患者血液和温泉水中阿尔卑斯浴者菌的分离及鉴定

目的通过对患者血液来源的阿尔卑斯浴者菌(Balneatrix alpica)分离株X117和该患者所在小区天然温泉水的分离株GN-1进行菌种鉴定与微生物学特征分析, 为该菌作为罕见病原体引起临床相关感染的病原学诊断提供实验依据。方法以阿尔卑斯浴者菌DSM 16621T作为参考, 对分离株X117和GN-1进行生化表型鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定、16S rRNA基因测序和系统发育分析、单核苷酸多态性(SNP)距离以及全基因组相关指数分析, 以准确确定其分类学地位和同源性;微量肉汤稀释法进行药敏试验;VFDB毒力因子数据库进行毒力基因注释和分析。结果分离株X117和GN-1在哥伦比亚血琼脂平板和巧克力平板上培养4 d可见菌落呈淡黄色或棕黄色, 菌落表面呈斑驳状, 革兰染色阴性杆菌, 氧化酶和吲哚试验阳性, 与阿尔卑斯浴者菌DSM 16621T特征一致。16S rRNA系统发育分析表明分离株X117和GN-1均为阿尔卑斯浴者菌, 其与阿尔卑斯浴者菌DSM 16621T平均核苷酸一致性(ANI)值为98.44%和98.41%, 基因组DNA-DNA杂交值(dDDH)均为87.1...     

2005-2008年上海分离肺炎支原体对抗菌药物的敏感性及对大环内酯类的耐药机制研究

目的 了解目前上海分离肺炎支原体对常用抗菌药的敏感性,明确对红霉素耐药株的耐药机制.方法 采用微量稀释法测定102株肺炎支原体对大环内酯类、四环素类和氟喹诺酮类的药物敏感性.对肺炎支原体核糖体23S rRNA全序列进行扩增及测序.采用限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)对肺炎支原体进行分型.结果 四环素类及氟喹诺酮类对肺炎支原体具有良好活性.肺炎支原体临床分离株对红霉素敏感性低,MIC_(50)和MIC_(90)均>128μg/ml.81.4%(83/102)临床株对红霉素耐药(MIC均>128 mg/L).红霉素耐药肺炎支原体均存在A2063G的核苷酸位点突变.85.3%(87/102)临床分离株属于RFLP 1型.结论 上海分离肺炎支原体对红霉素耐药率高,核糖体23S rRNA的A2063G核苷酸点突变是导致耐药的原因.     

耐甲氧西林凝固酶阴性葡萄球菌对利奈唑胺的耐药机制及分子流行病学研究

目的 研究耐甲氧西林凝固酶阴性葡萄球菌(MRCoNS)临床分离株对利奈唑胺的耐药机制及分子流行病学.方法 2011年3-8月我院分离到17株对利奈唑胺耐药的MRCoNS,包括10株头状葡萄球菌、4株科氏葡萄球菌、2株溶血葡萄球菌和1株松鼠葡萄球菌.用E-test法测定抗生素对细菌的最低抑菌浓度(MIC);脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析菌株之间的同源性;PCR扩增和序列分析研究细菌对利奈唑胺耐药的分子机制.结果 9株利奈唑胺MIC值为＞256 μg/ml的头状葡萄球菌为同一克隆株,MIC值为4μg/ml的另1株头状葡萄球菌为密切相关菌株.4株利奈唑胺MIC值为＞256 μg/ml的科氏葡萄球菌为同一克隆株.松鼠葡萄球菌利奈唑胺MIC值为64 μg/ml,2株溶血葡萄球菌分别为4 μg/ml和6μ/ml.对23S rRNA基因第5功能区和cfr基因进行PCR扩增和测序发现,9株利奈唑胺MIC值为＞256 μg/ml的头状葡萄球菌的23S rRNA基因第5功能区存在常见G2576T突变和一个未报道过的C2104T突变;松鼠葡萄球菌存在G2576T突变;除松鼠葡萄球菌外,其余16株菌株均携带cfr基因.结论 首次报道在国内分离到利奈唑胺耐药的葡萄球菌临床菌株.MRCoNS对利奈唑胺耐药与23S rRNA基因第5功能区碱基突变和携带cfr基因相关.利奈唑胺耐药MRCoNS在我院有克隆传播现象.     

