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配体的结合与解离过程在蛋白质实现其生物学功能方面非常关键,因此对这些高度动态过程的研究变得非常重要. 尽管已有实验方法可以确定蛋白质-配体复合物的三维结构,但一般仅可获得静态图片. 随着计算机算力的快速提高以及算法的优化,分子动力学模拟在探索配体的结合与解离过程方面具有诸多优势. 然而,当系统变得足够大时,分子动力学模拟的时间和空间尺度成为了巨大的挑战. 本工作提出了一种研究配体-蛋白质结合与解离的增强采样工具,它基于配体和蛋白质之间形成的接触数来引导迭代多组独立分子动力学模拟. 在腺苷酸激酶的模拟结果中,观测到配体的结合和解离过程,而使用传统分子动力学模拟在同一时间尺度下则无法实现这一过程. 相似文献
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蛋白质在溶液中可能以不同构象的集合形式存在,不能用单一的静态结构来表示. 分子动力学模拟已成为对溶液中蛋白质构象进行采样的有用工具,但分子力场和水模型的选择是关键问题. 这项工作介绍了噬菌体T4溶菌酶的个例研究. 本文发现,使用经典的AMBER99SB力场和TIP4P水模型,分子动力学模拟不能很好地描述野生型噬菌体T4溶菌酶在微秒时间尺度上的铰链弯曲结构域运动. 其它新型力场和水模型的组合,如被称为RSFF2+的残基特异性力场和离散校正的水模型TIP4P-D,能够对噬菌体T4溶菌酶溶液构象进行合理的采样,与实验数据有良好的一致性. 这项工作为进一步研究噬菌体T4溶菌酶的溶液构象转变提供了分子力场和水模型的参考. 相似文献
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