进行解析。研究发现,Ascomycota（子囊菌门）是麦曲中的主要菌门,平均相对含量高达90.21%;曲霉属（Aspergillus）、酵母属（Saccharomyces）、横梗霉属（Lichtheimia）、根霉属（Rhizopus）、犁头霉属（Absidia）和脉孢菌属（Neurospora）为麦曲中的优势细菌属,其中曲霉菌属（Aspergillus）的平均相对含量高达68.21%。在操作分类单元（operational taxonomic unit,OTU）水平上,OTU3213、OTU3344、OTU4507、OTU623 和 OTU3471 为麦曲中的优势 OTU,其中属于Aspergillus的OTU3213平均相对含量高达64.14%。由此可知,黄酒麦曲中含有大量的核心真菌微生物。     

大竹米酒真菌群落研究及酵母菌分离鉴定

以四川省达州市大竹地区的7份米酒样品为研究对象,采用MiSeq高通量测序技术对米酒样品中真菌菌群多样性进行分析,并通过传统微生物培养技术与分子生物学手段分离鉴定米酒样品中的酵母菌。米酒中真菌群落α多样性分析结果表明,该研究的测序条件可以有效反映样品中生物信息。真菌群落结构分析表明,子囊菌门（Ascomycota）(50.11%)和毛霉亚门（Mucoromycota）(49.81%)为米酒中的优势真菌门（平均相对含量≥1%）,根霉属（Rhizopus）(49.64%)、复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）(19.93%)、酿酒酵母属（Saccharomyces）(16.58%)和威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）(11.53%)为米酒中的优势真菌属（平均相对含量≥1%）。操作分类单元（OTU）结果显示,米酒样品中含有13个核心OTU,占总序列数的86.35%,主要隶属于根霉属（49.48%）、复膜孢酵母属（19.61%）和酿酒酵母属（16.21%）。大竹米酒中可分离菌株以酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）为主,相对含量达87.5%。     

基于Illumina MiSeq高通量测序技术解析利川酱豆真菌多样性

该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对湖北省恩施土家族苗族自治州利川市酱豆样品的真菌多样性和群落结构进行解析。结果表明,利川酱豆样品中的真菌菌群隶属于3个门、15个纲、27个目、34个科、45个属,核心真菌门为子囊菌门（Ascomycota）（96.79%）和担子菌门（Basidiomycota）（2.63%）;核心真菌属为毕赤酵母属（Pichia）（37.46%）、曲霉属（Aspergillus）（29.48%）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）（3.92%）、假丝酵母属（Candida）（2.86%）、Starmerella（2.62%）、节担菌属（Wallemia）（2.19%）和镰刀菌属（Fusarium）（1.03%）,且核心真菌之间的相关性均不显著（P＞0.05）。     

龙山地区干豆豉真菌多样性研究

采用MiSeq高通量测序技术对龙山县农家自制干豆豉中真菌菌群群落结构进行研究,结果表明该地干豆豉中有核心分类操作单元(operational taxonomic units,OTU)113个,其所包含的序列占总序列数的64.68%;含量最高的核心优势真菌门为子囊菌门(Ascomycota),其次为担子菌门(Basidiomycota)和毛微门(Mucoromycota),三者累积平均相对含量高达96.32%;曲霉(Aspergillus)、假丝酵母(Candida)、毛孢子菌属(Trichosporon)、毕赤酵母(Pichia)、克鲁维酵母菌属(Kluyveromyces)、接合糖酵母属(Yamadazyma)、耐碱酵母属(Galactomyces)和米根霉属(Rhizopus)作为核心优势真菌存在于所有样品中,不同菌群相互作用共同形龙山干豆豉独特的风味。说明龙山干豆豉中真菌丰富,有待进一步发掘与保护。     

清香型白酒酿酒大曲微生物菌群多样性解析

采用高通量测序技术对清香型堡子酒酿酒大曲样品的16S rRNA V3-V4区和ITS1-ITS2区基因序列进行测序,解析大曲微生物菌群多样性。结果表明,大曲样品中的细菌、真菌操作分类单元（OTU）数分别为124、48,细菌菌群丰富度、多样性和均匀程度较真菌高。优势细菌门（相对丰度＞1%）主要有变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）等,优势细菌属（相对丰度＞1%）主要有泛菌属（Pantoea）、乳杆菌属（Lactobacillus）、雀麦属（Bromus tectorum）等。绝对优势真菌门（相对丰度＞90%）为子囊菌门（Ascomycota）,第一优势真菌属（相对丰度＞50%）为孢圆酵母属（Torulaspora）。细菌蛋白功能主要集中在氨基酸转运与代谢、转录、碳水化合物转运和代谢等;真菌共鉴定出2个营养型和2种混合营养型,以及4个单一生态功能群和9个混合生态功能群。     

