胰腺癌伴淋巴结转移的基因芯片研究

目的 利用基因芯片技术分析伴与不伴淋巴结转移胰腺癌组织中的差异表达基因。方法 将4000个人类全长基因的PCR产物点样于特殊处理后的玻片上制备基因芯片。用逆转录的方法,分别将两种荧光Cy3-dUTP和Cyt-dUTP标记正常胰腺组织和胰腺癌组织mRNA,以制备cDNA探针,并与芯片杂交。以ScanArray 3000荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,获得的荧光信号图像用计算机分析。每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy3-dUTP和Cy5-dUTP的量。最后,计算每点的Cy5和Cy3比值。结果 在所检测的2例伴淋巴结转移和2例不伴淋巴结转移的胰腺癌标本中,56个基因（其中包括24个已知基因）有表达差异。结论 基因芯片技术为阐明人类胰腺癌伴淋巴结转移的特异性基因表达提供了有效方法。     

肺癌淋巴结转移相关基因差异表达分析

目的:应用人类14K cDNA基因表达谱芯片筛选肺癌淋巴结转移相关基因,探讨肺癌淋巴结转移发生过程中相关基因群的表达及初步功能.方法:分别抽取肺癌组织和淋巴结转移组织的总RNA,采用逆转录方法,制成cDNA链,并以2种荧光Cy5和Cy3标记做探针,与含有14 784条人类14K cDNA基因表达谱芯片进行杂交.以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上2种荧光信号,进行计算机处理和分析,筛选出肺癌淋巴结转移组织中差异表达基因,并用RT-PCR实验对部分差异表达基因进行验证.结果:在14 784条基因中,肺癌组织和淋巴结转移组织间存在差异表达的基因共40条,有21条基因出现显著表达上调,19条基因出现显著表达下调.经RT-PCR验证,差异表达趋势与基因芯片技术检测的结果一致.结论:肺癌淋巴结转移发生过程中有多基因的参与,肺癌组织与淋巴结转移组织共同差异表达的40条基因可能与淋巴结转移的发生、发展有关.     

结肠癌淋巴结转移相关基因的表达谱研究

 目的 利用基因芯片技术分析伴与不伴淋巴结转移结肠癌组织中的差异表达基因。方法 将含有16 084 条人类全长基因的PCR 产物点样于特殊处理后的玻片上制备基因芯片。用反转录的方法，分别将两种荧光Cy3-dUTP 和Cy5-dUTP 标记结肠癌组织和淋巴结转移组织mRNA，以制备cDNA 探针，并与芯片杂交。以Agilent 荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号，获得的荧光信号图像用计算机分析。结果 在16 084条基因中，结肠癌原发灶与转移淋巴结组织间存在差异表达的基因共999条，有537 条基因出现显著性表达上调，462条基因出现显著性表达下调。在4 例患者中出现共同表达上调基因44条，共同表达下调基因30条。包括癌基因、抑癌基因、黏附分子、基质金属蛋白酶、信号转导因子、细胞代谢和免疫相关基因等。结论 结肠癌转移是多基因作用的综合结果，转移相关基因表达谱的分析为预防和控制结肠癌的转移提供了新的思路与线索。     

基因芯片检测Ⅰ期低分化肺腺癌基因表达谱

目的 用基因芯片技术分析Ⅰ期低分化肺腺癌的异常基因表达。方法 提取肺癌组织及正常肺组织的mRNA,分别用Cy5-dUTPCy3-dUTP标记,再与8192点基因芯片杂交,用ScanArray4000扫描仪及GenePix3．0分析软件处理杂交信号获取结果。结果 肺癌组织与正常肺组织表达差异基因有580条,涉及到细胞生长调节、细胞间信息转导等多个方面。其中癌组织中上调基因为405条,下调基因175条;差异极显著性基因66条,表达上调35条,下调24条,另外有7条为未知基因。结论 多基因参与Ⅰ期低分化肺腺癌发病,基因芯片技术是疾病基因筛选的有效方法。     

