The gene expression profile of highly metastatic human ovarian cancer cell line by gene chip

In this paper, gene chip technique was used to analyze the difference of gene expression patterns in highly metastatic human ovarian tumor cell line HO-8910PM and in normal ovarian epithelial cells to explore the tumor-associated gene-cluster and its function in the process of occurrence an development of ovarian carcinoma. It will be helpful to comprehensively understand the molecular mechanism of cell transformation, to provide the molecular markers and target genes for clinical diagnosis a…     

高低转移人卵巢癌细胞系基因表达谱差异

目的 用基因芯片技术研究高低转移人卵巢癌细胞系（HO－8910PM和HO－8910）基因表达谱差异,筛选与转移相关的基因。方法 分别抽提高低转移人卵巢癌细胞和对照正常卵巢上皮的总RNA并纯化mRNA;分别将等量的mRNA逆转录合成以图像,用软件对扫描图像进行数字化处理和分析。结果 HO－8910细胞与正常卵巢上皮比较差异3倍以上共有355个基因;HO－8910PM细胞与正常卵巢上皮比较差异3倍以上共有323个基因。HO－8910PM与母系HO－8910比较差异2倍以上共有163个基因,差异3倍以上共有21个基因。结论 两株人卵巢癌细胞与正常卵巢上皮细胞基因表达谱存在差异,提示这些基因与卵巢癌的发生和发展有关;HO－8910PM与HO－8910比较存在差异的基因可能与高转移特性相关。     

人卵巢浆液性乳头状囊腺癌相关基因表达谱

[目的]探讨人卵巢上皮性癌与正常卵巢组织基因表达谱差异。[方法]采用基因芯片技术，按一步法分别抽提10例卵巢浆液性乳头状囊腺癌患者的癌组织和正常卵巢组织的总RNA并纯化mRNA；逆转录合成以Cy5荧光标记卵巢癌细胞和Cy3荧光标记正常卵巢上皮细胞的cDNA作为探针，在含有8464点人类体细胞基因模板的表达谱cDNA芯片上进行杂交。用荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像，用计算机软件对扫描图像进行数字化处理分析。[结果]卵巢浆液性乳头状囊腺癌与正常卵巢上皮比较，差异5倍以上共有185个基因，其中表达上调（其荧光强度增强〉5）有86个，表达下调（其荧光强度减弱〈0.2）有99个。[结论]卵巢上皮性癌与正常卵巢上皮比较差异表达5倍以上的185个基因，可能与卵巢上皮癌的发生和发展有关。     

食管癌和癌旁上皮基因表达谱差异

目的：用基因芯片技术研究食管癌和癌旁组织基因表达谱差异,筛选与早期癌变相关的基因,方法：分别抽提食管癌组织,癌旁组织和正常食管上皮的总RNA并纯化mRNA,将各mRNA逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA-一链做探针,分别混合后在2张含有4096条双点人类全长基因的芯片上进行杂交,用扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用软件对扫描图像进行数字上处理和分析,结果：食管癌与正常食管上皮比较差异2倍以上共有135个基因,癌旁上皮与正常食管上皮比较差异2倍以上共有31个基因,其中13个基因与食管癌中出现相同,结论：通过三者的基因谱平行比较提示食管癌与正常食管上此比较差异2倍以上的135个基因可能与食管癌的发生和发展有关,癌旁上皮与正常食管上皮比较差异2倍以上的31个基因可能与早期食管癌变的启动和演化有关。     

胰腺癌伴淋巴结转移的基因芯片研究

目的 利用基因芯片技术分析伴与不伴淋巴结转移胰腺癌组织中的差异表达基因。方法 将4000个人类全长基因的PCR产物点样于特殊处理后的玻片上制备基因芯片。用逆转录的方法,分别将两种荧光Cy3-dUTP和Cyt-dUTP标记正常胰腺组织和胰腺癌组织mRNA,以制备cDNA探针,并与芯片杂交。以ScanArray 3000荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,获得的荧光信号图像用计算机分析。每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy3-dUTP和Cy5-dUTP的量。最后,计算每点的Cy5和Cy3比值。结果 在所检测的2例伴淋巴结转移和2例不伴淋巴结转移的胰腺癌标本中,56个基因（其中包括24个已知基因）有表达差异。结论 基因芯片技术为阐明人类胰腺癌伴淋巴结转移的特异性基因表达提供了有效方法。     

