湖北省武汉地区啮齿动物汉坦病毒S基因的特征分析

目的 了解湖北省武汉地区啮齿动物自然感染汉坦病毒（HV）情况以及流行的基因型和亚型。方法 2000-2003年、2009-2011年秋冬季在武汉地区新洲、江夏区野外及居民区采用夹夜法捕鼠。对捕获的动物进行分类鉴定并取肺脏用间接免疫荧光法检测病毒抗原。抗原阳性的样本,采用RT-PCR方法扩增部分S片段核苷酸序列,构建系统发生树并进行基因分型。结果 2000-2003年捕获啮齿类动物437只,HV抗原阳性鼠肺标本24份,病毒携带率为5.49%。2009-2011年捕获啮齿类动物173只,HV抗原阳性鼠肺标本7份,病毒携带率为4.05%。褐家鼠为当地的优势鼠种。22份标本成功地用汉滩病毒（HTNV）、汉城病毒（SEOV）特异引物扩增部分S基因片段并测序。17只（13只褐家鼠,4只黑线姬鼠）鼠肺标本中扩增出SEOV部分S基因片段（nt 588~1147）,分别属于第3亚型和2个新的基因亚型。5只黑线姬鼠的鼠肺标本中扩增出HTNV部分S基因片段（nt615-1141）,分别属于第7亚型和1个新的亚型。结论 武汉地区流行的HV为SEOV和HTNV,并发现新的基因亚型,SEOV可能“溢出”感染黑线姬鼠。     

福建口岸啮齿类动物携带汉坦病毒分子流行病学调查

目的了解福建口岸汉坦病毒的基因型别和分子特征。方法对2010年福建口岸捕获的鼠形动物进行汉坦病毒检测,对部分阳性标本进行M基因片段序列分析。结果 2010年福建口岸共捕获鼠形动物839只,以褐家鼠为优势鼠种,占58.52%;鼠形动物携带汉坦病毒阳性率5.84%,均为汉城型(SEO),阳性鼠种为褐家鼠和黄胸鼠,阳性率分别为8.96%和3.09%。汉坦病毒检出呈较明显的冬春季高峰。用M基因片段(nt2001～2301)核苷酸序列构建系统进化树,将福建口岸SEOV分为S2和S3两个亚型。结论 S3亚型SEOV为福建口岸优势流行亚型。     

深圳市啮齿动物感染汉坦病毒的基因特征研究

目的 研究深圳市啮齿动物所携带的汉坦病毒分子流行病学特征,分析汉坦病毒基因型别。方法 采用笼日法布点捕鼠,收集鼠肺标本后研磨提取RNA。运用实时荧光PCR方法进行分型检测,进一步采用反转录-巢式PCR扩增部分M片段G2区和S片段核苷酸序列,并进行同源性和系统进化树分析。结果 共捕获200只鼠类动物,包含褐家鼠189只、黄胸鼠9只和小家鼠2只。汉坦病毒检出率为21.0%（42/200）,均为汉城病毒,其中宝安区鼠肺检出率最高,达45.7%（χ²=25.60,P<0.05）。从阳性鼠肺标本中分别扩增出25条汉坦病毒M片段G2区和S片段序列,核苷酸同源性分别为95.3%~100.0%和97.6%~100.0%,与来自广州市的参考序列核苷酸相似性较高。系统进化树显示此次研究深圳市鼠类动物所携带的汉坦病毒均为汉城病毒的S2亚型。氨基酸突变位点分析发现,在S基因编码的核衣壳蛋白中存在1个位点突变,为BA-111第973位由丙氨酸（Ala）变为苏氨酸（Thr）。结论 深圳市鼠类动物所携带的汉坦病毒为汉城病毒的S2亚型,与深圳市历年以及周边省市汉坦病毒代表病毒毒株相比变异不大。     

