基于Illumina Hiseq高通量测序分析酱香型白酒大曲曲皮和曲心的细菌群落差异

为探究酱香型白酒大曲曲皮和曲心细菌群落结构的差异,采用Illumina Hiseq高通量测序技术对某酱香型白酒大曲曲皮和曲心两个部位的细菌群落多样性及菌群结构进行研究。结果表明,曲皮样品中细菌群落的多样性高于曲心样品,但其物种丰富度低于曲心样品。曲皮和曲心样品中的细菌菌群归属于7个门、13个纲、19个目、29个科和55个属,共有优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）,曲皮样品的特有优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）;共有优势细菌属为枝芽孢杆菌属（Virgibacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、芽孢链菌属（Desmospora）、乳杆菌属（Lactobacillus）、糖多孢菌属（Saccharopolyspora）,除Desmospora外,其他优势细菌属在曲皮和曲心中的含量差异较大。曲皮样品的特有优势细菌属为链霉菌属（Streptomyces）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingo- monas）、片球菌属（Pediococcus）;曲心样品的特有优势细菌属为火山渣芽孢杆菌属（Scopulibacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）。     

高通量测序分析不同地区红腐乳细菌多样性

为了解我国传统发酵食品红腐乳中细菌的多样性及其微生物安全性,采用高通量测序技术,分析华东、华北和东北地区红腐乳中细菌16S rDNA V1-V3区基因序列,比较不同地区红腐乳中微生物群落结构组成及多样性差异。结果显示,本次测序深度有效地覆盖了样品中微生物种类,不同地区红腐乳样品中细菌群落结构具有丰富多样性。在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)为不同地区红腐乳种主要优势菌的门;而在属水平上,9个红腐乳样品共检测出296个细菌属,其中共有菌属分别为:棒状杆菌属(Corynebacterium)、四联球菌属(Tetragenococcus)、明串珠菌属(Leuconostoc)、Rummeliibacillus属、乳球菌属(Lactococcus)、魏斯氏菌属(Weissella)、链球菌属(Streptococcus)、丛毛单胞菌属(Comamonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)以及Trabulsiella属。不同样品中菌群的结构与地区存在一定的聚类关系:明串珠菌属、乳球菌属以及四联球菌属是华北地区样品中主要的优势菌属,而东北地区腐乳样品中的芽孢杆菌属和盐厌氧菌属为主要优势菌属。研究结果加深了对红腐乳中细菌群落组成和多样性的认识,为保证传统发酵食品的质量安全、生产工艺提供一定的理论支持。     

基于高通量测序技术的广西咸梅细菌多样性分析

采用Illumina MiSeq 高通量测序技术对广西地区9 份咸梅样品的细菌多样性和群落结构进行解析。结果表明：咸梅样品中特有细菌种类较多但含量少,不同样品中细菌丰富度和多样性存在差异。优势细菌门分别为变形菌门（Proteobacteria）、硬壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,平均相对含量分别为66.97%、21.50%、5.30%和4.20%,优势细菌属及其相对含量分别是雷尔氏菌属（Ralstonia）53.28%、乳杆菌属（Lactobacillus）10.36%、伯克氏菌属（Burkholderia）6.16%、诺卡氏菌属（Nocardia）2.74%、芽孢杆菌属（Bacillus）1.75%、假单胞菌属（Pelomonas）1.35%和另枝菌属（Alistipes）1.00%。在对优势细菌属进行相关性分析后发现,雷尔氏菌属（Ralstonia）与伯克氏菌属（Burkholderia）和假单胞菌属（Pelomonas）均呈显著正相关（P<0.05）,芽孢杆菌属（Bacillus）与另枝菌属（Alistipes）之间存在显著正相关（P<0.05）,还有部分优势菌属间存在拮抗或竞争关系,乳杆菌属（Lactobacillus）与雷尔氏菌属（Ralstonia）和伯克氏菌属（Burkholderia）均呈显著负相关（P<0.05）。     