寡核苷酸阵列引物延伸技术在p53基因突变检测中的应用

背景与目的越来越多的研究表明,许多疾病的发生、个体化治疗及预后与基因的SNP密切相关,对其快速、准确的检测在基因组研究和应用中具有重要的意义。本文应用寡核苷酸阵列引物延伸法对人类肿瘤相关性最高的基因——p53基因进行SNPs的平行检测。方法根据寡核苷酸基因芯片上延伸引物的设计原则设计出12条p53基因第三外显子上的SNP检测的延伸引物,点样制备7×8点阵的寡核苷酸基因芯片,将巢式PCR扩增出的p53基因片段与芯片杂交,在Klenow酶的介导下进行荧光标记的碱基延伸反应、洗脱、扫描。同时p53基因片段进行测序分析。结果经荧光检测分析,芯片经延伸反应后出现了明显的Cy3-dUTP或Cy5-dCTP荧光标记信号,检测灵敏度好,结果与测序验证结果一致。结论采用寡核苷酸芯片的阵列引物延伸技术可以在基因水平实现对p53基因的多个位点的高灵敏度平行检测,是一种高效、价廉、准确的SNP检测方法。     

基因芯片技术筛选非小细胞肺癌A549细胞顺铂耐药相关基因的研究

目的:采用基因芯片技术筛选人非小细胞肺癌(NSCLC)耐顺铂(DDP)A549细胞与A549细胞之间的差异表达基因,为进一步研究其耐DDP相关分子机制提供资料。方法:分别抽取耐DDPA549细胞与A549细胞的总RNA,采用逆转录的方法,制成cDNA链,并以2种荧光Cy5和Cy3标记后作为探针,与含有17101条人类16KcDNA基因表达谱芯片进行杂交,扫描荧光强度,并用计算机进行分析,寻找两组差异表达基因。结果:在17101条基因中,3株A549/DDP和3株A549细胞共同差异表达基因24条,其中上调基因12条,下调基因12条。结论:A549细胞发生DDP耐药过程中有多个基因参与,两者共同差异表达的24条基因可能参与其耐DDP分子机制。     

人胃腺癌BGC823细胞Midkine高表达前后基因表达谱芯片分析

目的:用基因芯片技术分析、筛选Midkine高表达前后胃腺癌相关基因谱的差异表达.方法:建立Midkine高表达BGC823胃腺癌细胞系,提取细胞总RNA,逆转录Cy3、Cy5 标记cDNA 探针,应用晶芯表达谱芯片,分析差异表达的基因.结果:发现Midkine高表达前后BGC823胃腺癌细胞有显著性表达差异的基因共有550个,其中上调基因407个,下调基因143个.对550条差异表达基因进行初步功能分类分析,结果表明这些基因与Midkine促进胃腺癌发病机制存在相关性.结论: Midkine高表达前后BGC823胃腺癌细胞部分功能基因存在显著的表达差异,多数差异表达的基因参与细胞黏附、细胞骨架形成、细胞周期以及细胞代谢等过程.     

绒毛膜癌的基因表达谱初步研究

 目的 比较绒毛膜癌与葡萄胎基因表达谱改变, 研究绒毛膜癌的基因表达特征. 方法 采用cDNA芯片技术,用Cy3-dUTP标记葡萄胎mRNA, 用Cy5-dUTP标记绒毛膜癌细胞mRNA制备探针进行芯片杂交, 抽取3条基因作RT-PCR验证. 结果 从有效基因位点中筛选出227个差异表达基因,占所研究基因的5.66%, 其中上调基因表达共85条,占2.12%, 下调基因共142条,占3.54%. 结论 与葡萄胎相比, 绒毛膜癌能引起包括信号转导相关基因、转移相关基因等较广泛的基因激活与上调效应,同时也下调了细胞周期负性调节、蛋白酶抑制因子等相关基因,初步揭示了绒毛膜癌基因调控异常的复杂性.     