余姚市鼠形动物携带汉坦病毒及M基因分析

目的了解余姚市鼠形动物汉坦病毒(HV)携带情况及基因型别。方法选择余姚市的平原、山区、滨海和城区四种地形,采用夹夜法捕获鼠类动物248只,采用实时荧光定量PCR法检测鼠类动物肺标本HV核酸,采用反转录PCR法扩增HV核酸阳性样本的M基因并进行测序和分析。结果共检出HV核酸阳性样本12份,分布于除城区外的其余3个地区,总带毒率为4.84%,且均在褐家鼠中检出;构建系统发生树分析其中8份样本的核苷酸序列,结果显示其M基因与Bj HD01核苷酸同源性最高为98.3%~99.8%,与浙江株Z37和ZT10核苷酸同源性为96.2%~97.6%,均为汉城病毒(SEOV)S3亚型。结论余姚市鼠类动物中携带的HV阳性检出率较高,褐家鼠为主要带毒宿主,基因亚型分布较单一,以SEOV S3亚型为主。     

浙江省天台县2011－2018年汉坦病毒基因型别和进化变异研究

目的 研究2011－2018年肾综合征出血热（HFRS）国家监测点浙江省天台县汉坦病毒（HV）的基因型别和进化变异情况，了解天台县HV分子流行病学特点。方法 将天台县2011－2018年HV抗原阳性的鼠肺标本超声后提取核酸，利用HV型特异性引物，应用巢式PCR对部分M片段进行扩增分型和序列测定，将天台县2011－2018年的HV序列与国内外其他已知的HV序列进行比较，以明确该地区的基因型别，分析病毒的进化变异情况。结果 HV抗原阳性的67份鼠肺标本经型特异性引物巢式PCR扩增后31份标本为阳性，其中30份为汉滩病毒（HTNV）、1份为汉城病毒（SEOV），31份PCR阳性鼠肺均来自黑线姬鼠。31份巢式PCR阳性产物的部分M片段核苷酸序列有30株分布在HTNV单元群，1株分布在SEOV单元群。HTNV单元群中的天台T2018-130株与天台其余29株及国内外其他株同源性为84.8%～87.9%，差异较大，天台其余29株亲缘关系较近； SEOV发生群中的T2016-31株来自黑线姬鼠的鼠肺标本，与SEOV天台以往分离株ZT71株、ZT10株和浙江温州分离株Z37株在系统发生树上分布于同一或临近分支。结论 浙江省天台县HV流行的主要型别HTNV基因表现出明显的地理聚集现象，但也存在着基因差异较大的变异株T2018-130株；同时从病毒基因序列分析证实SEOV T2016-31株存在于黑线姬鼠中，可能意味着在SEOV进化过程中病毒在宿主间发生了“溢出”现象。     

内蒙古牙克石地区莫氏田鼠携带汉坦病毒的遗传特征分析

目的 分析内蒙古牙克石地区莫氏田鼠携带汉坦病毒（HV）的遗传特征及其与汉滩病毒（HTNV）和汉城病毒（SEOV）型HV之间的关系,确定哈巴罗夫斯克病毒（KHAV）的自然宿主。方法 采用RT-PCR检测HV核酸、特异性引物扩增S、M基因并测序及进行序列分析。结果 共捕获52只莫氏田鼠,其中5只为HV核酸阳性,带毒率为9.62%。经PCR扩增,5份HV阳性样本获得全S基因片段,2份阳性样本全M基因片段;S基因片段由1848~1861bp组成,M基因片段由3662bp组成。核苷酸序列同源性分析显示,病毒与KHAV具有高度同源性（S基因片段为92.5%~96.4%,M基因片段为88.9%~95.4%）,与其他型HV的差异较大。将核蛋白（NP）和糖蛋白（GP）氨基酸序列与HTNV和SEOV进行比较,NP具有一致的二级结构,GP存在明显的差异。用全S与全M的核苷酸序列构建系统进化树,这些病毒均与KHAV聚集在一起,构成一个独立的分支。KHAV分为2个小分支,核昔酸差异＞5.3%。结论 内蒙古牙克石地区存在KHAV的流行,莫氏田鼠是KHAV的自然宿主。     