基于16S rDNA高通量测序方法比较新疆西北部地区乳品中微生物的多样性

为更加全面地了解新疆特色乳品中微生物多样性,比较不同动物来源的原奶和酸奶的细菌群落结构,运用高通量测序技术,对乳品中细菌16S r DNA V4-V5区测序,进而对新疆克州和塔城地区牛奶、驼奶、马奶、羊奶、酸牛奶、酸驼奶和酸马奶7种乳品中细菌群落组成和多样性进行分析。研究共获得539 557条有效序列,379个OTU。多样性分析表明,原奶样品中细菌Shannon-Wiener指数明显高于酸奶样品。微生物群落组成分析发现,不同乳品之间菌群组成差异较大。7种乳品中的菌群均以厚壁菌门和变形菌门为主,但原奶样品主要以变形菌门为主,而酸奶样品主要以厚壁菌门为主。在属水平上,牛奶主要以假单胞菌属(Pseudomonas)为主,驼奶主要以埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella),马奶主要以明串珠菌属(Leuconostoc)为主,羊奶中的优势菌属为乳球菌属(Lactococcus),而酸牛奶、酸驼奶和酸马奶都是以乳杆菌属(Lactobacillus)为优势菌属。不同动物来源的原奶和酸奶样品中的微生物多样性存在显著差异,并且原奶中检测到的环境污染菌和致病菌(或条件致病菌)的丰度也相对较高。本研究结果将为准确评估乳品中的微生物群落对新疆地区少数民族健康的影响提供一定的数据基础。     

高通量测序分析比较不同保存温度下牦牛酸奶细菌多样性

为了比较甘南牧区不同保存温度下牦牛酸奶细菌群落结构和多样性,采用Illumina NovaSeq高通量测序技术,对4种不同保存温度下甘南牧区牦牛酸奶细菌的16S rRNA V3-V4区基因序列进行测序,并对测序结果进行操作分类单元（OTU）聚类、α多样性和β多样性等分析。结果表明,4种不同保存温度下甘南牧区牦牛酸奶细菌多样性无显著差异（P＞0.05）,各分类水平细菌群落组成基本相同,仅组成比例存在一定差异。优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,其平均相对丰度分别＞75.87%、7.20%和3.52%,优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）和链球菌属（Streptococcus）,其平均相对丰度分别＞61.82%和11.88%。     

汉中地区浆水发酵过程中微生物群落演替及其功能预测

该研究利用Illumina MiSeq测序技术，对发酵不同阶段的汉中浆水进行细菌与真菌多样性检测分析。结果表明，随着发酵的进行，细菌群落的丰度和多样性较为稳定，真菌群落的丰度和多样性先增加后趋于稳定。3个发酵时期中优势细菌门均为厚壁菌门（Firmicutes），优势细菌属为乳植杆菌属（Lactiplantibacillus）、腐败乳杆菌属（Loigolactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、寡碳乳杆菌属（Paucilactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）等；优势真菌门为担子菌门（Basidiomycota）和子囊菌门（Ascomycota），优势真菌属主要有双胞菌属（Cystofilobasidium）、白冬孢酵母属（Leucosporidium）、镰刀菌属（Fusarium）、德巴利酵母属（Debaryomyces）、Holtermanniella等。整个发酵过程中优势菌属相对含量有明显波动，参与发酵的真菌种类多于细菌。微生物功能预测结果显示，细菌中涉及代谢、遗传信息处理和环境信息处理的通路比例分别为（74.11±0.11）%、（12....     

