PCR扩增rRNA基因在细菌菌种鉴定中的应用

PCR技术以其快速及准确的优点已广泛应用于微生物检测与菌种鉴定中。本文重点从16SrRNA序列、16S—23S rRNA间隔序列、5S rRNA序列及tRNA基因序列扩增四个方面介绍了近年来PCR技术在细菌菌种鉴定中的应用。     

PCR-RFLP分析16s-23srDNA间区序列鉴定分枝杆菌菌种

目的探讨16S～23srDNA间区序列DNAPCR扩增和限制性酶切分析在分枝杆菌分类鉴定中的价值。方法对19种分枝杆菌标准株的16S～23SrDNA间区序列DNA进行PCR扩增并对扩增产物进行限制性内切酶HaeⅢ、MSP1消化反应，分析不同菌种扩增片段及其限制性片段长度多态性的差异。结果，PCR扩增结果显示：分枝杆菌一般扩增出1～2条带，缓慢生长分枝杆菌扩增片段在340～480bP，快速生长分枝杆菌扩增片段集中在470～575bP，单从扩增产物的琼脂糖凝胶电泳只能鉴定33．3％的受试菌种，酶切结果显示：分枝杆菌的酶切图谱彼此不同。结论16S～23SrDNA间区序列DNAPCR扩增和RFLP分析是分枝杆菌分类鉴定的一种快速、有效的方法。     

16S rRNA基因文库方法在感染标本菌群分析中的应用

目的探讨16S rRNA基因文库方法对感染标本菌群的鉴定效果。方法采集70例创伤患者的感染伤口脓液或渗出液标本,使用通用引物扩增标本中所有细菌的16S rRNA基因片段,构建16S rRNA基因文库,挑取阳性克隆测序,分析感染细菌的数量与种类。结果从150个克隆子中检测7种不同酶切类型的克隆,鉴定出7类微生物,其中屎肠球菌种类最多,占88%,坚强肠球菌比例占2%,另5类序列与非可培养细菌类群的16S rRNA基因序列相似性较高,均占2%。结论感染标本中屎肠球菌含量丰富,应用16S rRNA基因文库的方法可有效分离到感染标本中的非可培养菌。     

氧化葡萄糖酸杆菌实时定量PCR检测方法的建立与应用

选取氧化葡萄糖酸杆菌16S rRNA作为看家基因,利用Primer Premier 5.0软件设计特异性引物,以总基因组为模板,建立氧化葡萄糖酸杆菌实时定量PCR方法.选取山梨醇脱氢酶大亚基sldA和小亚基sldB为研究对象,以看家基因16S rRNA的表达作为内参,测得山梨醇脱氢酶大小亚基的转录水平一致,均为看家基因的68%.     

多重耐药大肠埃希菌16S rRNA甲基化酶、氨基糖苷类修饰酶基因研究

目的了解多重耐药大肠埃希菌(ECO)氨基糖苷类药物耐药机制。方法采用PCR检测20株多重耐药ECO菌11种16S rRNA甲基化酶和氨基糖苷类修饰酶基因。结果1株检出16S rRNA甲基化酶基因(5.0%),并为新亚型;16株检出氨基糖苷类修饰酶基因(80.0%)。15号株rmtB基因测得序列翻译成氨基酸序列与美国核酸库(GenBank)已登录的rmtB氨基酸不同,为新亚型。结论本组多重耐药ECO菌氨基糖苷类耐药机制与产16S rRNA甲基化酶和产氨基糖苷类修饰酶相关。多重耐药ECO菌存在新的氨基糖苷类药物耐药机制。     

4株脑膜炎球菌菌株的16S rRNA、PorA和PorB基因序列分析

目的  对A、C、Y和W135 4个不同血清群脑膜炎球菌菌株的16S rRNA、PorA和PorB基因进行序列分析,从分子水平对其做出鉴定。方法  提取脑膜炎球菌基因组DNA为 模板,设计特异性引物进行16S rRNA、PorA和PorB基因的PCR扩增并测序。结果  A、C、Y和W135群4个菌株的16S rRNA基因序列与GenBank中奈瑟菌属的脑膜炎球菌的同源性最高。4个菌株的PorA基因分型分别为P1.5-2,10; P1.7-1,1; P1.5-1,2-2; P1.5,2。PorB基因分别与porB3-26、porB2-40、porB3-100和porB3-25同源。结论  从基因水平分析表明4个菌株属于脑膜炎球菌,并在PorA和PorB基因分型上有差异。     