浙江省慈溪市啮齿动物中汉坦病毒分子流行病学研究

目的 研究浙江省慈溪市啮齿动物中汉坦病毒(HV)流行情况及病毒型别.方法 采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原;用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法扩增阳性样品中HV的部分S片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型.结果 在慈溪市肾综合征出血热(HFRS)疫点共捕获啮齿动物243只,在7份鼠肺样品中检测到HV抗原,其中4只为褐家鼠,3只为黄胸鼠,病毒携带率为2.88%.用汉城型病毒(SEOV)特异性引物从6份HV抗原阳性样品中扩增出部分S片段(620～999 nt)并测定了序列.对扩增出的部分S片段核苷酸序列分析表明,6株病毒与现有的SEOV有最高的同源性,均为SEOV.用部分S片段核苷酸序列所构建的系统进化树显示,6株病毒构成两个单元支,其中由褐家鼠携带的3株病毒与BjHD01株病毒的亲缘关系最近,分在同一分支,由黄胸鼠携带的3株病毒构成另一分支,与L99、R22及Hb8610株的亲缘关系较近.结论 慈溪市的褐家鼠与黄胸鼠分别携带一种不同亚型的SEOV,表现出SEOV在同一地区的遗传多样性,并支持宿主与汉坦病毒共进化的理论.     

吉林省汉城型汉坦病毒基因分型研究

目的 查明吉林省褐家鼠中汉城型汉坦病毒的基因亚型及其分布情况。方法 在吉林省的主要疫区采集啮齿类宿主动物，用免疫荧光法检测鼠肺标本，对汉坦病毒抗原阳性标本以RT-PCR法扩增部分M和S基因片段上的核苷酸序列并测序，将扩增片段的核苷酸序列与已知病毒序列进行系统发生分析并分型。结果 褐家鼠携带的汉坦病毒均为汉城病毒。序列分析发现在吉林省主要疫区褐家鼠流行的汉城病毒均为S3亚型，与辽宁、黑龙江省褐家鼠中的病毒株同源性较高，进化关系较近。结论 吉林省褐家鼠主要携带S3亚型的汉城型汉坦病毒。     

湖南省啮齿动物携带汉坦病毒的分子流行病学研究

目的研究湖南省啮齿动物中汉坦病毒(HV)流行情况及病毒型别。方法采用IFA法检测鼠肺中HV抗原;用RT-PCR法扩增阳性标本中HV的部分S和M片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型。结果在湖南省HV流行的地区共捕获啮齿动物344只,其中6份标本HV抗原阳性,病毒携带率为1.74%。对扩增出的部分S与M片段的核苷酸序列分析表明,5份标本中的病毒为汉城型HV(SEOV),1份为汉滩型HV(HTNV)。用S(620～990 nt)与M片段G2区(2001～2301 nt)核苷酸序列所构建的系统进化树显示,湘乡褐家鼠、黄胸鼠及黄毛鼠携带的病毒均为SEOV的S4亚型;宁远褐家鼠携带的病毒为SEOV的一个新亚型;石门小家鼠携带的病毒为HTNV的H4亚型。结论湖南省为混合型HV疫区,以汉城病毒为主,并具有宿主多样性。     

深圳市鼠类感染汉坦病毒的分子特征

目的 了解深圳市宿主动物携带汉坦病毒状况、病毒型别及分子特征.方法 笼日法捕鼠,计算鼠密度,确定鼠种构成.共捕获宿主动物472只,褐家鼠为优势鼠种,占87.29%.免疫荧光抗原阳性鼠肺标本中提取病毒RNA,应用汉坦病毒型特异性引物进行逆转录.套式PCR扩增M片段基因和核苷酸序列测定,对汉坦病毒进行基因分型和同源性分析.结果 21只来自我市不同区褐家鼠的鼠肺标本中均发现携带汉城型病毒,汉坦病毒M片段核苷酸同源性高达95.4%以上,属于同一亚型.系统进化树显示它们可以分为6个小进化分支,与SZ2083进化关系相对最近.但发现来源于地理位置较近的病毒株并没有显示出较高的基因组核苷酸序列的同源性,反而相隔较远的病毒株呈现出一致性.结论 深圳市汉坦病毒的主要宿主动物是褐家鼠,携带的汉城型汉坦病毒之间的核苷酸序列及其推导的氨基酸序列同源性较高,但也存在一定的差异.这种差异形成的原因有待进一步研究.     