基于高通量测序分析内蒙古地区传统酸面团中细菌菌群的多样性

该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术对内蒙古西、中、东地区传统酸面团样品中的细菌菌群多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,传统酸面团样品共产生1 230 198条高质量序列,得到656个操作分类单元（OTU）;3个地区酸面团样品共检出3个优势细菌门和11个优势细菌属,共有优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,共有优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和芽孢杆菌属（Bacillus）,不同地区样品间细菌菌群多样性和丰度存在明显差异。传统酸面团样品中细菌菌群的主要功能为碳水化合物代谢、辅助因子和维生素代谢、氨基酸代谢、脂质代谢及萜类化合物和聚酮化合物代谢。     

武陵酱香型白酒七轮次高温堆积细菌群落多样性分析

本研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对武陵酱香型白酒七个轮次高温堆积酒醅样品细菌群落多样性进行了分析。结果表明，武陵酱香型白酒七个轮次高温堆积酒醅样品中共检出39个门和756个属；门水平下，各轮次共有的优势菌门（相对丰度≥1%）为变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes），属水平下细菌的相对丰度平均大于1%，且出现在1个样品以上的核心细菌属有5个，分别为乳杆菌属（Lactobacillus）、醋杆菌属（Acetobacter）、芽孢杆菌属(Bacillus)、克罗彭施泰特氏菌属（Kroppenstedtia）和unclassified f＿＿Bacteria，各轮次共有的优势菌属（相对丰度≥1%）为乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌（Acetobacter）。说明武陵酱香型白酒七个轮次高温堆积酒醅样品中细菌群落结构具有多样性特点，同时菌群群落结构具有一致性和差异性。本研究结果揭示了武陵酱香型白酒7个轮次高温堆积酒醅样品中细菌群落结构与特征，为酱香型白酒高温堆积酿造过程中细菌群落结构变化规律解析提供了理论支持，为实现酱香型白酒高...     

基于高通量测序技术巴彦淖尔市酸粥中细菌多样性分析

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自内蒙古自治区巴彦淖尔市的10份酸粥样品中的细菌多样性进行解析,同时基于细菌属水平对其进行围绕中心点的划分（PAM）,并基于PICRUSt和BugBase软件对细菌的基因功能及表型进行预测。结果表明,所有酸粥样品中的细菌隶属于9个细菌门的55个属,样品间细菌多样性和丰度存在明显差异,但优势细菌门均为硬壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,优势细菌属均为乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌属（Acetobacter）。所有酸粥样品可分为两个聚类,聚类I以醋杆菌属（Acetobacter ）为主,聚类II以乳杆菌属（Lactobacillus）为主;两个聚类中细菌对于碳水化合物的利用和细菌的生长繁殖等存在显著差异（P＜0.05）,隶属于聚类I的酸粥样品中,其细菌的代谢和繁殖更加迅速。     

再造烟叶生产过程物料微生物群落结构分析

为分析造纸法再造烟叶生产过程微生物的多样性及其分布与变化情况,以再造烟叶生产过程各物料为研究对象,采用Illumina高通量测序技术对25个物料样品的细菌16S rRNA V3-V4区和真菌ITS序列进行测序分析,获得了生产过程物料细菌和真菌丰度及群落组成情况。结果表明:①再造烟叶生产过程物料中共检测出393个细菌属和165个真菌属,其中优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、假丝酵母属（Candida）和曲霉属（Aspergillus）;②生产过程不同物料微生物群落多样性和结构存在明显差异,聚类分析显示细菌属多样性和结构变化相对较小而真菌属变化相对较大;③从萃取到制涂布液过程中,细菌乳杆菌属（Lactobacillus）相对丰度逐渐增加,而真菌假丝酵母属（Candida）相对丰度总体逐渐降低。      

