余姚市鼠形动物携带汉坦病毒及M基因分析

目的了解余姚市鼠形动物汉坦病毒(HV)携带情况及基因型别。方法选择余姚市的平原、山区、滨海和城区四种地形,采用夹夜法捕获鼠类动物248只,采用实时荧光定量PCR法检测鼠类动物肺标本HV核酸,采用反转录PCR法扩增HV核酸阳性样本的M基因并进行测序和分析。结果共检出HV核酸阳性样本12份,分布于除城区外的其余3个地区,总带毒率为4.84%,且均在褐家鼠中检出;构建系统发生树分析其中8份样本的核苷酸序列,结果显示其M基因与Bj HD01核苷酸同源性最高为98.3%~99.8%,与浙江株Z37和ZT10核苷酸同源性为96.2%~97.6%,均为汉城病毒(SEOV)S3亚型。结论余姚市鼠类动物中携带的HV阳性检出率较高,褐家鼠为主要带毒宿主,基因亚型分布较单一,以SEOV S3亚型为主。     

2010年福建口岸鼠间肾综合征出血热监测结果分析

目的 了解福建口岸鼠间肾综合征出血热流行情况.方法 采用巢式RT -PCR对鼠肺进行汉坦病毒核酸检测.结果 2010年福建口岸鼠类监测共捕获的839只啮齿动物,褐家鼠为优势鼠种(58.52％),检出汉城型汉坦病毒(Seroul virus,SEOV)核酸阳性49份,带毒率5.84％,带毒鼠种为褐家鼠(5.24％)和黄胸...     

福建省宁德港地区2020年夏季鼠形动物汉坦病毒基因特征分析

目的 分析2020年夏季福建省宁德港地区（宁德港）鼠形动物携带汉坦病毒基因特征及遗传进化关系。方法 夹夜法采集宁德地区鼠类,提取鼠形动物肺组织RNA,用汉坦病毒检测试剂盒对样本进行检测,阳性样本进行全基因组测序,对序列进行相似性、遗传与变异等生物信息学分析。结果 共捕获鼠形动物112只,汉坦病毒阳性率为6.25%（7/112）,其中包括褐家鼠5只,黄胸鼠2只;对阳性样本测序,获得2条汉坦病毒的基因全序列（分别命名为：FJ35和FJ36,GenBank登录号：MW449188~MW449193）,全基因组序列均来自雄性褐家鼠;序列比对发现该样本所携带病毒属于汉坦病毒基因型汉城病毒（SEOV）,与山东省汉坦病毒分离株JX20140581和LZSF21之间核苷酸相似性较高为99%;采用最大似然法构建系统发育树发现该阳性样本所携带病毒属于S3亚型,与浙江省、山东省以及东北地区汉坦病毒分离株Z37、LZSF21和zy27、Gongzhuling415等属于同一亚型;氨基酸序列分析发现,与国际标准株SEOV80-39 M片段编码的氨基酸相比,FJ35和FJ36第81位谷氨酰胺（Q）变为精氨酸（R）;与FJ372核蛋白氨基酸相比发现N259S变异。结论 2020年夏季宁德港鼠形动物汉坦病毒阳性率较高,存在人群自然感染和流行的风险;形成该疫源地的病毒来自山东省某疫区的可能性比较大,需要做好港口鼠形动物的输入性防控;2株阳性样本所携带病毒属于S3亚型,与周围地区病毒株核苷酸及氨基酸同源性较高,但糖蛋白及核蛋白氨基酸存在一些微小的变异,可能引起相关抗原性的改变。     

河南省Ⅱ型汉坦病毒基因亚型及其分布的研究

目的查明河南省Ⅱ型汉坦病毒基因亚型的分布情况。方法在河南省汉坦病毒流行严重的地区，捕捉啮齿类动物，以免疫荧光法检测阳性标本，应用汉坦病毒型特异性引物以逆转录，聚合酶链反应方法对抗原检测阳性的鼠肺标本扩增M和S基因片段上的特异核苷酸序列并测序，将扩增片段的核苷酸序列与已知病毒序列进行比较，以明确基因亚型及其地理分布情况。结果褐家鼠、黄胸鼠以及小家鼠携带的病毒均为Ⅱ型汉坦病毒。序列分析发现河南省主要疫区宿主动物问流行的Ⅱ型汉坦病毒至少存在S1、S2和S3三个亚型，其中S1和S3为河南省汉坦病毒的优势流行基因亚型。结论河南省汉坦病毒的亚型较为复杂，地理分布较广。     