结肠癌淋巴结转移相关基因的表达谱研究

 目的 利用基因芯片技术分析伴与不伴淋巴结转移结肠癌组织中的差异表达基因。方法 将含有16 084 条人类全长基因的PCR 产物点样于特殊处理后的玻片上制备基因芯片。用反转录的方法，分别将两种荧光Cy3-dUTP 和Cy5-dUTP 标记结肠癌组织和淋巴结转移组织mRNA，以制备cDNA 探针，并与芯片杂交。以Agilent 荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号，获得的荧光信号图像用计算机分析。结果 在16 084条基因中，结肠癌原发灶与转移淋巴结组织间存在差异表达的基因共999条，有537 条基因出现显著性表达上调，462条基因出现显著性表达下调。在4 例患者中出现共同表达上调基因44条，共同表达下调基因30条。包括癌基因、抑癌基因、黏附分子、基质金属蛋白酶、信号转导因子、细胞代谢和免疫相关基因等。结论 结肠癌转移是多基因作用的综合结果，转移相关基因表达谱的分析为预防和控制结肠癌的转移提供了新的思路与线索。     

基因芯片筛选食管鳞癌患者癌及癌旁组织差异表达基因

 目的 探讨食管鳞癌（ESCC）患者癌组织基因表达谱。 方法 取3例无ESCC家族史的癌及癌旁组织等量混合,抽提RNA,将RNA逆转录合成相应cDNA,以Cy5和Cy3标记cDNA作为探针,在含 有14 000点人类基因组芯片(BiostarH-140s)上进行杂交。用Scanarray 4000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用GenePix Pro 3.0软件对扫描图像进行数字化处理和分析。 结果依Ratio(cy5/cy3)>2.0或<0.5的数据项为差异表达的基因共1 855个。含表达序列标签(EST)844个,下调基因378个,上调基 因466个。在1 011个已知功能的基因中,下调基因560个,上调基因451个。包含各类功能基因。同时与6例具有家族史ESCC组织差异基因进行了初步分析。经与NCBI基因库比对,有8个基因相同,且异常表达这与报道相符。 结论 基因芯片是一高效筛选食管癌相关基因的方法。在ESCC的发生、发展中存在着大量异常表达基因。     

食管腺癌与Barrett’s食管基因表达谱的研究

 目的 探讨从Barrett’s食管到食管腺癌的癌变过程中基因表达谱的变化。 方法 取同一食管腺癌患者大体手术标本经病理确诊的腺癌组织、Barrett’s 食管组织及正常组织,分别提取组织上皮的总RNA并纯化mRNA;将mRNA逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA链做探针,分别混合后在两张基因表达谱芯片上进行杂交。用扫描仪扫描芯片荧光信号,用软件对扫描图像进行分析。 结果 食管腺癌与正常食管上皮比较差异2倍以上共有214个基因;Barrett’s食管与正常食管上皮比较差异2倍以上共有90个基因。而Barrett’s食管组织和食管腺癌组织均下调的基因有24个,均上调的基因有21个。其中符合从Barrett’s食管到食管腺癌演变趋势的基因中,上调的有9个,下调的有18个。 结论 这些基因或其产物可作为Barrett’s食管具有癌变高危性的检测指标     

采用基因表达谱芯片筛选肺癌细胞系差异表达基因的初步探讨

目的:探讨基因芯片技术分析高低不同转移能力肺癌细胞系的差异表达基因.方法:采用基因芯片技术检测具有高低不同转移能力的肺癌细胞系BE-1和LH-7的差异表达基因.抽提细胞mRNA,利用荧光标记dUTP逆转录制备cDNA探针,与人肺癌表达谱基因芯片杂交,以ScanArray 4000荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,获得的荧光信号图像用计算机分析,每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy3-dUTP和Cy5-dUTP的量,最后计算每点的Cy5和Cy3的比值.结果:在所检测的人高低肺癌转移细胞系BE-1和LH-7中,20个基因有表达差异,其中高表达14条,低表达6条.结论:基因芯片技术为筛选人类肺癌转移基因提供了有效方法.     