高通量测序技术分析西藏不同海拔地区曲拉微生物多样性

为探明西藏不同海拔地区的曲拉中微生物群落结构差异,采用高通量测序技术对采自低海拔、中海拔、高海拔3 个组别共40 份牦牛曲拉样品进行测序。结果表明,不同组样品间微生物多样性存在差异。随着海拔高度的增加,曲拉样品中细菌菌群的多样性与丰富度都呈下降趋势,真菌菌群的多样性变化不明显,丰富度呈下降趋势。低海拔组含有细菌可操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）2 411 个、中海拔组1 391 个、高海拔组1 197 个,3 组中相同的细菌OTU有715 个;其优势菌属为乳球菌属（Lactococcus）和乳杆菌属（Lactobacillus）,平均相对丰度分别为34.0%和18.4%。低海拔组含有真菌OTU 801 个、中海拔组343 个、高海拔组399 个,3 组中相同的真菌OTU有173 个;其优势菌属为地霉属（Geotrichum）,平均相对丰度为33.8%。本研究揭示了西藏不同海拔地区曲拉中微生物群落结构多样性,为曲拉中特色微生物资源的筛选与利用提供了理论基础。     

西藏不同产区曲拉细菌群落结构的比较分析

为探究西藏不同产区传统发酵乳制品曲拉中细菌多样性及其微生物安全性,该研究通过Illumina MiSeq测序平台,对西藏拉萨(LS)、日喀则(RKZ)、山南(SN)、昌都(CD)、林芝(LZ)、那曲(NQ)和阿里(AL)共7个地区的曲拉样品细菌多样性及群落结构进行了系统分析。结果表明,曲拉具有高度的细菌多样性,并且不同地区的样品存在一定的共性和差异。在门的水平上,7个地区的优势菌均集中在厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),其相对丰度分别在(12.82±5.63)%^96.54±1.39%和(3.46±1.39)%^75.09±9.37%。相比门的种类,拉萨(LS)最多,为24个门,阿里(AL)最少,为2个门。在属的水平上,拉萨地区(LS)曲拉样品中的优势菌属为雷尔氏菌属(Ralstonia)、假单胞菌属(Pseudomonas)和苍白杆菌属(Ochrobactrum),其相对丰度分别为(17.25±7.05)%、(16.05±3.22)%和(9.52±3.19)%;其他6个产地的曲拉样品中优势菌属主要为乳球菌属(Lactococcus)和乳杆菌属(Lactobacillus),其相对丰度分别为(85.13±2.99)%^25.82±1.42%和(4.15±1.38)%^57.21±3.11%;而在属的种类上,LS最多,为409个属,AL最少,为15个属。聚类分析显示,不同曲拉样本的菌群与地理位置存在一定关系,同一个采样区的样本具有一定的聚类趋势,同时发现LZ、RKZ和CD可聚为一类,而其他4个地区的样品较为离散,且各自独立。     

中国主要牧区特色干制发酵乳制品细菌多样性和游离氨基酸及脂肪酸特征性分析

为研究我国主要牧区特色干制发酵乳制品中细菌、游离氨基酸、脂肪酸组成及其相关性,通过高通量测序技术对新疆酸奶疙瘩、西藏曲拉、内蒙古奶渣子和云南乳扇中细菌16S rDNA V4-V5区测序,利用气相色谱-质谱联用技术和液相色谱技术分别测定脂肪酸和游离氨基酸含量,最后再利用冗余分析研究细菌群落与α多样性、脂肪酸和游离氨基酸的相关性。高通量测序结果表明,干制发酵乳制品样本共获得2 421 338条reads,其中clean reads为1 871 524条,云南乳扇中细菌Chao1指数和Shannon指数均明显高于其他3个地区的干制乳制品样品。细菌群落组成分析发现,不同干制乳制品样品的菌群组成差异较大,4个地区的干制乳制品中的菌群均以Firmicutes为主,其中新疆酸奶疙瘩的Firmicutes相对最高,西藏曲拉的Proteobacteria相对于其他地区的干制乳制品占比最高。在属水平上,不同地区的干制乳品主要以Lactococcus或Lactobacillus为主。脂肪酸分析发现,云南乳扇中的16种脂肪酸均高于其他3个地区。对游离氨基酸进行分析,共检出24种游离氨基酸,其中新疆酸奶疙瘩的游...     