海盐弗朗西斯菌的系统发育与毒力基因分析

目的研究海盐弗朗西斯菌(Francisella salimarina)的系统发育和毒力基因分布情况。方法纳入GenBank数据库中的相关基因组数据, 对海盐弗朗西斯菌及邻近菌种进行系统发育分析, 分析16S rRNA基因、rpoB基因、mdh基因等单个基因与核心基因组系统发育的一致性, 基于毒力因子数据库和抗生素耐药基因数据库注释并分析毒力基因及耐药基因。以蜃楼弗朗西斯菌(Francisella philomiragia) ATCC 25015T为参考, 采用大蜡螟幼虫感染试验评估海盐弗朗西斯菌的毒力。结果海盐弗朗西斯菌在系统发育上与蜃楼弗朗西斯菌亲缘关系最为相近。系统发育树比较发现, mdh基因系统发育树与核心基因组系统发育树高度相似。而单基因系统发育分析显示, 基于16S rRNA基因和mdh基因序列分析均能鉴别海盐弗朗西斯菌及邻近菌种, 但mdh基因具有更强的区分能力。8株海盐弗朗西斯菌共检出多种毒力基因, 主要与分泌系统、黏附、免疫调节、运动和应激生存相关。此外, 8株菌均检测到β-内酰胺类耐药基因blaFPH。该菌在大蜡螟幼虫感染试验中表现出较高的致死能力, 与蜃楼弗朗西斯菌...     

解脲脲原体对红霉素体外耐药性与ermB基因相关性研究

目的 探讨解脲脲原体(Uu)临床株对红霉素体外耐药性与ermB耐药基因之间的关系.方法 采用微量肉汤稀释法体外测定143株临床分离的Uu对红霉素的最低抑菌浓度(MIC),以MIC≥8μg/ml为耐药判读标准;设计引物扩增ermB基因,并以多条带抗原基因为靶位设计引物对Uu进行生物学分群.结果 Uu对红霉素MIC范围为≤0.125μg/至≥128μg/ml,MIC50为16 μg/ml,MIC90≥128 μg/ml,耐药率为64.38%.ermB基凶总的阳性率为27.97%,主要分布在MIC≥8 μg/ml的菌株.两生物群之间不存在红霉素耐药性及ermB基因阳性率的差异.结论 ermB基因可能是介导Uu对红霉素耐药的基因,两生物群在对红霉素耐药性机制的差异需进一步研究.     

解脲脲原体Parvo和T960生物群msr基因的检测

目的 检测解脲脲原体(Uu)是否携带介导对红霉素耐药的msr基因,并分析其在Uu两生物群间分布的差异.方法 采用微量肉汤稀释法测定72株Uu临床株对红霉素的体外耐性,PCR检测msrA、msrB、msrG、msrD基因,并对Uu进行PCR分群.结果 72株Uu的最低抑菌浓度(MIC)范围是≤0.125 μg/ml≥128 μg/ml,MIC_(50)为32 μg/ml,MIC_(90)≥128μg/ml.分群结果示Parvo生物群51株,占70.83%,T960生物群21株,占29.17%.共检测到msrD基因的Uu24株,msrB基因12株,msrA基因1株,没有发现Uu菌株携带msrC基因.5株Uu同时检测到msrB和msrD基因,1株Uu同时检测到msrA、msrB和msrD基因.以MIC≥8μg/ml为耐药判定值时,两生物群对红霉素耐药性无显著差异,msrB基因主要分布在T960生物群.结论 Uu临床菌株携带对大环内酯类耐药的msr基因(包括msrA、msrB、msrP),msrB基因主要分布在T960生物群.     

murM基因变异与肺炎链球菌青霉素高度耐药及头孢曲松耐药的相关性

目的　研究肺炎链球菌murM基因变异与青霉素及头孢曲松耐药的相关性。方法　应用PCR技术扩增肺炎链球菌murM基因并进行基因测序。选取肺炎链球菌株 5 5株 ,包括青霉素敏感株 10株 (MIC≤ 0 .0 6 μg/ml) ;青霉素耐药株 4 5株 ,其中低水平耐药 10株 (MIC 0 .12～ 1μg /ml) ,高水平耐药 35株 (MIC≥ 2 μg/ml) ,在青霉素高水平耐药菌株中 ,对头孢曲松耐药 13株 (MIC≥ 2 μg/ml)。用敏感株R36AmurM基因序列作为比较标准。结果　 5 5株肺炎链球菌murM基因PCR产物测序结果 ,16株murM基因发生显著变异 (变异率≥ 3% ) ,1株青霉素MIC 3μg/ml、头孢曲松MIC 2 μg/ml的菌株 ,其murM基因变异率 3.4 % ;15株青霉素MIC≥ 8μg/ml或头孢曲松MIC≥ 2 μg/ml的菌株 ,murM基因变异率达 10 % ,呈嵌合式变异。murM基因变异与肺炎链球菌青霉素及头孢曲松MIC显著相关 (χ2 =36 .5 32 ,P <0 .0 1;χ2 =37.116 ,P <0 .0 1)。结论　肺炎链球菌murM基因变异与青霉素高度耐药 (MIC≥8μg/ml)及头孢曲松耐药 (MIC≥ 2 μg/ml)有显著的相关性。     