伴颈部淋巴结转移的甲状腺乳头状癌的基因差异表达

背景与目的：甲状腺乳头状癌是预后较好的一种恶性肿瘤，颈部淋巴结转移是其主要的转移方式。近年来迅猛发展起来的基因芯片技术是研究肿瘤生物学行为的一种快速、高效的方法。本研究拟比较初治有颈部淋巴结转移（cN1）的甲状腺乳头状癌组织与正常甲状腺组织的基因差异表达，筛选甲状腺乳头状癌的转移相关基因。方法：分别用Cy3和Cy5两种荧光染料标记两组组织的总mRNA，与含有14112个基因位点的芯片进行杂交。通过对荧光信号的扫描、分析，筛选两组差异表达的基因。结果：共有1212个基因位点在两组间出现差异表达，占总基因点位数的8．71％。其中22个位点呈显著差异表达（上调或下调8倍以上）。在显著下调的6个位点中，有2个位点代表同一个基因序列（NM-001920）——decorin蛋白的mRNA序列。结论：基因芯片是研究疾病发生发展过程中基因表达改变的有效方法之一。PTC的发生发展（包括颈部淋巴结转移）涉及众多的基因参与。Decorin蛋白可能在甲状腺乳头状癌颈部淋巴结转移中发挥重要作用。     

肺癌A549细胞抗脱落凋亡相关基因表达谱及其TC-1的表达和意义

目的:应用基因芯片筛选出脱落培养A549细胞抗脱落凋亡相关基因,并探讨TC-1基因的表达和意义.方法:应用基因芯片检测脱落培养A549细胞与贴壁培养A549细胞的差异基因,利用NCBI Pubmed数据库筛选出与肺癌细胞抗脱落凋亡相关的基因,从中找出差异表达倍数最大的基因,运用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术及蛋白质印迹技术测定其表达.结果:基因芯片共检测到表达差异的基因745个,筛选出63个与肺癌细胞抗脱落凋亡相关的基因,从中找出差异表达倍数最大的基因--TC-1基因,TC-1基因及其编码蛋白在脱落培养A549细胞中表达明显高于贴壁培养A549细胞,P＜0.02.结论:基因芯片技术为筛选肺癌抗脱落凋亡相关基因提供了有效方法,TC-1基因可能参与调控肺癌细胞抗脱落凋亡过程,与肺癌细胞侵袭、转移等行为相关.     

Study of the Gene Expression Profile of Human Ovarian Carcinoma by a Gene Chip

OBJECTIVE To study the difference in gene expression between human ovarian carcinoma and normal ovarian tissues, and screen the novel associated genes by cDNA microarrays.METHODS Total RNA from 10 cases of ovarian cancer and from normal ovarian tissues were extracted by a single step method. The cDNA was retro-transcribed from an equal quantity of mRNA derived from the 10 cases of ovarian carcinoma and normal ovarian tissues, followed by labeling the cDNA strands with Cy5 and Cy3 fluorescence as probes. The mixed probes were hybridized with BiostarH 8464 dot human somatic cell genes.Fluorescence signals were assessed by a ScanArray 4000 laser scanner and the images analyzed by Gene Pix Pro 3.0 software with a digital computer.RESULTS By applying the cDNA microarray we found a total of 185 genes for which expression levels differed more than 5 times comparing human ovarian carcinoma with normal ovarian epithelium. Among these genes 86 were up-regulated ＞5 times and 99 were down regulated ＜0.2.CONCLUSION The cDNA microarray technique is effective in screening the differential gene expression between human ovarian cancers and normal ovarian epithelium. It is suggested that these genes identified are related to the genesis and development of ovarian carcinoma.     