长春市双阳地区鼠类携带的汉坦病毒基因序列分析

目的研究长春市双阳区鼠类中汉坦病毒感染情况及其基因分型。方法收集2011年双阳地区捕获鼠类,取鼠肺组织,用间接免疫荧光检测,阳性标本进行汉坦病毒M片段扩增并测序,与其他毒株进行相似性比对及系统树分析。结果收集100份鼠肺,经IFA检测到1份阳性,阳性率为1%,对其进行逆转录巢式PCR扩增,结果为汉城（SEO）型HV,与代表株进行相似性比较发现,SY-4部分M基因片段序列与其他SEOV核苷酸相似性为95.4%～99.7%,氨基酸序列相似性为99%～100%。系统树显示,该序列属S3亚型。结论本次获得HV是SEO型,亚型为S3亚型。     

吉林省汉城型汉坦病毒基因分型研究

目的 查明吉林省褐家鼠中汉城型汉坦病毒的基因亚型及其分布情况。方法 在吉林省的主要疫区采集啮齿类宿主动物，用免疫荧光法检测鼠肺标本，对汉坦病毒抗原阳性标本以RT-PCR法扩增部分M和S基因片段上的核苷酸序列并测序，将扩增片段的核苷酸序列与已知病毒序列进行系统发生分析并分型。结果 褐家鼠携带的汉坦病毒均为汉城病毒。序列分析发现在吉林省主要疫区褐家鼠流行的汉城病毒均为S3亚型，与辽宁、黑龙江省褐家鼠中的病毒株同源性较高，进化关系较近。结论 吉林省褐家鼠主要携带S3亚型的汉城型汉坦病毒。     

湖北省武汉地区啮齿动物汉坦病毒S基因的特征分析

目的 了解湖北省武汉地区啮齿动物自然感染汉坦病毒（HV）情况以及流行的基因型和亚型。方法 2000-2003年、2009-2011年秋冬季在武汉地区新洲、江夏区野外及居民区采用夹夜法捕鼠。对捕获的动物进行分类鉴定并取肺脏用间接免疫荧光法检测病毒抗原。抗原阳性的样本,采用RT-PCR方法扩增部分S片段核苷酸序列,构建系统发生树并进行基因分型。结果 2000-2003年捕获啮齿类动物437只,HV抗原阳性鼠肺标本24份,病毒携带率为5.49%。2009-2011年捕获啮齿类动物173只,HV抗原阳性鼠肺标本7份,病毒携带率为4.05%。褐家鼠为当地的优势鼠种。22份标本成功地用汉滩病毒（HTNV）、汉城病毒（SEOV）特异引物扩增部分S基因片段并测序。17只（13只褐家鼠,4只黑线姬鼠）鼠肺标本中扩增出SEOV部分S基因片段（nt 588~1147）,分别属于第3亚型和2个新的基因亚型。5只黑线姬鼠的鼠肺标本中扩增出HTNV部分S基因片段（nt615-1141）,分别属于第7亚型和1个新的亚型。结论 武汉地区流行的HV为SEOV和HTNV,并发现新的基因亚型,SEOV可能“溢出”感染黑线姬鼠。     

南沙口岸鼠形动物肾综合征出血热监测结果分析

目的掌握南沙口岸鼠形动物携带汉坦病毒的本底情况,为制定防治措施提供依据。方法 2013年5月-2014年4月采用笼捕法和夹夜法对南沙口岸鼠形动物进行监测,采用实时荧光RT-PCR法对鼠肺进行汉坦病毒检测。结果共捕获鼠型动物538只,隶属2科6种,分别为臭鼩、褐家鼠、黄胸鼠、板齿鼠、小家鼠、黄毛鼠,其中臭鼩为优势种,占鼠种构成的53.2%;共采集538份鼠肺检测汉坦病毒,阳性率为2.6%,基因型均为汉城型。结论南沙口岸鼠形动物携带汉坦病毒,存在鼠形动物传播肾综合征出血热的风险,应加强监测和病原学检测,采取防治鼠形动物的措施。     

2012 - 2015年江西省啮齿动物间流行的汉坦病毒基因型和基因亚型分析

目的 了解2012 - 2015年江西省啮齿动物间流行的汉坦病毒基因型别和基因亚型。方法 选取江西省肾综合征出血热疫情发生地区捕鼠,收集鼠肺标本,采用直接免疫荧光法检测鼠肺中汉坦病毒抗原,提取阳性鼠肺标本核酸,设计并采用特异性引物分别对病毒的S、M、L 3个基因进行RT - PCR扩增,对扩增产物测序和分析。结果 共捕鼠2 235只,其中汉坦病毒阳性的86只,阳性率3.85%,流行的HV基因型为汉滩型(Hantaan orthohantavirus,HTNV)和汉城型（Seoul orthohantavirus,SEOV）。江西省HTNV之间S、M、L 3个基因核苷酸的同源性为93.4%～100%,与国内外HTNV参考株3个基因核苷酸的同源性为77.3%～88.0%,在3个基因系统进化树上均呈独立分支;M基因系统进化分析发现江西省SEOV分布在S3、S4亚型分支以及1个独立的进化分支,该独立分支的9株SEOV与国内外SEOV M基因核苷酸同源性仅为84.3%～88.7%。结论 江西省啮齿动物流行的HV为HTNV和SEOV 2种基因型别,其中HTNV为新的基因亚型,SEOV存在3个基因亚型:S3、S4和1个新的基因亚型。     

