应用反向传播神经网络预测化合物脑血分配系数

选用27种三维结构性质描述符对脑血分配系数预测建立神经网络模型.网络模型选用典型的适合函数逼近的两层结构神经网络对脑血分配系数(lgBB,BB为脑血浓度比)进行预测,计算中采用的模型具有一个双曲正切型激活函数的隐含层和一个线性激活函数的输出层.计算表明,使用小心选择的反向传播神经网络模型对化合物脑血分配系数具有较好的预测能力.     

硫化物/Ru(II)络合物复合敏化TiO2纳米多孔膜

用光电化学方法研究了ＣｄＳ,ＰｄＳ和Ｒ１１Ｌ２（ＮＣＳ）２,（Ｌ＝２,２′－ｂｉｐｙｄｉｎｅ－４,４′－ｄｉｃａｒｂｏｘｙｌｉｃａｃｉｄ）复合敏化ＴｉＯ２纳米晶电极的光电化学行为,结果表明,采用复合敏化比用Ｒ１１（ＩＩ）络合物单独敏化ＴｉＯ２纳米晶电极效果好,大大提高了光电转换效率,主要原因是采用复合敏化,可防止ＴｉＯ２导带上由光注入产生的电子的反向转移,避免了电子的损失。     

硫化物/Ru(Ⅱ)结合物复合敏化TiO_2纳米多孔膜

用光电化学方法研究了Cds、Pbs和RuL2（NCS）2（L＝2.2′-bipydine-4.4′-dicarboxylicacid）复合敏化TiO2。纳米晶电极的光电化学行为．结果表明，采用复合敏化比用rul（Ⅱ）络合物单独敏化TiO2。纳米晶电极效果好，大大提高了光电转换效率．主要原因是采用复合敏化，可防止TiO2导带上由光注入产生的电子的反向转移，避免了电子的损失．     

双染料复合敏化SnO2纳米多孔膜光电极的研究

光电化学;光电转换;双染料复合敏化SnO2纳米多孔膜光电极的研究     

胰蛋白酶和苯酰氨类抑制剂结合自由能的预测

用基于线性响应近似的自由能预测方法计算胰蛋白酶和苯酰氨类抑制剂的结合 自由能。计算结果表明,单参数,双参数和三参数模型具有相似的线性回归系数, 但三参数和双参数模型的交互验证回归系数要明显优于单参数模型。从预测能力来 看,双参数模型和三参数模型都能够很好地预测测试集中抑制剂的结合自由能,其 中双参数模型预测的结果要略优于三参数模型的预测结果。对测试集中的抑制剂, 双参数模型预测得到的预测自由能和实际自由能之间平均绝对误差仅为1.15 kJ/mol。自由能计算模型以及分子动力学轨迹能很好地解释抑制剂结构和活性的 关系,为药物设计提供了重要的结构信息。     

用支持向量机建立中药有效成分聚集体的预测模型

化合物可以形成聚集体, 这种分子聚集体可能对靶点具有混杂抑制活性. 在中药中已经发现这种现象, 为了进一步研究这种现象,使用支持向量机(SVM)方法建立了分子形成聚集体的分类预测模型. 研究表明, 这个模型具有良好的预测能力, 并且具有稳定性. 通过使用现有化合物对该模型进行验证, 发现该模型具有良好的推广能力. 这个模型被用于对中草药有效成分三维结构与性质数据库(CHDD)中的分子的预测.     

一组和AMBER力场配合的普适波恩模型参数

提出了一套和AMBER力场相匹配的普适波恩模型参数.新的参数集包含21种原子类型的初始半径和屏蔽因子.参数通过遗传算法拟合359个小分子水合自由能的实验值得到.采用新的参数，预测了44个小分子的水合自由能，预测值和实验值能很好地吻合，而且大大优于采用Jayaram参数得到的结果.此外，采用新的参数，还预测了15个蛋白质的水合自由能，预测值和PB/SA预测得到的结果能很好地吻合.     

基于原子表面的蛋白质水合自由能预测模型

提出了一种计算蛋白质水合自由能的简化模型（SAWSA 2）.模型把蛋白质分子中的原子分为20种不同的原子类型,通过每类原子的溶剂可及化表面以及相应的溶剂化参数,就可以得到分子的水合自由能.不同原子类型的溶剂化参数通过110个蛋白质分子水合自由能拟合得到,水合自由能的标准值采用了基于求解Possion-Boltzmann方程（PB）以及分子表面计算（SA） 相结合的方法.采用得到的模型,预测了20个蛋白质分子的水合自由能,预测值的相对值和绝对值都能和PB/SA的计算值很好地吻合,大大优于两种已报导的水合自由能模型.     

中药有效成分三维结构数据库的开发和研究

介绍了北京大学中药有效成分三维结构数据库软件系统的结构、功能及开发步骤。该数据库系统不仅仅提供6500个中草药有效成分的二维和三维结构以及其它各类相关信息,同时拥有功能强大的数据库查询、维护及分子表达系统。在该系统中,用户可以交互式地实现多种分子特征的查询以及二维子结构的查询。查询得到的分子可以直接在北京大学药物设计系统(PKUDDS)中进行三维结构的显示和分析。该数据库系统和我们科研组开发的北京大学药物设计系统以及中草药信息系统构成了完整的基于中药的药物设计系统。该系统已经用于NS3-NS4A蛋白酶抑制剂以及其它体系的研究并取得了很好的结果。     

纳米结构ZnO/染料/聚吡咯光阳极的光电化学性质

用光电化学方法研究了染料RuL2 (NCS) 2 (L =2 ,2′ bipydine 4,4′ dicarboxylicacid) (简写为Dye)、聚吡咯 (PPy)敏化氧化锌 (ZnO)纳米晶电极以及用RuL2 (NCS) 2 和PPy复合敏化ZnO纳米晶膜电极的光电化学行为 .实验表明 ,ZnO/PPy纳米多孔膜电极为双层n 型半导体结构 .PPy和RuL2(NCS) 2 都可对ZnO纳米晶膜产生敏化作用 ,ZnO/RuL2 (NCS) 2 /PPy复合多孔膜电极产生的光电流远大于ZnO/PPy纳米多孔膜电极和ZnO/Dye多孔膜电极产生的光电流 .讨论了该电极的光生电子的机理 ,初步测定了ZnO/RuL2 (NCS) 2 /PPy电极作为光阳极的光电化学电池的工作特性曲线 ,测得该电池的光电转换效率为 1 .3% ,填充因子为 0 .75 .