2012 - 2015年江西省啮齿动物间流行的汉坦病毒基因型和基因亚型分析

目的 了解2012 - 2015年江西省啮齿动物间流行的汉坦病毒基因型别和基因亚型。方法 选取江西省肾综合征出血热疫情发生地区捕鼠,收集鼠肺标本,采用直接免疫荧光法检测鼠肺中汉坦病毒抗原,提取阳性鼠肺标本核酸,设计并采用特异性引物分别对病毒的S、M、L 3个基因进行RT - PCR扩增,对扩增产物测序和分析。结果 共捕鼠2 235只,其中汉坦病毒阳性的86只,阳性率3.85%,流行的HV基因型为汉滩型(Hantaan orthohantavirus,HTNV)和汉城型（Seoul orthohantavirus,SEOV）。江西省HTNV之间S、M、L 3个基因核苷酸的同源性为93.4%～100%,与国内外HTNV参考株3个基因核苷酸的同源性为77.3%～88.0%,在3个基因系统进化树上均呈独立分支;M基因系统进化分析发现江西省SEOV分布在S3、S4亚型分支以及1个独立的进化分支,该独立分支的9株SEOV与国内外SEOV M基因核苷酸同源性仅为84.3%～88.7%。结论 江西省啮齿动物流行的HV为HTNV和SEOV 2种基因型别,其中HTNV为新的基因亚型,SEOV存在3个基因亚型:S3、S4和1个新的基因亚型。     

以家庭为基础的关联检验在遗传流行病学中的应用

简述以家庭为基础的关联检验(FBAT)分析遗传标记等位基因与疾病表型之间关联的方法 在遗传流行病学研究中的应用.介绍FBAT的设计原理、基本步骤、应用原则,并结合实例说明如何利用相应的软件有效分析核心家庭数据.分析表明,相对于其他传统的遗传分析方法 ,FBAT可以充分利用双亲基因型、受累子代基因型及其表型的家系数据,同时还以其他性状,如环境暴露数据作为协变量,进行双等位基因或多等位基因与疾病表型的关联分析,其设计优势为可消除病例和不相关对照之间由于种族差异产生的虚假关联,有效控制由于群体分层引起的偏倚,较其他方法 有更高的检验效率.适用于核心家庭或家系资料的遗传分析,是目前为数不多的进行疾病与遗传标志物关联检验的家系遗传分析方法之一.     

Molecular inference of sources and spreading patterns of Plasmodium falciparum malaria parasites in internally displaced persons settlements in Myanmar–China border area

In Myanmar, civil unrest and establishment of internally displaced persons (IDP) settlement along the Myanmar–China border have impacted malaria transmission. The growing IDP populations raise deep concerns about health impact on local communities. Microsatellite markers were used to examine the source and spreading patterns of Plasmodium falciparum between IDP settlement and surrounding villages in Myanmar along the China border. Genotypic structure of P. falciparum was compared over the past three years from the same area and the demographic history was inferred to determine the source of recent infections. In addition, we examined if border migration is a factor of P. falciparum infections in China by determining gene flow patterns across borders. Compared to local community, the IDP samples showed a reduced and consistently lower genetic diversity over the past three years. A strong signature of genetic bottleneck was detected in the IDP samples. P. falciparum infections from the border regions in China were genetically similar to Myanmar and parasite gene flow was not constrained by geographical distance. Reduced genetic diversity of P. falciparum suggested intense malaria control within the IDP settlement. Human movement was a key factor to the spread of malaria both locally in Myanmar and across the international border.     

Review: Genetic epidemiological approaches in the study of risk factors for cardiovascular disease

The importance of genetic factors for the susceptibility to disease has been widely recognized in the last years. Genes have been identified for monogenic diseases and the challenge lying ahead is the identification of genetic components of importance and the environments in which they are expressed for complex diseases, that is, multiple genetic factors act and interact with each other or environmental factors to add to the complexity. This paper gives a brief overview of some genetic epidemiological approaches, concepts and recent methodological developments related to the study of risk factors for cardiovascular disease in twin and family studies.     