湖南省啮齿动物携带汉坦病毒的分子流行病学研究

目的研究湖南省啮齿动物中汉坦病毒(HV)流行情况及病毒型别。方法采用IFA法检测鼠肺中HV抗原;用RT-PCR法扩增阳性标本中HV的部分S和M片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型。结果在湖南省HV流行的地区共捕获啮齿动物344只,其中6份标本HV抗原阳性,病毒携带率为1.74%。对扩增出的部分S与M片段的核苷酸序列分析表明,5份标本中的病毒为汉城型HV(SEOV),1份为汉滩型HV(HTNV)。用S(620～990 nt)与M片段G2区(2001～2301 nt)核苷酸序列所构建的系统进化树显示,湘乡褐家鼠、黄胸鼠及黄毛鼠携带的病毒均为SEOV的S4亚型;宁远褐家鼠携带的病毒为SEOV的一个新亚型;石门小家鼠携带的病毒为HTNV的H4亚型。结论湖南省为混合型HV疫区,以汉城病毒为主,并具有宿主多样性。     

浙江省慈溪市啮齿动物中汉坦病毒分子流行病学研究

目的 研究浙江省慈溪市啮齿动物中汉坦病毒(HV)流行情况及病毒型别.方法 采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原;用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法扩增阳性样品中HV的部分S片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型.结果 在慈溪市肾综合征出血热(HFRS)疫点共捕获啮齿动物243只,在7份鼠肺样品中检测到HV抗原,其中4只为褐家鼠,3只为黄胸鼠,病毒携带率为2.88%.用汉城型病毒(SEOV)特异性引物从6份HV抗原阳性样品中扩增出部分S片段(620～999 nt)并测定了序列.对扩增出的部分S片段核苷酸序列分析表明,6株病毒与现有的SEOV有最高的同源性,均为SEOV.用部分S片段核苷酸序列所构建的系统进化树显示,6株病毒构成两个单元支,其中由褐家鼠携带的3株病毒与BjHD01株病毒的亲缘关系最近,分在同一分支,由黄胸鼠携带的3株病毒构成另一分支,与L99、R22及Hb8610株的亲缘关系较近.结论 慈溪市的褐家鼠与黄胸鼠分别携带一种不同亚型的SEOV,表现出SEOV在同一地区的遗传多样性,并支持宿主与汉坦病毒共进化的理论.     

云南省褐家鼠与黄胸鼠中汉坦病毒的流行病学研究

目的 研究云南省褐家鼠、黄胸鼠中汉坦病毒的感染情况及其型别，以明确基因亚型及其地理分布，为该地区肾综合征出血热（HFRS）的预防控制提供科学依据。方法 捕捉鼠类取鼠肺，冷冻切片后以间接免疫荧光法检测鼠肺中汉坦病毒抗原，从阳性鼠肺标本中提取病毒RNA，利用RT—PCR扩增汉坦病毒S和M基因部分片段并测序分型，构建系统发生树进行系统发生分析。结果 共捕获褐家鼠和黄胸鼠307只，检测到阳性样品14份，阳性检出率为4．56％。分析部分S片段（600～999nt）与M片段G1区（140～640nt）、G2区（2003～2302nt）的核苷酸序列，及用部分S及G2核苷酸序列构建的系统发生树，将来自云南省8个地区的汉城病毒分为2个亚型：S1和S3亚型。结论 云南省主要为家鼠型HFRS疫区，汉城病毒有2个亚型，地理分布较广。     

厦门市肾综合征出血热宿主动物感染情况调查

目的调查厦门市肾综合征出血热(HFRS,出血热),出血热宿主动物及其自然感染汉坦病毒状况,明确主要传染源种类,为预防和控制出血热提供科学依据。方法应用笼夜法捕鼠,计算鼠密度及鼠种构成,对鼠肺检测出血热病毒抗原,血清检测抗体。结果 2008-2009年厦门市鼠形动物总捕获率为8.02%,属于2目2科6种,以褐家鼠(45.14%)为优势种。宿主动物血清阳性率为13.45%,褐家鼠血清阳性率为21.52%;宿主动物带毒率为2.52%,带毒指数为0.037 77。宿主动物带毒率调查阳性均为褐家鼠,全市褐家鼠带毒率为2.63%,此次监测结果与厦门市20世纪80年代宿主动物调查结果无差别(P>0.05)。结论厦门市存在以褐家鼠为主要传染源的出血热疫源地,提示应根据褐家鼠的生态特点采取有针对性的综合防控措施,有效控制以褐家鼠为主的鼠密度,降低出血热发生和流行的危险。     