87例培养阳性解脲脲原体的药敏分析

目的了解泌尿生殖道标本中解脲脲原体对不同抗生素的敏感性差异.方法用法国生物梅里埃生产的支原体IST试剂盒对泌尿生殖道分泌物等标本进行培养鉴定和药敏试验.结果其中有87例解脲支原体培养阳性,药敏结果分析发现解脲脲原体分别对6种抗生素敏感如下:四环素60例(69.00%)、强力霉素68例(78.16%)、交沙霉素82例(94.25)、原始霉素全部敏感率(100%)、红霉素只有7例(8.05%)、氧氟沙星28例(32.18%).结论应将原始霉素、交沙霉素、强力霉素、四环素列为临床治疗解脲支原体感染首先药物.     

非O157产志贺毒素大肠杆菌分离株亚碲酸钾抗性水平及抗性基因簇分析

目的 了解我国部分地区非O157产志贺毒素大肠杆菌(Shiga toxin-producing Escherichia coli,STEC)分离株的亚碲酸钾抗性水平、抗性基因簇及其关系.方法 使用平皿法检测亚碲酸钾抗性水平,采用PCR方法检测亚碲酸钾抗性基因簇.结果 在所检测的39株非O157 STEC中,仅有5株菌亚碲酸钾抗性水平介于128～512 μg/ml,同时携带亚碲酸钾抗性基因簇(terABCDE).另有2株菌的亚碲酸钾抗性水平为8 μg/ml,3株菌为2 μg/ml,其余29株菌均＜1 μg/ml,且这34株菌terABCDE均阴性.结论 大多数非O157 STEC分离株对亚碲酸钾敏感,在使用含亚碲酸钾的选择性培养基分离非O157 STEC时应慎重.     

两株临床分离的金黄杆菌的鉴定和系统发育分析

目的对临床痰液和中段尿标本分离的SQ219和SQ220进行生物学特性、系统进化和临床意义分析。方法观察菌株的培养特性及生理生化特征;用VITEK2全自动微生物鉴定和药敏分析仪及MALDI-TOF质谱仪鉴定细菌;利用相关软件对细菌16S rRNA和核心基因组作系统发育分析及基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析。结果 SQ219和SQ220为革兰阴性杆菌, 专性需氧, 触酶和氧化酶阳性, 无动力;在30℃、pH7和不含NaCl的培养基中生长最佳;SQ220可在血平板上产生黄色素但SQ219不产生;SQ219和SQ220对氨曲南、阿米卡星、妥布霉素、黏菌素耐药, 与金黄杆菌属药敏表型一致。SQ219和SQ220总长分别为5.08 Mb和4.80 Mb, G+C含量分别为36.72%和36.36%, 均预测到β-内酰胺类耐药基因(blaCGA)。16S rRNA系统发育分析表明SQ219、SQ220与啤酒神金黄杆菌DSM18014T相似性最高, 分别为98.93%和98.36%;核心基因组进化分析显示SQ219、SQ220与啤酒神金黄杆菌DSM18014T的进化关系最近。然而, 两株菌与啤酒神...     

人型支原体GyrA基因突变与喹诺酮耐药的关系研究

目的　探讨人型支原体 (Mh)GyrA基因突变与喹诺酮耐药的关系。方法　对 2株环丙沙星MIC >64μg/ml的Mh先进行分子鉴定 ,然后对其GyrA基因的喹诺酮耐药决定区 (QRDR)进行扩增和测序。结果　该 2株Mh临床分离株均存在GyrA基因第 83位氨基酸密码子由TCA[丝氨酸 ]至TTA[亮氨酸 ]的突变。结论　该 2株环丙沙星MIC >64μg/ml的Mh临床分离株存在GyrA基因突变     