基于高通量测序不同生产工艺晴隆酸菜细菌多样性分析

该研究通过高通量测序技术分析工厂化和家庭作坊式两种工艺生产的晴隆酸菜中细菌的多样性,并采用热图分析和主成分分析（PCA）对不同晴隆酸菜样品间细菌群落结构的相似性进行研究,最后分析其优势细菌属。结果表明,5个晴隆酸菜样品中共鉴定出19门、416属。家庭作坊式生产的晴隆酸菜细菌多样性高于工厂化生产;工厂化生产的晴隆酸菜细菌群落结构较相近且优势细菌属相同,分别为乳酸球菌属（Lactococcus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）、大洋杆菌属（Oceanobacillus）。3种家庭作坊生产的酸菜样品中优势细菌属各有差异,但均含有乳酸杆菌（Lactobacillus）。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析巴东地区豆瓣酱中微生物多样性

为了解湖北省恩施市巴东地区豆瓣酱中微生物的多样性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析豆瓣酱中细菌16S r RNA及真菌18S rRNAV4区基因序列,进而比较豆瓣酱微生物的群落结构组成及多样性差异。结果 3个样品共获得117644条有效序列,867个OTUs数目。多样性分析表明,豆瓣酱中具有高度的微生物群落多样性。微生物群落组成分析表明,样品中子囊菌门(Ascomycota,95.84%)、变形菌门(Proteobacteria,47.13%)、厚壁菌门(Firmicutes,32.37%)、放线菌(Actinobacteria,12.87%)为优势菌门,所占比例都超过了10.0%。在豆瓣酱样品中分别鉴定出311个细菌属和16个真菌属,优势细菌和真菌属平均相对含量分别为8.09%和24.74%,细菌及真菌多样性在属的水平上差异显著(p0.05)。研究结果加深了对豆瓣酱微生物群落组成和多样性的认识,以期为巴东地区豆瓣酱中微生物菌种资源的发掘与保护提供理论依据。     

不同硫酸钾用量对植烟土壤细菌群落的影响

为研究不同硫酸钾用量对植烟土壤微生物的影响,采用连续8年田间定位试验分析了土壤细菌群落多样性。对各处理植烟土壤16S rRNA V3~V4区进行高通量测序,得到各处理植烟土壤细菌群落的α多样性指数、群落种类组成及丰度信息,并对群落组成及丰度进行了PCA聚类分析及UPGMA聚类分析,将排名前十优势细菌门与土壤pH、土壤酶活性、钾和硫含量进行相关性分析。结果表明：（1）与空闲地相比,不施肥连年栽烟土壤细菌数量降低;而施肥处理中,K₂O的投入量为247.57 kg/hm²,S的投入量为125.46 kg/hm²时,细菌群落丰度、多样性和均匀度明显增加。（2）不同处理的土壤中变形菌门、酸杆菌门和放线菌门均为优势菌群,随着硫酸钾施用量的增多,酸杆菌门相对含量明显减少,而变形菌门与放线菌门均呈不同程度增加趋势。（3）细菌群落相似性分析结果表明,长期施用硫酸钾能显著改变土壤群落组成。（4）相关性分析表明,土壤pH、土壤蔗糖酶、脲酶活性、钾和硫含量对于该地区土壤细菌群落的丰度、多样性及优势种群相对丰度起着重要作用。     

基于16S rRNA的徽派腊肉加工过程中微生物群落结构分析

为探究徽派腊肉加工过程中的微生物群落演替规律,采用高通量测序技术对不同加工阶段的徽派腊肉中微生物16S rRNA进行V3～V4区测序,比较不同加工阶段（鲜肉、腌制中期、腌制结束、成熟中期、成熟结束）腊肉中细菌群落结构组成及多样性差异。结果表明：5 个加工阶段分别获得80 155、80 116、80 174、80 114、80 174 条有效序列;在门分类水平上,厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinomycetes）、拟杆菌门（Bacteroides）相对丰度较高;在属分类水平上,鲜肉、腌制中期和腌制结束的腊肉中主要优势菌为乳球菌（Lactococcus）和假单胞菌（Pseudomonas）,成熟中期和成熟结束的腊肉中主要优势菌为葡萄球菌（Staphylococcus）、盐弧菌（Salinivibrio）和放线菌（Actinomycetes）。微生物群落结构和多样性在徽派腊肉不同加工阶段存在明显差异。     