浙江省温州市啮齿动物中汉坦病毒的分子流行病学研究

目的 研究浙江省温州市啮齿动物中汉坦病毒(HV)流行情况及病毒型别,为该地区肾综合征出血热(HFRS)的预防控制提供科学依据.方法 采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原;用RT-PCR法扩增阳性样品中HV的部分S片段及部分M片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型.结果在温州市HFRS疫区共捕获啮齿动物96只,在6份鼠肺样品中检测到HV抗原,其中4只褐家鼠,1只黄胸鼠与1只黄毛鼠,病毒携带率为6.3%.用汉城病毒(SEOV)特异引物从其中5份HV抗原阳性样品中扩增出部分S片段(620～999nt)及部分M片段(2001～2301nt)并测定序列.对扩增出的部分S及M片段的核苷酸序列分析发现,5株病毒与现有的SEOV有高同源性,均为汉城型HV.但在用部分S片段及部分M片段核苷酸序列所构建的系统进化树上,5株病毒的聚集模式不同.结论温州市的褐家鼠、黄胸鼠、黄毛鼠均携带汉城型HV,并可能发生基因片段的重排.     

福建省2012年肾综合征出血热疫情及宿主动物监测分析

目的 掌握福建省肾综合征出血热（HFRS）疫情动态,为防治工作提供科学依据.方法 对全省疫情报告进行统计分析;采用笼夜法捕鼠,计算鼠密度及鼠种构成,应用间接免疫荧光法对鼠肺进行汉坦病毒抗原检测及分型.结果 2012年福建省报告HFRS患者373例,发病率为1.0027/10万.疫情分布于61个县（市、区）,但主要集中在南平、福州、泉州及宁德市.松溪县、周宁县、邵武市和郑和县发病率位居全省县（市、区）前列.啮齿动物监测显示：室内平均鼠密度为5.32％,褐家鼠为主要鼠种,携带汉城型病毒.混合型疫区野外平均鼠密度为3.62％,针毛鼠为主要鼠种.首次从将乐县褐家鼠和黄胸鼠以及武平县褐家鼠中检出汉坦病毒抗原.结论 福建省HFRS的主要宿主动物仍以褐家鼠为主.2012年福建省HFRS疫情有明显上升,松溪和周宁县HFRS发病率接近高发县水平,应切实做好灭鼠工作,对重点人群推广使用HFRS双价疫苗,减少发病,严防疾病暴发流行.     

北京市城区鼠间汉坦病毒感染的流行病学研究

目的了解北京城区中心地带鼠间汉坦病毒（Hv）感染状况及其病毒型别差异。方法选取北京城区某方圆约1km两街区之内的食物资源丰富、场所隐蔽的中、小餐饮行业、蔬菜集贸市场及周边垃圾堆、卫生死角等生态环境，从2003年12月至2004年11月每月连续采用夹夜法捕鼠，计算鼠密度和鼠种构成。应用间接ELISA法检测鼠血清IgG抗体；针对汉坦病毒M基因部分片段设计汉城型汉坦病毒（SEOV）特异性引物，应用RT-PCR法检测宿主动物携带HV情况，阳性标本直接测序。利用Excel和SPSS软件分析宿主动物HV感染的动态特征。最后用DNASTAR软件对获得序列进行比较分析。结果共捕获啮齿动物229只，平均鼠密度6．41％（229／3570），褐家鼠和小家鼠分别为餐饮业、农贸市场生境的优势鼠种。褐家鼠血清抗体阳性率3．51％（6／171），带病毒率为0．58％（1／171）；小家鼠血清抗体阳性率为6．90％（4／58），带病毒率为172％（1／58）。病毒检出率以11、12月最高，抗体水平冬春季（1、4月）最高，与春季人群肾综合征出血热（HFRS）流行季节基本一致。2份扩增阳性标本（分别来源于小家鼠和褐家鼠）均为SEOV，差异为5．40％，系统发育分析显示他们位于2个不同的较小分支，但均位于Z37支系。结论北京城区2种主要的HV宿主在一些鼠害重点行业密度仍较高，虽然HV基础感染率不高，但持续存在，为春季人群HFRS发病高峰的重要影响因素。来自2个不同宿主的HV基因有一定的差异。小家鼠的传播作用有所加强，应予重视。