鼻咽癌差异表达miRNAs筛选研究

 【目的】应用miRNAs芯片筛选原代培养的鼻咽癌细胞差异表达miRNAs，并寻找差异表达miRNAs调控的靶基因，为进一步研究其在鼻咽癌发病机制中的作用打下基础。【方法】运用miRNAs芯片技术筛选原代培养的鼻咽癌细胞差异表达miRNAs，同时运用miRNAs特异的引物组对差异表达的miRNAs进行荧光定量RTPCR验证。运用靶基因预测软件并结合全基因组表达谱芯片结果预测差异表达miRNAs可能调控的靶基因，并利用westernblot技术检测预测的靶基因在原代培养的鼻咽癌细胞中的表达。【结果】miRNAs芯片结果显示，鼻咽癌中miR-203、miR-503、miR-424、miR-141和miR-148a表达下调，而miR-25、miR-195和miR-15a表达上调，其差异表达均在2倍以上；荧光定量RTPCR结果与miRNAs芯片的结果较符合；其中miR-203的预测靶基因为CCNG1和SPARC，Western blot结果显示，其在原代培养的鼻咽癌细胞亦高表达。【结论】miR-203、miR-503、miR-424、miR-141、miR-148a、miR-25、miR-195、miR-15a在原代培养的鼻咽癌细胞与正常鼻咽上皮细胞中存在差异表达；CCNG1和SPARC可能是miR-203调控的靶基因，可能参与了鼻咽癌的发生发展。     

鼻咽癌差异表达miRNAs筛选研究

【目的】应用miRNAs芯片筛选原代培养的鼻咽癌细胞差异表达miRNAs，并寻找差异表达miRNAs调控的靶基因，为进一步研究其在鼻咽癌发病机制中的作用打下基础。【方法】运用miRNAs芯片技术筛选原代培养的鼻咽癌细胞差异表达miRNAs，同时运用miRNAs特异的引物组对差异表达的miRNAs进行荧光定量RTPCR验证。运用靶基因预测软件并结合全基因组表达谱芯片结果预测差异表达miRNAs可能调控的靶基因，并利用westernblot技术检测预测的靶基因在原代培养的鼻咽癌细胞中的表达。【结果】miRNAs芯片结果显示，鼻咽癌中miR-203、miR-503、miR-424、miR-141和miR-148a表达下调，而miR-25、miR-195和miR-15a表达上调，其差异表达均在2倍以上；荧光定量RTPCR结果与miRNAs芯片的结果较符合；其中miR-203的预测靶基因为CCNG1和SPARC，Western blot结果显示，其在原代培养的鼻咽癌细胞亦高表达。【结论】miR-203、miR-503、miR-424、miR-141、miR-148a、miR-25、miR-195、miR-15a在原代培养的鼻咽癌细胞与正常鼻咽上皮细胞中存在差异表达；CCNG1和SPARC可能是miR-203调控的靶基因，可能参与了鼻咽癌的发生发展。     

CR2和MXLIP在低分化鼻咽癌组织中的差异表达

目的 为了解低分化鼻咽癌组织与非癌症组织之间的基因表达差异,进一步找出有明显差异表达的基因作为诊断鼻咽癌新的分子标志.方法 实验通过14 112个点的cDNA基因表达谱芯片,比较20例低分化鼻咽癌组织和15例鼻咽慢性炎症组织之间的表达差异,并通过荧光实时定量PCR对50例鼻咽癌组织进行验证.结果 基因芯片的分析结果显示,9个基因（q〈0.01）至少在17例（85%）鼻咽癌组织中有2倍差异表达,包括8个下调基因（TAOK3,SLC16A2,PRB4,AMY2B,B3GALT4,MSMB,RPS27,CR2）和1个上调基因（MXLIP）.进一步研究表明,选用CR2和MXLIP对50例低分化鼻咽癌组织荧光实时定量PCR分析与3例鼻咽慢性炎症组织进行比较,与芯片实验结果相同,CR2在41例（82%）鼻咽癌组织中下调,MXLIP在42例（84%）鼻咽癌组织中上调.结论 我们认为这两个基因可以作为诊断低分化鼻咽癌新的标志基因.     