食管癌患者外周血基因表达谱研究

目的用基因芯片技术研究食管癌患者外周血和正常人基因表达谱差异,筛选与食管早期癌变相关的基因。方法分别抽提食管癌患者外周血细胞和正常人外周血细胞总RNA并纯化mRNA;将各mRNA逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA一链做探针,混合后在1张含有4096条双点人类全长基因的芯片上进行杂交。用扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用软件对扫描图象进行数字化处理和分析。结果食管癌患者外周血细胞和正常人外周血比较差异2倍以上的共有92个基因。其中差异3倍以上共有36个基因。有2个人尿激酶型纤溶酶原激活物受体(uPAR)基因显著上调,80K—L蛋白基因、蛋白酪氨酸磷酸酶基因、原癌基因蛋白mRNA显著上调,胶原V型α-2基因显著下调。结论80K-L蛋白基因、蛋白酪氨酸磷酸酶基因、原癌基因蛋白、胶原V型α-2基因异常可能与食管癌发生、发展和转移相关。uPAR基因可能被利用在外周血诊断食管癌微转移具有重要意义。     

肺腺癌及其转移淋巴结的基因表达谱研究

背景与目的： 利用基因芯片技术研究肺腺癌组织及其转移淋巴结组织基因表达差异。 材料与方法： 分别抽取3例肺腺癌组织、转移淋巴结组织的总RNA,通过逆转录合成cDNA,以两种荧光cy5和cy3标记,制备cDNA探针,并与含有1 152个人类全长基因的cDNA基因芯片进行杂交。以ScanArray4000荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,用计算机处理和分析。 结果： 3例肺腺癌组织和转移淋巴结组织标本中,8个基因有共同表达差异,其中上调基因5个,下调基因3个。 结论： 肺腺癌组织和转移淋巴结组织之间存在着基因表达差异,两者比较共表达差异的8个基因可能与肺腺癌的发展、转移有关。     

胃癌患者原癌基因和抑癌基因的表达谱研究

目的 :用基因表达谱芯片对人正常胃和胃癌组织原癌和抑癌基因表达的差异进行研究比较。方法 :利用胃和胃癌组织的mRNA通过逆转录方法 ,将Cy3和Cy5 2种荧光分别标记到 2组cDNA上制成探针 ,然后和表达谱芯片进行杂交后扫描 ,通过计算机分析判定 2种基因是否在上述组织中存在差异表达。结果 :在 195条原癌及抑癌基因中 ,存在差异表达的共 13条 ,表达上调的 6条 (0 0 71% ) ,表达下调的 7条 (0 0 83% )。结论 :认为应用这种方法识别出的 2种基因对胃癌的诊断和治疗具有重要的潜在价值     

基因芯片检测Ⅰ期低分化肺腺癌基因表达谱

目的 用基因芯片技术分析Ⅰ期低分化肺腺癌的异常基因表达。方法 提取肺癌组织及正常肺组织的mRNA,分别用Cy5-dUTPCy3-dUTP标记,再与8192点基因芯片杂交,用ScanArray4000扫描仪及GenePix3．0分析软件处理杂交信号获取结果。结果 肺癌组织与正常肺组织表达差异基因有580条,涉及到细胞生长调节、细胞间信息转导等多个方面。其中癌组织中上调基因为405条,下调基因175条;差异极显著性基因66条,表达上调35条,下调24条,另外有7条为未知基因。结论 多基因参与Ⅰ期低分化肺腺癌发病,基因芯片技术是疾病基因筛选的有效方法。     

基因芯片在肾癌相关基因研究中的应用

目的：通过研究人肾癌组织和癌旁正常组织中差异表达的基因，寻找肾癌相关基因以用于诊断和治疗。方法：以包含8000个cDNA基因表达谱芯片研究1组肾癌组织样本的基因表达谱。按一步法抽提肾癌和对照组癌旁正常组织的总RNA并纯化mRNA；将等量的对照组织和肾癌组织mRNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA-链做探针，混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用ScanArray3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像，计算分析后比较2种组织中差异表达的基因。结果：共筛选出差异表达基因95条，其中未知基因44条。结论：基因芯片在筛选肾癌相关基因的改变具有快速、高通量、灵敏的特点，肾癌在细胞代谢、信号转录、蛋白合成的相关基因方面有异常表达。     

VSGP/F-spondin: a new ovarian cancer marker.

The discovery of genes that are overexpressed in ovarian cancers provides valuable insight into ovarian cancer biology and will lead to the development of more effective treatment strategies for combating this disease. To identify genes exhibiting ovarian- and ovarian cancer-specific expression, we generated four subtracted cDNA libraries from primary and metastatic ovarian adenocarcinoma tissues. 3,400 cDNA clones from these libraries were analyzed by microarray for tissue distribution and tumor specificity using 32 pairs of fluorophore-labeled cDNA samples from a variety of normal tissues and ovarian tumor tissues. cDNA clones showing elevated expression in ovarian tumors were identified by DNA sequencing with comparison to public databases, and the most promising candidates were further analyzed by quantitative real-time polymerase chain reaction and Northern blot. This systematic approach led to the identification of a number of genes including vascular smooth muscle growth-promoting factor (VSGP/F-spondin), a secreted protein previously identified and cloned from bovine and human ovary. VSGP/F-spondin protein was observed in ovarian carcinomas but not in normal ovarian epithelium by immunohistochemistry with a VSGP/F-spondin antibody. The expression profile of VSGP/F-spondin identifies this molecule as a potential diagnostic marker or target for developing therapeutic strategies to treat ovarian carcinoma.     