基于COⅠ与16S rRNA基因对广地龙的DNA分子鉴定研究

目的:建立一种快速、准确和标准化的广地龙DNA分子标记鉴别方法。方法:测定了5个不同居群广地龙的线粒体细胞色素酶亚单位(CO)Ⅰ和16S rRNA基因序列,采用CodonCode Aligner进行序列拼接,通过下载GenBank地龙原动物的COⅠ与16S rRNA序列,采用MEGA4.1计算广地龙及其伪品地龙的种内、种间的K2P遗传距离,并基于K2P模型构建NJ和MP树。结果:COⅠ变异位点、信息位点均高于16SrRNA,COⅠ基因无插入和缺失,16S rRNA存在4个插入和缺失。COⅠ和16S rRNA序列种间遗传距离均明显大于种内,COⅠ和16S rRNA基因均能将广地龙从其他地龙或蚯蚓物种鉴别开来。结论:获得的广地龙COⅠ和16S rRNA序列可为动物性中药材地龙的分子水平鉴定提供参考,为动物性中药材DNA条形码数据库积累了相关信息数据。     

我国东北地区蜱中查菲埃立克体DNA的PCR检测及序列分析

为了解东北三省部分林区蜱感染查菲埃立克体的情况，采用16S rRNA基因特异引物进行半套式PCR，检测东北三省部分林区蜱中查菲埃立克体DNA，并选择有代表性的标本扩增产物进行克隆和序列测定。结果表明，采集于东北三省8个地区的全沟硬蜱和森林革蜱均检测出查菲埃立克体特异性DNA片段，其阳性率分别为3．00％和1．68％。扩增产物经克隆、测序发现与HME美国分离株(注册号M73222)16S rRNA相对应基因片段完全一致，为查菲埃立克体。结论：东北三省部分林区的全沟硬蜱和森林革蜱携带查菲埃立克体，提示东北地区可能存在查菲埃立克体病的自然疫源地。     

安罗替尼联合AP方案治疗晚期非小细胞肺癌的临床研究

目的 基于线粒体cytochrome coxidase I（CO I）和16 S rRNA基因开发DNA双重条形码鉴定方法,由此验证并补充形态鉴定,以期建立一种准确、有效地鉴定地龙及混淆品原动物的方法。方法 对收集到的66份样品依据形态特征进行初步鉴定,使用优化后的引物同时扩增CO I和16 S rRNA序列。优化一步法双重PCR实验条件。用MEGA 5.1计算地龙及其混淆品的种内、种间遗传距离,基于K2P模型构建NJ树。结果 CO I和16 S rRNA双重DNA条形码鉴定与形态鉴定结合,可准确鉴别地龙及混淆品原动物。结论 形态鉴定是分子鉴定的基础,分子鉴定是形态鉴定的有力补充。二者结合可最大程度地实现地龙及其混淆品原动物的准确鉴定。DNA双重条形码鉴定方法也可为地龙药材鉴定以及其他动物药材的分子鉴定提供参考。     

PCR检测细菌16s rRNA基因在临床感染性疾病诊断中的应用

目的 建立检测临床常见细菌16 s rRNA基因的PCR方法.方法 分析细菌16 s rRNA基因保守区,设计通用引物对7种常见细菌16 s rRNA基因进行PCR扩增;并用该方法检测临床血液标本中的16 s rRNA基因表达,与传统培养方法结果进行比较.结果 7种标准菌株均出现特异阳性条带;感染性疾病血液标本16 s rRNA基因阳性表达.结论 16 s rRNA基因PCR法可用于快速检测临床细菌感染.     

