稻蝗属部分种类核DNA ITS1区序列系统发育关系

以核DNA ITS1(Internal Transcribed Spacer 1)序列作为分子标记,对我国稻蝗属部分物种种间相互关系进行初步探讨。对获得的7种稻蝗ITS1区序列进行同源性比较、核苷酸使用频率和变异位点统计计算,分析种间核DNA变异,并用芋蝗作为外类群构建NJ和MP分子系统进化树。实验共获得ITS1序列381bp,其中变异位点48个,占所测序列的12.6%,碱基组成分析显示AT含量低于GC含量,与mtDNA富含AT的特征明显不同;核苷酸变异位点统计结果显示,稻蝗属不同种间核苷酸替换数最高为36个,发生在小稻蝗与山稻蝗之间,变异率达11.18%;而无齿稻蝗与短翅稻蝗具有相同的ITS1区序列,彼此之间没有变异。系统发育树显示,小稻蝗和其他稻蝗之间的关系相对较远,是分化较大的种类;日本稻蝗和海南稻蝗与山稻蝗、短翅稻蝗和无齿稻蝗与中华稻蝗关系较近,分别构成一个聚类簇;但是两两种之间的聚类置信度不高,种间关系还有待进一步澄清。     

基于18S rDNA、rbcL和atpB序列的轮藻科植物的系统发育研究

为找到适宜用于轮藻科植物系统发育研究的分子片段,对本研究所选轮藻进行18S rDNA、rbcL、atpB及18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合序列的多样性分析,并通过构建系统进化树的方法,开展系统发育研究.结果表明,18S rDNA序列较适宜用于研究轮藻科下两个族和各属间的分类问题,但进一步对属内轮藻进行分类需要借助变异程度更高的序列;rbcL、atpB序列变异程度高于18S rDNA序列,但两者不适宜单独用于轮藻科植物的系统发育研究;三基因联合序列的种间、种内遗传距离有一定差异,种间遗传距离(0.002～0.097)大于种内遗传距离(0～0.001),且所得进化树的拓扑结构与传统形态学分类结构一致,属内轮藻分类不再混乱,进化树呈现良好的拓扑结构.综上所述,18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合分析后可将形态近似的轮藻分开,解决本研究选取的轮藻科植物的分类问题.     

茶藨子属ITS2序列二级结构的预测和比较分析

目的:利用内转录间隔区2(ITS2)序列对茶藨子属30个物种进行分类鉴定.方法:利用Clustal W软件多序列比对分析从Genbank上下载的ITS2序列,通过MEGA7.0软件计算遗传距离(K2P),基于K2P模型构建邻接(NJ)聚类树,并用RNA Structure5.4软件分析各物种ITS2二级结构的差异.结果:从构建的聚类树可知,茶藨子属30个物种均聚为1大枝11个小分枝,说明茶藨子属是一个单系类群;根据ITS2的二级结构分析,该属所有物种都均具有相似的结构,说明了该属的特异性较强,同时也说明了ITS2序列分析适用于茶藨子属植物的分类鉴定,并在近缘物种间的系统学研究、物种的鉴定方面具有较大的应用潜力.     

基于叶绿体基因组比较栝楼属植物的演化

叶绿体基因组在基因水平上高度保守，并且遵循单亲遗传及单倍体遗传，已被广泛应用于物种鉴定和系统发育分析。栝楼属为葫芦科的一个重要属，具有极其重要的药用价值及经济价值，但种内关系不清。本文利用生物信息学及比较基因组学的方法，分析了11种栝楼的叶绿体基因组大小、结构、组成、重复序列、密码子偏性、边界扩张、正向选择、基因组共线性、核苷酸变异位点及系统发育等。结果显示，11种栝楼的叶绿体基因组都具有典型的四联体结构，长度为156 413 bp～157 556 bp,GCs含量为37%，较为保守。重复序列在LSC区域分布较多，密码子偏好性不强，没有明显的边界扩张或收缩，但是某些栝楼属植物叶绿体基因组存在序列重排，其中三种栝楼还受到环境的正向选择。同时，序列重排将11种栝楼分为两个主要分支，其中第一分支的演化与环境的正向选择密切相关。栝楼属物种核酸多态性位点多分布在SSC区域，系统发育分析表明栝楼属与油渣果属、丝瓜属及藏瓜属亲缘关系较近。本研究为栝楼属物种的分类及演化提供了分类依据，同时为编制栝楼属物种DNA条码提供了候选标记。     

应用ITS序列分析葱属植物发育关系

用克隆测序法检测葱属14个种的ITS序列,共获得17条不同的ITS序列.结果表明:大葱和洋葱正反交杂种一代测定出分别来自大葱和洋葱两个不同的ITS序列;楼葱也具有两个不同的ITS序列.从ITS序列分析、简约信息位点、GC含量及位点数差异看出,ITS序列比5.8SrDNA序列变异程度高,且ITS1序列比ITS2序列变异丰富.种间遗传距离表明:洋葱、分蘖洋葱和胡葱亲缘关系最近,大葱、鸡腿葱和阿尔泰葱之间也非常近.MP和NJ系统树显示:14种葱属物种分为两大支,薤、韭菜、韭葱和大蒜被分在一支;其余的为另一支.由此推测出:楼葱起源于两葱属物种的种间杂种;胡葱与洋葱源于共同祖先;大葱是由阿尔泰葱进化而来.     