硫化砷对急性早幼粒白血病细胞PNAS-2基因表达的影响

目的探讨硫化砷诱导急性早幼粒细胞白血病(APL)细胞凋亡的分子机制.方法应用基因表达谱芯片、RT PCR技术,检测硫化砷作用前后NB4细胞、APL原代细胞PNAS-2基因表达的变化.结果基因表达谱芯片杂交显示,硫化砷作用于NB4细胞后,PNAS-2基因表达下调;RT PCR结果发现,NB4细胞在硫化砷作用后PNAS-2表达有明显下调,并呈时间依赖性;APL原代细胞经硫化砷作用后,PNAS-2表达也呈下降趋势.结论硫化砷能够下调PNAS-2基因在NB4细胞株和APL原代细胞中的表达,推测PNAS-2基因可能是硫化砷治疗APL的靶基因之一.     

NM23-H1基因调控肺癌侵袭转移相关基因的研究

目的 研究与NM23-H1基因有关的肺癌侵袭转移相关基因.方法 在抑制消减cDNA文库的基础上制备基因表达谱芯片.经芯片杂交、克隆测序及同源性分析得到人大细胞肺癌细胞株L9981和L9981-nm23-H1各差异表达基因的信息,再以实时荧光定量PCR技术对筛选出的差异基因作进一步的验证.结果 成功制备了人大细胞肺癌细胞株L9981和L9981-nm23-H1差异表达基因的基因表达谱芯片.经测序及同源性分析发现19个差异表达基因.经荧光定量PCR验证发现转染NM23-H1后,L9981细胞中PSMA7、SBDS,ODC1,YARS、CSDA、PTP4A1、SHPRH和TDMM78个基因的mRNA表达上调,PKM2和GMNN基因的mRNA表达下调.结论 NM23-H1基因可能为转移相关的上游调节基因,它可通过对下游一系列基因进行调节而实现对肺癌转移潜能的抑制作用.     

桥粒芯糖蛋白3基因在鼻咽癌中表达的初步研究

目的 从纯化鼻咽组织全基因组表达谱数据中筛选出鼻咽癌发病相关的候选靶基因桥粒芯糖蛋白3（DSG3）,利用半定量逆转录（sqRT）-PCR进一步研究DSG3基因在纯化鼻咽部组织中反义RNA（aRNA）中的表达。方法采用RNA保护技术保存组织标本（22例鼻咽癌患者及12例鼻咽部正常或存在炎性黏膜上及组织者）,显微切割获得鼻咽癌组织标本中的癌细胞、鼻咽部非癌组织标本中的黏膜上皮细胞,提取每一例纯化组织标本RNA,线性扩增获得足量aRNA,通过sqRT-PCR进一步研究候选靶基因DSG3在两种不同鼻咽纯化细胞aRNA中的表达。结果在纯化鼻咽癌组织和鼻咽部非癌组织全基因组表达谱中,DSG3基因表达值分别为2、06±1、60和0．48±0．23,表达相差4．24倍,两组比较差异有统计学意义（df=16,t=2．145,P=0．048）。sqRT-PCR检测纯化鼻咽癌组织及非癌组织aRNA中DSG3基因的表达,分别为3．54±2．69和0．95±0.23,两组差异亦有统计学的意义（df=32,t=3．307,P=0．002）。结论 利用全基因组芯片构建基因表达谱结合sqRT-PCR等实验研究,可筛选出与鼻咽癌发病相关的候选靶基因,DSG3基因高表达是鼻咽癌发生发展过程中的再要促瘤因素。     

基因芯片分析釉基质蛋白对hBMSCs基因表达谱的影响

目的 应用基因芯片技术分析釉基质蛋白(EMPs)对人骨髓基质细胞(hBMSCs)基因表达谱的影响.方法 全骨髓法体外传代培养hBMSCs.以200 μg/mL EMPs刺激hBMSCs作为实验组,以正常培养的hBMSCs作为对照组.培养5 d后,选择含4 096种人类基因的cDNA基因芯片进行检测和分析.运用实时PCR方法对呈差异表达基因中的4条进行扩增和检测,以验证基因芯片分析结果.结果 hBMSCs经EMPs刺激后,有27条差异表达基因,其中18条基因表达上调,9条基因表达下调.经实时PCR检测的4条差异表达基因结果与基因芯片结果一致.结论 应用基因表达谱芯片可筛选经EMPs诱导后hBMSCs的差异表达基因.为进一步研究EMPs促进牙周组织再生的分子学机制奠定了基础.     