孝感凤窝酒曲真菌多样性评价

采集了3个孝感凤窝米酒曲样品,使用Miseq高通量测序技术对其真菌微生物多样性进行了评价。在属水平上,相对含量＞0.5%的属分别为隶属于毛霉亚门（Mucoromycotina）的淀粉霉（Amylomyces）、小克银汉霉属（Cunninghamella）和毛霉属（Mucor）及隶属于子囊菌门（Ascomycota）的复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、曲霉属（Aspergillus）、念珠菌（Candida）、拟威尔酵母（Cyberlindnera）和接合酵母（Zygosaccharomyces）。在分类操作单元（OUT）水平上,发现26个核心OTU,包含的序列数占所有质控后合格序列数的94.32%。由此可见,孝感凤窝酒曲中的真菌微生物主要由隶属于毛霉亚门和子囊菌门的若干个真菌属构成,且米酒曲样品共有大量的核心真菌菌群。     

不同品种葡萄表皮真菌菌群的多样性分析

采用高通量测序技术对‘黑提’、‘玫瑰香’、‘阳光玫瑰’、‘红提’四种葡萄表皮真菌菌群多样性进行分析,3个门比较四种葡萄表皮真菌的多样性及差异。结果表明,四种葡萄表皮真菌群落多样性及丰富度存在差异,‘红提’表皮真菌群落多样性及丰富度均最高。真菌主要分布在子囊菌门（Ascomycota）、担子菌门（Basidiomycota）、接合菌门（Zygomycota）,威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）、镰刀菌属（Fusarium）、毕赤酵母属（Pichia）等6个属中。不同品种葡萄表皮真菌优势菌群在门水平差异相对较小,但在属水平差异较大,其中‘黑提’中的威克汉姆酵母菌属和毕赤酵母属的相对丰度远高于其他品种。相关性分析结果表明,威克汉姆酵母与毕赤酵母属明显呈正相关,且它们都与镰刀菌属呈负相关;而小画线壳属、古根菌属和镰刀菌属这三种属之间呈现明显的正相关。     

传统发酵乳制品中微生物多样性研究

为了探究传统发酵乳制品中核心菌群,本研究采用454焦磷酸测序技术对传统发酵酸牛奶、酸马奶和酸驼奶样品中微生物的群落多样性和丰度进行了分析。研究发现,在三份传统发酵乳制品中存在一定共有微生物群。这部分共有微生物的OTU(可分类操作单元)数目较少,但拥有较大比例的序列数。在门水平上,三份样品细菌和真菌菌门分别以Firmicutes(硬壁菌门)和Ascomycota(子囊菌门)为主。在属水平上,酸牛奶样品中的细菌属以Lactococcus(乳球菌属)为主,真菌菌属以Galactomyces(耐碱酵母属)为主;酸马奶样品中的细菌属以Lactobacillus(乳杆菌属)为主,真菌属以Vanderwaltozyma(范氏酵母属)为主;酸驼奶样品的优势细菌属以Lactobacillus(乳杆菌属)为主,优势真菌属以Galactomyces(耐碱酵母属)为主。在三份样品共有菌群中Lactococcus与Galactomyces、Lactococcus与Leuconostoc(明串珠菌属)的相对含量存在显著负相关(p<0.05),Leuconostoc与Galactomyces、Gibberella(赤霉菌属)与Prevotella(普氏菌属)的相对含量存在显著正相关(p<0.05)。结果表示,在三份传统发酵乳制品中存在共有微生物群落,且该微生物群群落之间存在一定相关关系。     

张家界市酸鱼细菌类群解析及其功能预测

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自张家界市的7个酸鱼样品进行了细菌类群分析,结果发现厚壁菌门（Firmicutes）为优势菌门,其平均相对含量为95.49%。优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）、四联球菌属（Tetragenococcus）和葡萄球菌属（Staphylococcus）,其平均相对含量分别为66.53%、11.77%和8.10%。发现8个核心分类操作单元中有6个注释为Lactobacillus,各有1个注释为Tetragenococcus和Staphylococcus,其中乳酸菌的累计平均相对含量达60.27%。PICRUSt技术预测酸鱼菌群功能结果表明,酸鱼中的细菌菌群在“氨基酸转运与代谢”和“碳水化合物运输和代谢”功能上表达较高,说明菌群在代谢方面的功能比较突出。由此可见,张家界地区酸鱼中蕴含了丰富的乳酸菌资源,且以Lactobacillus、Tetragenococcus和Lactococcus为主。     