贵州地区蜘蛛抱蛋属植物ITS1区序列分析及其亲缘关系研究

从贵州不同地区采集的5株蜘蛛抱蛋属植物,采用直接测序对其核糖体DNA内间隔区(ITS)序列进行测定,用于分析蜘蛛抱蛋属植物间的亲缘关系。测序结果提示该植物的ITS1区域的GC%在62.7%～68.85%之间,有121个变化位点,提示可用于对形状相似的蜘蛛抱蛋属植物进行分子生物学分类和用于系统发育分析。     

基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究

利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.     

分子标记技术在白木香遗传变异研究中的应用

采用简单重复序列区间扩增(ISSR)技术和核糖体RNA基因(rDNA)转录间隔区(ITS)序列分析技术, 对不同地区白木香的遗传变异、亲缘关系及分子鉴定进行研究. 共筛选出7条ISSR引物, 扩增得到80条带, 其中多态性条带的比率是58.8％. 白木香9个居群之间的遗传距离是0.0733～0.4213, 居群间遗传差异不大; 筛选出的引物IS-8可以进行白木香种内和种间的鉴别. ITS序列在白木香种内的变异很小, 只有6个变异位点, 种内遗传距离为0.0％～1.1％. 根据白木香ITS的序列特征可准确鉴别白木香与近缘种. 两种分子标记方法得到的UPGMA聚类图不一致, 但大致趋势相同, 说明ISSR标记与ITS序列分析均可用于白木香遗传变异及亲缘关系的研究, 但ITS序列分析技术在种内遗传变异研究的分辨力不及ISSR高.     

四棱豆属7个栽培种ITS序列亲缘关系分析

对四棱豆属栽培品种nrDNA ITS序列进行克隆测序,并进行序列比较与品种间亲缘关系分析.结果表明:(1)供试品种间ITS序列的变异小,GC含量低,为51.4%～51.6%.(2)供试四棱豆品种间遗传变异范围在0.0000～0.0009,表明四棱属内nrDNA ITS区存在一定的遗传变异,但变异较低,表明供试材料间亲缘...     

ITS序列在天门冬属物种DNA条形码构建中的应用研究

在对天门冬属4个种ITS(internal transcribed spacer)序列克隆测序的基础上,并对4个种进行序列比较分析.结果表明:(1)4个物种的亲缘关系很近,它们间的ITS序列的变异小,GC含量高,在60％左右.(2)4个物种在系统树上聚为一类,文竹与其他3种天门冬的亲缘关系相对较远,处于系统树的一支,其...     

高良姜与混淆品rDNA ITS序列的分析与鉴别

用PCR直接测序法测定和分析不同产地野生和种植品种的高良姜(Alpinia officinarum Hance),以及山姜（A. japonica（Thunb.） Miq.）、华山姜（A. chinensis (Retz.) Rosc.）和大高良姜(A. galanga (L.) Willd )等三种混淆品的rDNA ITS区序列,为高良姜种质资源研究和真伪鉴别提供分子数据。经测序、比对和排序得到812bp序列,包括18S3’端部分序列,ITS1、5.8S、ITS2全部序列和26S5’端部分序列。序列分析结果显示,高良姜种内序列高度一致,同源性达100%,测序结果中发现杂合位点,而广西样品杂合位点的两个碱基各占的比例与其它地方样品的不同,显示了高良姜种内rDNA ITS序列的细微差异。高良姜和混淆品的812bp序列中共有61个变异位点,60个是信息位点,同源性达96.32%,其中ITS1和ITS2中的11个位点在高良姜和混淆品中差别明显,可以鉴别高良姜和混淆品,因此rDNA ITS序列是高良姜真伪辨别的有效标记。基于DNA序列的高良姜和混淆品的系统分类结果与形态学的分类结果不完全一致,有待进一步的研究探讨。     