纯化鼻咽组织全基因组表达谱在筛选鼻咽癌相关靶基因中的应用

目的:通过全基因组寡核苷酸基因芯片构建鼻咽部纯化组织基因表达谱,筛选鼻咽癌相关靶基因。方法:采用RNA保护技术保护组织标本,显微切割纯化分离鼻咽癌组织标本中的癌细胞、鼻咽部非癌组织标本中的黏膜上皮细胞,提取每一例纯化组织标本RNA,线性扩增获得足量aRNA,标记探针后与HG-U133. Plus 2. 0杂交,构建每一例鼻咽部纯化组织标本基因表达谱,通过组间信息比对筛选鼻咽癌相关靶基因。结果:鼻咽癌组与非鼻咽癌组基因表达谱比对,筛选出了与鼻咽癌发病相关的候选靶基因。通过鼻咽癌标本中颈部转移组和非颈部转移组表达谱比对,找出了与鼻咽癌颈部淋巴结转移相关的候选靶基因。结论:利用全基因组基因芯片构建基因表达谱,可准确、高效地筛选出鼻咽癌相关的候选靶基因。     

CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理研究

目的:利用基因表达谱芯片技术筛选CDX2高表达的胃癌MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞中差异表达的基因,探讨CDX2高表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理.方法:Trizol一步法提取高表达CDX2的MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞的总RNA,并纯化mRNA,反转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,与22 k基因表达谱芯片进行杂交;采用LuxScan 3.0图像分析软件对芯片图像进行分析,把图像信号转化为数字信号,最后以差异为>2倍或<0.5倍的标准来确定差异表达基因.结果:在23 238个基因中筛选出与细胞凋亡有关的差异性表达基因15条,其中8条基因表达上调和7条基因表达下调.结论:CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡可能与这15条差异表达基因关系密切.     

CASP8在鼻咽癌中的表达及临床意义

目的探讨CASP8在鼻咽癌中的表达及临床意义。方法利用基因芯片比较了8组鼻咽癌组织与混合的非癌鼻咽组织之
间的差异表达基因。荧光定量PCR和免疫组化鉴定CASP8基因表达结果的可靠性,并分析CASP8在鼻咽癌中的表达与临床
参数之间的相关性。结果荧光定量PCR确证CASP8 mRNA在鼻咽癌组织中表达下调（P<0.0001）,与芯片结果相一致。免疫
组化结果显示,与非癌鼻咽组织相比,CASP8 蛋白在鼻咽癌组织中表达明显下调（P=0.02）,且下调的表达与淋巴结转移（P=
0.002）及临床分期（P=0.026）呈负相关。结论CASP8表达下调作为不利因素促进了鼻咽癌的发生发展。     

鼻咽癌候选侵袭和转移相关基因的筛选

目的筛选影响鼻咽癌侵袭和转移能力的相关基因。方法利用cDNA基因芯片,比较高转移鼻咽癌细胞株5_8F和非转移鼻咽癌细胞株6-10B之间的差异表达基因,并利用在线Milano程序筛选鼻咽癌侵袭和转移相关基因,GOstat分析这些基因功能,最后荧光定量PCR鉴定差异表达基因。结果芯片分析结果显示,鼻咽癌细胞株5—8F与6-10B之间共有200多个差异表达基因。基于Milano程序分析后,发现与侵袭和转移能力相关的基因有33个,其中27个上调,6个下调。GOstat分析显示,这些基因参与了细胞移动、调节凋亡、细胞黏附等。结论经在线Milano程序分析鉴定的鼻咽癌5—8F和6-10B细胞株之间的这33个差异表达基因可能参与了鼻咽癌的侵袭和转移。     

cDNA representational difference analysis of differentially expressed cDNA sequences in human nasopharyngeal carcinoma

ＯｂｊｅｃｔｉｖｅＴｏｓｅａｒｃｈｄｉｆｅｒｅｎｔｉａｌｙｅｘｐｒｅｓｓｅｄｓｅｑｕｅｎｃｅｓｃｏｒｅｌａｔｅｄｗｉｔｈｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓｏｆｈｕｍａｎｎａｓｏｐｈａｒｙｎｇｅａｌｃａｒｃｉｎｏｍａ（ＮＰＣ）,ｉｎｃｌｕｄｉｎｇｔｈｅｃａｎｄｉ...     