高通量测序技术分析西藏不同海拔地区曲拉微生物多样性

为探明西藏不同海拔地区的曲拉中微生物群落结构差异,采用高通量测序技术对采自低海拔、中海拔、高海拔3 个组别共40 份牦牛曲拉样品进行测序。结果表明,不同组样品间微生物多样性存在差异。随着海拔高度的增加,曲拉样品中细菌菌群的多样性与丰富度都呈下降趋势,真菌菌群的多样性变化不明显,丰富度呈下降趋势。低海拔组含有细菌可操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）2 411 个、中海拔组1 391 个、高海拔组1 197 个,3 组中相同的细菌OTU有715 个;其优势菌属为乳球菌属（Lactococcus）和乳杆菌属（Lactobacillus）,平均相对丰度分别为34.0%和18.4%。低海拔组含有真菌OTU 801 个、中海拔组343 个、高海拔组399 个,3 组中相同的真菌OTU有173 个;其优势菌属为地霉属（Geotrichum）,平均相对丰度为33.8%。本研究揭示了西藏不同海拔地区曲拉中微生物群落结构多样性,为曲拉中特色微生物资源的筛选与利用提供了理论基础。     

基于高通量测序技术巴彦淖尔市酸粥中细菌多样性分析

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自内蒙古自治区巴彦淖尔市的10份酸粥样品中的细菌多样性进行解析,同时基于细菌属水平对其进行围绕中心点的划分（PAM）,并基于PICRUSt和BugBase软件对细菌的基因功能及表型进行预测。结果表明,所有酸粥样品中的细菌隶属于9个细菌门的55个属,样品间细菌多样性和丰度存在明显差异,但优势细菌门均为硬壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,优势细菌属均为乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌属（Acetobacter）。所有酸粥样品可分为两个聚类,聚类I以醋杆菌属（Acetobacter ）为主,聚类II以乳杆菌属（Lactobacillus）为主;两个聚类中细菌对于碳水化合物的利用和细菌的生长繁殖等存在显著差异（P＜0.05）,隶属于聚类I的酸粥样品中,其细菌的代谢和繁殖更加迅速。     

普洱曼歇坝咖啡干法加工初期细菌与真菌群落变化特征

目的 揭示咖啡果干法加工初期微生物群落结构变化规律,为工艺优化及发酵食品安全评估提供参考。方法 以普洱市曼歇坝干法加工咖啡果为样本,采用高通量16S rDNA和ITS扩增子测序技术分析加工初期不同时间点咖啡果细菌与真菌多样性。结果 从全部样品共获得623个细菌操作分类单元（operational taxonomic units,OTUs）和898个真菌OTUs,经物种注释分别可归入细菌的18个门、209个属以及真菌的6个门、298个属,其中只有98个细菌OTUs以及103个真菌OTUs始终存在于所有日晒阶段的咖啡果中。随着日晒时间推移,葡糖酸杆菌属、泛菌属、韦斯氏菌属会成为优势明显的细菌属,库兹曼酵母属、拉钱斯酵母属、赤霉属则会成为优势明显的真菌属。结论 咖啡果中细菌与真菌群落会随日晒时间推移而不断发生变化,其中日晒72 h是少数高相对丰度优势细菌属与真菌属形成的关键时期,也是发酵相关细菌最繁盛的时期,还同时是病理营养真菌衰落腐生营养真菌开始繁盛的转折点。     

初烤和复烤对烟叶真菌群落结构的影响

为了解初烤和复烤环节对烟叶真菌群落结构的影响,以贵州湄潭、平坝和惠水的烟叶为研究对象,通过高通量测序技术分析不同加工阶段（初烤前、初烤后、复烤前和复烤后）烟叶的真菌群落。12个样本共检测到真菌界4个门、23个纲、71个目、196个科、445个属、724个种和1 171个OTUs。结果表明初烤和复烤前后的烟叶真菌组成存在明显差异:在属水平上,初烤前Sampaiozyma和Symmetrospora为优势属,其相对丰度分别为44.27%和21.24%;初烤后Sampaiozyma、链格孢属（Alternaria）和未分类的亚隔孢壳科（Didymellaceae）真菌为优势属,其相对丰度分别为37.87%、18.42%和12.89%;复烤前曲霉属（Aspergillus）、Sampaiozyma和根霉属（Rhizopus）为优势属,其相对丰度分别为60.82%、24.12 %和2.51%;复烤后Sampiozyma和曲霉属（Aspergillus）为优势属,其相对丰度分别为46.12%和25.78%。Sampaiozyma在4个加工阶段一直占据优势地位。      