应用16SrRNA基因序列分析快速鉴定临床标本中的革兰氏阳性杆菌

目的探索一种快速鉴定临床标本中革兰氏阳性杆菌的方法。方法利用PCR技术扩增待检菌株的16SrRNA基因序列,通过分析待检菌株的16SrRNA基因序列对其进行鉴定。结果5株待检菌株的16SrRNA基因序列均成功扩增,其中4株的16SrRNA基因序列与基因库中已注册的核酸序列相似率达99．9％以上,将其鉴定到种的水平,1株的16SrRNA基因序列与基因库中雷弗森菌属的核酸序列相似率为97．09％,将其鉴定为雷弗森菌属。结论应用16SrRNA基因序列分析可快速、准确地鉴定临床标本中的革兰氏阳性杆菌。     

应用PCR方法直接检测痰中耐甲氧西林葡萄球菌

目的建立直接用痰标本通过PCR方法快速检测耐甲氧西林葡萄球菌的方法。方法利用聚合酶链反应技术（PCR）快速检出耐甲氧西林葡萄球菌，建立一种从痰中快速提取DNA方法，以粗提DNA作为PCR模板，检测编码耐甲氧西林葡萄球菌青霉素结合蛋白2a（PBP2a）的mecA基因和细菌中均有的16SrRNA基因。结果364份临床痰标本经PCR方法检出mecA基因的38份，药敏法检出耐甲氧西林的葡萄球菌33份；38份mecA基因阳性的痰标本中有31份药敏法检测为耐甲氧西林的葡萄球菌，药敏法检出耐甲氧西林的葡萄球菌33份痰标本中有2份mecA基因阴性。16SrRNA基因片段在PCR中作为内部对照避免了假阴性结果的出现。结论用PCR直接检测痰中的mecA基因，是判断痰中是否含有耐甲氧西林的葡萄球菌的一种快速有效的方法。     

一株特殊耐药表型肺炎克雷伯菌的耐药机制研究

目的 研究对氨基糖苷类抗生素产生特殊耐药现象（双抑菌圈）的肺炎克雷伯菌的耐药表型和耐药机制.方法 用K-B法、E-test法、三维试验等方法对其耐药表型进行研究.采用聚合酶链反应（PCR）技术对7种氨基糖苷类钝化酶基因、2种核糖体甲基化基因和Ⅰ类整合子进行检测,并对PCR产物测序.结果 细菌的这种特殊耐药表型是稳定的;PCR结果表明：这株菌含有Aac（3）-Ⅱ钝化酶基因、armA核糖体甲基化耐药基因和1000bp左右的Ⅰ类整合子.结论 这株菌对氨基糖苷类抗生素的耐药是多种耐药机制相互作用的结果.但是这尚不能满意地解释这种特殊的耐药现象,其机理有待进一步研究.     

铜绿假单胞菌临床分离株16S rRNA甲基化酶基因研究

目的:了解临床分离铜绿假单胞菌氨基糖苷类药物耐药性与16SrRNA甲基化酶基因的关系,探讨多药耐药机制。方法:收集20株铜绿假单胞菌临床标本,采用K-B法检测20株铜绿假单胞菌对卡那霉素、阿米卡星、妥布霉素、庆大霉素、奈替米星的敏感性;采用PCR法检测5种(armA,rmtA,rmtB,rmtC,rmtD)16SrRNA甲基化酶基因。结果:10株铜绿假单胞菌对上述5种氨基糖苷类药物全部耐药,1株对阿米卡星敏感,对另外4种药物表现为耐药,6株对1~2种药物表现为耐药,其余3株对5种药物全部敏感。基因检测显示rmtB和armA阳性率为15%,未检测到rmtA,rmtC,rmtD基因。结论:铜绿假单胞菌对氨基糖苷类药物耐药情况严重,并在其中检出16SrRNA甲基化酶基因,应引起重视。     

多重耐药鲍曼不动杆菌16S rRNA甲基化酶基因研究

目的 调查临床分离多重耐药鲍曼不动杆菌中介导氨基糖苷类高水平耐药的16S rRNA甲基化酶基因armA、rmtA、rmtB的流行情况.方法 收集台州市中心医院、台州市立医院两家多重耐药鲍曼不动杆菌128抹,用K-B法测定18种抗菌药物;采用琼脂稀释法测定4种氨基糖苷类药物MIC值;PCR检测armA、rmtA、rmtB...     

