DCTPP1基因在乳腺癌中的表达及其生物信息学分析

目的 利用肿瘤数据库挖掘数据分析DCTPP1基因在乳腺癌组织中的表达及与患者预后的相关性,探讨DCTPP1基因的生物学作用及功能.方法 利用ualcan数据库分析乳腺癌组织中的DCTPP1基因mRNA表达水平,利用Human Protein Reference Database数据库分析不同病理类型乳腺癌组织中DCTPP1蛋白表达水平,采用GEPIA乳腺癌数据分析DCTPP1基因的表达水平与乳腺癌患者预后的相关性.在gene-mania和WebGestalt数据库对与DCTPP1基因表达相关基因及其功能进行生物信息学分析,探讨基因功能.结果 与正常乳腺组织比较,乳腺癌组织中DCTPP1基因mRNA呈高表达(P<0.05).不同病理类型、不同肿瘤分期的乳腺癌组织中DCTPP1基因均呈高表达(P<0.05).乳腺癌组织中DCTPP1蛋白表达水平高于正常乳腺组织.与低表达比较,DCTPP1基因高表达明显降低乳腺癌患者总体生存时间(HR=1.9,P<0.05).基因功能分析提示与DCTPP1表达相关的20个基因主要位于细胞质、细胞核及细胞膜性结构中,参与细胞的代谢、生物调节、细胞生长等过程,在结合蛋白、酶活性、结合核酸等过程中发挥着作用.结论 DCTPP1基因在乳腺癌中明显高表达,与乳腺癌患者不良预后相关,参与多种生物过程,可能成为乳腺癌治疗干预的新靶点.     

基于生物信息学分析SLC44A4基因在乳腺癌中的表达及其临床意义

目的 通过分析生物信息数据库,探讨胆碱转运蛋白样蛋白SLC44A4基因在乳腺癌中的表达及其临床意义.方法 检索Oncomine数据库,分析SLC44A4基因在不同类型肿瘤中的表达情况;检索基因表达谱动态分析(gene expression profiling interactive analysis,GEPIA)数据库,对比乳腺癌组织与正常乳腺组织之间SLC44A4基因的表达差异,分析该基因的表达水平与乳腺癌临床病理分期的关系.利用Kaplan-Meier Plotter在线分析SLC44A4基因表达水平与乳腺癌患者预后的关系.检索肿瘤单细胞(CancerSEA)数据库分析SLC44A4基因与乳腺癌单个细胞功能状态的相关性.结果 SLC44A4在多种肿瘤组织中高表达.与正常乳腺组织相比,乳腺癌组织中SLC44A4基因的表达明显升高(P＜0.05),且不同临床病理分期和分型的乳腺癌患者SLC44A4基因表达水平比较差异有统计学意义(P＜0.05).从总体来看,SLC44A4基因高表达组总生存(overall survival,OS)期高于低表达组(P＜0.05).此外,SLC44A4基因的表达与乳腺癌细胞的侵袭、细胞周期、DNA修复呈正相关性.结论 SLC44A4基因在乳腺癌组织中高表达,与患者预后相关,并与乳腺癌细胞功能存在一定相关性.     

ITSN1 mRNA预测乳腺癌预后的价值

目的:通过数据库对ITSN1 mRNA的表达水平分析,以期能够预测乳腺癌患者的预后。方法:利用Kaplan- Meier Plotter数据库分析ITSN1 mRNA表达水平与乳腺癌患者预后的关系,GEPIA数据库分析基因ITSN1和HER2在乳腺癌中的表达。结果: ITSN1 mRNA高表达的乳腺癌总人群有更好的预后。ITSN1 mRNA的高表达预示luminal A、luminal B、HER2阴性、淋巴结阳性乳腺癌患者更长的无复发生存,以及淋巴结阴性乳腺癌患者更好的总生存。ITSN1 mRNA低表达的Her-2扩增型/阳性乳腺癌患者有更好的预后。ITSN1基因在乳腺癌中的表达低于正常乳腺组织,HER2基因在乳腺癌中的表达高于正常乳腺组织。结论:ITSN1 mRNA高表达的乳腺癌患者预后更好,ITSN1在乳腺癌中可能发挥抑癌的功能。     