广西省百色市地中海贫血干预模式初探

目的:初步探讨广西省百色市地中海贫血干预模式。方法:在干预区进行地中海贫血的宣传、遗传咨询活动,提供地中海贫血筛查和产前诊断服务,并在干预前后对调查对象进行问卷调查。结果:调查对象的地贫基本知识及态度的基线答对率为(44±6.7)％(10％～92％),干预后答对率为(81±5.8)％(62％～96％),干预前后有显著性差异(P<0.01)。干预组进行地贫筛查例数为630/700(90％)。干预后进行产前诊断25例(年均8.33例),比干预前年均增加4例(P<0.05)。干预后促进的产前诊断比干预前提高了37％,每2.7例产前诊断就有1例是由于预措施促成,并避免了4例重型地贫儿的出生。结论:干预后妊娠高危胎儿孕妇进行产前诊断例数提高,干预效果明显。     

DNA混合池技术在遗传及分子流行病学中的应用进展

许多慢性非传染性疾病的病因机制复杂,其发病与环境暴露因素有关,也与遗传易感性及交互作用关系密切.     

DNA混合池技术在遗传及分子流行病学中的应用进展

许多慢性非传染性疾病的病因机制复杂,其发病与环境暴露因素有关,也与遗传易感性及交互作用关系密切.     

Epidemiology of essential hypertension: the role of genetic polymorphism

Over the past 20 years, the interest of the scientific community was increasingly placed in the field of genetic epidemiology and molecular genetics of blood pressure control. This paper explores references related to essential hypertension, gene and genetic epidemiology indexed in the MedLine health science database during the period 1980–2001. A systematic literature search was performed using selected keywords, such as 'genetic', 'genome' or a combination of words. We considered the study heading and evaluated the time profile of published articles. A total number of 3116 publications was collected and analyzed. Allelic distribution for the most studied polymorphisms of the renin–angiotensin system in different world populations was reviewed and reported together with a detection of their frequency in Italy: essential hypertensive patients (n = 90), healthy unrelated subjects (n = 300). Molecular variants at angiotensinogen (M and T), angiotensin II type 1 receptor (A and C) and angiotensin-converting enzyme (D and I) genes were analyzed by amplified fragment length polymorphism. A significant association was detected by ² analysis for angiotensinogen and angiotensin II-type I receptor allele distribution in hypertensive patients, in accordance with previous reports. Genetic data and methods are contributing more and more to epidemiological studies of complex diseases, and their application is influenced by information availability and Genome Project results.     

脑卒中的遗传易感性研究进展

脑卒中是中国和世界范围内的重要公共卫生问题,而遗传易感性对脑卒中的发生有重要作用。本文综述了近年来提示遗传因素对脑卒中影响的研究证据,不同遗传流行病学研究方法获得的新发现以及关联研究设计的改进策略。     

Genetic variability of Rickettsia spp. in Ixodes persulcatus/Ixodes trianguliceps sympatric areas from Western Siberia,Russia: Identification of a new Candidatus Rickettsia species

Rickettsia spp. are the causative agents of a number of diseases in humans. These bacteria are transmitted by arthropods, including ixodid ticks. DNA of several Rickettsia spp. was identified in Ixodes persulcatus ticks, however, the association of Ixodes trianguliceps ticks with Rickettsia spp. is unknown. In our study, blood samples of small mammals (n = 108), unfed adult I. persulcatus ticks (n = 136), and I. persulcatus (n = 12) and I. trianguliceps (n = 34) ticks feeding on voles were collected in two I. persulcatus/I. trianguliceps sympatric areas in Western Siberia. Using nested PCR, ticks and blood samples were studied for the presence of Rickettsia spp. Three distinct Rickettsia species were found in ticks, but no Rickettsia species were found in the blood of examined voles. Candidatus Rickettsia tarasevichiae DNA was detected in 89.7% of unfed I. persulcatus, 91.7% of engorged I. persulcatus and 14.7% of I. trianguliceps ticks. Rickettsia helvetica DNA was detected in 5.9% of I. trianguliceps ticks. In addition, a new Rickettsia genetic variant was found in 32.4% of I. trianguliceps ticks. Sequence analysis of the 16S rRNA, gltA, ompA, оmpB and sca4 genes was performed and, in accordance with genetic criteria, a new Rickettsia genetic variant was classified as a new Candidatus Rickettsia species. We propose to name this species Candidatus Rickettsia uralica, according to the territory where this species was initially identified. Candidatus Rickettsia uralica was found to belong to the spotted fever group. The data obtained in this study leads us to propose that Candidatus Rickettsia uralica is associated with I. trianguliceps ticks.