基于高通量测序技术的不同产地腐乳微生物多样性分析

为了解我国不同产地及风味腐乳中微生物的多样性。本研究基于高通量测序（high throughput sequencing,HTS）技术,对16种不同产地的腐乳样品中的微生物群落的多样性和差异性展开分析研究。细菌多样性结果显示,在属水平上,腐乳中含量最丰富的是芽孢杆菌属（Bacillus）和乳酸菌属（Lactobacillus）,这两个属也分别代表了腐乳发酵后期的优势菌群;真菌多样性结果显示,腐乳中含有大量曲霉属（Aspergillus）和放射毛霉属（Actinmucor sp.）等水解酶产生菌;化学成分测定结果显示,不同产地对于腐乳中的化学成分具有一定的影响,腐乳中可溶性蛋白含量以及氨基氮含量与样品中的芽孢杆菌分布呈现正相关;主坐标分析结果显示,16种产地的腐乳样品中的真菌菌群结构与地区存在一定的聚类关系,具体表现为中国东部地区的真菌（ZJ2、ZJ4、ZJ5、ZJ6、SH9、AH11和JX12）可以归为一组,说明腐乳的真菌群落可能受地理因素的影响。本研究加深了对腐乳中微生物群落多样性的了解,为提高传统发酵调味品的品质提供理论支持。     

藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物多样性研究

为了探究藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物群落结构组成,利用高通量测序技术对苹果表皮及根际土壤微生物的群落结构与多样性进行研究,并对优势微生物菌属进行关联性分析。结果表明,苹果表皮样品分别获得554个细菌操作分类单元（OTUs）、612个真菌OTUs,根际土壤样品分别获得1 717个细菌OTUs、1 371个真菌OTUs,根际土壤样品细菌和真菌的多样性、丰富度均高于苹果表皮,且同一样品中细菌群落多样性和丰富度高于真菌。在属分类水平上,苹果表皮和根际土壤的主要优势细菌属均为节杆菌属（Arthrobacter）,其相对丰度分别为13.06%和5.53%,外囊菌属（Taphrina）和被孢霉属（Mortierella）分别是苹果表皮和根际土壤样品的主要优势真菌属,其相对丰度分别为41.07%和7.62%。优势细菌属和优势真菌属关联性分析结果表明真菌与细菌间存在显著的互作关系。     

应用Illumina MiSeq测序技术比较风干肉中细菌多样性和微生物安全性

为了解风干肉制品中细菌的多样性及其微生物的安全性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析风干肉制品中细菌16S rRNA V4区基因序列,进而比较不同风干肉微生物的群落结构组成及多样性差异。结果显示,14 个样品共获得466 975 条有效序列,975 个操作分类单元。多样性分析表明,自然发酵风干肉中具有高度的微生物群落多样性。微生物群落组成分析表明,自然发酵样品中厚壁菌门（Firmicutes,39%）、变形菌门（Proteobacteria,40%）、拟杆菌门（Bacteroidetes,14%）为优势菌门,所占比例都超过了10%,人工调控样品中Firmicutes（92%）为优势菌门。在自然发酵和人工调控肉制品中分别鉴定出241 个和102 个细菌属,细菌多样性在属的水平上差异显著（P＜0.05）。研究结果加深了对风干肉细菌群落组成和多样性的认识,为保证风干肉制品的质量安全、提高风干肉制品的品质、优化风干肉的生产工艺提供理论依据。