基于生物信息数据库分析FEN1基因在乳腺癌中的表达及其临床意义

目的通过分析生物信息数据库相关资料,探讨瓣状核酸内切酶1（FEN1）基因在乳腺癌中的表达及其临床意义。方法检索Oncomine数据库,分析FEN1基因在不同类型肿瘤中的表达情况;检索基因表达谱动态分析（GEPIA）数据库,对比乳腺癌组织与正常乳腺组织之间FEN1基因的表达差异,分析该基因的表达水平与乳腺癌临床病理分期的关系;检索人类蛋白质图谱（HPA）数据库,可视化乳腺癌组织与正常乳腺组织FEN1基因的差异表达情况;利用Kaplan-MeierPlotter在线分析FEN1基因表达水平与乳腺癌患者预后的关系;检索肿瘤单细胞（CancerSEA）数据库分析FEN1基因与乳腺癌单个细胞功能状态的相关性。结果FEN1在多种肿瘤组织中高表达。与正常乳腺组织相比,乳腺癌组织中FEN1基因的表达明显升高（P＜0.05）,且不同临床病理分期乳腺癌患者FEN1基因表达水平比较差异有统计学意义（P＜0.05）。从总体来看,FEN1基因高表达组总生存率低于低表达组（P＜0.05）。此外,FEN1基因的表达与乳腺癌多种细胞功能状态相关,其中与乳腺癌细胞的细胞周期、DNA损伤、DNA修复正相关性最高。结论FEN1基因在乳腺癌组织中呈高表达,与患者预后相关,并且与乳腺癌细胞功能存在一定相关性,可为临床乳腺癌的治疗及基因靶向药物的研制提供重要的理论依据。     

乳腺癌患者肿瘤转移相关基因1和基质金属蛋白酶9的表达及意义

目的 研究乳腺癌组织中肿瘤转移相关基因1(MTA1)和基质金属蛋白酶9(MMP-9)的表达及其与肿瘤侵袭转移之间的关系.方法 运用荧光实时定量PCR技术检测56对乳腺癌组织和配对的正常乳腺组织中MTA1、MMP-9 mRNA的表达.结果 83.9%(47/56)的乳腺癌原发灶标本MTA1基因的表达高于其配对的正常乳腺组织.85.7%(48/56)的乳腺癌原发灶MMP-9基因的表达高于配对正常乳腺组织.MTA1、MMP-9基因表达与乳腺癌的浸润、转移呈正相关(P<0.05).MTA1与MMP-9基因表达呈正相关(P<0.05).结论 联合检测MTA1、MMP-9基因表达水平,可以预测乳腺癌的浸润转移,为临床治疗和判断预后提供依据.     

基于数据库分析CDCA基因家族在胃癌中的表达及预后意义

目的:基于数据库分析CDCA基因家族在胃癌中的表达及对胃癌患者预后的影响.方法:采用Oncomine数据库检索分析CDCA基因家族中8个成员在胃癌组织中mRNA的表达情况;利用GEPIA数据库验证CDCA基因家族8个成员在胃癌组织中mRNA的表达结果;结合Ka-plan-Meier Plotter数据库的临床信息进一步分析CDCA基因家族中8个成员在胃癌患者中的潜在预后价值;利用STRING数据库得到CDCA基因家族的共表达基因,将共表达基因输入到metascape数据库,进行通路富集分析.结果:CDCA基因家族8个成员在胃癌组织中mRNA表达均高于正常组织(P<0.05).CDCA1、CDCA2、CDCA3、CDCA5、CDCA7、CDCA8基因高表达胃癌患者的预后较好(HR<1,Logrank P<0.05);CDCA4基因低表达胃癌患者的预后较好(HR>1,Logrank P<0.05);CDCA6基因高表达患者与低表达患者预后差异无统计学意义(Logrank P>0.05).结论:CDCA基因家族8个成员的mRNA表达在胃癌和正常胃组织中有明显差异,其中CDCA1、CDCA2、CDCA3、CDCA5、CDCA7、CDCA8基因高表达胃癌患者预后较好,CDCA4基因高表达患者预后较差,提示CDCA基因家族的部分基因的表达水平与胃癌患者的预后有一定的相关性.     