沙棘籽渣黄酮诱导人乳腺癌细胞凋亡相关基因的表达谱变化

背景与目的:研究显示,沙棘含有多种黄酮类化合物,具有抗氧化、防辐射等作用。cDNA基因表达谱芯片技术具有高通量、高效、快捷的特点,本实验拟利用cDNA基因表达谱芯片研究沙棘籽渣黄酮(flavonoidsfromseedresiduesofHippophaerhamnoidesL.,FHR)诱导人乳腺癌细胞Bcap鄄37凋亡相关基因的表达谱变化。方法:抽提FHR作用前后的Bcap鄄37细胞总RNA,经逆转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,与含有13824个cDNA基因的人14K基因表达谱芯片杂交,利用Genespring软件分析实验组和对照组之间差异表达的基因,对所获得的基因进行生物信息学分析。结果:实验组与对照组中表达上调的基因有305条,表达下调的基因有361条。差异表达的与细胞凋亡相关的基因有32条,占芯片基因总数的0.23%,其中表达上调的有25条(平均Ratio值为3.071),下调的有7条(平均Ratio值为0.418)。生物信息学分析表明,FHR在对Bcap鄄37细胞作用的过程中,该32条差异表达基因与Bcap鄄37细胞凋亡有关,其中包括CTNNB1、TSSC3、IGFBP4、IGFBP6、GADD34、TNFRSF10B、Caspase鄄9和PCNA等。结论:FHR诱导Bcap鄄37细胞凋亡的机制是由多基因协同,并通过胞内和胞外信号转导途径共同调节完成。     

The gene expression profile of highly metastatic human ovarian cancer cell line by gene chip

In this paper, gene chip technique was used to analyze the difference of gene expression patterns in highly metastatic human ovarian tumor cell line HO-8910PM and in normal ovarian epithelial cells to explore the tumor-associated gene-cluster and its function in the process of occurrence an development of ovarian carcinoma. It will be helpful to comprehensively understand the molecular mechanism of cell transformation, to provide the molecular markers and target genes for clinical diagnosis a…     

高低转移人卵巢癌细胞系基因表达谱差异

目的 用基因芯片技术研究高低转移人卵巢癌细胞系（HO－8910PM和HO－8910）基因表达谱差异,筛选与转移相关的基因。方法 分别抽提高低转移人卵巢癌细胞和对照正常卵巢上皮的总RNA并纯化mRNA;分别将等量的mRNA逆转录合成以图像,用软件对扫描图像进行数字化处理和分析。结果 HO－8910细胞与正常卵巢上皮比较差异3倍以上共有355个基因;HO－8910PM细胞与正常卵巢上皮比较差异3倍以上共有323个基因。HO－8910PM与母系HO－8910比较差异2倍以上共有163个基因,差异3倍以上共有21个基因。结论 两株人卵巢癌细胞与正常卵巢上皮细胞基因表达谱存在差异,提示这些基因与卵巢癌的发生和发展有关;HO－8910PM与HO－8910比较存在差异的基因可能与高转移特性相关。     

cDNA微矩阵筛选卵巢癌相关基因的研究

背景与目的：导致卵巢癌发生、发展的分子机制目前还不完全清楚,有研究者认为癌发生可能是许多基因表达水平的改变导致细胞内出现一系列分子变化的结果。本研究的目的是应用cDNA微矩阵方法对正常人卵巢组织及卵巢癌组织基因表达的差异性进行比较研究,筛选卵巢癌的相关基因。方法：将512个人癌基因和抑癌基因的cDNA用点样仪点在特制玻片上,制成表达谱芯片;分别提取人正常卵巢组织及卵巢癌组织的mRNA,通过逆转录PCR方法,将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两种组织的cDNA,制备成cDNA探针,并与表达谱芯片进行杂交及扫描,通过计算机应用ImaGene3．0软件分析和处理数据。结果：对正常卵巢组织和卵巢癌组织的癌基因和抑癌基因表达谱分析,在3例或3例以上组织有共表达差异性的基因有38个,其中在卵巢癌组织中下调的基因有23个,上调的基因有15个。结论：应用cDNA微矩阵技术研究卵巢癌的基因表达谱,初步筛选出了肿瘤相关基因。