广藿香的基因序列与挥发油化学型的相关性分析

目的探讨“南药”广藿香Pogostemon cablin (Blanco) Benth.不同产地间的叶绿体和核基因组的基因型与挥发油化学型的关系，为广藿香道地性品质评价、规范化种植提供分子依据。方法用PCR直接测序技术对广藿香6个产地样本的叶绿体matK基因和核18S rRNA基因核苷酸序列进行测序分析研究。结果广藿香6个样本的matK基因序列长均为1 245 bp，编码415个氨基酸成熟酶。18S rRNA基因序列长为1 803～1 805 bp。根据排序比较，广藿香6个样本间的matK基因序列存在47个变异位点，18S rRNA基因存在17个变异位点，非加权组平均法构建的系统分支树表明广藿香基因序列分化与其产地、所含挥发油化学变异类型呈良好的相关性。结论结合挥发油分析数据，基因测序分析技术可作为广藿香道地性品质评价方法这一以及规范化种植过程关键技术“物种鉴定”的强有力工具。     

中药材龟甲的分子鉴定研究

用PCR产物直接测序法对中药材龟甲(板)进行鉴别。从乌龟 Chinemys revesii 和其他20种产地为中国或东南亚国家的龟类的组织材料中提取DNA,扩增约110bp的线粒体12SrRNA,基因片段并进行序列分析,构建了21种龟类的12SrRNA基因片段序列数据库。序列比较的结果表明乌龟与其它20种龟类的这段序列均有差别,序列差异在3.7～15.7%之间。从江苏省药品检验所提供的19块龟甲检品上各取样0.1～0.5g提取 DNA,扩增与上述相同的基因片段,与构建的数据库进行比较,结果表明19块龟甲中只有3块的原动物为乌龟,其余的龟甲均为混淆品。本文的结果为药材龟甲的鉴定找到了有效、可靠的分子遗传标记方法。     

DNA sequencing analysis of ITS and 28S rRNA of Poria cocos

We determined the DNA sequences of the internal transcribed spacer 1 and 2 (ITS 1 and 2), the 5.8S rRNA gene and most of the 28S rRNA gene of Poria cocos for the first time, and conducted analysis of 20 samples including cultured mycelias and crude drug materials obtained from various localities and markets. Direct sequencing of the ITS 1 and 2 regions of the samples, except for four wild samples, showed that they had identical DNA sequences for ITS 1 and 2 with nucleotide lengths of 997 bps and 460 bps, respectively. By cloning, the four wild samples were found to have combined sequences of common ITS sequences with 1 or 2-base-pair insertions. Altogether both ITS 1 and 2 sequences were substantially longer than those of other fungal crude drugs such as Ganoderma lucidum and Polyporus umbellatus. Thus, Poria cocos could be distinguished from these crude drugs and fakes by comparing the nucleotide length of PCR products of ITS 1 and 2. Contrary to the basic homogeneity in ITS 1 and 2, three types (Group 1, 2, 3) of the 28S rRNA gene with distinctive differences in length and sequence were found. Furthermore, Group 1 could be divided into three subgroups depending on differences at nucleotide position 690. Products with different types of 28S rRNA gene were found in crude drugs from Yunnan and Anhui Provinces as well as the Korean Peninsula, suggesting that the locality of the crude drugs does not guarantee genetic uniformity. The result of DNA typing of Poria cocos may help discrimination of the quality of the crude drug by genotype.     

广西茅尾海红树林根围淤泥放线菌多样性及抗菌活性

目的 对广西茅尾海红树林保护区植物根部淤泥中的放线菌进行分离鉴别,研究放线菌的多样性和抗菌活性。方法 选用10种分离培养基,经稀释涂布法分离放线菌;通过PCR扩增,测序后获得菌株16S rRNA基因序列;邻接法构建系统发育树并进行同源性分析,探测放线菌的多样性;针对发酵液经乙酸乙酯萃取后的有机相、水相及菌丝丙酮浸泡液共3类样品,采用纸片扩散法开展抗菌活性研究。结果 从8份红树林植物根围淤泥样品中分离纯化得到244株放线菌,分布于5个目13个科29个属,优势菌属为链霉菌属和小单孢菌属;16S rRNA基因序列相似性低于98.65%的放线菌共有4株,可能为潜在新物种;抗菌活性筛选结果表明,83株放线菌的抗菌活性阳性率达71.1%。结论 广西茅尾海红树林保护区植物根围淤泥中抗菌活性放线菌的多样性丰富。