人鼻咽癌组织中转录因子相关基因的差异表达分析

目的 用cDNA微阵列膜比较鼻咽癌组织及正常组织的基因表达谱,研究鼻咽癌组织中转录因子相关基因的差异表达,为进一步探讨差异表达基因的调控机制奠定基础.方法 24例鼻咽癌组织总RNA和正常对照总RNA(24例正常鼻咽组织RNA等质量混合)分别经逆转录探针标记与微阵列膜杂交.然后用Pathway4.0软件分析杂交结果,并用RT-PCR反应验证微阵列杂交结果.结果 在1625个鼻咽癌差异表达基因中,共有转录因子相关基因35个,12个基因表达上调,23个基因表达下调.结论 在鼻咽癌组织中,多个转录因子相关基因的表达水平发生了变化,这些转录因子在鼻咽癌组织的基因表达调控中发挥重要作用.     

人鼻咽癌不同部位组织相关基因表达谱的研究

目的 筛选鼻咽癌癌变发生过程中的重要基因。方法 应用显微切割和荧光标记探针基因芯片杂交技术,检测鼻咽癌、癌周组织、癌旁组织及鼻咽炎症组织的基因差异表达,扫描仪扫描荧光芯片,图象处理软件分析结果。结果 在检测的3组标本中,存在大量差异表达基因,涉及基因包括信号与蛋白传递、癌基因与原癌基因、免疫相关基因、凋亡基因,以及DNA结合转录和转录因子等范围。结论 鼻咽癌癌变过程中有多个多种类基因参与,说明鼻咽癌癌变过程是一个复杂、多通路的过程。     

人鼻咽癌不同部位组织相关基因表达谱的研究

目的：筛选鼻咽癌癌变发生过程中的重要基因。方法：应用显微切割和荧光标记探针基因芯片杂交技术，检测鼻咽癌、癌周组织、癌旁组织及鼻咽炎症组织的基因差异表达，扫描仪扫描荧光芯片，图象处理软件分析结果。结果：在检测的3组标本中，存在大量差异表达基因，涉及基因包括信号与蛋白传递、癌基因与原癌基因、免疫相关基因、凋亡基因，以及DNA结合转录和转录因子等范围。结论：鼻咽癌癌变过程中有多个多种类基因参与，说明鼻咽癌癌变过程是一个复杂、多通路的过程。     

基因芯片筛选大肠侧向发育型肿瘤相关基因的初步研究

目的应用基因芯片初步筛选大肠侧向发育型肿瘤(LST)相关基因,为进一步研究大肠癌的发病机制提供新的思路和线索。方法抽提大肠侧向发育型肿瘤癌细胞株、SW480细胞株、LoVo细胞株的总RNA并纯化mRNA;将18 816种人类基因及LST片段PCR产物用Biorobotics公司的BG600点样仪点样于纤维膜上,制成基因芯片。将3个样品的mRNA分别逆转录合成探针并33P标记,同芯片杂交。严格洗片后Fuji film公司FLA 3000扫描仪扫描芯片信号图象,ArrayGauge1.0软件分析比较3种细胞株中差异表达基因。结果和结论在18 816种人类基因中存在着一系列LST同普通大肠癌细胞株之间的差异表达基因。在本研究中共有差异表达基因97个,其中共上调58个,共下调39个。表明其可能存在不同的肿瘤发生机制,故进一步研究其相关基因,在分子水平上阐明其发生机制及与大肠癌的关系具有重要意义。     

基因芯片筛选大肠侧向发育型肿瘤相关基因的初步研究

目的 应用基因芯片初步筛选大肠侧向发育型肿瘤(LST)相关基因，为进一步研究大肠癌的发病机制提供新的思路和线索。方法 抽提大肠侧向发育型肿瘤癌细胞株、SW480细胞株、LoVo细胞株的总RNA并纯化mRNA；将18816种人类基因及LST片段PCR产物用Bioroboties公司的BG600点样仪点样于纤维膜上，制成基因芯片。将3个样品的mRNA分别逆转录合成探针并^33 P标记，同芯片杂交。严格洗片后Fuji film公司FLA 3000扫描仪扫描芯片信号图象，ArrayGauge 1．0软件分析比较3种细胞株中差异表达基因。结果和结论 在18816种人类基因中存在着一系列LST同普通大肠癌细胞株之间的差异表达基因。在本研究中共有差异表达基因97个，其中共上调58个，共下调39个。表明其可能存在不同的肿瘤发生机制．故进一步研究其相关基因，在分子水平上阐明其发生机制及与大肠癌的关系具有重要意义。