吴茱萸超微饮片ITS序列指纹图谱的研究

为探求吴茱萸超微饮片的品种鉴别方法,以来自不同产地的5个吴茱萸样品、7个疏毛吴茱萸和3个石虎样品制成的超微饮片为实验材料,用分子克隆方法获得并测定其ITS序列。标记它们的ITS1,5.8s,ITS2的全长序列,构建了吴茱萸的ITS序列指纹图谱,得出吴茱萸超微饮片3个不同植物来源种内相似度在98%以上;吴茱萸和其变种疏毛吴茱萸及石虎之间的ITS序列有显著的差异,可达27%,而疏毛吴茱萸和石虎的序列差异较小,但是在两组序列的对比中,发现有8个特异位点,显示了这两个亲缘关系比较相近的药材的区别。以ITS序列测定与分析可作为吴茱萸超微饮片的品种鉴定和质量控制的方法。     

滇藏地区8种鹅膏菌的ITS序列分析

 对滇藏地区8种鹅膏菌的核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区(ITS)进行PCR扩增和测序,用ClustalX(version 1.81)软件对所测的ITS序列进行比对分析.结果表明,除5.8S rDNA(其长度为160 bp)比较保守外,8个不同种的ITS序列在长度和碱基位点上都存在较大差异,其中ITS1区间的片段长度为206～297 bp,ITS2区间的片段长度为191～238 bp.这说明鹅膏属的种间具有较高的遗传多样性.利用MEGA(version 3.1)软件进行聚类,8个鹅膏菌在D=0.14处分成3组,与传统分类有出入.这为鹅膏菌的进一步分类及研究提供了分子依据.     

小豹斑鹅膏遗传多样性研究

小豹斑鹅膏子实体形态多样,不同地域所采标本有较大差异.作者应用ISSR及ITS分子标记,对采自12个不同地区的小豹斑鹅膏居群进行了遗传多样性及聚类分析.结果表明,12条ISSR引物扩增的多态性条带比例(PPB)为72.84%,居群间的基因分化系数(Gst)为0.426 1,表明小豹斑鹅膏具有丰富的基因多样性,其中57.4%存在于居群内,42.6%存在于地理隔离较远的居群间;12个地区样品的IST序列长度皆为710 bp,有30个碱基位点在ITS1区发生变异.2种方法的遗传距离分析及聚类结果基本相似,都表明小豹斑鹅膏的遗传分化与地域的相关性较大.ISSR揭示遗传分化及遗传变异的能力较ITS强.     

Genetic diversity of Tricholoma matsutake in Yunnan Province

To investigate the genetic diversity of Tricholoma matsutake,we studied ITS and IGS1 sequences and PCR polymorphism of a retrotransposon in 56 fruit bodies collected from 13 counties of 9 regions in Yunnan Province. We found one and three haplotypes based on ITS and IGS1 sequences,respectively. Moreover,there was no significant difference in PCR polymorphism of the retrotransposon among different populations. Compared with Jilin Province(China) and Japanese populations,although Yun-nan was highly homogenous to Japanese populations,low genetic diversity of T. matsutake in Yunnan did not support the view that this species originated from Yunnan.     

Analysis of RAPD and mitochondrial 16S rRNA gene sequences from Trichiurus lepturus and Eupleurogrammus muticus in the Yellow Sea

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique is applied to 12 individuals from each species of the hairtail fishes Trichiurus lepturus and Eupleurogrammus muticus in the Yellow Sea. The percentage of polymorphic sites, degree of genetic polymorphism and genetic distance are compared and the phylogenetic tree is constructed by Neighbor-joining method. The partial mitochondrial 16S rRNA gene is amplified by polymerase chain reaction (PCR) and the PCR products are directly sequenced after being purified. These sequences, together with the homologous sequences of another Trichiuridae species Lepidopus caudatus obtained from GenBank, are used to analyze nucleotide difference and to construct a UPGMA phylogenetic tree by means of biological informatics. Analysis shows: (1) the RAPD technique is a highly sensitive method for investigating genetic diversity in T. lepturus, and E. muticus. T. lepturus exhibits a lower polymorphism and genetic diversity than E. muticus; (2) according to the analysis of the partial mitochondrial 16S rRNA gene sequences, a very low intraspecific variation and considerably high divergence among species were found, which reveals a dual nature of conservatism and variability in mitochondrial 16S rRNA gene; (3) five primers generate the species-specific RAPD sites and these sites can be served as the molecular markers for species identification and (4) it can be proved at DNA variation level that T. lepturus and E. muticus are of two species respectively pertaining to different genera, which supports the Nelson taxonomic conclusion.     

rDNA片断序列分析技术及其在植物系统与进化研究中的应用

根据PCR-RFLP分析、微卫星序列分析、SSCP分析和核酸序列分析的原理及技术要点及其在rDNA序列分析中的具体运用，以及nrDNA在植物分类学、植物系统发育、中药材道地性鉴定及5SrDNA在鉴定体细胞杂种方面的研究进展，确认核rDNA是一个优良的分子标记，主要体现在：序列能够提供足够多的具有系统发育信息的核苷酸位点，且该序列易于排序，在植物分类、系统发育等方面应用前景广阔。