人垂体肿瘤转化基因1在卵巢癌组织中的表达及其意义

背景与目的:人垂体肿瘤转化基因1(humanpituitarytumortransforminggene1,hPTTG1)是新近发现的一个癌基因。我们用基因表达谱芯片对晚期卵巢低分化浆液性癌进行卵巢癌相关基因的筛查,发现该基因在这种卵巢癌中明显高表达。本研究对不同临床分期、不同病理类型及不同组织学分级的上皮性卵巢癌组织hPTTG1的表达进行检测,探讨该基因在卵巢癌发生发展中的作用。方法:用非竞争性RT-PCR方法半定量检测27例卵巢癌及4例正常卵巢组织中hPTTG1mRNA的表达,用免疫组化方法检测该27例卵巢癌及18例正常卵巢组织中hPTTG1蛋白的表达。结果:在正常卵巢组织中hPTTG1mRNA有低水平的表达,而卵巢癌组织hPTTG1mRNA表达高于正常,两者之间有显著性差异(P<0.01),卵巢癌组织较正常卵巢组织表达倍增1.1～4.8,中位倍增2.4。进一步分析卵巢癌组织中hPTTG1mRNA表达水平与临床分期及病理分级的关系,未发现hPTTG1mRNA表达水平的高低与临床分期具有相关性,但发现hPTTG1mRNA倍增与肿瘤分化程度密切相关(r=0.686,P<0.05)。hPTTG1蛋白在所有卵巢癌组织中表达,而在正常卵巢组织中未检测到hPTTG1蛋白的表达。结论:hPTTG1表达在早期卵巢癌即发生改变,其表达可能与不良分化有关;hPTTG1在卵巢癌组织中高表达,可能是卵巢癌的一个分子标志。     

cDNA微矩阵筛选卵巢癌相关基因的研究

背景与目的：导致卵巢癌发生、发展的分子机制目前还不完全清楚,有研究者认为癌发生可能是许多基因表达水平的改变导致细胞内出现一系列分子变化的结果。本研究的目的是应用cDNA微矩阵方法对正常人卵巢组织及卵巢癌组织基因表达的差异性进行比较研究,筛选卵巢癌的相关基因。方法：将512个人癌基因和抑癌基因的cDNA用点样仪点在特制玻片上,制成表达谱芯片;分别提取人正常卵巢组织及卵巢癌组织的mRNA,通过逆转录PCR方法,将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两种组织的cDNA,制备成cDNA探针,并与表达谱芯片进行杂交及扫描,通过计算机应用ImaGene3．0软件分析和处理数据。结果：对正常卵巢组织和卵巢癌组织的癌基因和抑癌基因表达谱分析,在3例或3例以上组织有共表达差异性的基因有38个,其中在卵巢癌组织中下调的基因有23个,上调的基因有15个。结论：应用cDNA微矩阵技术研究卵巢癌的基因表达谱,初步筛选出了肿瘤相关基因。     

基因芯片在胰腺癌相关基因筛选中的初步研究

目的探讨基因表达谱芯片技术在筛查胰腺癌相关基因群表达中的作用。方法按微矩阵排列的4096种全长基因PCR产物制成Biostar H-40s型微矩阵表达谱芯片;采用一步法抽提胰腺癌及正常胰腺组织总RNA,用Oligotex mRNA离心柱分离纯化两种组织的mRNA;经逆转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)掺入的cDNA一链制备表达谱探针,芯片杂交和洗片后,用荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像,分析胰腺癌及正常胰腺组织中差异表达的基因。结果在4096种基因中,胰腺癌组织与正常胰腺组织间有949条(23.2%)存在差异表达的基因,其中我们确定了9条上调和8条下调的癌基因和抑癌基因可能与胰腺癌的发病机制存在相关性。结论基因表达谱芯片技术可以筛选出胰腺癌表达异常的相关基因群,对其进一步研究有助于认识胰腺癌的发病机制。