一株脓液分离的海岸嗜半胱氨酸菌的鉴定及毒力基因分析

目的通过对1株从1名被海虾刺伤的患者脓液分离的致病菌株JM-1进行准确鉴定、药敏试验和毒力基因分析, 为海岸嗜半胱氨酸菌(Cysteiniphilum litorale)作为罕见病原体引起临床相关感染的筛检及改善预后提供实验依据。方法对分离株进行生化表型鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)鉴定、16S rRNA基因测序和系统发育分析, 以及基于全基因组序列的平均核苷酸一致性(average nucleotide identity, ANI)、平均氨基酸一致性(average amino acid identity, AAI)分析和系统发育分析, 以准确确定其分类学地位;以E-test法进行药敏试验, 并依据CLSI M45-A3土拉弗朗西斯菌解释标准进行结果判读;以VFDB毒力因子数据库对全基因组进行毒力基因注释和分析。结果分离株JM-1在哥伦比亚血平板上培养3 d可见灰白色、中等大小、光滑、圆形、凸起的溶血菌落。革兰染色为着色较淡的阴性球杆菌。API NH鉴定结果提示为卡他莫拉菌(生化编码:3010);Vitek2系统NH卡鉴定无鉴定结果(生物编码:02...     

杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌耐药特征与基因组分析

目的了解杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌的耐药特征, 并进行溯源分析。方法对2015—2020年杭州地区分离的60株德尔卑沙门菌进行药敏分析、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型和全基因组测序, 并下载公共数据库基因组进行比较;利用测序数据对菌株进行多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)和耐药基因扫描, 并构建基于单核苷酸多态性(SNP)位点的系统发育树。结果杭州地区德尔卑沙门菌临床株和食品株对28种药物的耐药率差异均无统计学意义, 多重耐药率为76.7%(46/60);所有菌株均检出氨基糖苷乙酰转移酶基因aac(6′)-Iaa和磷霉素耐药基因fosA7;60株德尔卑沙门菌共分为46种PFGE带型、53种cgMLST(HC2)型别, 除1株为ST3220型外, 其余均为ST40型;基于439株德尔卑沙门菌(包括60株杭州菌株和379株公共数据库菌株)SNP位点构建的系统发育树显示:部分杭州菌株与东南亚菌株进化距离较近, 提示可能存在跨境传播, 食品株主要来自猪肉和水产类;其他杭州菌株与北京、广州、湖北、重庆等省市的菌株距离较近, 提示可能存在跨省传播, 食品株...     

胎儿弯曲菌龟亚种中国分离株的种群结构、毒力基因及耐药性分析

目的了解胎儿弯曲菌龟亚种(Campylobacter fetus subsp.testudinum, Cft)的分子流行病学特征。方法对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序, 结合GenBank公布的全球Cft基因组数据进行流行病学分析;MLST-GrapeTree分析Cft的群体遗传结构;核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建Cft的系统发育树, rhierBAPS确定其种群结构;CARD、ResFinder及VFDB注释Cft的耐药及毒力基因;E-test法进行药敏试验, 并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。结果基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析, 共纳入全球41株Cft基因组信息, 其中人类来源24株, 动物来源13株, 未知来源4株。流行病学资料显示, 24株人类来源菌株中, 20株感染对象为黄种人, 1例为白种人(配偶是亚裔), 其余未知, 差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物, 包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示, 中国分离株以ST46为主要序列型, 美国则以S...     

一株Ⅲ型WU多瘤病毒的分离培养和全基因组进化分析

目的分离培养WU多瘤病毒(WU polyomavirus, WUPyV)并分析全基因组系统进化、同源性及种群动态特征。方法采用实时荧光定量PCR检测2020—2022年间北京友谊医院呼吸道感染住院患儿鼻咽抽吸物样本, 利用气液两相的原代人呼吸道上皮细胞模型对WUPyV阳性样本进行病毒分离培养, Sanger测序获得全基因组, 结合GenBank数据库中已公布的全基因组信息进行系统发育和进化动力学研究。结果 WUPyV在2020—2022年的检出率为4.7%(31/659), 并成功分离1株Ⅲc型WUPyV临床病毒株BJ0593。WUPyV全基因组及各基因片段同源性较高, VP2基因的平均进化速率约为每年1.256×10-4个氨基酸替换/位点, 种群动态在近十年内趋于平缓。结论本研究首次成功分离Ⅲ型WUPyV临床病毒株, 为WUPyV的分子进化及致病性研究提供基础。     