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析来凤地区腌制大头菜叶中微生物多样性

该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对腌制大头菜叶样品中微生物多样性进行了研究,进而分析其中的微生物群落组成和差异。结果表明,在门分类水平上,以硬壁菌门（Firmicutes,52.28%）和变形菌门（Proteobacteria,38.40%）为主要优势细菌门;子囊菌门（Ascomycota,88.19%）和担子菌门（Basidiomycota,11.15%）为优势真菌门。在属分类水平上,注释到明确分类地位的细菌属和真菌属分别有382个和31个,其中平均相对含量＞1%的分别有12个和8个。在操作分类单元（OTU）水平上,共发现17个核心细菌OTUs和11个核心真菌OTUs。综上,腌制大头菜叶具有较高的微生物多样性,且细菌群落物种数高于真菌。     

毕赤酵母对酸粥滋味品质形成的评价

将毕赤酵母与乳酸菌进行复配发酵制备酸粥样品,同时使用乳酸菌单一发酵作为对照,并采用电子舌技术结合多元统计学 方法对其滋味品质进行评价。 结果表明,酸味是发酵酸粥的主要滋味特性。 通过马氏距离聚类分析发现复配组与乳酸菌组发酵酸粥聚 为一类,进一步利用多元方差分析发现,两组发酵酸粥滋味品质差异不显著（P＞0.05）,毕赤酵母对酸粥滋味品质形成无积极影响。     

基于Illumina MiSeq 高通量测序技术分析广西无盐发酵酸笋中细菌多样性

以10年老酸水泡制酸笋样品（BSFAF）、发酵6个月块状酸笋（MBSF）和丝状酸笋样品（FBSF）为研究对象,应用Illumina MiSeq高通量测序技术并通过生物信息统计与分析,探索广西无盐发酵酸笋样品中细菌菌群结构及多样性。结果表明：3组酸笋样品共得到148 656个有效的序列数（Tags）,聚类后总共得到1 116个分类操作单元(OTUs）。根据物种注释结果,在3组酸笋样品中共注释到12个门、23个纲、37个目、98个科和190个属。在门分类水平上,3组样品中厚壁菌门（Firmicutes）占绝对优势,其次是变形杆菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）;在属分类水平上,乳杆菌属（Lactobacillus）、乳球菌属（Lactococcus）和魏斯氏菌属（Weissella）是3组样品中的优势菌属。其中,丝状酸笋（FBSF）组的香农（Shannon）、辛普森（Simpson）及ACE指数均显著高于其他两组,且乳杆菌属（Lactobacillus）、乳球菌属（Lactococcus）和魏斯氏菌属（Weissella）的平均相对丰度总和最高,可达99.8%。因此,以泉水泡制发酵丝状竹笋生产酸笋可能更佳。     

荆州地区霉豆渣真菌多样性研究

采用高通量测序技术,对采集自湖北省荆州地区下辖的监利市和石首县的霉豆渣样品真菌多样性进行解析。结果发现,子囊菌门(Ascomycota)平均相对含量57.77%、担子菌门(Basidiomycota)33.54%和毛霉门(Mucoromycota)8.00%,为荆州地区霉豆渣中主要真菌门,且各菌门在2个县市霉豆渣样品中含量差异不显著(P>0.05)。镰刀霉属(Fusarium)34.60%、丝孢酵母属(Trichosporon)28.96%、篮状菌属(Talaromyces)12.51%、放射毛霉属(Actinomucor)7.27%和枝孢属(Cladosporium)1.55%为主要真菌属,且镰刀霉属在2个县市霉豆渣样品中含量差异极显著(P<0.01),其在监利市和石首县样品中的平均相对含量分别为56.74%和12.45%。10个分类操作单元矩阵(operational taxonomic units,OTU)存在所有样品中,其中OTU1366和OTU963分别被鉴定为丝孢酵母属和镰刀霉属,平均相对含量分别为27.50%和29.08%。经聚类分析、主坐标分析和多元方差分析发现,采集自荆州地区下辖2个县市的霉豆渣样品真菌群落结构存在显著差异(P<0.05),且采集自石首县的霉豆渣真菌类群的组间差异性大于监利市(P<0.05);经LEfS e(linear discriminant analysis effect size)分析发现,导致2个县市霉豆渣样品存在差异的类群为耐碱酵母属(Galactomyces),其在监利市和石首县样品中的相对含量分别为1.46%和0.62%。由此可见,虽然共有大量的核心类群,但荆州地区不同县市制作的霉豆渣其真菌群落结构存在显著的差异,而该差异主要由耐碱酵母属导致。