拓扑异构酶ⅡαmRNA在乳腺癌中的表达及其临床意义与基因富集分析

目的 探讨拓扑异构酶Ⅱα(TOP2A)mRNA在乳腺癌中的表达情况及其临床意义,并预测受TOP2A调控而影响乳腺癌发展的基因集.方法 在基因表达汇编数据库中收集GSM42568表达谱数据及对应的临床信息,分析TOP2A mRNA在104例乳腺癌组织和17例正常乳腺组织间的表达情况,以及TOP2A mRNA与乳腺癌临床病理特点的相关性;比较TOP2A mRNA高表达组、低表达组的生存情况;在TOP2A mRNA高表达样本中利用基因富集分析方法预测受TOP2A调控的相关基因集.结果 乳腺癌组织TOP2A mRNA表达水平高于正常乳腺组织(P<0.05);在乳腺癌患者中,TOP2A mRNA的表达与T分期有关(P<0.05),与年龄、肿瘤分级、淋巴结转移状态、雌激素受体状态无相关性(P>0.05).TOP2A mRNA高表达组的中位生存时间及无病生存率低于低表达组(P<0.05).在TOP2A mRNA高表达样本中富集了碱基切除修复、细胞周期、DNA复制、蛋白酶体、RNA降解、剪接体等相关基因集.结论 TOP2A可能是乳腺癌的致癌基因,其能影响乳腺癌患者的预后,有可能成为乳腺癌的新诊疗靶点.     

IGF-1在乳腺癌中的表达与临床意义

目的:探讨胰岛素样生长因子-1(IGF-1)在乳腺癌中的表达及临床意义.方法:采用免疫组织化学MaxVision法和逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)法检测80例乳腺癌组织、60例乳腺纤维腺瘤、50例癌旁正常乳腺组织中IGF-1蛋白和基因的表达情况,并分析IGF-1表达与乳腺癌临床病理特征的关系.结果:乳腺癌组织IGF-1蛋白和mRNA的表达均明显高于乳腺纤维腺瘤和癌旁正常乳腺组织(P<0.05).乳腺癌组织中IGF-1的表达与年龄无关(P>0.05),与肿瘤大小、淋巴结转移及组织学分级有关(P<0.05).结论:IGF-1高表达在乳腺癌的发生发展过程中可能具有重要作用.     

乳腺癌中Nupr1蛋白及mRNA表达及临床意义

目的 检测Nupr1蛋白及mRNA在乳腺癌中的表达,探讨其与乳腺癌的关系。方法 选取手术切除的228例乳腺癌组织,以60例乳腺良性病变为对照组,用免疫组化法检测癌组织Nupr1蛋白的表达情况,用实时荧光定量PCR法检测组织中Nupr1 mRNA 的表达,分析Nupr1的表达与乳腺癌临床病理特征的关系。结果 乳腺癌组织Nupr1蛋白及mRNA水平均显示高表达,二者增高趋势趋于一致,乳腺癌组织Nupr1高表达率均高于对照组;Nupr1高表达率与乳腺癌分期、分子分型相关(P<0.05),与月经状态、组织学类型、组织学分级及肿瘤大小无关(P>0.05)。结论 Nupr1 mRNA在乳腺良性病变-乳腺癌前病变-乳腺癌中表达逐渐增高,推测此基因可能在乳腺癌发生及进展过程中起了重要作用;在mRNA水平及蛋白水平表达的一致性进一步说明了此基因在乳腺癌发生发展中起了重要作用;Nupr1高表达与预后不良有关,检测Nupr1的表达情况可作为乳腺癌预后判断的有用指标,并可为肿瘤靶向治疗提供新思路。     

乳腺癌组织的动态增强磁共振参数与癌细胞增殖及侵袭的相关性研究

目的:探讨乳腺癌组织的动态增强磁共振(DCE-MRI)参数与癌细胞增殖及侵袭的相关性。方法:收集在我院进行手术治疗的乳腺肿块患者92例,根据病理检查结果将其分为乳腺腺瘤组52例、乳腺癌组40例。分析两组患者的乳房肿块DCE-MRI参数水平,对比肿瘤标本组织中增殖侵袭基因的mRNA表达量。进一步采用Pearson检验评估乳腺癌组织DCE-MRI参数水平与肿瘤恶性程度的内在联系。结果:乳腺癌组患者的DCE-MRI参数TTP水平低于乳腺腺瘤组患者,EER、SLOPE水平高于乳腺腺瘤组患者(P<0.05)。乳腺癌组肿瘤组织中增殖基因C6orf106、HMGB2、ETS-1、BRG1的mRNA表达量高于乳腺腺瘤组肿瘤组织,侵袭基因ADAM9、Ezrin、Nanog的mRNA表达量高于乳腺腺瘤组肿瘤组织,CRM197、EBP50的mRNA表达量低于乳腺腺瘤组肿瘤组织(P<0.05)。经Parson检验发现,乳腺癌肿瘤组织的DCE-MRI参数水平与肿瘤细胞增殖、侵袭基因mRNA表达量直接相关。结论:乳腺癌组织存在DCE-MRI参数水平异常,且其异常程度与肿瘤细胞的恶性生物学行为直接相关。