宫内解脲脲原体和人型支原体感染与自发早产发生的关系及其对早产儿的影响

目的 检测胎龄23～32周早产儿脐带血中解脲脲原体、人型支原体的感染率和脐带血IL-6阳性率,并判断其与胎膜早破以及早产儿预后的相关性.方法 2009年1月-2010年1月于新乡市中心医院出生的187例早产儿和53例足月儿及其母亲入选本实验,利用PCR技术测定脐带血解脲脲原体和人型支原体,利用放射免疫法测定脐带血IL-6;搜集并记录患儿母亲相关医学信息;对入选早产儿进行预后追踪.结果 自发早产儿与非自发早产儿脐带血IL-6阳性率以及解脲脲原体和/或人型支原体检测阳性率比较,差异有统计学意义(P=0.005,P=0.009);胎膜早破与解脲脲原体和/或人型支原体感染相关(P=0.006).解脲脲原体和/或人型支原体感染与早产儿全身炎症反应综合征(SIRS)和支气管肺发育不良(BPD)的发生相关(P=0.017,P=0.031);而与早产儿呼吸窘迫综合征(RDS)无关(P=0.116).结论 解脲脲原体和/或人型支原体感染是自发早产发生的一个重要原因,并影响早产儿的预后.     

一株副猪链球菌的鉴定及生物学特征分析

目的对从一患者脑脊液中分离的副猪链球菌菌株进行病原学鉴定, 并了解其生物学特征。方法对该菌株使用分离培养、生化鉴定、16S rRNA和管家基因recN基因分析、平均核苷酸一致性分析(ANI)、药敏实验、耐药基因、毒力基因分析等方法进行分析。结果该菌为革兰阳性球菌、在血平板上草绿色溶血, 经16S rRNA、recN基因及全基因组序列分析为副猪链球菌, 对多种抗生素敏感, 并携带有黏附类等多种毒力基因。结论副猪链球菌可导致人类感染, 可通过基因测序方法进行诊断。     

桂西地区幽门螺杆菌对克拉霉素的耐药性分析

目的 分析桂西地区幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,HP)菌株对克拉霉素的耐药情况,并探讨Hp对克拉霉素耐药与23S rRNA基因点突变的关系.方法 分离培养Hp,纸片扩散法进行药敏实验,PCR方法扩增23S rRNA基因,用聚合酶链反应.限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)检测克拉霉素耐药菌株的点突变,同时进行基因测序确定突变位点.结果 桂西地区Hp菌株对克拉霉素耐药率为22.2%(28/126);PCR-RFLP检测10株对克拉霉素耐药的Hp,均存在23S rRNA基因的A2143G、A2144G点突变,10株敏感菌株均无23S rRNA的点突变,基因测序显示耐药菌株有A2143G、A2144G突变,其他位置未发现突变.结论 桂西地区Hp菌株对克拉霉素耐药率(22.2%)略高于北京、上海等地区;Hp的23S rRNA基因A2143G、A2144G点突变与克拉霉素的耐药相关.     

抗解脲脲原体单克隆抗体的制备及鉴定

目的:制备抗解脲脲原体(Uu)的单克隆抗体(mAb)并进行鉴定。方法:用灭活的Uu免疫BALB/c小鼠,采用常规的细胞融合技术制备抗Uu的mAb。以ELISA和免疫组织化学染色法对mAb的亚类、效价及特异性进行鉴定。结果:获得3株抗Uu的mAb,均为IgG2b亚类。3株mAb的腹水ELISA效价为10-4~10-5。有2株只与Uu产生反应而不与肺炎支原体、淋球菌(gonococcus/GC)及豚鼠气单胞菌(A.cariae)等病原体发生交叉反应。免疫组化结果表明,mAb能和解脲脲原体特异性结合。结论:制备了3株具有较高的特异性和效价的抗UumAb,为Uu的免疫学检测及相关研究提供重要的制剂。     

2021年湖南省人民医院新生儿副肠孤病毒的遗传进化分析

目的初步了解湖南省人民医院新生儿中副肠孤病毒的流行情况, 分析其遗传进化特征。方法 2021年6～9月份在湖南省人民医院采集住院新生儿粪便标本, 采用TaqMan real-time qPCR和RT-PCR方法进行人副肠孤病毒(human parechovirus, HPeV)的筛查和分型, 采用高通量测序和RT-PCR方法扩增其全基因组, 序列测定后进行系统发育分析。结果共采集新生儿粪便样本123份, 其中HPeV阳性为22份, 阳性率为17.89%, 分型结果显示所有毒株均属于HPeV-1基因型;扩增获得1株HPeV基因组全长为7 269 bp, 命名为Hunan/HPeV/2021, 该基因组具有典型的HPeV基因组结构;序列比对结果显示该毒株与GenBank中已知的HPeV-1型的基因组核苷酸序列具有最高同源性, 为86.6%～91.9%;其编码的唯一的长开放阅读框(open reading frame, ORF)长度为6 540 nt, 与已知相似序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为90.3%～92.6%和97.3%～98.3%;系统发育分析显示该病毒株属于HPeV-1型进化分支...